1917年7月，伍廷芳和海軍部長程璧光率領海軍南下，孫中山先生也到了廣州，主張“護法”在廣州組織軍政府，非常國會選孫中山為大元帥，聯合廣東、廣西、雲南、貴州、四川、湖南等省，對抗北洋軍閥段祺瑞政府。1917年年底熊克武驅逐了劉存厚，統一了四川，要我代表四川省參加軍政府。我於1918年2月到廣州見了中山先生，隨即又回北京把所負華法教育會的工作進行了交代，6月才去廣州任職。原來軍政府初成立，在很大程度上要依靠桂係和滇係軍閥的力量，我們當時以為滇桂軍閥與北洋軍閥有矛盾，可以利用他們來為革命服務，而且他們實力較小，不象北洋軍閥那樣跋扈難製，有可能團結他們，使他們服從中山先生的領導。不久就證明：這種想法是十分錯誤的。軍政府成立後，野心勃勃的桂係軍閥陸榮廷、莫榮新暗中一直在和北洋軍閥勾結，並且跟我們大鬧幕後磨擦。軍政府成立不到一年，中山先生終於被排擠，1918年5月由廣州回到上海。他在辭職通電中痛斥桂係軍閥說：“南與北一丘之貉。”中山先生這時真是傷心憤恨到極點了。
當1918年6月我再到廣州的時候，孫中山先生已經到上海去了。7月間軍政府改為七總裁製，中山先生也被列為七總裁之一，我當時曾到上誨勸中山先生就職，他未同意，我又勸他可派代表去應付，他答應了。我們當時仍想團結各方麵的力量來抵製桂係，以圖補救大局於萬一。我們所能團結的力量有南下的國會議員和海軍，有各省軍的代表，有中山先生的嫡係部隊——陳炯明所統率的粵軍，還有廣東的一些地方派人物。桂係特別把陳炯明部視作眼中釘，千方百計想消滅它，陳炯明部被迫退駐在福建的漳州，不能回粵，情形很危險。這時軍政府內部展開了激烈的鬥爭，我們揭露桂係和北洋軍閥勾結的事實，反對桂係排擠粵軍，極力保全陳炯明部。在會議上，我常常和站在桂係方麵的政學係政客爭吵起來。桂係軍閥恨我入骨，要求四川省被換我的代表職務，到了1919年他們策劃達成南北和議時，我就不再當代表了。
參加“護法”，使我十分深刻地體會到中山先生所說的“南與北一丘之貉”的名言。而且就是我們當時苦心孤詣所要保全的陳炯明又何嚐不是與南北軍閥同屬“一丘之貉”呢？不久以後，陳炯明利用國民黨和中山先生的威信，驅逐桂係，重返廣州，並且隨後又背叛了中山先生。這個叛徒要知道當時中山先生如何苦心扶植他，我們又如何極力保護他，他真應該慚愧而死。在當時，軍隊是統治者私人的財產和工具，軍隊的活動完全聽命於他們的統帥，不知道有國家民族，我們也沒有可能去根本改造舊軍隊，使它成為革命的工具，而隻是看到個人的作用，力圖爭取有實力的統帥。從辛亥革命起，我們為了推翻清朝而遷就袁世凱，後來為了反對北洋軍閥而利用西南軍閥，再後來為了抵製西南軍閥而培植陳炯明，最後陳炯明又叛變了。這樣看來，從前的一套革命老辦法非改變不可，我們要從頭做起。但是我們應該依靠什麽力量呢？究竟怎樣才能挽救國家的危亡呢？這是藏在我們心中的迫切問題，這些問題時刻攪擾著我，使我十分煩悶和苦惱。