實事求是地說，清廷的立憲運動對海內外的中國知識界有著非常強烈的吸引力。按照梁漱溟的說法，他們堅信梁啟超、康有為等人為中國問題所開的君主立憲的處方是解決中國問題的靈丹妙藥。認為梁啟超所提倡、鼓吹的國會製度、責任內閣、選舉製度、預算製度、國庫製度、審計製度，乃至銀行、貨幣等問題，都是中國未來應該實行的優良製度，中國如果按照梁啟超一班人的規劃進行改革，就必然能夠像西方國家一樣，建設一個近代國家。
君主立憲的穩步進行深刻影響了國內外知識界，革命陷人空前的低落狀態。即便在日本，日本政府看到清政府在立憲道路上越走越遠、越走越踏實，其對革命黨人的看法也就在不知不覺中改變。
1907年9月4日，清國外務部照會日本政府，要求對在日本出版的《民報》、《洞庭波》、《天義報》、《複報》等刊物禁止出版，禁止印刷流通。日本外交當局為了討好清政府，以便在正在交涉中的東北問題上獲取更多利益，傾向於建議政府改變先前容忍甚至幫助革命黨人在日本出版報刊的既定政策，給清政府一個人情，一個麵子，設法查禁至少須嚴格限製革命黨人在日本的出版物。當然，日本外交當局把握著查禁或嚴格限製的度，完全視清政府在外交上、特別是在東北利益上能夠向日體讓多大的步。
日本人的態度、清政府的態度，都取決於日俄戰爭之後國際格局的變化。從國際大局看，日俄戰爭的結果使英日同盟在遠東占盡了上風，遠東的戰略格局因英、日同盟而被打破。英、日同盟對遠東的壟斷當然不符合後起大國德國和美國的利益，所以為了抵製英日同盟，德國人於1906年動議組建中、美、德三國同盟。
德國人三國同盟的建議引起清廷高度重視和興趣，隻是清廷考慮到英國和日本對三國同盟可能激烈反對，因而遲遲不敢答應德國人的建議。
中國的自我孤立鼓勵了英國和日本，幾經折騰，日本竟然與俄國握手言歡，稍後甚至出現了英、法、日、俄四國同盟的雛形，他們聯合統治著遠東，使德國還有美國都感到格外失落，於是德國人再度推動中、美、德同盟，美國人對此也變得非常積極。
對於德、美兩國的建議，此時主持中國外交事務的袁世凱高度認同，認為這是中國走出外交困境的一個重要機會，中國如果能夠與德國、美國結盟，一定能夠在亞洲遏製日本，甚至牽製俄國、英國和法國。基於這一係列判斷，清廷批準了袁世凱的方案，於1908年秋派遣唐紹儀出訪美國，推動中、美、德三國同盟的建立。
為了防止不必要的幹擾，中國對三國同盟的消息嚴格保密，然而日本和英國的諜報網委實強大，日本人和英國人還是在唐紹儀出訪前就獲悉了中國政府的計劃。日本人當然不希望中國與美國、德國結盟，所以一方麵加快與美國的秘密談判，以重大讓步阻止美國與中國結盟；另一方麵略施小計將唐紹儀的代表團拖在日本動彈不得。日本人下決心破壞袁世凱的布局，下決心要用美國人的力量清除對日本最具威脅的袁世凱。
日本高官將唐紹儀和他的代表團在日本的活動安排得非常密集，顯得對日中關係的改善非常重視。在這種情形下，唐紹儀覺得既然一時無法動身前往美國，那就順便在日本談談吧。於是他代表清政府鄭重請求日本政府禁止發行同盟會的《民報》，表示日本政府如果能夠做到這一點，顯然有助於中日關係的發展。
日本太需要用各種理由穩住唐紹儀、穩住北京的袁世凱了，於是日本外交當局迅即建議政府同意唐紹儀的這個請求。1908年10月19日，日本警察總監龜井英三郎根據內務大臣平田東助簽署的命令，封禁《民報》。其理由是《民報》第24號中的《革命之心理》和《本社簡章》等，違背了日本《新聞紙條例》第33條，即不得作敗壞風俗、危害秩序的宣傳，要求《民報》停止發行和銷售。
這些理由當然不是真正的理由，所有的罪名不過莫須有或子虛烏有。《革命之心理》隻是在批評一些革命誌士那些不健康的心理狀態，認為革命者必須建立良好的革命心理，才能像俄國的虛無黨或印度誌士那樣，為民族獨立、社會進步而奮鬥、而獻身。
日本政府當然也不是就事論事要查禁革命黨人的刊物，他們這一次除了查禁《民報》外，還查禁了《天義報》、《衡報》、《四川》、《雲南》等刊物。從這一係列措施看，日本政府的舉動主要還是要和清政府進行交換，至少是以此些微讓步拖住唐紹儀和他的代表團。
麵對日本政府的無理查禁，《民報》發行人兼編輯人章太炎奮起抗爭。10月20日，章太炎到《民報》所在地警察署領取查禁令書時，當即表示抗議，並很快提交抗議書。強調《民報》所說，毫無涉及日本的事情，但說革命，也沒有無政府、虛無黨一派的議論，這是《民報》始終如一的主張。章太炎明確指出，日本政府之所以這樣蠻橫，其實不過就是為了討好清政府，滿足唐紹儀的要挾而已。
