在與北方軍閥周旋的同時，章太炎也與南方政治勢力保持著各種各樣的聯係，並時常因為各種各樣的原因發生衝突。
陳炯明叛變，孫中山被迫回到上海時，章太炎並沒有對孫中山給予適度同情，反而批評孫中山。及至孫嶽代表曹錕前往上海與孫中山和國民黨聯係，更是受到章太炎的怒斥。章太炎不僅大罵孫嶽，順帶連著孫中山一起批評，認為孫中山失意廣東就與北方軍閥勾勾搭搭，甚至想借助北洋勢力弄個總統當當，太不鎮定，有失操守。
其實，章太炎根本不知道孫中山此時的思想變化，不知道孫中山那段時間真正在做的事情是什麽。所以，孫中山的政治追隨者對章太炎的批評嚴加駁斥，認為章太炎的言論不近情理，向壁虛造。孫中山的追隨者認為章太炎對孫中山的攻擊，主要是出於維護黎元洪的需要，擔心孫中山、曹錕、吳佩孚聯手推翻黎元洪。
章太炎的認識當然是不對的。孫中山此時的思想正在發生巨大變化，他在蘇聯代表和中國共產黨人的影響下，開始考慮國共合作，試圖用一種全新的手段推動政治改革。這是章太炎根本不知道、也根本無法理解的。1923年初，中國國民黨在上海召開了大會，大幅度調整內外政策，革命形勢日趨好轉。2月15日，孫中山又返回廣東重建大本營，就任大元帥職務，中國的政治格局隨之發生重大變化。
對於國民黨方麵的這些變化，章太炎好像處於樂觀其成的立場。因為當他得知北京政府有意下令否認孫中山稱大元帥的消息後，迅即致電李根源，認為此事徒挑釁隙，怨歸當局，利歸他人，他請李根源想辦法讓政府打消這個念頭。
章太炎當然不能同意孫中山對地方自治和聯省自治的反對，但在許多大的政治關節上，他們在許多時候也有相同或相近的立場。1923年4月，北方政府準備以和平統一為理由挑撥南方各省關係，使西南各省人人自危。凡此，在使西南各省凜於非內部團結不足以圖存，於是粵、湘、滇、川、黔等省駐滬代表，乃有西南重新團結之動議，章太炎也從中斡旋甚力。協議既成，乃推章太炎起草通電，草成以原電寄示孫中山，一麵由各省代表請示本省當局。後各當局複電均表示讚成，唯孫中山首次複電，尚持猶豫，不知各省當局是否出於真誠。當由各省代表聯名複電給予肯定答複，孫中山乃複電讚成。章太炎與孫中山因反對北洋的共同目標又走到一起了。他們在這份通電中表示，自今以後，我西南各省決以誠相見，共議圖存，棄前事之小嫌，開新元之結合，分災恤患，載之書簡，外間內讒，一切勿受，兵為防守，不為爭權，雖折衝疆場，為義興師，而終不背和平主旨。
西南各省的軍事強人一般地說來都比較尊重章太炎，他們對章太炎的呼籲和建議都比較看重。當這個聯名通電發表後，貴州省長劉顯世就派遣專人持函前往上海謁見章太炎，詢問對於貴州局勢的意見。章太炎對劉顯世的代表詳細分析了北方軍閥密謀擾亂西南大局的情形，建議劉顯世和西南各省無論如何都要捐棄小嫌，以求自衛。
由於章太炎政治態度的變化，孫中山的政治追隨者也重新與章太炎重敘友情，留守在上海的一批國民黨人不時找機會與章太炎相聚，就各種問題交換意見。另一方麵，章太炎也將孫中山和南方革命勢力作為奧援，作為支持黎元洪的力量，所以當黎元洪被曹錕、吳佩孚排斥出京後，章太炎在第一時間就考慮利用他與孫中山及西南軍事、政治強人所建立的關係，為黎元洪呼籲，聯合起來要求國會議員根據大法，力持正義。期待西南軍事強人團結起來，以擁護自治，捍衛西南，內以自固疆圉，外以解決國紛。
在反對北洋軍閥的鬥爭中，章太炎與孫中山結成了比較一致的政治聯盟。到了1924年初，國民黨一大召開後，孫中山接受中國共產黨的主張和建議，重新解釋三民主義，決定改組國民黨，允許共產黨員加入。這在章太炎看來，是不應該有的左傾，於是，章太炎與孫中山之間原本稍微和睦的關係又在發生著微妙的變化。
