既然決定支持袁世凱，章太炎對袁世凱就顯得格外熱情，他在民國初建的那些日子裏，殫精竭慮為袁世凱出謀劃策，提供了一個又一個建議。
對於章太炎的擁戴和建議，袁世凱感激不盡，投桃報李，袁世凱於4月9日聘請章太炎為總統府高等顧問。此後，章太炎一度堅定地站在大總統袁世凱一邊，成為民初政爭中最拉風的一個重要人物。
章太炎的政治背景是統一黨，他在1912年4月底前往北京也是以統一黨黨魁的身份進行活動。然而，那時統一黨的大本背還在上海，章太炎北上後的實際主持人為張謇。張窘在章太炎離開後，將統一黨和黎元洪的民社、範源濂的國民協進會、陳敬第的民國公會以及國民黨同誌會等拉在一起，重組共和黨。
這五個政黨進行合並的事情，在章太炎北上前就有議論。章太炎的基本意思是不能更改統一黨的名稱，不設理事長，因為除了黎元洪的民社外，其他幾個小黨都不能算是獨立的政黨，與統一黨比起來根本不在一個重量級。
章太炎的告誡並沒有引起張謇的重視，或者說張謇有自己的考慮。在章太炎離開上海後，張睿很快與其他幾個政黨負責人達成合並重組的意向，幾個政黨不論人數多少，各出四人為基本幹事，共同籌組新的政黨共和黨。5月9日，共和黨成立大會在張園舉行，選舉黎元洪為理事長，張睿、章太炎、伍廷芳、那彥圖為理事，林長民、湯化龍等為幹事。
對於張謇的做法和共和黨的成立，身在北京的章太炎堅決反對，強調統一黨總部已移至北京，張謇無權代表統一黨決定，他個人也拒絕擔任共和黨理事。稍後，他又提出一個變通方案，要求共和黨理事長如不能常駐黨部，那麽其餘四名理事中需舉一人常駐，並對黨務負全責。然而這些要求統統被拒絕，這就迫使章太炎在北京發表一個聲明，強調統一黨將不與其他政團合並，宣布他章炳麟是統一黨的黨魁，依然堅守獨立自主的原則。
章太炎的統一黨是重建了，不過由於原統一黨的許多人已經加入了共和黨，因此章太炎的統一黨要想在即將到來的國會選舉中有所斬獲，還必須與其他政黨有所聯絡，相互幫助。在當時諸多政黨中，對黨魁人格比較高看一檔的是黎元洪，於是章太炎不辭辛苦親往武昌遊說，邀請黎元洪擔任統一黨的名譽總理，而黎元洪也有類似想法，竭誠邀請章太炎擔任共和黨理事。
黎元洪和章太炎的想法或許都有道理，但是章太炎通過這一係列交涉深切感到，政黨政治如果這樣交換下去，最後恐怕也就不是政黨政治了。回到北京後，章太炎默觀近狀，乃知中國之有政黨，害有百端，利無毛末。不論是力主穩健，還是素性暴亂，幾乎所有的政黨都不過徒有議論形式不一樣，其在議院，並不因其政治主張而分派，而是看誰能說會說，看誰能跑會跑。所以在這種特殊情形下，章太炎認為政黨政治不僅不能給中國帶來政治清明，反而會使中國政治走向極端黑暗，所以他鄭重建議國中政治大佬諸如袁世凱、黎元洪、孫中山，都不要組黨，不要立黨，而是應該以個人資格就政治問題發言，行事而當，發言而正，人心助順，那麽四萬萬國民就是你們的黨員，就是你們的背景。
章太炎的這些政治主張，從民主政治的觀點看，或許有可行之處，但在民國初年複雜政治背景下無疑很難實行，各個政黨對政黨政治的興趣正濃，你讓他們放棄政黨政治，無異於與虎謀皮，是根本行不通的。
對於章太炎的方案，估計真正有點兒興趣的也隻有袁世凱，因為他在大總統的位置上，如果能夠做到超黨派的全民總統，那當然是一件再好不過的事惰。可惜民國初年的政治環境不允許這樣做，所以這件事情也就不了了之。
章太炎全力支持袁世凱的心跡幾乎等於公開表露出來了，他在許多問題上的建議也都是從大總統的立場進行考慮。袁世凱對章太炎也充分信任，在章太炎逗留北京的那些日子裏，章太炎數度進人總統府，與袁世凱暢談一切，甚至有時代表大總統巡視南北，聯絡各方，貌似大總統的特別代表或特別助理。
