聯省自治是章太炎1920年前後那個時期堅定不移的政治目標，他的這個目標就是要將權力重心下移，使省級政權實體化，如果用一個並非完全恰當的比喻，大約有點兒類似於美國的聯邦政治架構，能夠下放到各州的權力一定不要收歸中央，一定要使中央政府虛置、空洞，不再對那些政治強人有吸引力。所以當黎元洪複職後，章太炎沒有前往北京充當大總統的王者師，反而利用與黎元洪的特殊關係，要求黎元洪不要向南方用兵，不要影響南方各省的自治和聯省自治，而且要求北方政府將沿江各省駐防軍主動撤回，聽任南方各省自為自治。批評北方軍事強人吳佩孚雄心未已，總是期待以武力征服南方，統一中國，力勸吳佩孚放棄這種不切實際的幻想，從速戢兵，還給各省人民自由選擇的權力。
吳佩孚在請出黎元洪、辭退徐世昌之後，也期待能夠使中國政治走上一條良性發展的道路，隻是他的這條道路與章太炎的期待不一樣。吳佩孚認為，聯省自治為豪強割據，並非中國發展方向；廢督裁兵確實是應該的，但必須在南北統一之後方可進行。凡此種種，均與章太炎的政治理念直接衝突。
1922年8月1日，直係軍閥控製的舊國會在北京召集會議，宜布中國恢複秩序擬從製憲開始。緊接著，北京國會召集第一次憲法審議會。對於北京政府的政治選擇和製憲活動，章太炎表示反對，他認為如果從民國法統層麵說，北京國會其實是一個不合法的機構，並沒有權力去製定憲法。8月10口，章太炎致電西南六省，要求各省一致否認北方的這個國會，因為倡亂凶人，蟠踞國會，全體徇庇，同入亂流，以六省汗血之勞，為亂黨弄權之地。宜一致將該國會合法性予以否認，使其所製定的法律、從事的選舉歸於無效，以儆奸宄而莫國常。
章太炎當然並不是絕對反對統一，但他主張統一的同時不能無視各地發展的獨特性，應該給各地自治留有充分的權力，力主恢複到辛亥武昌首義之後的全國情形，其實是建議實行聯邦體製。對於中央政府，章太炎力主削弱大總統、總理和國會的權力，力主將能夠放到地方的權力都交給地方。至於中央政府的權力架構，章太炎主張實行委員製，所以在上海參加國是會議、國憲草議委員會等會議時，充分闡釋自己的觀點，並耐心解釋行政委員會的構成、意義及目的。在他的堅持下，上海的八團體國是會議、國憲草議委員會經過10多次討論，終於形成了兩份憲法草案，一份被稱為“甲種方案”，仍保持大總統及國務院體製，另一份被稱為“乙種方案”的憲法草案則采納了章太炎的建議，改用行政委員製。章太炎還在那段時間通過各種方式表達一定要在這份憲法草案中為地方自治預留空間、一定要充分容納聯省自治的精神；如果國會通過的憲法與聯省自治精神相違背，則無論所定憲法如何，決不承認的態度。
當章太炎和一批憲法信仰者正在熱情討論憲政相關問題時，中國的政治局勢正在發生著急劇變動。在南方，因“陳炯明叛變”而下野的孫中山於8月14日由香港抵達上海，黎元洪先後兩次派人到上海迎候並請孫中山北上。第二天，孫中山發表了一份宣言，自述護法經過及陳炯明叛變始末，表示今後將繼續奮鬥。在談及統一問題時，孫中山強調，當以合法國會自由集會，行使職權為達到目的。如此，則非常之局，自當收束。繼此以往，當為民國謀長治久安之道。一時間孫中山成為各種政治勢力竭力爭取的對象。不僅黎元洪希望孫中山到北京合作共事，北方政府的曹錕更是派遣其旅長孫嶽以到上海看病的名義與孫中山接觸，大意是希望拉孫中山站到北方政府一邊來，擬讓孫中山當大總統，曹錕為副總統，大總統出洋曆聘，副總統代之。而以孫洪伊為國務總理，閣員名單，則以孫中山、孫洪伊“二孫”黨人分配。
曹錕（1862—1938）
這些消息究竟是真是假，其實誰也說不清楚。隻是根據章太炎的記述，孫嶽到了上海之後確實受到孫中山一係國民黨人的歡迎，上海國民黨人日與宴遊，其平日感慨之氣，莫不化為和平，摧剛為柔，絕非偶然，這不能不引起章太炎的警覺。章太炎是黎元洪的鐵杆，他當然不希望孫嶽代表曹錕的政治活動影響黎元洪的地位。
章太炎的猜測應該有點根據，而其態度也是毫不含糊地向外界表露。或許是要堵住章太炎的嘴，或許事情的真相並不像章太炎猜想的那樣，孫嶽在友人趙鐵樵的邀請下，於8月21日專程前往章太炎的寓所拜訪。不料章太炎根本不給麵子，見麵就破口大罵，怒斥孫嶽為蔣幹，為宣撫使，揮之使出，根本不願談話。章太炎的意思，大約就是不希望看到孫中山與曹錕合作，然後欺負了黎元洪。
對於章太炎的怒氣、謾罵，孫嶽並不畏懼，他在章太炎向報界透露此事的第二天，就在《申報》發布了一個宣言，反唇譏斥章太炎不過是“北京某當局”豢養的小醜，章太炎之所以那樣敏感，主要還是擔心孫嶽在上海的活動會對“某當局”之地位有所不利，章太炎的過度反應，不過就是要博豢養者的歡心，借可少獲芻秣。而這個“北京某當局”，顯然是指黎元洪。再聯想到那幾天黎元洪發布大總統令，授給章太炎勳一位。孫嶽的宣言猶如一石激起千層浪，在南方輿論界引起了一片混亂。