孫中山思想左傾後，革命事業如虎添翼，蒸蒸日上，籌辦了黃埔軍校，創辦了新型軍隊，一方麵調動這支軍隊平定廣東境內，穩固後方；一方麵誓師北伐，準備以武力征服北方，統一中國；另一方麵加緊與俄國、中國共產黨合作，扶助農工，開展工人運動、農民運動，南方的革命運動引起了舉國震動，一片欣欣向榮的景象。這一係列變化增加了孫中山在中國政治生活中的分量，成為南北政治抗爭中最為重要的政治人物。
此時的北方，政治格局也在急劇變化著。第二次直奉戰爭爆發，吳佩孚的部下馮玉樣被奉係張作霖收買，發動首都革命，大總統曹錕逃往荷蘭大使館，吳佩孚兵敗南下，馮玉祥、段祺瑞、張作霖聯合控製了北京政局。
對於北方政局的變化，章太炎給予著高度關注。但是他認為不論北方由誰執政，在目前的政治條件下，為了中國政治良性發展，為了中國經濟能夠有個很好的發展環境，都不必急於統一。中國還沒有誕生出一個合格的領袖，在這種曆史條件下，則統一不如分治。這就像一個大家庭一樣，兄弟分家過日子，既少了內訌，增加了親情，而且各人的幹勁也比較大，過日子的勁頭也比較足。所以，章太炎此時對於孫中山在南方發動的北伐，對於段祺瑞在北方發動的和平統一攻勢，都保持著警惕，持反對立場。反對段祺瑞利用和平的、武力的任何手段去統一中國，宣布南北分治是中國最好的政治出路。
章太炎的這些想法，並沒有得到政治家們的呼應。段祺瑞在馮玉祥、張作霖的幫助下控製北京政局後，立即發動和平統一的攻勢，邀請孫中山北上共商國是。這當然就是謀求和平統一。
南北分裂自袁世凱死後到這時已有好幾年時間了，重建統一也許是中國的一個選擇。此前各種勢力嚐試過各種方法，都沒有成功，現在段棋瑞有意通過談判獲得和平統一，且有意與孫中山展開正式談判。這對孫中山還是具有相當吸引力的，因為不管怎麽說，孫中山雖然在廣州自稱大元帥，但他心中清楚得很，中國的政治中心在北京，隻有在北京進行革命，才是真正意義上的“中央革命”。所以孫中山對段祺瑞的邀請欣然接受，勸說一些持不同意見者理解他北上談判的意義。
當孫中山扶病北上到上海後，章太炎與國民黨右派在馮自由、居正、田桐、馬君武等人恐恿下，領銜發表《護黨救國宣言》，認為國是不定，由民黨渙散之故，所以猶有餘燼者，則同盟會精神未盡磨滅，陰與維持，而受之者身不自覺。假如同盟會尚在，凡民黨在朝在野，必定不會像現在這樣人心渙散，鬥誌消解，所以他們號召同盟會舊人團結起來，重新集合。他們的政治主張就是與孫中山唱對台戲，就是要反對孫中山在改組國民黨過程中對三民主義的重新解釋，尤其是聯俄、聯共、扶助農工的三大主張。
章太炎等國民黨右派的反對當然沒有阻止孫中山北上的步伐，沒有使孫中山的決定受到太大影響。然而不幸的是，孫中山北上不久就病倒了，段祺瑞、孫中山主導的南北和談及善後又麵臨著巨大變數。
政局變動，特別是孫中山病危的消息毫無疑問引起了章太炎等人的焦慮和震動，他們雖然不滿意孫中山的一些政策，但對孫中山之後的國民黨更不放心。為了應變，為了與“後孫中山時代”的國民黨左派相抗衡，章太炎與唐紹儀、張繼等同盟會舊人合作，於1925年2月發起成立“辛亥革命同誌俱樂部”，以防止孫中山去世後國民黨內的共產、國民兩派同室操戈，影響中國大局。按照章太炎、張繼等人的設想，這個“辛亥革命同誌俱樂部”蓋並光複會、共進會及灤州派與同盟會同冶於一爐，然後不嫌狹隘。至於追隨孫中山正在北方的那些國民黨人是否加入，他們也希望盡量團結，守望相助。
“辛亥革命同誌俱樂部”其實隻是一個鬆散的聯盟，隻是一個談話會、俱樂部，他們不過每星期聚餐一次，吃頓飯，聊耶天，交換一下意見，好像還不能算是一個嚴格意義上的政黨。不過，在唐紹儀、章太炎等人心目中，是準備將這個組織當作政黨進行經營的，唐紹儀甚至建議將這個俱樂部命名為國民黨，後因許多人擔心與已有的孫中山國民黨相混淆，故沒有使用。還有人建議恢複使用同盟會舊名，也因各種原因沒有被采納。後來又將其中的“革命”二字去掉，以“辛亥同誌俱樂部”更方便包容同道者，像北方的張紹曾、馮玉祥等都相繼加入，一時間成為國內相當有影響的政治組織。