章太炎憤而辭職，除了東三省的工作根本推動不了這一原因，可能還有一個重要背景就是宋教仁被殺。
宋教仁是同盟會——國民黨的重要領袖，也是議會政治的熱情參與者。麵對第一次國會選舉，宋教仁信心百倍，南北奔波，東西奔走，就像西方民主國家的政治家一樣，到處去爭取選民、爭取選票，應該說在當時宋教仁距成功隻有一步之遙。
然而就這一步之遙卻永遠阻斷了宋教仁的議會夢，甚至阻斷了中國人對民主政治的追求和夢想。1913年3月20日，宋教仁在上海車站被刺身亡。這對中國人，特別是南方革命黨人來說，無疑是晴天霹靂，促人猛醒。
宋教仁被刺後情形
宋教仁被刺時，章太炎還在東北，他根據各方麵的情報認為宋教仁被刺肯定是一個政治謀殺，而指使者就在北京。他雖然不能肯定這件事與袁世凱有直接關係，但他相信刺殺宋教仁的主謀一定是北京的“佞臣”。章太炎呼籲輿論界主持正義，揭露真相，認真監督，追究真凶；對於南方革命黨人，章太炎竭誠呼籲惟有各黨中革命人才糾合為一，輔以學士清流，介以良吏善賈，則上不失奮鬥向上之精神，下不失健全之體魄，隻有這樣，中國的政治問題或許能夠找到出路，或許能夠平穩度過“宋案”帶給中國民主政治的困擾。
基於這些判斷與考慮，章太炎於“宋案”後離開東北趕赴上海，與國民黨人孫中山、黃興、陳其美等一笑泯恩仇，接受孫中山對“宋案”的判斷，認為當時中國政治上最嚴重的問題還是腐敗與專製，中國如果不能從根本上鏟除腐敗與專製，如果繼續容忍這些“國病”於中央，那麽什麽民國，什麽共和，其實隻是一塊空招牌，民主共和依然是一場空想、一場夢。
章太炎能夠接受南方革命黨人的判斷，承認宋教仁血案絕對不是一個簡單的刑事犯罪，而是政治謀殺，而且這個謀殺的主謀一定來自北京。這是章太炎與孫中山等人判斷相似的地方，隻是章太炎在沒有更明確的證據時，他沒有像孫中山那樣堅定地將矛頭指向袁世凱。章太炎似乎認為，“宋案”的直接受益者或許是袁世凱，但袁世凱的政治智慧使他不會這樣愚蠢、這樣笨，所以章太炎對北京的指責略有分寸，留有餘地，隻是說這些事情都是那些“佞臣”所為。這些“佞臣”，據章太炎的說法就是總統府秘書長梁士詒、參謀本部次長陳宦、拱衛軍司令段芝貴和國務總理趙秉鈞所謂“四凶”。
《真相畫報》刊登的刺殺宋教仁的有關人犯
與章太炎的主張不同，國民黨人，特別是孫中山，堅決主張武力討伐袁世凱，黃興原本主張法律解決，主張在不破壞《臨時約法》的框架內以法律方式進行抗爭。然而，黃興並沒有說服孫中山，孫中山的主張漸漸在黨內占了上風。
國民黨漸漸走上武力抗爭的道路，當然也有來自北方的刺激。宋教仁案發生不久，袁世凱政府與五國銀行團簽訂借款合同，在國民黨人看來，這項借款就是袁世凱要擴充北洋軍隊，就是準備與國民黨人分手。基於這種擔心，具有國民黨身份的江西都督李烈鈞、廣東都督胡漢民和安徽都督柏文蔚通電反對。國民黨與袁世凱之間的誤解、衝突，就越演越烈。國民黨執意武力抗爭，袁世凱表示國民黨如果敢起兵抗爭，他就敢出兵鎮壓，大局危機越來越不可收拾。
在南北紛爭日趨嚴重的時候，章太炎並沒有堅定地站在南方國民黨人的立場上，當然也沒有站在袁世凱的立場上，他似乎對南北雙方都有點兒不滿。章太炎能夠看上的隻有黎元洪，所以他在南北紛爭日趨緊張的日子裏，與黎元洪保持著一致，努力調解南北紛爭，希望雙方都不要訴諸武力，還是回到國會中和平解決。章太炎的思路是，既然南北紛爭不可調解，那麽為了保全大局，力求和平，惟有求大總統袁世凱退位，並聲明不再出麵競選總統，有點兒像前臨時大總統孫中山一樣，退居民間。對於南方，章太炎也多有批評，但不管怎麽說，南方處於在野的弱勢，章太炎的批評矛頭主要還是對準了北方，就是要運動袁世凱下台，以袁世凱的下台換取大局和平。
