辛亥革命發生前夕，章太炎在海外發表一篇政治論文《誅政黨》，以為朋黨之興，必在季世。這些朋黨既是社會崩潰的原因，也是社會崩潰的結果。這些最讓天下人瞧不起的朋黨，隻不過是一群追逐利祿的奸人。依據這種判斷，章太炎認為，現代中國並沒有西方意義上的政黨，說白了，其實隻是一群為謀生不惜編造謊言的政客而已。這些所謂政黨，非妄則誇，名不副實。不管他們有多大影響，其實是各有各的問題，距西方意義上的政黨還相差十萬八千裏。
有了這樣的認識，當辛亥革命爆發，章太炎返國以後，他當然不太願意認同政黨政治，認為當時不論哪一個黨，甚至包括同盟會的革命黨，也充滿著腐敗、潛伏著危機，黨員步調不齊，革命初成時已漸暴露，指望這些政黨去解決中國問題、重構中國未來，顯然是不可能的。所以，當正在武昌起義前線的黃興向他詢問如何構建中國政治未來時，當各省都督府代表大會議長譚人鳳向他請教新政府的基本構架和原則時，章太炎毫不猶豫地強調，“革命軍起，革命黨消；天下為公，乃克有濟。”
革命軍起，革命黨消。這個口號在武昌起義爆發後，中華民國臨時政府成立之前起到了非常大的作用，這實際上是對革命黨人的不信任、不認同，所以這個口號受到孫中山和革命黨人的普遍抵製和批判。孫中山此後的歲月中，數次提到這個口號，沒有一次給予正麵的肯定，甚至認為這個口號是對革命事業的破壞，是對那些老官僚、老政客的認同。
當時的政治情形或許真的像孫中山所形容的那樣，一般官僚在未革命之前為滿清政府出力，以殘殺革命黨人為能事；在革命軍興起之後，為大勢所趨，起而讚成革命，領導光複。但是這批老官僚對革命黨的情形也比較了解，清楚知道革命黨人真的掌控政權之後，他們這些人並不一定能夠得到好處，所以當章太炎“革命軍起，革命黨消”的口號提出後，這批老官僚無不拍手稱快，以為章太炎說到他們心坎上了。
從老官僚、立憲黨人的立場看，或許孫中山的這些猜疑是真實的，但從章太炎提出這個口號的客觀訴求來說，大約還不是這個意思。章太炎或許意識到政治的專業化和專門化，認識到革命黨人隻不過是一個革命的政黨，而不是執政的政黨。中國政治的特殊性需要專業的政治團隊和政治人物，所以當革命軍興起的時候，革命黨人的使命也就完成了，這其實也是光複會當年的宗旨，“光複漢族，還我河山，以身許國，功成身退。”
章太炎期望未來中國建立專業的執政團隊，所以他在宋教仁要求提供“影子內閣”人選時，章太炎根本不去考慮各黨派的平衡，而是主張超越黨派，組織跨黨派或者說根本不計其政治身份和政治立場的專業團體，在章太炎推薦名單中，不僅有來自光複會的蔡元培，而且有立憲黨人湯壽潛、張謇，甚至還有清政府一直在使用的專業人才沈家本。
很顯然，章太炎的這個政治主張，是其思想的邏輯發展，並沒有刻意去反對同盟會反對孫中山，也更沒有刻意去損害同盟會和孫中山的利益。他不僅將這個主張坦然告訴了黃興，而且對宋教仁的組閣願望也不反對，甚至給予相當支持。隻是對於孫中山，可能由於章太炎曾經公開點評，認為孫中山長於議論，不長於具體事務，不適宜在政府任職。這是章太炎的看法，好像也並不帶有什麽敵視或蔑視。然而從孫中山的立場看，特別是再結合章太炎“革命軍起，革命黨消”這個口號看，剛剛返回國內的孫中山大約想起了他與章太炎在海外發生的矛盾或許就此認為章太炎的這個說法不懷好意，所以在孫中山12月30日召集的同盟會本部會議時，在會議決定中卻針鋒相對批評章太炎的“革命軍起，革命黨消”這個口號；在南京臨時政府組建時，沒有給予章太炎以相當的名分和地位。
孫中山在曆史關鍵時刻忽視了章太炎的存在和影響力，不管怎麽說，章太炎的政治理念在當時中國具有相當大的號召力，革命黨人的忽視和打壓，隻會增加章太炎在政治生活中的籌碼和分量，絲毫無損其影響力。革命黨人不拉住他，不與他結成統一戰線，必定有人看到章太炎的存在價值，利用章太炎這塊近乎金色的招牌。
真正看到章太炎價值的，是在辛亥年間左右中國政局走向的趙鳳昌。在章太炎返國不久，趙鳳昌就與章太炎建立了相當緊密的聯係，在稍後發布成立的“中華民國聯合會”中，章太炎就被趙鳳昌、張謇這一批立憲黨人推到了前台，成為與革命黨人勢均力敵甚至稍勝一籌的一支重要力量。
