俗話說，天無絕人之路。當章太炎陷入深深絕望之中時，袁世凱自作自受，搞帝製、搞複辟，終於天怒人怨，眾叛親離。袁世凱鬱悶至極，急火攻心，於1916年6月6日一命嗚呼。
袁世凱死後，副總統黎元洪順位接任大總統。黎元洪是章太炎心目中的一尊神，是道德完人，是大政治家。而黎元洪對章太炎也充滿感激，畢竟在民國眾多政治家、政客中，隻有章太炎這樣看重他，而章太炎又是那樣有名的國學大師。所以，黎元洪就職後不久，章太炎也就恢複了自由。章太炎立馬從大總統袁世凱的階下因，變成大總統黎元洪的座上客。
6月12日，黎元洪親訪章太炎，問經國大計。章太炎對以開國承業，與民更始，第一以去小人為務，第二宜大開黨禁以廣言路。還泛論國勢人才以及一些具體事項。黎元洪表示獲益良多。
近君子而遠小人，是中國傳統政治的基本原則，也是領導者始終難以做到的事情，所以總是需要諍友不斷提醒。章太炎對袁世凱有許多不滿和意見，其實歸納起來，很多意見都不是對著袁世凱個人，而是袁氏身邊的“佞臣”。他在辭去東三省籌邊使時要求袁世凱除去梁士詒、陳宦、段芝貴和趙秉鈞所謂“四凶”。即便到了“二次革命”爆發，章太炎依然沒有對袁世凱個人多加指責，而是建議南方革命黨人將鬥爭矛頭對準梁士詒、陳宦、段芝貴、王賡、陳漢第、熊希齡和趙秉鈞7人。這也是中國傳統政治的“清君側”，所以當“二次革命”失敗後，章太炎還敢坦然進北京，因為在他思想深處，確實並沒有將袁世凱作為主要的鬥爭對象，盡管他曾不止一次想用黎元洪替代袁世凱。
現在黎元洪執政了。相應的，章太炎也就成為——帝王師了，隻是章太炎出的第一招就不太合乎當時的氛圍，所以這一招實際上沒有被采納。
章太炎建議以去小人為務，其實就是要黎元洪除惡務盡，一定要下力氣鏟除袁世凱帝製複辟中那些積極活動上躥下跳的人，也就是當時輿論所說的“帝製餘孽”。然而，這一建議說起來容易，做起來太難了，牽涉的方麵太廣了，所以黎元洪盡管對章太炎的建議唯唯諾諾，但他心中其實很明白，這個建議在北京要變成事實，實在是不靠譜。
黎元洪的憂慮是對的。他雖然接替袁世凱成了民國大總統，但民國政府的實際權力並不在他的手裏，他的大總統具有法理上的依據，但真正給他的，讓他當的，還是北洋政治強人、國務總理段祺瑞。所以黎元洪就職後，麵對的最大難題，就是總統府和國務院之間的權力分配，於是稍後就有所謂的“府院之爭”，而章太炎不幸又以某種特殊的形態介人其中。
章太炎恢複自由後，歸家心切，婉言謝絕了黎元洪的挽留。7月1日，章太炎回到了離開三年的上海，在那裏他受到了各方麵的熱情歡迎和盛情款待，大家都把他當作反對袁世凱的大英雄。
黎元洪對於自己可能會遇到的困難處境，當然是心知肚明，知道自己不論從政治智慧還是行政能力上，肯定都不是段祺瑞的對手，所以他挽留章太炎，而章太炎畢竟離家三年被囚禁，不可能留在北京。不過，章太炎臨走前還是給黎元洪一個錦囊妙計，告訴黎元洪好好幹不必怕，隻要南方各種各樣的政治勢力、軍事勢力不那麽快地向段祺瑞屈服，隻要這些反段勢力能夠存在，你黎大總統的地位就不會出問題。
也正是基於這樣一種判斷，章太炎到了南方之後是人在江湖心在廟堂，沒有一天不在想著北京政府，想著黎元洪，想著怎樣對付段祺瑞，想著總統府與國務院之間的權力均衡，想著怎樣利用南方勢力牽製段祺瑞，使段祺瑞不敢輕舉妄動。
南方的勢力在當時主要有這樣幾個分支。一支還是以孫中山、黃興等人為主體的革命黨人，他們雖然在“二次革命”後流亡海外，但在袁世凱去世後也就基本上被解除了通緝，相繼返回國內，且有英雄返鄉的感覺，很快成長為一支具有相當規模的政治勢力。另一支就是西南地區的反袁勢力，這就是袁世凱帝製自為後以蔡鍔為領袖的護國軍、護國政府，主要人物還有蔡鍔的老師梁啟超，以及蔡鍔的部將唐繼堯等。他們在宜布討袁護國後，與廣西軍事強人陸榮廷等一起成立“護國軍都司令部”，後來改為“軍務院”，以岑春煊為都司令，唐繼堯為撫軍長，陸榮廷、梁啟超等為撫軍。
在章太炎看來，孫中山、黃興和西南反袁這兩股勢力的存在就是黎元洪統治穩固的基礎和保障，所以他在上海不計前嫌，與孫中山、黃興一笑泯恩仇，在懲治帝製罪魁，維護《約法》，擁護共和，召集國會等問題上與孫中山達成共識。
