章太炎要到印度出家為僧的想法不必懷疑，他願意接受端方的資助大約也不必懷疑，然而過了不久，由於非常私人的原因，章太炎與劉師培夫婦鬧僵了，去印度當和尚的想法雖說沒有借此終結，但至少暫時無法落實了。
與革命黨內的主流派鬧僵了，與劉師培夫婦鬧僵了，章太炎一時間幾乎成了孤家寡人。能夠和他來往的，除了那些弟子聽他侃侃大山、談談學問外，主要就是革命黨中非主流係，即原來的光複會的人了。
光複會原本是王嘉偉、蔣尊簋、陶成章、魏蘭、糞寶銓等人於1903年在東京成立的革命組織。第二年，又由陶成章、魏蘭等同上海與蔡元培協商，以龔寶銓組織的軍國民教育會暗殺團為基礎進行重組，蔡元培任會長。其宗旨為“光複漢族，還我河山，以身許國，功成身退。”當時，章太炎正被租界巡捕房拘押，蔡元培等人多次到獄中探望，並就許多事務與章太炎協商，因此，雖然章太炎被羈押在獄中，但確是光複會最早的發起人和領導者之一。
從光複會的宗旨看，與1905年在東京成立的同盟會“驅逐韃虜，恢複中華”非常相似，皆以種族革命為主要任務，所以當同盟會成立時，許多光複會成員都自然加入了同盟會。也正是由於這個原因，章太炎出獄時，孫中山派遣代表到上海迎接，委派章太炎出任《民報》編輯人兼發行人。
然而，由於經濟等方麵的原因，章太炎與孫中山等同盟會主流派的蜜月時間並不長，到了《民報》被查封，他們之間的矛盾愈加激烈。在這種情形下，原本就沒有以一個組織整體加入同盟會的光複會，其單獨活動就有加強的趨勢。陶成章在南洋一帶華僑中募集捐款，嚴重影響了在那裏募捐的孫中山，孫中山將陶成章帶去的股票扣了下來。於是，光複會與同盟會之間的矛盾越積越深。1908年8月，光複會南部執行委員李燮和等向同盟會東京總部提交了一份議案，宣布孫中山在南洋一帶的所謂罪狀，要求同盟會罷免孫中山的總理職務。這實際上使原本已經相當緊張的兩會關係更加緊張。
章太炎、陶成章、李燮和等光複會領導人此時沒有認清大局，有點兒意氣用事，他們不知道革命隊伍的這些困難主要來源於清政府的預備立憲在加速進行，而革命陷入了低潮。
1909年11月，同盟會的主流派在香港、新加坡發表回應章太炎的聲明，提出了五點：
1909年11月，孫中山拒絕“辭退同盟會總理”職務要求，複張繼（溥泉）函。
一是章太炎與梁啟超同辦《時務報》以來，與保皇黨的關係就未嚐中斷過。當《民報》與《新民叢報》筆戰時，章太炎因為與梁啟超有著非同尋常的關係，未曾為《民報》寫一文助一力。
二是章太炎利用編輯人的身份，以其一知半解、幹燥無味的佛學論，占據了《民報》的大部分版麵，簡直是將《民報》作為其私有的佛學機關報。
三是章太炎創設無神論，以排斥耶穌之道，以致內外同誌多疑《民報》為排斥耶穌的機關報，蠱惑人心，莫此為甚。
四是章太炎以個人私怨，借《民報》為攻城工具，將《新世紀》視為論戰對手，傷害同誌感情，徒貽外人笑柄。
光複會於民國元年在《神州日報》上征集史料的告
五是《民報》自出版以來，日本政府絕不幹涉，直至章太炎在《民報》昌言恢複台灣、朝鮮等主張，又鼓吹暗殺，這就嚴重刺激了日本人的感情，導致日本政府下令查封《民報》。假如章太炎接手《民報》後蕭規曹隨，堅守其接手前的既定方針，那麽《民報》恐怕就不會遭此毒手，恐怕至今都還應該存在。
現在看來這五條都沒有多少道理，革命黨人的回應不能不使已經傷心的章太炎等人更加傷心，這也就迫使光複會的重建步伐加快。1910年2月，重建後的光複會委任章太炎為會長，陶成章為副會長，李燮和擔任南洋執行委員，代總部行事。和同盟會一樣，光複會也加強了在國內的活動，主要活動區域在江浙及廣東一帶。
以章太炎為重建後的光複會會長，顯然是不合適的。因為章太炎也好，蔡元培也罷，他們的興奮點都在學術、在教育，革命是心中的向往，但行動卻是弱項。這在光複會重建之初，陶成章就有所覺察，但他出於對全局及未來的考量，認為不過早擴張光複會，而是由章太炎在教育、文化方麵多做些工作，以教育為契機和手段，盡可能在年輕…代讀書人中物色成員，擴大組織。待光複會有了一定程度的擴大後，可將章太炎改任教育會會長，然後再選出具有行動力、執行力的人擔任光複會會長，這就比較合適，也比較合情。
確實，章太炎的興趣不在行動，而在著述和講學。不論在主編《民報》最緊張的日子，還是《民報》被查封之後相對清閑的時間，章太炎都對著述和講學充滿了無限的興趣。1906年秋，也就是他流亡日本的第一年，他就組織發起了“國學講習會”，吸納一批在日本留學的青年學生為弟子，先後有黃侃、錢玄同、吳承仕、朱希祖、沈兼士、朱宗萊，以及後來更名為魯迅的周豫才和周作人、許壽棠、龔寶銓、任鴻雋等。這批弟子後來都在不同領域作出相當貢獻，是現代中國學術的開創者和傳統中國學術的終結者，是新舊文化連接的橋梁和紐帶。而這其中起引導和啟迪作用的當然是他們的老師章太炎。
到了1909年，《民報》被查封了，章太炎的時間更多了，他困局東京，一麵著書立說，一麵更加勤勉地講學，培養弟子。他們還創辦了一個《教育今語雜誌》，嚐試著使用白話去表達學術，這對後來的新文化運動，特別是白話國語運動應該起到直接的啟迪作用。竭力支持胡適白話文嚐試的錢玄同，不僅是章太炎的忠實弟子，而且是《教育今語雜誌》的重要編輯人，他的白話文與乃師的白話文幾乎無法分辨，因而在後來編輯出版《章太炎的白話文》時，就發生了他們師徒二人的著作權糾紛。
在日本流亡的日子裏，章太炎參加了排滿革命，成為著名革命家，而且是最有學問的革命家，這是那些職業革命家無論如何也無法企及的。
1906年，孫中山會同黃興、章太炎等製訂同盟會《革命方略》。這是《革命方略》中的《軍政府宣言》。