孫中山扶病北上，與段祺瑞共商國是，是民國政治的一大轉折，也是對章太炎“統一不如分治”思想的重大打擊，所以章太炎不遺餘力予以反對，什麽“護黨救國”，什麽“辛亥同誌俱樂部”等，都是將目標鎖定在南北議和、走上統一這個大題目上。很顯然，章太炎此時的思想漸漸脫離了社會主流，逐漸被邊緣化，逐漸以一個“民國遺老”或“文化逸民”的身份在發言、在活動，其影響力也就漸漸減弱。