1919年5月8日，北大校長蔡元培在兌現營救被捕學生的諾言後，悄然留下一封辭職書，於第二天早晨攜北大總務處職員段子均離開北京，經天津至上海轉杭州，借寓楊莊。至此，五四運動進入一個新階段。
章門弟子
蔡元培的不辭而別，在北大迅即引發一場權力衝突。9日一大早，北大會計黃幼軒在第一時間將蔡元培出走的消息告訴北大教授沈尹默。黃幼軒之所以知道蔡元培的行蹤，是因為他是蔡校長的郎舅。
沈尹默聞言大驚，旋即與馬裕藻、錢玄同、周作人等教授計議。馬裕藻等人不知所措，而沈尹默則沉著地告訴他們說，這是蔡先生信任我們，他走了，學校要靠我們大家維持下去。大家想想這話對，就開評議會商量，於是評議會掌握了學校實權，對外行文，決定以北大全體學生的名義呈請政府挽留蔡元培，學校日常事務由評議會負責。沈尹默儼然成為北大實際負責人。
沈尹默，原名君默，原籍浙江吳興，生於陝西漢陰。從籍貫上說，他與蔡元培、馬裕藻、馬敘倫、錢玄同、周作人等教授是浙江老鄉，與錢玄同是湖州小同鄉。1905年，沈尹默與其三弟沈兼士自費留學日本，後因家境困難，不到一年就返回國內，而沈兼士考取日本鐵道學校，留日攻讀，並成為章太炎在日本的弟子。
或許是因為沈兼士的緣故，沈尹默回國後也被學術界視為章門弟子，而章門勢力如日中天。特別是嚴複辭去北大校長後，相繼代理北大校長的何煜時、胡仁源等都是浙江人，都信服章太炎的學問，所以相繼將章門弟子引進北大，北大一時間成為章門天下。當此時，沈尹默因章門關係到北大擔任教授。
嚴複職掌北大時，因個人愛好和人際關係比較重視“桐城派”人物，一批“桐城派”學者到北大任教。而待到嚴複離職，浙江人主政，“桐城派”勢力在章門弟子緊逼下逐步萎縮。章門弟子在反對“桐城派”或其他派別時高度一致，他們認為嚴複所用人物都已過時，應該讓位，北大講堂應該由章門弟子去控製。
然而當章門弟子在北大一統江湖後，其內部裂痕便顯現出來。一般說法，北大章門弟子大致分為三個派別：一是以大弟子黃侃為首的守舊派，這一派的特點是凡舊皆以為然；第二派是以錢玄同、沈兼士為代表的開新派，錢玄同自稱“疑古玄同”，其意可知；第三派是以馬裕藻為代表的中間派，兩邊都不得罪，依違兩可，皆以為然。
幾人歡喜幾人愁
沈尹默不是章門弟子，但由於沈兼士的關係，他與章門弟子相處融洽，而且由於他在北大資曆比較深，且足智多謀，有“鬼穀子”之號，所以北大章門弟子很多時候也把沈尹默當作掌門人看待，願意聽從沈尹默的安排和調遣。至於他的“鬼穀子”之號，正麵呢，是說他反應敏捷，有決斷善思考；反麵則暗指他是一個陰謀大家，他後來被湯爾和等人排斥出局，與此可能有直接關係。
當蔡元培入主北大時，沈尹默、湯爾和等人都有擁戴之功和犬馬之勞，尤其是沈尹默在蔡元培到校不久，就貢獻出三條錦囊妙計：
一、北大經費要有保障。
二、按照北大章程規定組織評議會。沈尹默的理由是：評議會在北大章程中原本有規定，但教育部始終不許成立，因為有了評議會，教育部的指令就不那麽容易直接下達。也正因為如此，對北大久遠發展而言，評議會更加重要。有了評議會，北大發展就不會政隨人亡；即便在平時，也可以評議會的力量抗衡行政權力的無端幹預。
三、規定每隔一定年限，派教員和學生到外國留學。
這三條建議中，以成立評議會為最重要，所以當蔡元培憤而辭職，離京出走後，沈尹默先是一驚，繼則一喜，因為這終於可以試驗評議會的功能與效率了。