孫嶽的這些說法當然有道理，不過章太炎也並不像孫嶽所說的那樣齷濁不堪。對於孫嶽的譏諷，章太炎坦然相對。他在稍後接受記者訪問時，再度詳談了授勳的來龍去脈。他不僅否認孫嶽的無端指責，而且說自己之所以被授勳，主要還是北京政府實權人物吳佩孚的主動，含有交換的意味，因為吳佩孚反對聯省自治，而我章炳麟力主聯省自治，所以吳佩孚像袁世凱當年一樣為了羈縻而授勳。很顯然，章太炎的解釋並不具有足夠的說服力，因為當時主張聯省自治的很多，各黨各派都有，為什麽隻表彰你章太炎一人呢？
章太炎的解釋不可信，但章太炎對黎元洪地位的擔心，對吳佩孚、曹錕等人的政治野心的預言還是有遠見的。隻是他預見曹錕將與孫中山合作沒有實現，而之所以沒有實現，其實是別有原因的，因為孫中山此時已開始與蘇俄接觸，走上了另外一條道路。
翌年（1923年）6月6日，張紹曾受曹錕指使，為倒黎，而率內閣辭職，理由是黎元洪拒絕為內閣人事任命案用印，破壞了內閣權限。第二天（7日），陸軍檢閱使馮玉祥、京畿衛戍司令王懷慶、步軍統領聶憲藩以及警察總監等率所部軍警官佐500多人在北京鬧事，理由是內閣無人，軍餉無著落。8口，曹錕收買流氓乞丐組成“公民團”遊行示威，並包圍黎元洪住宅。9口，首都警察全體罷崗，以索餉逼迫黎元洪辭職。12日，馮玉祥等向黎元洪辭職，表示不再負責首都的治安保衛。
黎元洪當然知道這場風波的背後原因，但依然進行最後一搏。6月7日，黎元洪發布通電說明府院衝突的真相，並派員前往天津敦請張紹曾複職。張紹曾當然不會輕易答應複職。不得已，黎元洪轉請顧維鈞、顏惠慶組閣，也均失敗。6月10日，被軍警官佐、“公民團”團團包圍的黎元洪終於放棄抵抗，以可憐的口吻向曹錕、吳佩孚急電求救，強調我黎元洪依法而來，今天可依法而去，60歲老人，生死不計，尚何留戀？隻是軍警等如此行為，是否必陷我黎元洪於違法之地？請曹錕、吳佩孚就此給個說明。
曹錕、吳佩孚要的就是這個結果，他們當然不會給黎元洪什麽說明。而在南方的章太炎卻對北京局勢格外關注，6月11日，他通過總統府秘書長轉告黎元洪，建議任命李根源署國務總理、金永炎代理陸軍總長以收拾殘局。
黎元洪接受了章太炎的建議，請國會任命李根源和金永炎。但是他個人實在無法承受軍警官佐及流氓的騷擾，於13日被迫離京，並被迫簽發了一份辭職通電，交出了總統印信。
對於北京政治的混亂，章太炎給予嚴厲譴責，當然也繼續為黎元洪、李根源出謀劃策，爭取翻盤。6月17日，章太炎致信李根源，建議此時務必要與段祺瑞等實力派切實攜手，對於北京現存國會必須宣布為非法，不得製憲，不得選舉，以維護民國法統正當性。同一天，章太炎還致信黎元洪，提出兩條辦法，一是當與段祺瑞切實攜手，外借奉天張作霖之力，遠借西南之聲，持之數旬，必當有濟。國會既不能開於租界，應籌一巨款，花錢將這些國會議員送到上海來，大約以300人為數，一人1000元，不過30萬。如此國會雖不在天津，而京城必不足三分之二。二是如謂必不成者，亦當以複仇為念，段、張等任其自行其是，而餞送國會議員來上海仍須切實進行。章太炎認為，當下最大目標應是集中精力反對曹錕，無論如何不能讓其當上總統，所以必須保證國會不被直係控製和操縱，應該想法將議員送到南方。他還反複勸說黎元洪離開天津南下，到上海重組新政府，以與曹錕、吳佩孚抗衡。
黎元洪對於章太炎的許多建議都言聽計從。6月19日致函國會，聲明其職權並未經過國會正確之解免，無論以何種途徑選舉繼任，概為非法。然而對於南下重組政府，或者前往東北依附張作霖重組政府的建議，黎元洪始終沒有正麵回應。時間就這樣一天一天過去了，眼看著直係官僚動用各種手段為曹錕當選大總統進行著活動。
困守北方大概確實沒有出路了，黎元洪於1923年9月9日攜李根源自天津南下上海，與章太炎、唐紹儀、李烈鉤、岑春煊等取得聯係，希望動用各方麵力量阻止曹錕當選。章太炎一再發表文章揭露曹錕在曆史上的罪惡，動用各種關係阻止在北京的國會議員被曹錕收買，然而這一切根本無法奏效，直係軍閥還是很輕鬆地用銀子將那些議員搞定。10月5日，吳景濂包辦的國會選舉將曹錕選為大總統，隻是這場猶如鬧劇的選舉被視為賄選。
曹錕賄選成功的消息傳到上海後，章太炎怒不可遏。他向報界發表談話，聲討曹錕，認為如此身觸刑典，罪跡昭著之人，無論如何不能為我中華民國大總統。
北京方麵的所作所為已經令人徹底失望，章太炎轉而期待西南各省以護法戡亂相團結，或許應該在西南再設軍政府，或各省攻守同盟，不再承認北京政府的正當性、合法性。