章太炎是絕對支持黎元洪的，但對黎元洪的一些做法有時也不是全部認同。黎元洪拉攏李經羲、徐世昌等人，章太炎就非常反感和反對，他也找準一切機會提醒黎元洪，甚至直接出麵大罵李經羲本為民國叛逆，不宜出任民國總理；對於徐世昌，章太炎同樣給予不客氣的譏諷，嘲笑徐世昌本是袁世凱的老相國，怎麽突然間又對民國總理有了興致？他告誡黎元洪不要心存幻想、心存僥幸，與狐謀皮，很可能就被這些老狐狸給賣掉了。
1917年6月，張勳複辟。
黎元洪雖然對章太炎相當尊重，但他也有自己的考慮，不可能對章太炎言聽計從，結果引狼入室，被張勳趕下台，甚至演變成帝製複辟，民國法統一夜之間給弄丟了。
對於北京政局演變，章太炎始終高度關注。張勳複辟的第三天即黎元洪離職第二天（7月3日），章太炎就與孫中山、唐紹儀、程璧光、陳友仁等海陸軍官會商，決定出師討逆，重建共和，重建民國，一定要將這場民主與專製、共和與帝製的鬥爭進行到底。商量的結果，他們在章太炎的建議下，一方麵想方設法準備將躲在日本使館的國家元首黎元洪營救出來，並將他迎接到南方重組政府；另一方麵他們決定與西南各省實力派火速協商，建設臨時政府，公推臨時總統，以圖恢複。
根據協商，章太炎和孫中山、朱執信、廖仲愷、何香凝、陳炯明等人於7月6日乘坐軍艦離開上海，他們準備在廣東建立臨時政府，根除元凶，恢複約法。10日，章太炎、孫中山一行抵達汕頭。為了能夠在廣東順利建立臨時政府，章太炎率領陳炯明、朱執信等人沒有在汕頭逗留，當天趕往廣州，與廣東督軍陳炳焜、省長朱慶瀾協商相關事宜，要求他們拒絕承認北方政治局麵的變化，不要承認段祺瑞複職，不要承認馮國璋的代理大總統，不要承認國會解散和內閣重組，堅定支持孫中山和臨時政府恢複民國、重建共和。
其實，北方政局在這幾天發生了翻天覆地的變化，章太炎和孫中山重建共和、重建民國的任務實際上已經被段祺瑞完成，隻是章太炎、孫中山不願承認段祺瑞，所以他們不僅要繼續痛罵張勳，更是不遺餘力痛罵段祺瑞，甚至將段祺瑞重建的民國政府作為一個非法政府去看待，作為他們成立臨時政府的法理依據。章太炎、孫中山一致認為，段祺瑞、馮國璋無非是假借反對張勳帝製複辟、擁護共和的名義以圖自固，他們在北方重建的政府並不具有民國法統，而是一種偽共和，所以今日救亡之策，即在護法。護法即先討逆，亂法者必誅，違法者必逐，然後真正共和國家始能建立。在章太炎、孫中山看來，段祺瑞、馮國璋與張勳是一丘之貉，而且張勳隻是一逆，而馮國璋、段棋瑞則是眾逆。一張勳敗則眾張勳起，這些眾張勳就是群逆，就是民國的敵人、共和國的敵人。這就是章太炎、孫中山執意要在廣東建立臨時政府的理由和依據。
孫中山、章太炎有極大的號召力，在他們的號召下，海軍艦隊在總司令程璧光率領下陸續集結廣州，一些國會議員也先後抵達。8月18日，孫中山召集國會議員談話，決定盡快召集國會非常會議，起草軍政府組織大綱。25日，國會非常會議在番禺舉行，150多名國會議員出席了會議。31日，國會非常會議通過《軍政府組織大綱》；第二天，國會非常會議選舉孫中山為陸海軍大元帥；又過了一天，選舉唐繼堯、陸榮廷為陸軍元帥。9月11日，孫中山發布命令，正式組建軍政府各部門，任命各部門首長，章太炎被特任為大元帥府秘書長。