沈尹默主持評議會代表北大師生向政府提出挽留蔡元培。教育部在第二天（5月10日）給予不太積極的回應，反而要求北大評議會應該嚴厲管束北大學生，不得罷課。這使沈尹默和北大師生略感不快。
10日，北大學生派出代表趕往天津追蹤挽留蔡元培，找不到蔡元培的蹤跡後致電上海名流唐紹儀，聲稱蔡校長受外界脅迫辭職他去，務請唐紹儀見到後誠懇挽留。北大學生還致電上海各報各團體，揭露北京當局迫使蔡元培出走真相，呼籲各界一致聲請蔡元培回京複職。
同一天，北京中等以上學校學生聯合會呼籲教育部出麵挽留蔡元培，以為“五四”行動純屬全體公意，與各校校長絕不相關，尤非北大校長一人所能夠代任其咎。且蔡元培校長德高望重，海內宗風，自其入大學，招致賢哲，成績斐然。他們懇請教育部俯順眾情挽留蔡校長，為中國教育留此一線曙光。
北大和北京各校師生對蔡元培的挽留出於至誠，隻是這樣推崇蔡元培，強調蔡元培個人在教育界的作用，實際上是置教育部於非常尷尬境地。教育部高層在鬱悶心情支配下，怎能真誠出麵挽留蔡元培呢？尤其是安福係原本就很討厭蔡元培的自由思想、兼容並包，當然希望利用此次機會一了百了，或者批準蔡元培辭職，或者索性將北大解散。這是政府中相當一部分人的想法。
北大不可一日無此君
社會各界的同情與支持，無疑激勵了北大師生的抗爭勇氣。10日下午1時許，北大教職員推舉出來的代表馬敘倫、馬寅初、李大釗、康寶忠、徐寶璜、王星拱、沈士遠等集體前往教育部，求見教育總長傅增湘，請其設法挽留蔡元培。傅增湘表示，他個人是誠懇挽留蔡元培的。代表們複問大總統徐世昌和總理錢能訓的意見，傅增湘默然有間，表示總統、總理的意見，他個人並不深知，因此不便代為回答。言下之意是問題的關鍵不在教育部，而在總統府和國務院。
北大教職員代表往訪傅增湘的同時，北京各高等學校中有十二所學校的教職員代表也在北大召開聯合會議，討論挽留蔡元培。他們認為能否挽留蔡元培已不是北大一校問題，而是關係到教育及外交前途的大問題。第二天，代表們在一份呼籲書上簽字，表示政府如果不挽留蔡元培，他們勢必抗爭到底，不惜全體一致辭職。
對於北大師生及北京教育界各方麵呼籲，教育部起先毫無表示，也無法表示。這自然引起社會各界嚴重不滿，更引起有意利用此次事件而達到倒閣或其他政治目的的派別、政黨或個人的興趣。5月9日，護法國會參議院議長林森自廣州致電蔡元培，表示學生為收回國土，憤激擊賊，政府逮捕多人，實在過分。“公願以身代，仁者用心，令人感泣。討賊得罪，是非倒置，何以立國？”這就將原本隻屬於法律和行政的問題上升到政治層麵。
在北京，教育總長傅增湘因對蔡元培深表同情和挽留，不同意嚴厲鎮壓學生，反而遭到安福係責難。無奈中，傅增湘仿蔡元培例，於11日不辭而別，教育部公務暫時由次長袁希濤代理。
袁希濤，字觀瀾，江蘇寶山人。晚清時擔任江蘇學務處議紳，辛亥革命後與黃炎培一起參與江蘇省新教育實踐，是黃炎培的重要助手。後應蔡元培之邀，任職教育部。與蔡元培、黃炎培、蔣夢麟等都是多年朋友。在與北大和江蘇教育會的關係上，袁希濤更傾向於後者而不是前者。這就引發了北大是否南遷或解散的爭議，至少在蔡元培辭職後一段時間裏，黃炎培、蔣夢麟和江蘇教育會真的動議過利用這次機會攫取北大控製權，或者當北大不能在北京繼續存在時，設法將其中的新派學者轉移至南方。