章太炎的思路或許是一個解決方向，如果在一個成熟的民主國家，遇到宋教仁血案這樣一時說不清道不明的案件，涉嫌的行政負責人或許會自動辭職，化解危機。然而在一個剛剛走上民主道路的中國，袁世凱自信“宋案”和他無關，沒有辭職的必要。僅僅為了避嫌，他周圍的那些既得利益者無論如何不會讓袁世凱辭去大總統。於是和平的勸說不可能實現，要想實現這個思路，還必須另想辦法。
在當時的政治人物中，袁世凱既然不行了，孫中山也不在章太炎的考慮範圍內，能被章太炎認為可以倚重的，也就隻有武昌的副總統黎元洪了。於是章太炎從上海專程前往武昌，希望黎元洪能夠以廓然大公之心，出麵競爭大總統，以此拯救國家危亡，拯救剛剛誕生的共和國。
黎元洪在人品上，或許像章太炎所恭維的那樣忠厚，然而黎元洪太清楚自己根本不是袁世凱的對手，盡管章太炎在武昌盤桓了二十多天，說了很多話，但黎元洪始終不敢就此明確表態。被逼到最後，黎元洪也隻是建議章太炎不妨趁著進京的機會勸勸袁世凱，袁世凱如果能夠聽進去諫勸，也就不必大事更張，另選總統了；假如袁世凱執意不聽，那就再按你的這個思路辦。
有了黎元洪的這個態度，章太炎於5月28日抵達北京，準備近距離觀察一下袁世凱的態度，也準備調解南北紛爭。在與袁世凱會麵或麵向報界時，章太炎一再強調南北紛爭更多的來自誤會，南方國民黨對政府施政方針有所不滿，但絕對不是截然反對，更不是謀反叛亂。至於政府施政方針和施政效果，章太炎認為也確實存在一些問題，不應回避。政府將內部紛爭作為對敵勢力去打壓，甚至準備用武力去對付，顯然是不對的。袁大總統的長處在軍事、外交兩個方麵，政府應該在這兩個方麵多用力，要用武力去抵禦沙俄對我蒙古的威脅；要用外交去維係我蒙古不被沙俄給斷送。
北京之行使章太炎相當失望，使他覺得南北紛爭和平解決的可能性相當渺茫。對於北方，對於袁世凱，章太炎覺得隻有任其跳梁，終將自殺，有個三五年時間，或許能夠從黑暗到光明；對於南方國民黨人，章太炎有了更多期待，希望他們團結起來，合力監督政府，或者將南方各省打碎打爛，由此或許能夠打破僵局，出現新機。
真的是不幸而言中。袁世凱自以為不是“宋案”主謀，自以為居於道義和正當，所以麵對南方的反對，袁世凱不願妥協、不願讓步，反而步步緊逼，挑起事端。相繼罷免李烈鈞、胡漢民等國民黨人的都督職務，逼迫國民黨人走上武裝反抗的道路，於是有了“二次革命”。
“二次革命”爆發後，章太炎立即發布宣言，號召各地共同起兵討袁。隻是他並沒有堅定地站在孫中山、黃興一邊，他還是期望黎元洪能夠在這個時候站出來，甚至建議黎元洪拋棄袁世凱和南方的孫中山、黃興，構築第三條道路。
“二次革命”的形勢圖
然而，“二次革命”很快失敗了，孫中山、黃興等流亡國外。章太炎認為他並不是堅定的孫、黃同盟者，所以他相信袁世凱並不會因他的幾個宣言而對他怎麽樣。何況他新婚未久，也不願馬上離開。
章太炎確實不是“二次革命”的發起者，但他用自己的文字鼓吹反袁也是事實。他不願離開中國流亡海外，但誰也無法保證這個“章瘋子”什麽時候犯病、什麽時候發作。於是，章太炎極端討厭的“佞臣”之一陳宦獻策，以“二次革命”後政治形勢急劇變化、共和黨如何應對為由，急請章太炎前往北京，主持共和黨的大局。
陳宦太知道章太炎的性格了！章太炎收到這個電報後，覺得自己有責任義無反顧前往主持，因為共和黨是合法政黨，共和黨在未來的總統選舉中一定還會有所作為。他不知道這是一個調虎離山的計謀，所以當他帶著新婚蜜月的甜美興衝衝趕到北京時，等待他的卻是軟禁。一個堂堂的“民國元勳”，竟然在一夜之間成了“民國囚徒”。