1917年7月，原海軍總長程壁光脫離段祺瑞政府，率艦隊南下，宣言護法。圖為1917年8月，孫中山在廣州歡迎南下的海軍將士。
軍政府宣布成立後，陸榮廷、唐繼堯拒絕接受陸軍元帥的委任，伍廷芳、唐紹儀、程壁光拒絕接受各部總長的任命。剛剛誕生的軍政府幾乎成了孤家寡人，由此也就忙壞了大元帥府秘書長章太炎。
桂係領袖陸榮廷對孫中山的政治主張始終存有異議，認為孫中山到兩廣建立軍政府缺少正當性，雖然在當時政治情形下不便公開宣布拒絕孫中山，但他在實際操作中隻是宣布兩廣自主而不是宣布兩廣獨立。對於北方政局變動，陸榮廷有所接受有所保留，但在總體上他依然認為北方才是真正的合法政府，因而反對成立非常國會，反對成立軍政府，所以他也就不願意接受陸軍元帥的推戴，甚至公開宣布以後廣東無論發生什麽樣的問題，他陸榮廷概不負責。
雲南領袖唐繼堯在當時西南地區勢力最強，控製著雲南和貴州兩省，並能有效地影響四川。但是唐繼堯的政治態度與陸榮廷相像，並不認同孫中山的政治理念和政治主張。他同意幫助孫中山護法，但不願接受陸軍元帥的職務，不願在很深地介人軍政府中的事務。
陸榮廷、唐繼堯的態度是孫中山護法軍政府成功的關鍵，如果不能與他們達成共識，哪怕是不完全的共識，那麽護法運動就隻能是一句空話。為此，章太炎接受孫中山的委派，以大元帥全權代表的身份，與陸榮廷、唐繼堯等人溝通，商榷方略，以利戎機。
章太炎原本期望原廣東督軍龍濟光能夠影響陸榮廷，但他到了香港與龍濟光會麵後發現根本不是那麽回事。龍濟光不僅影響不了陸榮廷，而且龍濟光本人也受著唐繼堯的深刻影響，因此，西南問題的關鍵轉向了唐繼堯，而唐繼堯與章太炎之間由於曆史因緣，也曾有過不一般的關係。所以章太炎從香港取道越南赴昆明，準備在那裏耐心地做做唐繼堯的工作。
唐繼堯對章太炎原本就很尊重，現在章太炎又這樣不辭勞苦親自跑來頒發陸軍元帥證書，這不能不使唐繼堯動了惻隱之心。幾天的傾談之後，唐繼堯接下了證書和印信，但他依然不願為此舉行公開的就職典禮，不願對外使用這個新頭銜，實際上還是要與孫中山的護法軍政府保持距離。
唐繼堯（1884—1927）
章太炎、孫中山想利用唐繼堯手中的權力，而唐繼堯此時也想利用章太炎和孫中山為其擴大地盤服務，他們之間漸漸找到了共同利益。章太炎勸說唐繼堯向四川、兩湖用兵，以取得南北均勢；而唐繼堯對四川覬覦已久，他要想充當名副其實的“西南王”，就必須有效控製四川。於是唐繼堯順水推舟組織滇黔靖國聯軍，並聘任章太炎為聯軍總參議，向四川用兵，並於1917年12月初相繼占領重慶、瀘州。
重慶鎮守使熊克武原本是同盟會出身，他在12月21日發出通電，宣布所部川軍加入護法衛國的川滇黔靖國聯軍，與北京政府馮國璋新近任命的四川督軍劉存厚正麵對峙。翌年初，滇軍從川南向劉存厚部發動猛攻。幾個回合下來，劉存厚部損失慘重，退至陝南漢中，唐繼堯控製四川的目的基本實現，他已無心聽從孫中山的指揮揮師東下，更不願與北京政府繼續正麵對抗。
