對蔣介石來說，章太炎屬於“國父”那一輩的長者，所以當蔣介石的南京國民政府成立後，雖然虛張聲勢下令通緝章太炎，下令查抄章太炎家的“逆產”，但畢竟新政權在政治理念上，在反共、反蘇俄等一係列政治問題上有著相當的一致性或相似性，因而新政權並沒有給章太炎帶來更多的麻煩，理由是章太炎畢竟曾與孫中山一起奔走革命，推翻滿清，在中華革命史上擁有相當地位。況且章太炎年齡已經很大了，新政權如果執意和一個革命元老過不去，姿態和心胸還不如袁世凱，那也太說不過去了，所以盡管章太炎大罵蔣介石，但蔣介石不把這些事情看得太重，更不會真的“緝拿”章太炎。

蔣介石新政權沒有過多地找章太炎的麻煩，但章太炎依然對新政權不滿意。他不是對蔣介石反共、剿共、反蘇、鎮壓革命不滿意，而是不滿意蔣介石背叛了自興中會、光複會、同盟會以來的民主共和傳統。所謂以黨治國，其實就是一個充滿暴力充滿邪惡的強勢政權。特別是南京國民政府以青天白日滿地紅的旗幟，取代了民國建立以來一直在使用的五色旗。這在章太炎看來，就是背叛民國。章太炎憤怒地問道，如果連五色旗都能換掉，那麽當年還有什麽必要去反對袁世凱的帝製複辟？袁世凱的帝製複辟，不過是叛國，還沒有多少為非作歹，禍害百姓的事情。現在可是不一樣了，建立在南京的國民黨新軍閥政權簡直就是一個禍害，暴斂害民，邪說亂俗，在某種意義上比袁世凱的帝製複辟還要壞。也正是從這個意義上說，章太炎認為民國已不複存在，所以他章炳麟目前還苟活在這個世界上，不過是“民國遺老”、“民國遺民”或現代社會的“文化逸民”而已。

章太炎自袁世凱之後始終堅信統一不如分治，在南北兩個政權存在的時候，知識界在言論上還有著相當大的自由空間。現在不行了，國民黨的一黨獨裁將言論空間大幅壓縮，任何有害於一黨獨裁的言論都受到不同程度的迫害。章太炎在沉寂了一段時間後，痼疾難改，不批評政治、不議論政治他似乎就覺得自己沒有存在的價值了，所以他在那沉悶的日子裏不僅借為唐繼堯、黎元洪、梁啟超、蔣智由等舊友書寫挽聯、悼詞抒發對現實政治的不滿，對政治倒退的失望，而且瞅準機會利用一切可能的場所，批評國民黨是一黨獨裁，以黨治國。

這當然隻是章太炎的個人感受。其實，從蔣介石和國民黨的立場上看，他們在建立了南京國民政府之後，自認為是按照孫中山的革命理論一步步從軍政往訓政、然後再向憲政邁進或過渡。1928年初，國民黨召開二屆四中全會，確立法治主義的治國原則，宣布將法製建設作為全力以赴的重要任務。隨著全國重建統一，將按照孫中山的規劃，逐步從軍政向訓政過渡，執政黨的一切政治主張務必要成為有條理的法律。及至同年8月國民黨召開二屆五中全會，通過《政治問題決議案》，頒布《訓政綱領》，決定以黨治國，宣布由國民黨全國代表大會代表國民大會領導國民，行使政權；國民黨中央政治會議指導監督國民政府重大國務的實施和執行，逐步引導國民經過若幹年民主政治的訓練，向完全意義上的憲政過渡。

然而對於這個訓政計劃，不同政治派別有不同的看法和評判。章太炎因為是民國元老，可以說是絕對的民主主義者，所以他對這個以黨治國的訓政方案根本不願認同，甚至從根本上認為孫中山的三民主義、三大政策等都不可行。至於蔣介石的新花樣，章太炎認為嚴重背離了民主政治的基本要求，是一種政治上的反動。他在1928年11月21日借一次集會發表演講，公開批評孫中山和蔣介石，批評國民黨二屆五中全會及其通過的《訓政綱領》，認為孫中山的三民主義東抄西襲，初以推倒滿清為民族主義；改專製政體為共和政體曰民權主義；以平均地權為民生主義。到了後來，孫中山的思想又變化，以聯合平等待我之民族，更倡導什麽以黨治國，挑起勞資紛爭，所以孫中山後來的什麽三民主義，其實隻是聯外主義、黨治主義、民不聊生主義。現在中國人痛苦不堪，民不聊生，蔣介石、馮玉祥還不是最大的禍害，真正的禍首在章太炎看來是他的老戰友、也是老對手孫中山。

至於蔣介石和國民黨新政權，章太炎也給予嚴厲批評。認為蔣介石所說的以黨治國，也不是以黨義治國，乃是以黨員治國，以黨員攫取國民政權，而對外仍以中華民國的名義。所以也可以說是一種假冒的中華民國。在章太炎的眼中，民國已死。這就像袁世凱稱號洪憲之後，仍以中華民國年號對外意義相同都是一種假冒。袁世凱個人要做皇帝，現在的蔣介石和國民黨是一個黨要做皇帝。這在章太炎的眼裏，就是叛國，就應該受到國民的討伐。所以他章炳麟也常說“革命尚未成功，國民尚須努力，應共奮起”等，就是要讓國民知道現在的國民黨新政權並不是晚清以來革命者所期望的東西，甚至可以說是對革命先驅的精神背叛。

痛快淋漓的一通發泄雖然逞一時之快，但很快也為自己惹來了大麻煩，國民黨上海市黨部呈請中央通緝“反動分子章炳麟”，國民黨的機關報更是連篇累牘發表文章，大罵章太炎是老而不死的文妖，至今仍敢大放厥詞，妖言惑眾，必須嚴懲。

在章太炎故居內的“一代儒宗”章太炎半身像

國民黨中央當然不敢真的嚴懲章太炎。不過，章太炎在經曆了這次風波後，或許因為各方麵勸說，或許因為與國民黨當權者關係太複雜，總而言之，此次風波之後的章太炎差不多銷聲匿跡，踏踏實實過了幾年近乎隱居的安靜生活，埋首書齋，重操舊業，整理舊著，撰寫新著，每天過得非常充實、非常有趣。短短幾年時間，章太炎在中國古典學術研究上又獲得了很大成績，《春秋左氏疑義答問》、《古文尚書拾遺》、《太史公古文尚書說》、《廣論語駢枝》等相繼問世。用魯迅先生的話說，章太炎遂身衣學術的華袞，猝然成為儒宗，執贄願為弟子者綦眾。