親臨鼓勵和指導湖南自治運動，是章太炎長沙之行的主要目的，但正當他在長沙時，國內形勢卻發生了重大變化。10月24日，廣東軍政府總裁岑春煊、陸榮廷、林葆悸、溫宗堯等明電宣布撤銷軍政府，解除職務，並希望召集國會，速謀統一。27日，桂係軍隊撤離廣州。
在得知廣州軍政府撤銷的消息後，章太炎認為應該盡快促動各省相繼獨立，恢複武昌起義後十四省各自獨立的形態，這樣自然有助於各省自治。反之，西南各省不能走向自治或聯省自治的道路，則勢必逐步被北京政府所蠶食。在軍政府的命令下，西南各省相繼宣布取消自主，轟動一時的自治運動可能由此走向終結。如何穩住湖南乃至整個西南地區的自主自治形勢，已成為章太炎最為關切的問題。他在分析了各方麵情報後認為，四川取消自主的通電並沒有軍事強人熊克武的簽名，這就意味著熊克武要麽不知道聯省自治這回事，要麽就是熊克武反對取消四川自主。
基於這種判斷，章太炎一麵與張繼聯名致電熊克武，勸其不要聽命於南方軍政府取消自主，應該與湖南方麵互為唇齒，實行聯省自治；另一方麵勸說譚延閭以聯省自治的主張通電四川全體軍官，讓他們知道隻有實行聯省自治，才是解決時局危機的最好辦法。
事情的結局確如章太炎所分析的那樣，四川人對於聯省自治的事情確實是聞所未聞。他們看到譚延閣等人的通電後，如大夢初醒，很快意識到如果實行聯省自治，就可以不受南北政府的支配，西南大局肯定就不一樣了，肯定更加穩固了。
在設法穩定四川的同時，章太炎還將精力轉向廣東。29日，陳炯明率粵軍進人廣州，章太炎就在那一天給陳炯明發去一份通電，希望陳炯明順應潮流，聯合西南六省力圖自治，以觀北方之變。表示軍政府本是贅疣，既然已被裁撤，就沒有必要再設了。這種軍政府對於各省並沒有什麽幫助，強者得之則為侵略之利器，弱者得之則為乞降議和之機關，對外無法主持對北方的作戰，對內無助於境內各省自治發展。所以章太炎竭力反對重建軍政府，力主實行聯省自治，恢複辛亥倡義原狀。
章太炎的通電與廣東省內正在興起的自治思潮遙相呼應，對陳炯明產生了相當的影響。11月初，陳炯明以廣東省民選省長的身份鄭重發表聲明，宜布廣東省將堅持走地方主義的路線，今日以後，廣東省廣東人民共有之，廣東人民共治之，廣東人民共享之。
統一的中國對於中國人來說，具有重要的象征意義，即使是在中央集權過於強大、地方勢力受到極度摧殘的情況下，對於絕大多數中國人來說，他們所考慮的依然隻是怎樣才能建立一個合理的分權模式，而很少思考怎樣將中國分裂為若幹個具有獨立主權的國家。因此，在各省自治運動開始之初，人們的關注點就不僅僅在於自治上，而是充分考慮到了國家的整體利益和中央與地方的相互關係問題。對於陳炯明力主的廣東自治，湖南方麵的譚延閱等人當然樂觀其成，但湖南畢竟隻是中國的一部分，湖南的驅張運動在很大程度上獲得過南方軍政府的支持，其自治運動雖然期待包括廣東在內的各省共同合作，共襄盛舉，但湖南方麵畢竟要憑借南方軍政府撐腰以與北方政府周旋，所以湖南盡管讚成廣東自治，但他們對南方軍政府被莫名其妙地取消，無論如何也是難以接受的。11月2日，湘督譚延閭通電聲稱，軍政府為西南集合體，不承認取消，並宣稱湖南省實行自治，並不是終極目的，湖南自治運動的基本目標是“樹聯省自治之基”，所以湖南不願接受任何一方之幹涉。
地方自治究竟與中央是一種什麽樣的關係，這不僅是譚延閭的困惑，也是那時中國人的普遍困惑。為了緩解這些困惑，章太炎向各方麵充分解釋他的想法，認為聯省自治並不是不要中央政府，隻是中央政府與地方政府應該有一個明晰的權力分際，有一些歸中央管，有一些歸地方管，各管各的，互不幹涉。中央政府就是一個虛設的機構，地方擁有充分的權力，地方的強勢人物不再對中央政府的總統、總理有興趣，中國的政治紛爭必將大幅度減少。這就是章太炎“聯省白治、虛置中央政府”的基本構想。
根據這些構想，章太炎建議，西南各省軍政當局要充分利用南北政府無暇幹預的大好時機，放棄各自先前的隔膜與誤解，集中精力建設家園，共同努力，保境安民，同依聯省自治之名，共解附庸陪藩之誚，不再介入南北兩政府內部無聊紛爭內訌，不再將南北兩政府任何一方當作靠山，獨立自主，從容整治，然後聯結自治、各省結成自治大同盟。在這種新體製下，各省優勢必能充分發揮，鄰省之間必能互通有無，取長補短，和平競爭，各自美好的家園必將在這一代人手中建設起來，中國的政治麵貌必將有一根本改觀。