1912年10月，國會選舉將近，袁世凱請章太炎到東北地區觀察情形，疏通關係，為正式大總統選舉作準備。章太炎到了東北，每與人接談，必盛稱袁世凱功德，認為現在麻木不仁之中國，必須要有袁世凱這樣的開明專製。
章太炎的東北之行不僅幫助了袁世凱，而且使他個人對東北的戰略地位有了新的認識，所以他回到北京不久，便接受了袁世凱的政治任命，出任東三省籌邊使。
出任東三省籌邊使應該是章太炎與袁世凱反複協商的結果，也是章太炎的自願選擇。他在視察東北歸來後，多次建議袁世凱殖邊、開發東北，鞏固東北，以防止、抵製日、俄對東北的覬覦和蠶食。
東北危機由來已久，早已成為袁世凱的心腹之患。沙皇俄國利用中國內亂策動蒙古獨立，而日本也不斷擴大在東北的利益。這時有章太炎這樣的人願意前往東北從事積極的建設，袁世凱何樂而不為。幾經磋商，創設了一個東三省籌邊公署的新衙門，而給章太炎的任命，就是東三省籌邊使，其職責就是代表中央政府全麵負責和協調東三省管理和開發。
1912年底，章太炎帶著隨從離開北京前往長春。翌年元旦，籌邊公署開始辦公。應該承認，章太炎在東北的那段時間，還是非常盡心盡力、盡職盡責的，他把工作的重心放在調查研究和資源勘察上，既委派專人調查並繪製邊境詳圖，以劃清國界為籌邊的入手辦法，又派員對東三省礦產資源和可開墾荒地進行詳細勘察，期待在摸清東三省家底的基礎上逐步形成開發方案。
通過實地調查，章太炎開發東三省實業的信心更加堅定，他在寫給大總統的計劃書中強調，東三省實業開發的關鍵有二，一是要有足夠的資金，二是必須建立起能夠保障物流暢通的交通運輸體係。
在資金方麵，章太炎對混亂不堪的東三省幣製進行嚴格整頓，呈請中央政府批準設立東三省實業銀行，統一幣製，建立統一的信用體係，為東三省大規模開發進行融資。這些建議獲得了中央政府的認同和三省實業界的大力支持，普遍認為章太炎的這個構想擘畫弘遠，足以拯救東三省經濟命脈，是東三省擺脫貧困走向富強的必由之路。
對於東三省境內的礦產資源，章太炎力主利用各方麵資金大力開發，特別是豐富的金礦資源，更應該從維護民族利益和國家權益的角度白主開發，東三省不應該抱著金飯碗要飯吃，要把資源變成財富。
數百年來，由於東北具有特殊的地位，一直沒有得到有效開發，到處都是荒地，到處值得開發，基於對東北曆史及現狀的調查，章太炎還向袁世凱提出移民實邊，開荒屯田方麵的建議。認為移民墾荒在東北總體開發中占有重要的戰略地位，不僅可以化解關內日益增長的人口壓力，而且能為國家提供更多的優質糧食。
整理幣製、開發礦產資源和墾荒，是章太炎籌邊政策的三個重要內容，而要實現這三個重要目標，章太炎清楚地知道更重要的一個環節是交通，如果沒有便利的交通體係，一切規劃都是枉然。所以章太炎在籌邊之始就力主利用各方麵資本重構東三省交通體係，除了在原有鐵路網線基礎上加大增多、更要充分利用東北豐富的水資源，開挖幾條人工運河，構建東三省境內遼、鬆、黑三條幹流為主導的水網體係。
對於東北的開放和未來建設，章太炎有著非常好的構想。然而僅僅七個月的時間，從來沒有從政經驗的章太炎對於官場的各種各樣的規則和潛規則就很不耐煩了，袁世凱的中央政府也沒有像原先承諾的那樣支持到位，而東三省原有的政治架構、行政體製更是使章太炎有心無力，許多計劃永遠隻是計劃，這不得不使章太炎失望和傷心。所以到了1913年6月，當袁世凱的財政總長梁士詒阻撓東三省籌措資金計劃時，章太炎於6月18日憤而辭職，大罵梁士詒不是東西。給袁世凱發了一個電報：“隻管推宕，不要你的錢了。”