7月22日，第二次審訊結束的當晚，駐滬領事團舉行會議，上海道台袁樹勳應邀參加。袁樹勳在會上要求廢除租界會審及租界定罪協議，要求租界當局將“《蘇報》案”罪犯引渡給清政府。領事團對袁樹勳的建議無法同答。各國領事迅即將此事向駐北京的各國公使作了匯報，各國公使同樣表示無法決定，表示請各國政府進行研究，再作決定。
公共租界將章太炎、鄒容等嫌犯引渡給中國政府原本並不存在多大障礙，問題主要出在此時在北京發生的沈蔓案上。沈蒽是敢於說真話的職業記者，當他通過特殊渠道獲得中俄有關東三省移交問題的密約後，認為這個條約喪權辱國，於中國不利，遂將這個條約交給《新聞報》發表，世界輿論一片嘩然，中俄交涉中止，清政府下令將沈蒽逮捕，並於7月31日殘忍地將沈蒽杖斃於刑部。
沈蒽事件引發西方社會的普遍關注和憂慮，認為清政府對言論自由的控製太不人道、太過分，各國公使和各國政府此時如果貿然將章太炎、鄒容等人移交、引渡給中國政府，或者中國政府將這幾個人同樣處置，那麽一定會在西方社會引起巨大的震**。章太炎、鄒容得知沈蒽被殺的消息後，也非常焦慮，感到自己也有可能被清政府殘殺。章太炎在《獄中聞沈禹希見殺》中寫道：
不見沈生久，江湖知隱淪。
蕭蕭悲壯士，今在易京門。
魅彪羞爭焰，文章總斷魂。
中陰當我待，南北幾新墳。
鄒容也在和詩中寫道：
中原久陸沉，英雄出隱淪。
舉世呼不應，抉眼懸京門。
一瞑負多疚，長歌召國魂。
頭顱當自撫，認為墨新墳。
然而，沈總之死在某種意義上幫助了章太炎和鄒容，經過一段時間的猶豫徘徊，各國政府為了減少來自社會的壓力，不願將章太炎、鄒容等人引渡給中國政府，“《蘇報》案”審理重回原來軌道。
12月3日，第三次審訊重新開始。這次審理，前後用了4天時間。地點仍然在會審公廨，隻是由於此案比較特殊，會審公廨又專門設立了一個“額外公堂”，組成人員有會審公廨讞員鄧鳴謙、英國副領事翟理斯、上海縣知縣汪瑤庭。汪瑤庭的身份是南洋大臣特派代表。
第一天上午十點一刻，審訊正式開始。像往常一樣，犯人乘密封的馬車由全副武裝的巡捕押解到庭。由於天氣寒冷，旁聽的人並不多，隻有幾位女士。
原告律師古柏首先代表清政府提出控告，強調證實被關押者有罪，會審公廨有義務適用中國法律和慣例，因為犯罪者都是中國公民，犯罪行為發生在中國領土上，觸犯的是中國政府，他們應受到中國法律製裁，這在以往的中外條約中寫得很清楚。
在作了幾點評論及處理同案中陳仲彝、錢寶仁和程吉甫等人釋放事宜後，原被告雙方律師的控辯集中在章太炎和鄒容身上。原告律師古柏認為，章太炎和鄒容被指控的罪名在英國被稱為煽動性的誹謗罪。中國法律也像其他國家法律一樣，有叛國、煽動暴亂、造反等反政府罪名。最嚴重的是公開造反，依據中國法律這種罪應給予最嚴厲的懲罰，所有國家都認為這是最嚴重的罪行。
在指控章太炎的罪行及提出證據後，原告律師轉向鄒容。認為鄒容的《革命軍》比章太炎的《駁康有為論革命書》更進一步，因為鄒容在這本書裏觸犯了謀殺和屠殺罪。《革命軍》中有“誅絕五百萬有奇披毛戴角之滿洲種”，王朝將被推翻，餘下的滿洲人將被滅絕。接下來，鄒容還在這本書中告訴人們這個誅殺滿洲人的方案是多麽容易實行，“使這滿人而多數也，則僅五百萬人，尚不及一州縣之眾”。鄒容在書中說親王大臣目不識丁，將軍隻知唱京調二黃。古柏認為，鄒容《革命軍》的這些宣傳是世界上最危險的宣傳，無政府狀態會因此在全國蔓延。這不是改革，這是屠殺。書中的語言是如此瘋狂，人們會認為作者鄒容是個瘋子。雖然作者自己可能不是一名英雄，也不是革命領袖，沒有人能說出這種文風從何而來；如果允許這樣的東西傳播，很容易產生無休止的混亂，還有遍布全國各地的起義。古柏說，我想，鄒容自告奮勇地承擔全部責任，他沒有把自己隱藏在不知名的印刷者和出版者的背後。雖然鄒容的作品催生怒火和屠殺，但該被告的狀況應給予考慮，可能的話應寬容。鄒容已經承認出版與他有關，法庭可以考慮應給他什麽樣的處罰足以威懾他，以防止他以後再做類似的事情。
