《民報》被查封是中國革命史上的重大事件，這個事件的意義在過去一直被認為是革命形勢的高漲，引起了日本政府的反對。這其實是不確切的。日本對中國的革命從來沒有堅決反對過，一直與中國的革命者保持或多或少的聯係。查封《民報》的主要原因，還是要從清政府方麵去尋找，當清政府踏上君主立憲的道路，向東西洋各國靠攏後，東西洋各國對清政府的態度就發生了轉變，於是對反對清政府的革命黨，也就不如過去那樣寬容了。特別是日本政府當時想從清政府處獲取更多利益，所以就接受了唐紹儀的請求，下令查封了《民報》和其他反對清政府的革命刊物。
鑒於日本政府態度的變化，章太炎、黃興、宋教仁等認為《民報》既然被查封了，在日本複刊繼續出版的希望肯定是不大了，要想讓《民報》繼續發揮作用，隻有將《民報》轉移至美國或其他地方才有可能。所以，對於法院判決的罰款，章太炎拒絕繳納。而日本政府也不依不饒，竟於1909年3月13日動用警察拘留了章太炎，要讓他以勞役抵償這筆罰金。最後還是章太炎的學生想辦法，湊了一筆錢，代交罰款，將章太炎保釋了出來。
要將《民報》遷往美國或其他地方出版，就需要一筆資金。而大約在一年前的1907年初，孫中山就因清政府施壓，被日本政府禮送出境。日本政府為此提供了7000元資助，在章太炎參加的歡送宴會上，日本商人鈴木九五郎贈送了一萬元。孫中山從這些費用中提取2000元作為《民報》的經費，餘款怎樣使用，孫中山沒有向各位同誌進行解釋。
章太炎並不知道日本政府提供的7000元資助，但他知道日本商人的一萬元。他認為，日本商人的這一萬元是對《民報》的資助，孫中山隻給2000元不合適。當孫中山帶著胡漢民等同盟會幹部離開日本後，這件事在留在日本的同盟會成員中引起激烈爭論。一部分人弄清日本政府提供的資助後，認為孫中山被日本政府所收買，有損於同盟會的威望，張繼破口大罵，聲稱在革命之前必先革革命黨的命；劉師培建議同盟會罷免孫中山的總理職務，因為孫中山這樣做已經喪失了擔任總理的資格。章太炎將《民報》社懸掛的孫中山畫像撕了下來，批上“賣《民報》支孫文應即撤去”等字樣，並將這些東西寄往香港，在同盟會成員中廣為傳播。
這些矛盾的出現，是因為孫中山沒有就經費使用問題做具體說明，不過孫中山並沒有將這些經費化為私有。他拿這些費用去策劃潮州、惠州起義了，隻是這些起義均以失敗而告終。起義的失敗無疑又在同盟會的油鍋裏撒了一把鹽，立即炸鍋。反對孫中山的人越來越多，他們主張同盟會東京本部立即開會，罷免孫中山，改選黃興為總理。劉揆一甚至到處寫信，建議各位勸勸孫中山主動引咎辭職。
1909年10月，孫中山為陶成章借同盟會名義進行詆毀等事，致王子匡函。
在這次“倒孫”事件中，章太炎無疑是最重要的參與者，他之所以積極，是因為《民報》當時確實遇到了經濟上的困難。據與聞其事的吳玉章說，章太炎和《民報》工作人員已經到了無米下鍋的程度，還是他將四川留學生捐的一點兒錢交給章太炎暫渡難關。處於如此困境中，章太炎眼看著孫中山將捐款帶走、起義未果，你不讓他生氣，那又怎麽可能呢？
章太炎的困境和孫中山武裝暴動屢屢失敗，其實都是革命陷入低潮的反應。孫中山之所以一而再，再而三地在邊境發動毫無成功希望的武裝起義，就是要利用這種辦法為革命注入一針興奮劑。因為自從清政府踏上預備立憲政治道路後，許多原先傾向於革命的人，都漸漸成為立憲運動的追隨者，眼見得立憲即將變成現實，隻有像孫中山這樣一批人依然繼續堅持反對清政府。隻有從這個層麵去理解，才能弄明白同盟會內部此時所發生的衝突和外部困境。
同盟會的內部矛盾有章太炎孤傲的原因，有其不了解真相的原因，也有另一原因，就是孫中山周圍一些人不太尊重章太炎所造成的。《民報》被查封，章太炎動議也經黃興等人同意將《民報》轉移至美國或其他地方出版，隻是因為經費問題一直沒有實現，而在這個最吃緊的時刻，竟突然有新的《民報》出版，而且是汪精衛和胡漢民主編和秘密印刷的。
如果僅僅從擴大革命黨人宣傳來說，《民報》能夠在被查封後繼續出版是一件好事，問題是汪精衛、胡漢民等人在重新出版《民報》時完全無視章太炎的存在，章太炎作為《民報》的法定編輯人兼發行人毫不知情，所以章太炎在得知這個消息後不禁勃然大怒，立即向外界澄清這是一份假《民報》、偽《民報》，並在報紙上發表《偽（民報〉檢舉狀》，將同盟會的內部矛盾完全向各界**。
