極度失望的章太炎回到上海並沒有躲在小樓成一統，兩耳不聞窗外事。他的政治熱情沒有絲毫減損，隻是改變了參與現實政治的方式。
章太炎對徐世昌從來就沒有好印象。不過實事求是地說，徐世昌應該算是不錯的大總統之一，文人主政，不濫殺無辜，具有相當的民主意識，這都是20世紀20年代官場中最難能可貴的品質。
在政治理念上，徐世昌與其前任有很大變化。因為在他就任大總統不久，第一次世界大戰結束，中國在最後時刻參加了這場戰爭，而且成為戰勝國之一，這在客觀上要求南北停戰，要求南北雙方就怎樣參加巴黎議和，怎樣處理戰後問題達成一致，所以徐世昌竭力倡導與南方護法軍政府議和談判，最好能結束戰爭，重建統一。為此，徐世昌派遣參議院副議長朱啟鈐為北方總代表。
徐世昌（1855—1939）
南方護法軍政府改組後，孫中山黯然退出，岑春煊、唐紹儀等成為軍政府的主導力量。岑春煊與徐世昌均為前清時代督撫同僚，交往已久。至於唐紹儀，更與袁世凱等關係密切。所以南方護法軍政府對徐世昌的倡議積極回應，委派唐紹儀為南方總代表。
南北和談應該是當時的正確選擇，但章太炎卻不這樣認為。他先是看不上徐世昌的人格，繼則連岑春煊、唐紹儀、朱啟鈐等都被他狠狠貶損一通。章太炎不僅認為徐世昌是前清餘孽、袁世凱帝製複辟的重要幫凶，而且是黎元洪、段祺瑞府院之爭中的重要人物，如果不是徐世昌居間挑撥，章太炎認為府院之爭不會如此嚴重，黎元洪也就不至於平白無故丟掉了總統位子。
至於北方總代表朱啟鈐，確實如章太炎所指責的那樣，是袁世凱帝製複辟中的關鍵人物，且在後來受到通緝，所以章太炎指責他是“帝製犯人”，由他代表北方進行談判，南方如何能信？
對於南北和談，章太炎堅決反對，他勸告南方政府不要被這些和平的呼籲所迷惑。他認為岑春煊之所以如此積極推動南北和談，其目的就是想當統一後的副總統。至於那個唐紹儀，如此熱情參與南北和談，其目標就是副總理。章太炎的這些論斷不足以服人，但其目標就是要阻止南北和談，阻止南北統一。他認為，南方政府雖然麵臨許多困難，但也不應該如此草率與北方合並，南方應該盡快選舉自己的總統，以絕北人之望。這樣，即便南北和談，南北合並，也應該以南方為主體，以北方為附庸，民國法統由此方能得以傳承。
章太炎的反對並沒有阻止住南北和談的進行。1919年2月20日，南北和談在上海正式開始。至此，章太炎依然不願就此妥協，他邀集一批同誌成立了一個“護法後援會”，專門揭露南北和談中的陰謀，始終堅持反對和談的立場。對於唐紹儀在談判中格外強調裁兵、理財等具體事項，而根本不涉及護法、法統等傾向，章太炎非常憤怒，多次致信唐紹儀表示不滿和抗議。章太炎的意思，就是不能承認北京政府的正統地位，不能承認北方代表民國法統，這是一個原則，絕對不能讓步。然而，章太炎的這個認識並不被唐紹儀和南方領導人所理解和看重，因為現在的南方領導人如岑春煊、唐紹儀等，他們與章太炎、孫中山等人不一樣，他們都是前清舊臣，並不是革命領袖，所以不可能像章太炎那樣看重民國法統。
對於唐紹儀的談判，章太炎非常不滿。他認為，徐世昌的和平統一、南北議和，其實要的就是民國法統，就是要南方承認他們政治統治的合法性、正當性。如果南方領導人不明此理這樣做了，那就等於自我瓦解，徹底失去了與北方抗衡的籌碼和力量。
在英、美戰勝國的壓力下，南北和談應該說還是取得了相當多的共識，中國似乎也有可能由此走上和平統一。然而由於此時北方政府中的段祺瑞依然以“參戰督辦”的身份統帥“參戰軍”，繼續支用由日本提供的“參戰借款”，甚至唆使親信進攻陝西護法軍，這一切給南北和談的順利進行設置了重重障礙。
5月10日，唐紹儀在會談中提出一攬子解決方案，共八條，建議恢複舊國會，由和會組織政務會議，監督議和條件的履行，同意內閣之組織，裁廢參戰軍、國防軍，撤換那些不合格的督軍省長，不承認巴黎和會所定山東問題解決辦法，宜布中日之間一切秘密條約無效，並嚴懲相關人，承認徐世昌為領事總統，至國會選舉正式總統為止。
對於南方代表的一攬子解決方案，北京政府不願接受，特別是不能接受以取消新國會作為承認徐世昌為總統的條件。5月13日，南方議和代表全體辭職；第二天，北方代表亦請辭。南北和談終告破裂。
南北和談的破裂，當然不是章太炎反對的結果，而是國內外政治環境的變化決定著這個談判不可能成功。在南方，握有兵權的桂係、粵係為爭奪地盤打得不可開交；在北方，皖係、直係也在進行著混戰，直係後來在奉係幫助下，戰勝皖係，段祺瑞下野，直係入主北京政府。
當南北混戰得不可開交之際，章太炎正在生病，病弱的身體拖累著他沒有精力去參與介人南北的軍事混戰中，不過他的政治熱情並沒有因為生病而減弱，生病反而使他有了思考的時間。他開始意識到，無論是南北之間的紛爭，還是南北各自內部的紛爭，其實都是因為權利與地位，都是因為中國的政治架構存在著明顯的問題。章太炎指出，民國成立以來，九年三亂。最近又有一些軍事強人借名護法，圖謀割據。對於這些混亂，如果從理論上予以闡釋，顯然是因為民國以來的政治製度設計存在問題，而這些問題簡單地說，就是中央政府地位太高，權力太大，致使總統、總理兩個職務成為許多政治強人、軍事強人勢必爭奪的目標。因此，要想平息這些混亂，不是強者吃掉弱者，也不是弱者合起來與強者作對，而是要從政治權力架構上想辦法做文章，要讓中央政府的權力大幅度減弱，使政治強人、軍事強人不再以奪取中央政權為人生目標。
那麽怎樣才能減弱中央政權對政治人物的吸引力呢？章太炎根據中國曆史上的經驗，根據近代以來地方自治的經驗，根據各地政治強人正在進行的自治嚐試，建議聯省自治，虛置中央政府，中央政府隻具有授予軍官勳章的權力。其餘一切，中央政府都不得擅自進行擅自擁有。軍事權力則分給各省督軍，中央政府不得有一兵一騎。外交條約則由各該省督軍省長副署，然後有效。幣製銀行，則由各省委托中央而監督造幣，成色審核、銀行發券之權，仍在各省。如是，中央政府雖存，等於虛化，相信各省政治強人、軍事強人不會有誰還對這樣的位子看得那麽重，還會放棄各省實際權力爭奪這樣的空位子。各省自治後，聯省各派參事一人，負責監察，而國會亦可不設，則所有內亂或許由此而徹底終結。
章太炎發現的問題是真實的，解決問題的思路或許也是對的。從人性的弱點說，這也許能夠化解政治強人對權力的貪婪與無厭。隻是在實踐中會是怎麽樣呢？好像誰也不清楚。