很顯然，原告律師貌似建議從輕發落鄒容，但討論的前提是鄒容已經認罪，這實際上還是一個有罪指控。但是公共租界的代表即觀審和被告律師顯然不希望判決鄒容有罪，於是根本不願意承認鄒容在先前的聞訊中曾承認自己有罪。原告律師、觀審及被告律師為此進行了很長時間的爭論。這種辯論方式完全是英國式的，原告律師刻意強調《革命軍》上沒有印刷者、出版者的名字，認為責任就在鄒容，而鄒容也已經承認了。但被告律師及英國領事的代表不這樣認為，他們就是要為章太炎、鄒容等進行無罪辯護，因為他們相信言論出版自由是人不可剝奪的權利。
第一天的庭審就這樣結束了，控辯雙方主要圍繞著是否惡意寫作，以及與印刷、出版有多大的關聯進行。
在第二天（12月4日）的審訊中，控辯雙方先是用了整個上午和下午大部分時間對章太炎進行詢問，最後留出一段時間詢問鄒容。詢問先由被告律師開始，內容有鄒容的姓名、籍貫、家庭狀況、經濟來源、教育經曆、閱讀經曆等，被告律師瓊司與鄒容的對答顯然是經過仔細的斟酌，完全向著無罪的方向發展：
寫《革命軍》的時候，你仍在日本學習嗎？——是的。
是你自己出版的嗎？——不是。
它是你的寫作作業的一部分嗎？——是的，不僅我，很多其他同學也同我一樣寫作業。
也寫文章？——是的。
是你自己出版的嗎？——不是。
你要其他人幫助你出版嗎？——沒有。
是你自己寫的還是要其他人代你寫的？——是我自己寫的。
用中文還是日文？——大部分是中文，也有幾處引用日文和英文。
你什麽時候離開日本的？——今年的第三個月。
你那時回上海嗎？——是的。
你回來之後做什麽？——回上海後，寄宿在我的朋友章炳麟那裏，這樣會比住旅館使宜。
在你離開日本之前，看到過你的這本書的印刷本嗎？——沒有。
回上海後你從事什麽職業？——我來上海是想搞到一些錢，然後去美國讀書。還有很多書和行李還留在日本。
你曾經見過印刷的《革命軍》嗎？如果見過，是什麽時候？——大約在今年的第四五個月，我第一次見到印刷的《革命軍》。
在哪裏？——在一個街上賣報的人手裏。
你有沒有買一本？——沒有。我知道那裏麵都是什麽內容，因此沒有買。
講一講你被捕時的情況？——關於“《蘇報》案”，我聽說逮捕令中有的我名字，由於我與《蘇報》無關，所以覺得很奇怪，於是前往巡捕房詢問。當我到了巡捕房時，碰到一名外國巡捕，就詢問他，我是否被通緝，我的名字是否與《蘇報》有關。巡捕問我的名字，我告訴了他。他把逮捕令給我看，我在幾個被通緝的名字當中看到了我的名字，我被指控寫煽動性文章。
你認為你犯罪並試圖逃脫嗎？——沒有。
你是投案自首嗎？——我來巡捕房詢問時被拘留。
你知道你寫的小冊子手稿的情況嗎？——《革命軍》的原稿和我的其他書籍和行李一起放在東京中國學生俱樂部，我得到可以離校一段時間的戌刻後，從日本回上海，這些東西留在那裏。
這些都是被告律師瓊司的提問，這些提問顯然是誘導鄒容向無罪方向辯護，而鄒容的回答也很機智。隻是有幾個問題，可能與實際發生的不太符合。比如他說《革命軍》隻是學生的作業，出版情形也不知道等。如果鄒容的這些回答是真的，那麽怎麽理解章太炎為這本書作序呢？難道是章太炎自願為一本不準備出版的學生作業作序嗎？所以，原告律師古柏接著詢問：
這個小冊子表達了你現在的觀點嗎？———我已經改變了我的觀點，我現在有新的觀點。