江蘇教育會的這個意思並不含有任何惡意，他們確實與蔡元培有著不同尋常的關係，確實期望幫助蔡元培，重建中國高等教育體製，所以他們對蔡元培脫離北大，脫離沈尹默，脫離章太炎弟子包圍，辭職南下，並不感到太悲傷，反而認為是一個重要機會。
徐總統出麵了
在袁希濤代理部務第二天（12日），情況發生了變化。袁希濤致電江蘇省教育會副會長沈恩孚，表示蔡元培校長辭職出走，各校員生紛紛請留，情勢急切，教育部已派沈彭年前往南方當麵挽留。袁希濤還告訴沈恩孚，他昨天親謁總理錢能訓和大總統徐世昌，他們均囑教育部迅速設法挽留蔡元培。因此，他請沈恩孚一旦見到蔡元培，務請轉達總統徐世昌、總理錢能訓及教育部的意思，請蔡先生從大局考慮，早些回京。
13日，北京各校教職員聯合會派出九名代表到總統府請願。其他各高等學校校長也相率辭職，以示聲援。晚九時，北京大學評議會和教授會聯合會議一致決議請蔡元培回校，以為蔡先生回校複職為維持大學唯一方法。
北京教育界局勢令人焦慮，而蔡元培行蹤毫無消息。代理教育部事務的袁希濤心急如焚，13日再致電沈恩孚，訴說難處。第二天，大總統徐世昌發布指令，表彰蔡元培對中國教育的貢獻，希望蔡先生值此困難時期，妥籌善後，認真擘理，挽濟艱難。
大總統出麵當然是給蔡元培保全了麵子，同時，既然大總統出麵挽留，也必須保證大總統不能太沒有麵子，何況此次挽留並不是政治高層一致。所以，袁希濤在15日又密電黃炎培，請其無論如何也要勸說蔡先生不要節外生枝。
袁希濤的擔心並非多餘，隨著蔡元培出走，全國教育界人心惶惶，甚至還有商界人士也介入了這場衝突，均以為政府之所以並不真誠挽留蔡元培，主要還是因為蔡先生成為新思想的象征，政府竟不容思想界有一線生機，竟不容世界潮流有一分輸入。“夫蔡先生去，則大學雖存猶死；大學死，則從此中國之學術界，盡入一二有權威者掌握之中，而學界前途遂墮於萬劫不複之境。豈惟蔡先生一人、北京大學一校之關係，中華將來之文明，實將於此決其運命。”
義在必辭
教育部，或者說袁希濤，挽留蔡元培、化解僵局是真誠的，這份真誠感動了北京教育界領袖。5月16日，北京國立各高校校長陳寶泉、洪鎔、金邦正、湯爾和等人聯名致電蔡元培，請求蔡先生重新考慮先前辭職立場，不要把門關死。麵子固然重要，但是也要適度，不要因一人之選擇影響教育界整體利益，以為教育界留一生機。陳寶泉等人還表示，他們之所以沒有用辭職聲援蔡先生，主要是因為責任所係，方才出來協助政府維持各校。這樣做並不意味著與蔡先生的選擇有什麽不一樣。
大總統徐世昌已發布了挽留指令，教育部已派員當麵挽留，代理部務的袁希濤更是三番五次通過私人關係表達善意，但蔡元培依然不為所動。從他個人尊嚴、大學尊嚴的立場看，他現在當然還不好徑自回去複職。因為，在蔡元培的感覺中，政府中的個人或許是真的挽留他，但這種挽留帶有某種程度的勉強或不情願。蔡元培認為，他現在回校複職很可能使北大師生乃至全國教育界大失所望，因為教育界與政治界的糾紛由來已久，政治界對教育界的幹預日甚一日，始終沒有分出輸贏。蔡元培這次大概有點得理不讓人了，他真希望以自己的犧牲為教育獨立、教育自主贏得更大空間，所以他在各方挽留聲中毅然堅守辭職的立場。
能否複職牽動時局