南京臨時政府成立之後的第三天，即1912年1月3日下午，中華民國聯合會及江蘇教育會舉行成立大會，與會兩百餘人公舉章太炎為會長，程德全為副會長，唐文治、張審、蔡元培、應德閎等19人為參議員。列名創辦員的還有趙鳳昌、陳三立、黃雲鵬、杜士珍、汪德淵、章駕時、張通典、鍾正槲、林長民、鄧實、賀孝齊、景耀月、楊若堃等，皆為靠近北方袁世凱而與南方革命黨人、南京臨時政府比較疏遠的政治名流。
在成立大會上，章太炎作了一個重要演講，闡釋中華民國聯合會的成立目的和政治立場，強調這個聯合會對於政府就是要立於監督補助的地位，而在演講開篇，似乎也暗批孫中山，暗批革命黨人不懂中國，大事更張。他指出，中國本是一個因舊之國，並不像美國那樣是一個新開辟的國家。中國的良法美俗，應該保存的，都要設法保存，不能事事更張。因為中國與美國的國情絕對不同，美國為新建國家，其所設施，皆可根據一種理想進行規劃，不必受製於傳統。中國的國情甚至與法國也不一樣，法國係一破敗之國，推翻一切，重新來過。而中國則不然，新政府的政策如果準備徹底打破舊習慣，如果準備與習慣完全相反，必不能行。
對於新政府中的大總統，章太炎也在演講中力主限製其權力，以防“民主專製”之弊；至於行政係統，由於不是由人民選舉產生的，那麽就應該對議院負完全責任，不應該像美國那樣極端分權。
對於三權分立的政治架構，章太炎也在這次演講中提出補充建議，以為應該增加教育、糾察兩個權力。重視教育，將教育置於五權之一，是章太炎的一貫思想，他認為這是中國曆史文化的優良傳統，而且教育和其他行政也不一樣，不應該隨著政治變化而改變宗旨，教育的基本宗旨確定後，不宜常變，而擔任教授的人，由於需要專門學識，所以也不應該隨著內閣進退而進退。
至於糾察院，章太炎主張其權力應該是無限的至上的，自大總統、議院，以至齊民，皆能彈劾，所以糾察院也不應該隨著大總統任期或上下而隨意更換。
章太炎的這些討論顯然是針對孫中山的，他對孫中山提出的以考選考績補充三權分立的建議，持否定態度。他認為，如果就法理上說，考選考績終究屬於行政上一部分事務，沒有獨立的理由，所以還是應該設在內閣中，在內閣中設立一個專局就行了。
由於中華民國聯合會定位在監督政府和補充政府，所以章太炎此後相當長一段時間代表聯合會發言，差不多都是對南京臨時政府的政策提出批評。就在這次演講中，章太炎對南京臨時政府的內政、外交政策全麵批評，提出相當多的修正意見。
章太炎對孫中山和南京臨時政府的內外政策持批評態度，不過這些批評並沒有惡意，他隻是坦誠地說出自己的看法，也並沒有刻意要求南京臨時政府必須按照這些建議做。就此而言，章太炎是坦然的無私的，他真誠期待南京臨時政府能夠為中國未來開個好頭。
在民國初年混亂動**的日子裏，章太炎站的興趣大約也就在發言上，說出不一樣的建議上，所以他對實際的政治地位、政治職務應該說有一段時間是真的不感興趣。所以當南京臨時政府成立，浙江都督湯壽潛出任臨時政府交通總長，湯壽潛遂提名章太炎、陶成章和陳其美三人作為浙江都督候選人、代理人。
擔任南京臨時政府交通總長的湯壽潛
對於湯壽潛的建議，章太炎表示感謝，但他迅即表示最適合浙江都督的是陶成章，而陳其美誌在北伐，我章炳麟願在民間作民黨。章太炎的自我表白是真誠的，但他對陳其美的估計顯然不準確，陳其美誌在北伐或許是有的，但他同時更對浙江都督有著濃厚興致和期待。章太炎的一語點評使陳其美的夢想化作泡影，憤怒的陳其美派人刺殺陶成章，從肉體上消滅威脅自己的政治對手。
陳其美刺殺陶成章並沒有過多影響章太炎與南京臨時政府之間的關係，章太炎繼續以體製外的身份批評著臨時政府。但在陶成章被殺後不久，孫中山誠聘章太炎為南京臨時政府樞密顧問。
然而，章太炎在接到孫中山的聘請後，婉辭不就，表示自己假如真的有什麽意見，仍會隨時提出，仍可以盡國民之職分。奇怪的是，在這封辭差信中，章太炎依然毫不客氣批評南京臨時政府經濟混亂，通過各種手段征收來的巨額費用究竟是怎樣使用的有點不明不白，尤其是臨時政府與盛宣懷就漢冶萍公司權利究竟是如何交涉的，恐怕臨時政府也不是那麽光明磊落。