章太炎是一個性情中人，喜怒哀樂掛在臉上，不掩飾、不做作。再好的朋友，說翻臉就翻臉；再壞的敵人，說友好就友好。他原本剛剛與孫中山和南方革命黨人關係緩和下來，卻又因孫中山向左轉而鬧翻；他原本與北方軍閥鬧得很僵，卻說好就好，很快成為軍閥們的座上客。中間幾乎不需要轉換，不需要情緒的醞釀，一切都來得那麽自然、那麽圓潤、那麽天衣無縫。
當北京政變發生，段棋瑞執政府成立後，章太炎對段祺瑞嚴厲譴責，批評段祺瑞是一人獨治，是中國動亂的根源；指責段祺瑞繼承袁世凱等北洋一係陳舊的政治理念，時刻不忘武力統一，不忘武力征伐；勸告段祺瑞如果真有心將中國帶上一條法治民主的軌道，就應該將各省自治權還給各省，將北京政府派駐各省的駐防軍一律撤走，或者劃撥給各省。
章太炎的批評並沒有使段祺瑞憤怒，恰恰相反，段祺瑞發自內心地認為章太炎是個人物，值得尊敬，所以他在上台後根本不介意章太炎的批評，反而真誠聘請章太炎為執政府高等顧問，有意借助於章太炎的政治智慧和政治見解。然而，章太炎太不給段祺瑞麵子了，他竟然將這份聘書原件擲回，聲稱自己隻願以在野立場發表意見，批評政府。
段祺瑞（1865—1936）
在段祺瑞看來，章太炎的表現太可愛了，段祺瑞不但不生氣反而很高興。緊接著，段祺瑞在準備召開解決時局爭端的“善後會議”時，依然鄭重邀請章太炎以社會賢達、社會名流的身份列席會議。然而由於孫中山此時不願附和段祺瑞的善後會議，另提召集國民會議，西南各省重要人物追隨孫中山之後不便參加，因此章太炎即便有心參加也不便參加了。他對段祺瑞的代表曾毓雋表示，段祺瑞的執政府本無法律依據，與西南政府沒有兩樣，西南、北京兩個政府乃敵對的兩個實體，而非主屬或從屬關係，我章炳麟參與西南政府的各項事務已經很久了，即便與西南政府內諸公有爭吵、有分歧，但從做人的層麵說，現在也不宜去西南而就北京。從這段話推敲，章太炎對於段祺瑞的善後會議，似乎有了一點點可以理解的想法了。隻是礙於政治現實而不便進行而已。
當然，章太炎的根本思路並不會跟著段祺瑞轉，他還是希望中國能夠兩分天下或者三分天下，他不太讚成段祺瑞的善後會議，也不認同孫中山的國民會議。他認為，如果公平看待中國政治，應該承認南北兩個政府都有自己的依據和法理，現在執政府如果真心推動中國政治發展，就應該視南北兩政府為平等，即便要開什麽善後會議，也應該選擇兩政府交界的地方比如武昌、嶽州等處，這或許具有一定的可行性。如果以中央的姿態指手畫腳，將會議地點定在北京，是乃屈一就一。縱西南諸省或許有一二卑屈者前往附和，那我章炳麟確實沒有必要去拍這個馬屁。
章太炎對南北兩個政府都多少有點不信任，他的期望還在第三條道路。不過或許是因為軍閥們對章太炎越來越尊重，所以章太炎對他們的看法也在悄悄改變，逐步或不知不覺地成為各路軍事強人的座上客，與陳樹藩、孫傳芳、趙恒惕、蕭耀南乃至吳佩孚等打得火熱，稱兄道弟，互有好感，盡管這些軍事強人不再在政治中心，但章太炎大概確實希望他們能夠為中國走出第三條道路，找出南北兩政府之外的中間路線。
所謂第三條道路或中間路線，其實還是地方自治或聯省自治。所以當湖南省長趙恒惕邀請章太炎前往長沙主持縣長選拔考試時，他欣然應命，風塵仆仆一路奔波，非常樂意為趙恒惕“澄清吏治，昌明內政”，隻是他為這次考試出的兩道論述題稍嫌陳舊，一道是《宰相必起於州部》，另一道是《問區田防旱，自漢至清皆有成效，今尚可行否》。
往返途中，章太炎於1925年9月24日、10月15日兩次在嶽州會見吳佩孚，密談良久，建議吳佩孚先去障礙，後論法律，以為聯省自治足以阻止共產主義在中國的傳播，在聯省自治未成立之前，應以約法、國會為過渡；建議吳佩孚以長江劃界，南北分治，北方仍以段祺瑞為臨時執政，但不要越界幹預南方的自治或聯省自治。
吳佩孚（1874—1939）
吳佩孚是北洋係中知書達理、明白事理的將領，並非一介武夫，他對章太炎的建議言聽計從，有意挽留章太炎在軍中任總參讚，一起為國事盡力。章太炎謝絕了吳佩孚的好意和邀請，表示願意以國民資格讚成義舉，並請吳佩孚在任何時候都要記住這樣兩件事，一是順從民意，處處以國家、民意為重；二是犧牲個人權位。如此而做，你統帥的十四省討賊聯軍就會在反對奉係、討伐奉係的戰爭中無往而不勝。
從此前反對吳佩孚到現在支持吳佩孚，從此前反對段祺瑞到現在默認段祺瑞，從此前一直強調維護民國法統到現在不再刻意強調倒段，默認段祺瑞臨時執政。這一切變化，在章太炎那裏都有理由，都是順理成章。他自以為在與軍閥的交往中如魚得水，他甚至以諸葛孔明再世的感覺指點江山，布局天下，以為南方多年來強調的民國法統早已不被人民所接受，再以法統去推翻段祺瑞的強勢統治也就不算明智或理智，反而可能使奉係假借其名而入主中原，破壞大局，所以他支持吳佩孚聯合各省力量出兵討伐。章太炎充滿自信地認為今天再也不要談論什麽法統、什麽護憲了，各軍事強人如果能夠守住各自地盤，不讓外部勢力侵入，分而治之，或許就是一個最好出路。