蔡元培的堅守使事情陷入僵局。16日，北京各高校教職員聯合會推舉代表前往教育部與袁希濤會晤，商酌與教育部所派南下挽留蔡元培的代表一起出發。在北京大學內一貫反對新文化運動，自稱與蔡元培“誌不同道不合”的教授黃侃，竟然也因蔡元培辭職而表示辭職。黃侃的理由是：“環顧中國，除蔡元培，亦無能用餘之人。”既然蔡元培不願回來，我黃侃也就不必待在北大這個破地方了。
蔡元培能否複職成為時局好轉的關鍵，在這種情況下，北京各校派出學生代表十七人沿著蔡元培南下途徑查找蹤跡，各處探詢，不得要領。於是又推出總代表八人，會同天津各校代表二人聯合南下，準備當麵哀求蔡元培返回北大。可是他們到了上海根本摸不著門道，於是在上海各報刊登廣告，公開查訪蔡元培的蹤跡。
政府代表、學生代表尋找蔡元培的消息都是公開的，蔡元培當然都知道，他似乎也覺得這樣僵持不是辦法，至少不能將事情的焦點隻集中在他一人身上。5月18日上午，蔡元培找蔣夢麟、黃炎培、沈恩孚、趙厚生等人商量，最後決定給大總統徐世昌、總理錢能訓、教育總長傅增湘發一電：
奉大總統指令慰留，不勝愧悚。學生舉動，逾越常軌，元培當任其咎。政府果曲諒學生愛國愚誠，寬其既往，以慰輿情；元培亦何敢不勉任維持，共圖補救？謹陳下煙，佇候明示。
蔡元培的要求並不過分，所以國務院和教育部很快分別回電答應。甚至表示，外間傳聞並非事實，政府對於學生行為並無苛責之意，深望蔡先生早日回京主持校務，以慰眾望。
如果從此次通電大致情況看，在雙方承認學生舉動“逾越常軌”的前提下，似乎有了轉機，問題應該很快解決，蔡元培也應該很快返回北京，返回北大。那幾天與蔡元培有著密切接觸的蔣夢麟曾於5月22日與黃炎培聯名致函北大教授胡適，表示蔡元培已就回校任職事作出決定，此事若不另生枝節，北京大學可望恢複原狀。
還是拒絕
從蔡元培與國務院、教育部的電文看，好似蔡元培會很快回到北大任職，這是從積極方麵著眼。但在蔣夢麟與蔡元培聯名致胡適的信函中，還談到了一些其他的情況。
在信中，黃炎培、蔣夢麟這些教育界人士談到了北京大學被解散的可能性。如果北京大學不幸被政府解散，首先要麵對的第一個難題就是杜威一年講學計劃如何繼續進行，因為在此之前經蔡元培以北大校長身份聯係，哥倫比亞大學已同意給假。假如北大真的散了，杜威在北大講學的可能性就不存在了。為了解決這個問題，上海教育界同仁已有心理準備，表示一旦北大解散成事實，當由上海集資禮聘。
南方教育界同仁所最希望者，為北京大學不解散，蔡元培複職。南方同仁當竭全力辦東南大學，有蔡元培在北京幫忙，事較易。南京大學辦成後，漸將北京新派學者轉移到南方，將北京大學留給舊派，任他們去講老話，十年二十年後大家比比優劣。這大概隻是蔣夢麟的想法，而黃炎培則不願意將北京大學拱手相讓，表示“北方亦要占據，且逆料舊派無組織之能力”。看過此信稿的沈恩孚也認為，“此時未打敗仗，萬無退回老巢之理”。由此可見，南方教育界比較一致地將北大因5月4日事件引發的學潮看作是一場新、舊兩派衝突。
蔣夢麟表示，如果北京大學萬一不幸散了，那麽教育界同仁當在南方重組教育機關，開辦編譯局及大學一、二年級，卷土重來，逐漸恢複。總之，蔣夢麟、黃炎培在此次事件中所領悟的經驗和教訓竟然是：南方大學必須組織，以為後來之大本營，因將來北京還有風潮，人人知之。所以他們竭力勸說胡適等北方教育界人士“萬勿抱消極主義，全國人心正在此時複活，後來希望正大也”。
