論到心與色，佛家的本義，《新論》原有大體不錯的理解。如
說：“釋迦創教時，解析色心，隻是平列而談，並未以色攝屬於心，其骨子裏已近二元論。”佛法雖不是二元論，但就事論事，心、色是相依互緣而各有特性的。“名色緣識，識緣名色”,心色平等的緣起論，與唯心論者確有不同。但《新論》傾向於神化的唯心論，所以忽略佛家的本義，舍本逐末說：“中國哲學思想，要不外儒佛兩大流，而兩派又同是唯心論。”如此而談融會儒佛，純正的佛家，即萬難同意!
《新論》自己說：“我之所謂唯心，隻是著重心之方麵的意思。”但從《新論》的全體思想看，不單是著重吧!如說：“一、克就法相而談，心物俱在。二、攝相歸體，即一真絕待，物相本空，心相亦泯。三、即相以顯體，則說本心是體。”《新論》的主要思想，即在第三的以相(用)顯體。依《新論》說：“翕，元是本體的顯現，但翕則成物，故與其本體是相反的。閽，雖不即是本體，卻是不物化的……是本體的自性的顯現。”《新論》的本體顯現說，雖一翕一閽而似心物二相，但物相是反本體的，雖從本體顯現而幾乎可以不稱之為用的；唯有心，才是本體的自性顯現，才真是本體的大用流行。這樣，《新論》是從重心輕物，到達唯心非物的本體論。“故說物質宇宙本來是無，是如實說”,《新論》的玄學體係，豈但是著重心而已。
從現象的重心輕物，到達本體的唯心非物，原是宗教及神學式的玄學的老調。如耶和華上帝創造一切——心與色，但“上帝是靈”,人類的靈性也是從上帝那裏來的。如婆羅門教的梵我論，雖為萬化的本原，顯現一切；但“不可認識的認識者，即真我”,與大梵是同質，也有說是同量的。如笛卡兒在心物二元上有上帝，而心是更近於上帝的。類似的意義，多得很。《新論》的唯心論，實在庸俗得可以!與其說融會儒佛，倒不如說融會神學，更為恰當!
《新論》說：“唯物論者……妄計有物質才有生化。殊不知如有物質，便成滯礙，何能生化!”《新論》批評以“功用流行為物”者，“與世間所雲之物之本義不符”。但《新論》心目中的物質——假使有的話——,是質而非力的，靜而非動的，是滯礙的死物!玄學者的“物”,也決不是世間所雲之本義。依世間說：物有質也有力；物是存在的，也是活動的。依佛法說：色(物)即“變礙”義；色——四大，即任持、凝攝、熟變、輕動，為什麽有色——物——即滯礙而不能生化?《新論》抹煞現實(破相),剝奪了物質的變化性，把他看作凝固的死物。同時，又漫無範圍的擴大了心的意義，說什麽“健而不可撓名心，神而不可測名心，純而不染名心，生生而不容已名心，勇悍而不可墜墮名心”。“確是依著向上的，開發的，不肯物化的剛健的一種勢用而說名為心。”《新論》的心，即神的別名，“與世間所雲心之本義”是否相符，《新論》不妨反省看!
色是變礙義，心是覺了義，佛法的說色說心，是現實的。依此現實而悟得性自空寂的實性；悟得緣起心色的絕無自性，但是相依相待而幻現有色心的相對待性。宇宙是心色而空寂，空寂而心色的。沒有獨立自性，所以不成為二元。心與色，惟有在緣起幻相邊說；在空寂的自證中，是什麽也不可安立的。然而，為自性妄執所誑惑的，不能不尋求什麽萬化的本源實體，他們僅憑想像，或似是而非的神秘經驗，不知畢竟空寂——《新論》也沒有例外——而妄執本體。其實，所謂本體，到底不過是在現象的心或色等中，給予神秘化、藝術化，稱之為神、為本體，陶醉自己，自以為滿足了!
緣起心色，即宇宙的現實，而世學者不能如此。如唯物論者，以物質為實體，以精神為物質所派生的；但是，自然科學的物質，在哲學中，在認識論中，不得不修改為“心外的客觀存在為物”,也即不能不承認心物的同在。如唯心論者，由於幻想物相從心體而現起的，所以以“向上的、開發的”等為心；但在認識論中，也不能否認心物俱在，僅能說“境必待心而始呈現，應說唯心，不說唯境”。唯心論者的對待心待境起，與唯物論者忽視與客觀相待的主觀一樣。總之，由於心色的極無自性，即在緣起相對的心與色中，各有特性，誰也唯不了誰。唯物論者不能不承認意識的相對主動性；唯心論者也不能漠視心為物所限製——坎。依佛法來說：唯物是外向的俗化，唯心是內向的神化，過猶不及!
真常唯心論者，在從心而物，從善而惡的解說中，包含有同一性質的難題。如論到心與物，《新論》以“本心即是實體”,強調心的自在，不失自性。但在現實世界中，極難同意。“心之能用物而資之以顯發自己也，則唯在有機物或人體之構造臻於精密時始有可能耳!前乎此者，心唯固蔽於物。據此，則心之力用甚微，奚見其能宰物而言唯耶?”此難，是極為徹底的。這等於責難上帝：上帝是全能的，一切是上帝造的，為什麽世界一塌糟，甚至有人根本反對上帝，想取消教會，上帝也還是毫無辦法!《新論》在這裏，以坎、離來解說。坎陷與出離的現象，確乎是有的。然在坎陷的階段，決不能忽略被陷者本身的缺陷，或外來力量強大而自身過於渺小。假使說心為物陷，這必是心的微弱渺小，心的本身不夠健全，不能幻想此心為盡善的、自由的、能主宰物的!在坎陷階段——如奴隸社會中的奴隸——充滿缺陷、不自由，不能抹煞事實而說他還是盡善的，自由主宰的!唯心論者，並不能答複此鐵的事實。
依佛法的緣起論說：坎陷，是依於緣起——種種因緣——而如此的。但緣起的缺陷相，不是自性的，不變的，坎陷必將被否定而到達出離的。依緣起性空義，指出坎陷有出離自在的可能；但並不在係縛的坎陷中，即幻想內在的自由與主宰。佛法的無我論，否定真心真我論，即是如此。
《新論》的善惡說，是“吾人本性無染，隻徇形骸之私，便成乎惡”。“惑非自性固有，乃緣形物而生。”“因本心之力用，流行於根門，而根假之以成為根之靈明，乃逐物而化於物，由此有染習生。”這樣的將一切罪惡根源，推向物質、根身，歸咎於根的逐物；反顯心體的本淨性。這等於國政荒亂，而歸咎於人民，歸咎於官吏，而聖王無罪。論理，心為本體的流行，形物不過似相，心體總是主宰而自由的。就以人類來說，也應該善多而惡少，“性智”顯現者多而妄執者少。然而，除了“滿街都是聖賢人”的幻覺而外，有眼有耳者是誰也不會讚同的。真心論者與神我論者，真是一丘之貉!假使依佛法的緣起論說：眾生無始以來，有——有漏——善也有惡。惡，待因緣生，雖也與境相的誑惑，根身的逐物有關，而心識本身為無始來習以成性的貪、瞋、癡、慢所惱亂，知情意一切都不能得其正，決不能漠視。所以，佛法的修持，不是不受用——見聞等——外界，也不是自毀根身，是反省自心的缺陷而對治他、淨化他，根本在深見緣起本相，以智化情而融治他。佛法確信眾生“生得善惡”而可善可惡，所以止惡行善，圓滿善行到成佛，都需要我們自己的精進不已!