然而，對於西南方麵，章太炎就沒有那麽多辦法了。當黎元洪繼任後，大局漸趨明朗，原本以反對袁世凱帝製複辟為目的的軍務院漸漸失去了繼續存在法理基礎。7月14日，唐繼堯與梁啟超、陸榮廷等人聯名發表通電，宣布因為約法、國會漸次恢複，決定撤銷護國軍軍務院，國家一切政務，靜聽元首、政府和國會主持。8月1日，參眾兩院議員在北京得以恢複，重新開會。21日，眾議院通過段祺瑞為國務總理的決議；23日，參議院亦通過了這個決議。至此，段祺瑞的北洋係重新控製了中央政權。這在章太炎看來並非一件好事，因為按照他的分析，黎元洪大總統的位子要想坐穩，就必須有南方各種各樣的政治勢力甚至軍事勢力為之策應，假如南北重建統一了，南方的政治勢力、軍事勢力全部消解了，黎元洪的位子肯定也就坐不穩了。
基於這樣的特殊分析，章太炎不顧剛剛回到南方的勞累和新婚小家，風塵仆仆前往廣東肇慶，指責兩廣都司令岑春煊不該貿然解散護國軍軍務院，他的理由是帝製餘孽猶存，而段祺瑞大權獨攬，個人獨裁，大難未已，南方力量不應該如此輕易放棄，自動收束。
岑春煊其實是不想解散護國軍軍務院的，隻是他個人的力量無法抵製護國軍軍務院中的許多人，因為護國軍的成立是基於袁世凱稱帝的事實，現在袁世凱不在了，護國軍和軍務院的存在當然沒有法理上的依據了。岑春煊的司令部參謀李根源和秘書長章士釗都是章太炎的好朋友，他們的解釋言之成理，章太炎即便怎樣堅持，也毫無辦法，無法挽回。失望的章太炎一氣之下跑到南洋遊曆去了，在那裏逗留了兩個月的時間，到處演講，以大革命家、大學者的身份贏得了無數喝彩和掌聲。
一趟南洋旅行歸來，國內政治形勢繼續演化，總統府與國務院之間的矛盾越演越烈，雙方爭執越來越嚴重。段祺瑞把持著實際權力不放，弄得總統府成了一個擺設；黎元洪當然也不會坐以待斃，他想方設法拉攏國會中乃至內閣中的反段勢力，以及北洋係內部的反段勢力，他甚至不管這些勢力的政治傾向，隻要是反段，就可結盟，於是徐世昌、李經羲以及與宗社黨說不清道不明的張勳等，都成了黎元洪的政治盟友。黎元洪的這一係列做法使章太炎很失望，但他也沒有辦法。
章太炎這樣抱怨黎元洪，其實他自己也是這樣做的。“府院之爭”的一個重要內容是中國要不要參加第一次世界大戰，要不要對德宣戰，對德絕交。這原本是一個曆史問題，第一次世界大戰爆發不久就已在中國發生。隻是袁世凱的時代一直找不到解決方案，就這樣一直拖了下來。
從中國的曆史與未來看，參戰無疑是一個正確的選擇。德國占領著山東，中國如果參戰，第一戰無疑就是要把山東從德國人的手裏要回來。假如這件事情在日本人動手之前由中國人做了，哪裏還有後來一係列事情呢？從國家利益考量，中國應該參戰。但從黨派立場，黎元洪又非常擔心中國參戰被段祺瑞利用，擔心段祺瑞會利用參戰進一步擴大自己的勢力，於是黎元洪轉而反對中國參戰，府院之間因參戰問題鬧得不可開交。
或許是因為黎元洪反對參戰，或許是因為章太炎確實認為中國不應該參戰。在當時激烈的參戰還是不參戰的爭論中，章太炎堅定地站在黎元洪的一邊，堅定地認為這場發生在歐洲的戰爭與中國無關，段祺瑞、梁啟超欲借對德絕交以興戰禍，是將以全國軍民之生命財產，供其一人之犧牲。在章太炎看來，中國就是要坦然宣布光榮孤立，局外中立，對於列強爭奪霸權的這場戰爭冷眼旁觀，不要介入。
段祺瑞堅定地認為參戰對中國有利，因而想盡一切辦法也要推動中國參戰。1917年5月，他將十幾個督軍召集到北京，組成一個“督軍團”，以此向黎元洪和國會議員施加壓力。甚至組織“公民團請願團”，上千人包圍國會，要求議員們按照他們的意思通過宣戰案。
“府院之爭”鬧得不可開交。黎元洪找到一個機會就把段祺瑞的國務總理和陸軍總長給免了，從法理上說，這是大總統的權力。隻是段祺瑞無論如何也咽不下這口氣，他跑到天津繼續操控督軍團，威逼黎元洪解散國會並宣布下野。黎元洪為了與段祺瑞對抗到底，任命李經羲為國務總理，並采納李經羲的建議，招張勳進京保護。
黎元洪的做法顯然過了，引來了李經羲，又引來了張勳，殊不知張勳一直有著濃厚的帝製情結，一直在尋找為大清國效力的機會。7月1日，張勳在北京宣布清廢帝宣統溥儀臨朝聽政，收回大權，與民更始。黎元洪引狼入室，咎由自取。第二天黎元洪宣布由馮國璋代理總統職務，重新任命段祺瑞為國務總理，而他本人則匆匆逃到日本使館躲起來了。
中華民國的法統至此差不多全亂了套。