20世紀20年代是中國政治急劇變化的時期。這個時期的章太炎敏銳觀察中國政治走向，提出自己的政治觀念。有人說，章太炎在這個時期是急劇向後轉、向右轉，如魯迅；也有人認為，章太炎還是有先見之明，比較早地看出了後世中國的許多問題。

1925年11月，奉係將領郭鬆齡灤州倒戈，發表反奉宣言，率7萬大軍攻占山海關，奪取綏中、興城等戰略要地，衝破連山防線，占領錦州。奉係主力不得不退出關內，撤回關外。當時，張作霖的五虎上將之一李景林以直隸省長的身份發布通電，宣布為了保境安民，呼籲張作霖下野，實際上是配合郭鬆齡的行動。

張作霖的奉係退出關內，使北京的政治局勢發生了變化。段祺瑞的執政府失去了奉係的有力支持，反而陷入馮玉祥的國民軍以及郭鬆齡、李景林的包圍之中，地位不穩，麵臨著多種可能。

北方政局的變化引起章太炎極大關注，段祺瑞地位不穩使章太炎很快想到民國法統，認為此乃天賜良機，是黎元洪重新出山取代段棋瑞、重建民國法統的最佳時機。

章太炎的這個想法並不是孤立的，當時具有這種想法的人相當普遍，他們也都知道章太炎與黎元洪有著不同尋常的關係，所以那些主張擁戴黎元洪再度出山的人士絡繹不絕前往章太炎寓所商談，尋找解決辦法，以正法統。

黎元洪出山或許是解決時局困境的一個選擇，隻是根據各方麵的觀察，思想極端左傾且有蘇俄背景的馮玉祥可能正在設法與郭鬆齡、李景林結盟，如果他們將黎元洪控製在手上，那麽情況可能更糟糕，馮玉祥的勢力必將隨著這一變局向南方蔓延，弄不好長江流域都將因此被“赤化”所並吞，黎元洪反而會成為馮玉祥手中的一個籌碼，甚至加劇全國的“赤化”。有鑒於此，章太炎改變思路，勸說黎元洪拒絕再度出山，靜觀時變，最好的結果是宜分而不宜合，段祺瑞、吳佩孚等人引退，廢置中央，然後南北各方暫時分立。

與章太炎的判斷稍有差別的是，在日本人的支持下，張作霖反擊打敗了郭鬆齡。馮玉祥的國民軍與李景林激戰。章太炎起而支持李景林，討伐馮玉祥，聲稱有與馮玉祥一致者，並在討伐之列。

章太炎之所以對馮玉祥充滿仇恨，主要是因為他認為馮玉祥投靠了俄國人。馮軍的裝備大半來自俄國，而廣東的蔣介石、汪精衛，也與馮玉祥乃至俄國勾勾搭搭，“赤化”已經成為中國的最大危險。按照章太炎的說法，赤化不除，則中土悉歸他人管領，俄國政府必將成為中國政府的太上政府，這與章太炎的民族主義理念相差太遠，他堅定認為，中國主權，重在法統之上；蘇俄侵軼，可能會給中國帶來毀滅性災難。章太炎這些說法究竟有多少真憑實據，可以懷疑，隻是當時的中國，由於共產國際和蘇聯政府的支持，確實處在革命的**期，南方的國民革命運動如火如荼，北方馮玉祥的國民革命也在迅猛開展。

革命形勢高漲引起了章太炎等人的憂慮。經過一段時間的串聯、醞釀，轉至1926年4月7日，章太炎與鄧家彥、徐紹楨、尤烈、魏邦平、馮自由、居正等100多人在上海發起成立“反赤救國大聯合”，章太炎被推舉為成立大會的主席。他們的目標就是要反對蘇俄，反對中國共產黨，反對南方的國民政府和北方的馮玉祥及國民黨。認為自莫斯科第三國際成立以來，過激主義者假借共產革命之名，行對外侵略之策，傾其全力，冀圖一逞。不料既被歐洲拒絕，也不被美洲所容納。蘇俄及共產國際的勢力東西受困，迫使它隻能南下亞洲，轉向中國，並與中國國內的政治野心家串通一氣，煽惑無識之青年，授以利器，濟以金錢，於是將共產主義傳遍中國。

章太炎等人認為，共產國際和蘇俄之所以向中國傳播共產主義，一個重要的原因是蘇俄的共產主義試驗其實已經失敗，蘇俄改用新經濟政策，就是一個明證。為了挽救這個失敗，蘇俄更加積極向外擴張，欲以赤化亡我中國，這可是中國五千年曆史上從未有過的事情。在章太炎等人看來，中國曆史上周邊民族入主中原，無不用我禮樂製度，並最終被中國文明所同化。而此次赤化思潮正相反，不再用我禮樂製度，而是帶來一套過激主義的政治文化體製，並以此替代中國的禮樂製度。這就是過去中國人所說的“亡天下”，這才是章太炎等人的真正憂慮，所以他們以為居今之世，反對赤化，實為救國之要圖。他們除了在上海設立反赤救國大聯合總部，還準備在各省及海外各地創設支部或分部，以反對赤化、保障國權、實行民治為宗旨。

反對赤化，不僅反對了中國共產黨，而且與國民黨主流派及廣東國民政府處於對立狀態，所以當蔣介石發動北伐，章太炎就通電明確表示反對，認為蔣介石與馮玉祥一樣，同為俄屬。蔣介石自奪取廣東政權後，尊事赤俄，奉鮑羅廷為統監，而外以反對帝國主義為口實，致少年軍士受其蠱惑。

章太炎對蔣介石新軍閥的厭惡，除了蔣介石與俄國人打得火熱、為赤俄之順民、奉赤俄之政策外，其實還有一個舊恨就是蔣介石當年刺殺光複會領袖陶成章。新仇舊恨疊加在一起，使章太炎對政治上的暴發戶蔣介石格外惱怒。所以他在通電中重申多年來的一貫看法，依然堅持統一不如分治的觀點，依然建議南北分治，北方仍由奉係為主進行治理，直係南下以保江上，開誠布公，解除宿釁，然後與南方各省共同討伐蔣介石和國民革命軍，保民濟國。

然而，章太炎的期待並沒有成為現實。相反，蔣介石統帥的北伐軍在中國共產黨的幫助下，勢如破竹，如入無人之境，順利攻占武昌三鎮，順流而下，直撲長江中下遊，北方政府內部各係勢力紛爭不已，根本沒有組織像樣的抵抗，蔣介石和他的北伐軍於1927年春天順利攻占上海。

1927年4月12日，蔣介石在上海發動反革命政變，屠殺共產黨人。

北伐軍攻占上海後，國民黨內部發生重大分裂。蔣介石實行反共政策，一定要將共產黨從國民黨內清除出去，於是有“四一二政變”發生。

蔣介石的政變目標是反共、反蘇、反革命，這個政治目標按理說與章太炎過去幾年的鼓吹相一致或大致相同，然而，蔣介石和他的新政府並不這樣認為。國民黨上海市黨部臨時執行委員會毫不客氣下令通緝章太炎，罪名是不倫不類的“著名學閥”。