不管蔣夢麟、黃炎培等南方教育界同仁如何設計，從這封信中可以感覺到蔡元培在南方教育界人士的勸說下，似乎已下定決心準備返回北大複職。
然而到了5月26日，在上海、杭州往返觀察時局的蔡元培竟突然決定不回北大了，公開的理由是“臥病故鄉，未能北上”。
蔡元培為什麽在先前已答應複職，這時突然反悔拒絕呢？一個重要理由是他通過這些天的觀察和思考，覺得北京政府對他的慰留並無誠意。而這些觀察與思考，其實也是他周圍那幫朋友的觀察與思考。這在蔣夢麟5月24日致胡適的信中就有些微痕跡，蔣夢麟一方麵勸胡適等北方教育界同仁委曲求全，盡量保全北京大學；另一方麵懷疑北京大學很可能最終保不住，他一再告誡胡適注意：“如你看來大學有不能保存之勢，也要早些寫信給我。我們可以早些預備你們來上海。”這些判斷肯定深深影響了蔡元培，使蔡元培覺得既然政府可能在他複職後撤銷北大，那麽他何必回去第二次受辱？
“留蔡”與“去蔡”
或許蔡元培的敏感是對的。北京政府在外界壓力下表示過挽留蔡元培，教育部代理部務的次長袁希濤也應該是出於真誠，但是政府政治高層鑒於學潮不斷、罷課不斷、遊行不斷的事實，也想來個“根本解決”。與其遷就外界壓力召回蔡元培，北京教育界乃至全國教育界繼續不得安寧，幹脆長痛不如短痛，快刀斬亂麻，批準蔡元培辭職，另找聽話的大學校長，示範天下，穩定政治秩序。蔡元培的開明民主，兼容並包、思想自由等主張，在政府高層看來，就是一切不安寧的根源。
政府執意“去蔡”是基於這一點，而學術界、教育界執意要求政府挽留蔡元培，實際上也是基於這一點。這一微妙的心理較勁，當時許多人都看到了。6月3日，蔡元培收到湯爾和的來信，湯爾和就不主張蔡元培北上複職。湯爾和的理由非常簡單：“來而不了，有損於公；來而即了，更增世忌。”與其兩麵不討好，不如暫時退隱。
為了向政府施加壓力，京滬知識界在教育界大佬把握掌控下，有節製地進行罷課、遊行示威，甚至有節製地動員市民參加。5月19日，北京各校學生罷課；26日，上海各校學生跟著罷課，人數達兩萬多人。京滬學生發表宣言，要求政府維持北大校長蔡元培職位及大學尊嚴。這些活動背後，都有人主持或操刀，有人把握著火候。在上海，幕後重要人物其實就是蔣夢麟、黃炎培等東南教育界重量級人物。蔣夢麟5月26日寫給胡適的信中，就非常得意地透露出這一點，表示當天的罷課，“弟等已將舵把住，不至鬧到無意識”。這樣一來，“五四”前後的所謂“學生運動”，其實幕後都有“推手”在“運動”學生。
蔡元培不願複職的消息傳到北京後，又引起新一輪抗議。6月2日，北大學生張國燾等人在市區講演時被警察逮捕。第二天，北京各校學生遊行示威，政府出動警察進行鎮壓，又有四百餘人被逮捕。6月4日，軍警又拘捕學生七百餘人。北京大學成了一個龐大的“臨時監獄”。6月5日，北京學生五千餘人向警察廳自請入獄，北京教育界陷入一片混亂恐慌之中。學潮還引發了社會動**。這一天，上海市民開始罷市，標誌著學潮有向社會蔓延的趨勢。
新校長來了
誠如蔡元培所預感的那樣，政府對他的挽留確實比較勉強，政府在他請辭後確曾任命馬其昶接替，隻是這一計劃在北大師生的反對聲中並沒有變成現實，但這一點確實使蔡元培很受傷，一直愛惜羽毛的蔡元培更不敢輕舉妄動，自取其辱。
