南京臨時政府的難處，當然不是章太炎所能理解的，不過他提出的這些問題也確實是個問題。南京臨時政府不可能長期存在下去，這一點在章太炎確實有了明確判斷，他不願接受孫中山的聘任，其根本原因或許就在這裏。
章太炎不看好南京臨時政府，並不是出於感情方麵的原因，也不是因為他與革命黨人過去的矛盾，而是因為他在當時所接觸的人，所獲得的信息，都使他確認中國的未來和希望不是孫中山，而是袁世凱。
袁世凱是清末民初政治舞台上最具影響力的人物，三年前因故被開缺回籍，由於那個時候正值光緒帝和慈禧太後在一天之內相繼大行，又由於接替兩宮主持朝政的是光緒帝的弟弟攝政王載灃，特別是因為1898年政治逆轉時告密不告密的傳聞一直紛紛揚揚，袁世凱在故裏隱居的三年中一直帶有相當神秘的色彩，誰也搞不懂這個正值盛年的老政治家在下野的日子裏在想著什麽。
清末民初政治舞台上最具影響力的人物袁世凱
悠閑的退隱生活肯定沒有阻止住袁世凱的思考，政治上的敏感性使他對朝廷中所發生的一切事情都了如指掌。所以當武昌起義爆發後，袁世凱的判斷和抉擇一環扣一環，在後人看來簡直就是設計得天衣無縫，滴水不漏。
10月14日，朝廷緊急征調賦閑休養的袁世凱出任湖廣總督，節製該省軍隊及各路援軍。袁世凱在幾度請辭後還是接受了朝廷的征調。21日，袁世凱開始調兵布將，至10月下旬，馮國璋的第一軍和段祺瑞的第二軍都相繼抵達武昌前線，與黎元洪、黃興統領的武昌義軍隔江相望。如果袁世凱此時痛下決心，清軍完全有可能踏平武昌三鎮，恢複秩序。
問題在於，武昌起義爆發後不過一個星期，列強就宣布民軍為交戰團，各國嚴守中立。這個嚴守中立實際上將清政府推到一個非常尷尬的境地，原本可以作為叛軍、會匪進行剿滅的，現在已經不能像過去那樣為所欲為。而且，由於列強的態度發生如此變化，實際上又鼓勵了各省仿效武昌起義，相繼宜布獨立，宣布光複。
袁世凱大軍壓境，但已經不再是簡單的平定暴亂了，同時由於武昌和相繼獨立的各省對清廷都有一個基本的政治期待，就是加快先前已經答應而遲遲沒有兌現的政治改革，而這一點大約也是袁世凱和北洋諸將領的真誠期待，所以他對南方各省義軍也就抱有一分同情，大約也就是後來人所說，袁世凱有拿南方去壓清廷的意思了。
適度的壓力確實對清廷有很大觸動。10月30日，朝廷以皇帝的名義下詔罪己，宣布開放黨禁，宣布將憲法條文提交資政院討論；稍後，清廷解散皇族內閣，宣布任命袁世凱為內閣總理大臣，重組政府。11月3日，清廷頒布《憲法十九信條》，理論上實現了先前數年想實現而不曾實現的君主立憲製。應該說，清廷對武昌起義及各省壓力作出了積極回應，在政治改革上邁出了重要一步。
然而，一切似乎都晚了，清廷的讓步並沒有贏得各省同情，各省獨立就像傳染病一樣迅速蔓延。11月9日，黎元洪通電獨立各省派代表前往武昌籌組臨時政府，這實際上是與清廷分庭抗禮，南北對峙局麵大致形成。
同一天，南方戰時總司令黃興致函袁世凱，衷心期待袁世凱能夠順應民情、順應大局，以拿破侖、華盛頓之資格，建拿破侖、華盛頓之事功，直搗黃龍，南北各省必定拱手聽命。
南北對峙的局麵已經形成了，對袁世凱和清政府來說，硬打當然也是一條出路，但風險大，勝算少，於是南北和談成為惟一選擇。
強勢或得勢的南方在談判底線上絲毫不讓，早已不再滿足君主立憲的政治主張，以為國體不必討論不可討論，必須實行民主共和，可談判的條件隻有一個，就是你袁世凱如果反正，可望被舉為大總統。在此前後，黎元洪和尚在國外的孫中山也都認為袁世凱是合適的大總統人選。
“非袁莫屬”成為各方基本共識，按照這個共識，南北雙方進行了艱難談判，障礙主要還在政體究竟如何確認，北方堅持無論如何應該召集一次臨時國會，就國體實行共和還是實行君主立憲，舉行公決。
參加選舉大總統會議的各省代表合影
北方的猶豫彷徨使南方各省很不耐煩，為了促動北方早作決定，不要對君主立憲再存幻想，各省都督府代表會議在同盟會的主導下，於12月26日決定成立臨時政府，選舉剛剛回國的孫中山為臨時大總統，以此刺激袁世凱盡快逼退清廷，結束國體爭論，實行民主共和，孫中山答應一旦清帝宣布退位即辭職，虛位以待袁世凱。