唐繼堯不願與北京政府繼續正麵對抗，是因為北方的局勢在這一段時間也在發生急劇變化。1918年初，大總統馮國璋因與段祺瑞的皖係衝突加劇，開始倡言南北媾和，不再支持段祺瑞的武力統一。馮國璋的這個建議在西南地區獲得了積極響應，岑春煊、陸榮廷和唐繼堯以為這或許是解決時局危機的一條出路，所以他們於1918年1月15日在廣州成立西南各省護法聯合會議，以擁護約法，保障國會，征討禍首，勘定內亂，以鞏固統一之根基，促進憲法之成立為宗旨，並以為護法各省最高政務執行機關，以此對抗孫中山的軍政府。孫中山、章太炎原本與這些新老軍閥關係，處理得還好，突然在一夜之間這些新老軍閥全都背道而馳了。
岑春煊提出的議和條件是，一、承認馮國璋為大總統；二、國會問題提交給各省省議會去解決；三、以陸榮廷為粵桂湘巡閱使，免去北京政府任命的龍濟光；四、以唐繼堯為川滇黔巡閱使，免去北京政府任命的劉存厚。岑春煊的建議或許也是解決時局危機的一個辦法，但這個辦法毫無疑問損害了孫中山軍政府的利益，軍政府成為南北統一的局外人。所以岑春煊的這個建議遭到了章太炎、孫中山的堅決反對。章太炎在揭露岑春煊的同時，相繼致電伍廷芳、唐紹儀和程璧光等人，勸告他們不要聽信這些軍閥的謊話，不要出任西南各省護法聯合會議的職務，揭露此時以南北媾和為目標，簡直就是一種自殺政策，是一種政治上的不負責任。
章太炎、孫中山等人的堅決反對，終於使西南各省護法聯合會議流產，但是由此卻導致了軍政府內部裂痕日趨嚴重。岑春煊、唐繼堯等人既然不能從外部另行組合與北方對談，那麽他們便從內部策動改組軍政府。5月4日，廣州非常國會通過軍政府組織大綱修正案，將孫中山的大元帥製改為由七人組成的政務總裁製。5月20日，選舉唐紹儀、唐繼堯、孫中山、伍廷芳、林葆懌、陸榮廷、岑春煊七人為軍政府政務總裁，岑春煊兼內政部長，伍廷芳兼外交部長，陸榮廷兼陸軍部長，林葆懌兼海軍部長，孫中山兼司法部長，唐紹儀兼財政部長，唐繼堯兼交通部長，李烈鈞兼參謀部長。軍政府的權力由此落入岑春煊等軍事強人手裏，孫中山遂於第二天（5月21日）黯然離開廣州，返回上海。
當軍政府發生如此巨大變化時，章太炎仍以軍政府秘書長的身份在西南地區苦口婆心勸說那些軍事強人能夠以國家大局為重，放棄“西南部落主義”狹隘意識，分兵東下和北上，隻有用武力才能解決南北紛爭，恢複民國法統，重建民國，而其標誌就是合法總統黎元洪複職。
然而，軍政府內部的權力衝突和惡鬥使章太炎漸漸失望，他覺得西南這些軍事強人與北洋係軍人乃一丘之貉。8月12日，北京新國會開會，代總統馮國璋任期屆滿，通電表示無意競爭選舉。9月4日，新國會選舉徐世昌為中華民國大總統。廣州非常國會雖然通電反對，但根本無法阻止徐世昌就職。
在章太炎看來，徐世昌就職從根本上破壞了民國法統，使合法總統黎元洪複職更加無望，也使他從事的護法運動毫無意義，傷心至極的章太炎在痛罵了徐世昌和南北軍閥之後，於1918年10月11日悶悶不樂返回上海，結束了這場長達兩年之久的護法運動。