蔡元培感覺到了政府的不真誠、不情願，當然不願返校複職。蔡元培的感覺是對的，政府鑒於那幾年學潮不斷，確實不想讓蔡元培複職。從這個意義上說，蔡元培不願複職的聲明其實幫助了政府，使政府找到了一個化解僵局的途徑。在政府高層看來，既然蔡元培不願回校複職，那麽就順手牽羊將他免職吧。6月5日，內閣會議決定批準蔡元培的請求，準許其辭去北京大學校長，並任命胡仁源繼任。第二天，大總統徐世昌照此發布大總統令。胡仁源如果能順利接下北京大學這個爛攤子，北京乃至全國學潮可望很快結束。
胡仁源出身南洋公學特班生，與蔡元培有師生之誼。按蔡元培的印象和評估，胡仁源後留學英國，雖為工科出身，但具有一定哲學思想，文筆工雅。這在蔡元培看來也是一大優點，認為性近文史哲的學生肯習工藝，尤為難得。胡仁源留學回國後入北大，曾任北大工科學長，並一度代理過校長。蔡元培主持北大後，仍請胡仁源任工科學長，而胡仁源不願，遂改聘他人。
以曾經代理校長的人來接替蔡元培，資格自然沒有問題，應該是一個不錯的人選。隻是政府內外一些人太急於除掉蔡元培，所以他們推戴胡仁源竟然不擇手段，結果弄巧成拙。這些人一方麵運動北大學生歡迎胡仁源出任校長，一方麵發表“燃犀錄”，捏造故事，醜詆蔡元培及沈尹默、理科學長夏元理等人。這些一捧一打的手法激起北大學生公憤。北大學生群起抗爭，公開宣布拒絕胡仁源出任校長，甚至查明那些煽動歡迎胡仁源的學生並給予製裁。
“拒胡迎蔡”
6月6日晚，北大學生舉行全體大會，就政府任命胡仁源為校長一事通過兩項決議：
一、推舉代表求見胡仁源，警勸其萬勿來校；
二、上書總統，請收回成命。
北大全體學生在上總統呈文中以為政府任命胡仁源為校長不合情理，因為蔡校長第二次來電，隻說“臥病故鄉，未能北上”，並沒有說堅決不北上。蔡校長既然沒有再次辭職，政府亦沒有罷免明文，那麽突然任命胡仁源，不僅不合乎情理，而且也沒有依據。現在這樣突然任命，顯然是想拒絕蔡校長北上複職。這是從期待蔡元培回校複職立場上說的。
從胡仁源情況看，北大學生在呈文中表示，其學問信望，均不足以擔當北大校長職務，學生為自身學問計，為教育前途、國家前途計，決不敢妄從明令，聽其蠡賊大學，戕害國本。北大學生的要求非常簡單，就是拒絕胡仁源，歡迎蔡元培：“拒胡迎蔡”。
北大學生的態度深刻影響了教職員。第二天（6月7日）下午，北大全體教職員兩百餘人召開緊急大會，一致決議不承認胡仁源為北大校長，繼續堅持要求政府催蔡元培返校複職。當天，全國學生聯合會籌備處也公開致電總統府、國務院、教育部，堅拒胡仁源出任北大校長，繼續堅持挽留蔡元培。
北大師生及全國學生的要求並沒有得到政府及時積極回應。11日，北大教職員再度集會發布聲明，宣稱北大校長除蔡元培外，絕不承認第二人。北京中等以上學校教職員聯合會也向大總統徐世昌、總理錢能訓遞交呈文，反對任命胡仁源為北大校長，請求政府繼續挽留蔡元培。北京中等以上學校教職員聯合會同時致信胡仁源，警告其不要貿然到北大就職，因為時局關鍵主要是恢複教育原狀，而恢複教育原狀的關鍵就是各校校長一律複職，而各校校長一律複職的關鍵又是蔡校長能否複職。
12日，全國和平聯合會也致電總統府、國務院、教育部，表達類似看法，請求政府拿出誠意去平息此次風潮，不要遊弋，不要舉棋不定，一定要出以至誠挽留蔡元培。隻有讓蔡校長複職，方才有辦法化解教育危機。假如政府執意對抗公意，任命他人接任，那麽教育前途必將陷於更加危險的境地。