章太炎並沒有參加同盟會決定成立臨時政府的會議，但他是各省都督府代表會議代表。不過，章太炎認為，都督府代表不係國民，不當有選舉臨時大總統的權力，因此力辭代表，好像並沒有出席12月26日的選舉會。
而且，章太炎還認為，當此天寒地凍之際，南方軍隊確實很難北伐，很難用武力迫使清廷屈服。在此情形下，與北方議和，通過談判達到推翻清廷的政治目的，當然也是可以的。隻是章太炎始終堅持他過去曾與孫中山達成的共識，本以破壞相期，不敢以建樹相許。換言之，推翻清廷是他們那一代人的使命，功成身退，也是一個必然選擇。所以章太炎並不讚成臨時政府還要選舉什麽臨時大總統，而是主張推舉一個大元帥就夠了，至於大總統，應該虛位以待北方之英。
有章太炎同樣想法的在南方也為數不少。但孫中山和他周圍的一些人並不這樣想。孫中山認為，要選舉，就選舉大總統，不必選大元帥。因為大元帥的名稱，在外國並不是國家元首，沒有辦法以大元帥的名義辦外交。至於各方代表要求將大總統一職暫時留給袁世凱，孫中山的答複是，隻要他袁世凱真心擁護共和，我就讓他。
孫中山的想法和說法自然有自己的道理，但在章太炎看來，孫中山的這些做法和臨時政府的一些舉措，顯然不是明智之舉，所以當孫中山醒悟過來要聘請章太炎為樞密顧問時，章太炎坦然敬謝不敏，不願合作。其實，章太炎此時已通過趙鳳昌、張謇等各方麵關係和袁世凱建立了聯係，而且他像當時許多政治家名流一樣，發自內心認為就是一個“非袁莫屬”。所以在稍後的建都之爭中，章太炎堅定地站在孫中山和臨時政府對立麵，認為從戰略格局，從文化背景看，北京都是惟一選擇。章太炎還認為，既然將大總統讓給了袁世凱，袁世凱既然成為大總統，那麽就應該給大總統充分信任，不應該以什麽調虎離山之類的雕蟲小技去折騰大總統為難大總統。就算袁世凱真的到南京就職，誰有把握說他一定就會堅持共和，堅持你同盟會的那些主張呢？
章太炎的思想傾向是當時國內知識界一個具有共性的主張。清帝退位，重建統一後，究竟應該建立一個什麽樣的中央政權，是一個弱勢的鬆散的聯盟，還是一個強有力的中央政權呢？鑒於俄國正在策動外蒙獨立，日本正在加強在東北地區的活動，幾乎所有負責任的政黨、個人都主張加強中央集權，建立一個強有力的中央政府。這是章太炎此時政治構想的大前提。
坐而言起而行，是章太炎的人生特色。當他意識到袁世凱是中國的未來和希望時，他便理所當然地覺得自己有責任去幫助他、支持他。1912年3月1日，章太炎以中華民國聯合會會長的身份發布一個通告，宣布與預備立憲公會合並組建統一黨，宗旨為統一全國建設，強固中央政府，促進完美共和政治。第二天，召開改黨會議，章太炎的主題演講強調統一黨不取急躁，不重保守，惟以穩健為第一要義。他在稍後發布的《統一黨宣言書》，更強調本黨集革命、憲政、中立諸黨而成，無故無新，惟善是與。隻求主義不涉危險，立論不近偏枯，行事不趨狂暴，在官不聞貪佞。
在統一黨成立會議上，經投票選舉章太炎、程德全、張謇、熊希齡、宋教仁5人為理事；湯壽潛、趙鳳昌、唐文治、陳榮昌、鄧實、應德閎、王清穆、葉景葵、莊蘊寬、蔣尊簋、唐紹儀、湯化龍、溫宗堯13人為參事；黃雲鵬、林長民、孟森、章駕時等為幹事。從人事構成看，統一黨顯然是接近於袁世凱的“總統黨”，是袁大總統手中可以憑借的重要力量。
章太炎和統一黨堅定地站在袁世凱方麵，而同盟會在不得不將政權移交給袁世凱的時候，便急於製定一個專門約束袁世凱權力的《臨時約法》，不僅大幅度削弱大總統的權限，而且因人而異改變政府體製，由孫中山時的總統製改變袁世凱時的內閣副署製，這就為後來的政治變故留下了契機。
對於孫中山、同盟會的這些約束製度，章太炎認為沒有必要，甚至認為同盟會那些人就是以小人之心度君子之腹，所以他在主編的《大共和日報》上一再發表否認《臨時約法》的文章，指責參議院隻不過是各省都督府說指派，既非民選，就沒有資格代表國民行使主權製定約法，強行因人而異製定的什麽《臨時約法》不過是以攬權猜忌之心，製定一部荒謬抵觸的法律而已。章太炎的意思很明白，既然已經推舉袁世凱當大總統，既然袁世凱已經鄭重宣誓效忠共和，你還這樣像防賊一樣的防著人家，這不是讓國家元首沒有麵子，喪失威權，無法有效履行職責嗎？