你現在不再鼓吹滅滿？——我現在鼓吹社會主義。
你在多長時間以前放棄了你在小冊子中的觀點？——在我寫好小冊子之後，我看了其他書，我認為小冊子中的觀點是不好的，現在有了新的想法。
你為什麽不毀掉小冊子的手稿？——我看待這個小冊子就如同一個父親對待他的孩子一樣，因此我沒有毀掉它。
從手稿到你第一次見到印刷的小冊子有多長時間？——在我回上海兩個月以後。
你的意思是手稿未經同意從你的作業中作的摘要嗎？——原稿仍放在東京的行李中，不可能對它作摘要。
那麽你沒有手稿了嗎？——是的。
你知道它是在上海還是在別的地方被印刷的？——因為不是我自己同意出版的，所以我不知道它是在東京還是在上海被印刷的。
初審時你供認是你出版的，你現在對此否認？——我當時說的是寫作業的完成時間，不是出版。
發現它被印刷的時候，不奇怪嗎？——很奇怪；我打算回東京調查此事。
你有沒有詢問供貨商是在哪裏買的嗎？——沒有，因為我以前的思想已經改變。
你沒有買一本或者詢問哪裏可以買到嗎？——沒有，因為我現在想了解的是社會主義，對以前的思想沒有興趣。
你有沒有想到你的思想的危險性質？——我不認為那是危險的。
你不認為小冊子的宗旨是很危險的嗎？——我從書中得到這些思想；如果我沒有讀那些書，我不會寫這個小冊子。我從我老師那裏獲得這些思想。
你沒有意識到小冊子的宗旨是煽動性的嗎？——如果不給其他人看，不會引起任何麻煩。
難道它即使流動也不危險嗎？——不危險。
你的意思是說像“殺盡滿人”這樣的語言也不危險；我的意思是對於那些你沒有見過的人。——那是指導我們學習經典的日本老師教給我的。
日本的老師交給你的？——我從日本老師那裏聽到，並記錄下來的。
你的日本老師是誰？——他的名字是Meidah。
他對日本皇帝也鼓吹同樣的思想嗎？——那我不知道。其中的一些思想來自英文書。
我明白了，你沒有采取步驟弄清楚它在哪裏印刷的，也沒有阻止其流通嗎？——我沒有深究，我不是巡捕，也不是本地的地方官，沒有權力深究。
與章炳麟的手稿一樣，你的手稿也是未經同意被印刷的？——我不在乎是否是這樣，因為我現在認為我以前的思想是不好的。
你有其他的書出版嗎？——我沒有寫其他書，我準備寫關於社會主義基本原理的書。
你給《蘇報》投稿嗎？——沒有。《蘇報》的觀點與我完全相反。
你想推翻朝廷嗎？——我不想推翻朝廷，我想成為第二個盧梭。
你想致使另一場法國革命發生嗎？——如果盧梭是革命家，怎麽會為他建立紀念碑呢？
難道盧梭的書不是法國革命發生的主要原因之一嗎？——我隻希望學習盧梭做的事情，當我寫作的時候沒有注意我寫的東西會有什麽影響。
那麽你不想在中國導致革命嗎？——不；我的思想是沒有富人和窮人；每個人地位平等。
假如鄒容麵對原告律師的這些提問，即便回答都是真誠的，那麽我們過去所張揚的鄒容思想和形象好像都值得重新討論了。鄒容竭力將我們一向所強調的革命思想向改良思想上拉，不願承認自己的思想具有革命的暴力的傾向，而且刻意強調《革命軍》中的思想主要來源於課堂和書本，更重要的是，我鄒容現在已經不是《革命軍》寫作時的思想了，我現在傾心於社會主義了。
鄒容的回答顯然是出於辯護的需要，因為他的律師為他規劃的就是無罪辯護。所以他的律師瓊司接著問：
你希望看到改革嗎？——不，不是這樣；我在《革命軍》中寫的思想是錯誤的，現在我想提出社會主義。
出版這些書，你收到過報酬嗎？——沒有。
盡管鄒容在回答中承認了《革命軍》中的“思想錯誤”，但辯護律師依然按照無罪辯護的思路進行。這些資料都是王敏“《《蘇報〉案”研究》最先發現整理出來的，對於重構“《蘇報》案”真相具有相當重要的意義。