絕不做不自由的校長
很顯然，教育界挽留蔡元培大致是真誠的，政府中的一些人挽留蔡元培也是真誠的，但政府中還有一些人，比如“安福係”那些人就不一樣了，他們不僅不願意挽留蔡元培，而且堅決主張罷免他甚至追究他的責任。現在政府內一再出台後來被認為是“餿主意”的換人方案，在很大程度上說明了安福係的心跡。
鑒於此種狀況，蔡元培太清楚不過地知道自己應該如何做，為了自己的羽毛，更為了北大的未來，為了北大不致在僵局中被撤銷，蔡元培於6月15日再發宣言，重申不肯再回北大任校長的決心：
一、我絕對不能再做那政府任命的校長。因為北京大學校長是簡任職，是半官僚性質，便生出許多官僚的關係，哪裏壓呈，哪裏用谘，天天有一大堆無聊公牘。要是稍微破點例，就要呈請教育部，候他批準。什麽大學文理科叫作本科問題，文理合辦問題，選科製問題，甚而小到法科暫行學長問題，附設中學問題，都要經那拘文牽義的部員來斟酌。甚而部裏還常常派了什麽一知半解的部員來視察，他報告了，還要發幾個訓令來訓飭幾句。我蔡元培是個痛恨官僚的人，能甘心仰這些官僚的鼻息嗎？我將進北大時，沒有想到這一層，所以兩年有半，天天受這個痛苦。現在苦痛受足了，好容易脫離了，難道還肯投入進去嗎？
二、我絕對不能再做不自由的大學校長。思想自由，是世界大學的通例。帝製時代的德意是世界著名的君主專製國家，但它的大學何等自由？那美法等國更不必說了。北京大學向來受舊思想的拘束，是很不自由的。我蔡元培進去了，想稍稍開點風氣，請了幾個比較有點新思想的人，提倡點新的學理，發布點新的印刷品。這些東西如果用世界新思想來比較，用我的理想來批評，還算是半新的。在新的一方麵偶有點沾沾自喜的，我還覺得好笑。哪知道從舊的一方麵看，看了這點半新的，就像洪水猛獸一樣了。又不能用正當的辯論法來辯論，鬼鬼祟祟，想借著強權來幹涉。於是教育部來幹涉了，國務院來幹涉了，甚而什麽參議院也來幹涉了，世界上有這種不自由的大學嗎？還要我去充當這種大學的校長嗎？
三、我絕對不能再到北京的學校任校長。北京是個臭蟲窠，這是民國元年袁世凱所送的徽號。所以，無論何等高尚的人物，無論何等高尚的事業，一到北京，便都染了點臭蟲的氣味。我已經染了兩年有半了，好容易逃到故鄉的西湖、鑒湖，把那個臭氣味淘洗淨了。難道還要我再去做逐臭之夫，再去嚐嚐這氣味嗎？
我想有人見了我這一段話，一定要用“我不入地獄，誰入地獄”的話來勸勉我。但是我現在實在沒有到佛說這句話時的程度，所以隻好謹謝不敏了。
這大概就是蔡元培此時的心聲。
不過，這篇措辭激烈的宣言在親友勸說下並沒有公開發表，而是由其堂弟蔡元康擬了一個廣告稿交給上海各報，以回應北京政府的一係列舉動：
孑民家兄回裏後，胃病增劇，神經非常衰弱，醫生切囑屏絕外緣，現正緊要關頭，不許見客，不許傳閱函電。辱承親友存問，深以不能接見為歉。特用代為聲明，凡我至親好友，務請勿勞駕，勿惠函電，俾得靜養。種種不情，諸希亮察。
按照蔡元培手擬的聲明，北上複職的大門似乎完全關閉了，毫無彈性；而按照蔡元康發布的這個廣告，事情還有回旋餘地，並沒有把大門完全關上。蔡元培能否重回北大複職，關鍵還在各派政治勢力較勁，在朝野各界角逐。