章太炎在這篇義憤填膺的檢舉狀中說，當孫文流亡日本時，願意和他交往並將他向更多人介紹推薦的，也就是我章炳麟和秦力山。從此以後，孫文與學界漸通聲氣，名聲日大，並將之推為同盟會總理。及《民報》創辦，由於我章炳麟還在監獄，同仁推孫文署編輯人。及我章炳麟出獄東渡，主編《民報》，此後三年從未有一言專為孫文。惟汪精衛、胡漢民之徒，眼孔如豆，甘為孫文心腹，詞鋒說及，多涉標榜，竭力推舉孫文為革命黨人惟一領袖。章太炎指出，孫文恃《民報》鼓吹之文，藉同誌擁戴之號，乘時自利，聚斂萬端，接受日本政府和商人的賄賂，倉皇南渡。
一百多年之後，重新審察章太炎的這些指責，其中有許多道聽途說不實之詞，甚至存有相當濃厚的偏見。但他所描繪的自身經曆和《民報》處境應該大體不差，值得注意。章太炎說，東京本為瘠苦之區，上萬留學生在這裏僅僅能夠解決自己的衣食，很難有餘力幫助《民報》。特別是在國內政治發生變化後，《民報》不能輸入內地，銷量減半，印刷費、夥食費都成了問題。特別是當我章炳麟接手社長時，我個人正臥病幾十天，人社則公私塗炭，糧草已絕，人跡不存。猥以綿力薄才，維持殘局。朝寫文章，暮籌經費，還要酬對外賓，應付警察，心力告瘁，寢食都忘。屢以函致信南洋，請求孫文提供幫助，或派員前來視察處理，無奈孫文及其黨徒或無複信，或言他們自己也沒有辦法，快到了無法維持的地步了。有時也以虛語羈縻，表示當挾五六千金來日本相助，至期則又飾以他語。先後說寄，也不過三百銀元而已。
很顯然，章太炎的所有不滿，都是基於《民報》的經費困難。隻是他當時絕對不明白的是，先前風風火火的革命黨，怎麽會在這個時候都陷人了困境呢？《民報》在東京籌資困難，你孫文以同盟會的名義在全世界籌款，過去總說那麽容易，現在怎麽不幫助《民報》呢？章太炎不知道，革命陷入了低穀。
章太炎的攻擊無疑加大了同盟會的內部分裂，孫中山不得不為自己為革命黨人辯護，黃興也在使用各種方法讓章太炎住嘴。而且，由於革命處於低潮，前途無望，一些黨人隨著清政府君主立憲運動的開展，漸漸開始又對清政府抱有希望，所以，此時也就有孫黃派的人物說章太炎也通過某些特殊渠道向清廷靠攏，接受清廷資助，晚節不保，所以才有了那些喪心病狂之舉。
孫黃派的這些說法，在過去很難理解，以為這就是革命黨內部的派係之爭，是孫黃派對章太炎和他所代表的光複會等派係的排斥。這種辯護當然是對章太炎等人的愛護，但並沒有說到點子上。換言之，這種辯護沒有回答章太炎、劉師培等究竟與清政府是一種什麽樣的關係。
實事求是地說，當清廷踏上預備立憲政治變革道路時，對於流亡海外的改良主義、革命黨人並沒有，一直視為敵對力量，而是采取柔性政策，盡量將這些先前的異己力量拉回來，所以那些改良主義除了康有為、梁啟超等少數幾個因1898年政治大逆轉中的許多責任還沒有辦法赦免外，相當一批改良主義者其實都加入了清政府主導的君主立憲政治運動。
至於革命黨人，也有許多人接受了清政府的招安。因為過去10年革命過程中，他們參加革命，最主要的不是像孫中山那樣堅定地認為清廷不足以立憲、無法帶領中國走上現代化道路，而是清廷的遲遲不覺悟使他們失望，所以在那個時代參加了革命，成為革命黨人。現在清廷覺悟了，進行政治變革了，那麽，還有什麽必要一定堅持與其對抗，繼續成為反對派呢？於是，隨著清廷柔性招撫，革命黨人中革命意誌並非堅定如孫、黃的劉師培等人，都或多或少與清廷中具有變革思想的政治人物諸如端方建立了聯係，或許也確實接受了端方的一些資助。由於章太炎與劉師培有著非常特殊的關係，章太炎與端方建立了間接的關係也不是不可能，但是一定要說劉師培、章太炎等接受端方委派，在革命黨人內部從事間謀活動、充當滿洲鷹犬、出賣革命、成為革命黨的叛徒，則可能言過其實、捕風捉影。
當革命處於低潮時，或當清政府主導的預備立憲順利進行時，章太炎的思想在變化應該是事實。他在這之前是有強烈的排滿情緒，根據劉師培寫給端方的一封信透露，章太炎在主編《民報》時曾經考慮改變辦刊宗旨，以消弭先前太過強烈的種族革命，所以章太炎在《民報》發表的文章，或言佛理，或考古製，很少甚至可以說沒有一篇言及排滿革命。及至與孫中山發生矛盾，章太炎對革命、對排滿、對黨人似乎真的很厭倦了，所以有前往印度出家為僧、兼求中土未譯之經的規劃。隻是礙於經費困難，這個規劃沒有辦法實行，日本政府在《民報》查封後，曾通過相關渠道表示可以資助，但章太炎正在與日本人抗爭，當然不會接受。劉師培詢問端方，能否赦其既往之衍，開以自新之路，為章太炎提供一些經費，按月支給，則國學得一保存之人，而革命黨中亦失一續學工文之士。
如果我們不帶偏見，而又能充分體會當時革命黨人的分裂情形及經濟困難的狀況，應該承認劉師培的說法是真的，章太炎的想法也是真的，並沒有什麽不可示人的醜事。