第二天（21日），章太炎向日本內務大臣發出一封抗議信，強調《民報》簡章中的所謂“六大主義”在發表前經內務省認可，現在內務省並沒有將這項認可撤回，為什麽突然下令不許刊登這些內容呢？內務省如果認為《民報》擾亂了日本社會秩序，那麽就直接將我們驅逐出境好了。
23日，警察署長向章太炎展示了內務省命令原件，並作了解釋，承認日本政府之所以這樣做，主要是因為外交，而不是因為法律。對於警長的解釋，章太炎依然表示無法接受。他在當天再次致信日本內務大臣，直截了當揭露日本政府這樣做就是因為唐紹儀此次途經日本，以清政府將與美同盟威脅日本，又以間島領土、撫順煤礦、新法鐵道等權益問題與日本進行交換。章太炎認為，日本政府為了那點私利背信棄義，是肮髒的、卑鄙的，因此他章炳麟作為《民報》編輯人兼發行人寧為玉碎，不為瓦全，決不會接受日本政府這種荒唐的命令。
日本政府出於外交需要做出這樣的決定，在一時半刻是不可能改變的。為了應對這種突如其來的變化，章太炎於10月25日與黃興、宋教仁等進行充分討論，最後決定將《民報》遷往他國。而遷移之前，應該籌集一些款項起訴日本當局，無論勝負，也要打這樣一場道義上的官司。
根據這些討論，章太炎在第二天（26日）第三次致信日本內務大臣平田東助，揭露日本政府在政治上的虛偽和狡詐，既然為了討好清政府而查封《民報》等革命刊物，那就直接查禁、直接說明原因好了，完全可以不必采取這種栽贓的方法汙蔑《民報》，迫脅《民報》改變宗旨，本報編輯人兼發行人雖然隻是一介草茂，但素不受權術籠絡。你們內務省如果有意督過之，封禁、驅逐，那就直接下命令好了，不必再讓那些縱橫之士騰其遊說，越描越黑了。
日本政府不僅查禁了《民報》等革命刊物，而且禁止日本新聞界就這些事情發布消息。為了粉碎日本政府的新聞封鎖，章太炎以“中國革命黨”的名義寫了一份《報告＜民報＞24號停止情形》的傳單郵寄各方，並請人譯成英文向海內外廣為散發。章太炎在這份傳單中揭露日本政府與清政府相互麽結查封《民報》，揭露口本政府之所以這樣做就是為了從清政府那裏獲取更多的利益。
章太炎（左五）、黃興（前排坐者）與《民報》編輯部部分人員合影
章太炎的傳單在中國留學生中引起極大反響。由於日本政府不許報紙刊登這方麵的任何消息，留學生就想辦法將這份傳單到處散發，動員更多的中國人起來支持章太炎。留學生們痛斥日本政府迫害《民報》的鄙劣行徑不僅是為了從清國攫取更多的非法利益，而且違背了良心，違背了現代國家新聞自由的起碼原則。他們警告日本政府，如果頑固堅持這種反對革命的新聞主張，那麽日本政府必將在清日貿易上蒙受巨大損失，中國同盟會有力量、有辦法動員國內各階級、各階層抵製日貨，中國人一定有辦法抵消日本因查禁《民報》等革命刊物而從清政府那裏獲取的特殊利益。
對於章太炎不依不饒種種行動，口本政府很頭痛，因為按照日本的法律、法令及內務省原先的審查結果，《民報》畢竟沒有什麽問題。據說日本政府希望拿出一筆錢，滿足章太炎想到印度出家當和尚的願望。章太炎過去確實曾有這樣的念頭，但在如此背景下，他當然不屑於接受日本人的這種資助。
軟硬兼施打消不了章太炎的反抗情緒和意誌，章太炎終於和日本政府在東京地方法院打開了一場官司。11月26日，日本方麵以清國革命一旦爆發，日本人起而仿效，那就必定要導致嚴重後果為由，要求東京地方法院判處《民報》為犯罪。章太炎的律師為《民報》作了無罪辯護，強調清國革命是否真的對日本有害，這是一個政治或外交問題。而法庭討論的隻是法律問題，所以控方的指控根本不能成立。
章太炎也在自我辯護中指出，擾亂治安必須要有證據，我們《民報》如果有手槍，如果藏有刺客，或許可以認為《民報》有擾亂治安的嫌疑，而這些東西在《民報》都沒有，《民報》所有，不過是一筆一墨，幾句文字，如何能在日本擾亂治安？
至於說到革命，章太炎在自我辯護中強調，《民報》所說的革命，隻是針對清國內部情形發言，從來沒有說要革日本政府的命。《民報》所有的文字言論，即便能夠鼓動人，煽惑人，煽惑的也隻是中國人，而非煽惑日本人；鼓動的也隻是中國人，而非鼓動日本人，這怎麽就危害了日本的秩序呢？而且，言論自由、出版自由，是一切文明國家最起碼的政治原則，你們日本號稱是近代文明國家，怎麽就這樣自食其言、以言治罪了呢？《民報》言革命，是因為中國從來不諱言革命，湯武革命，應天順人，這是中國聖賢代代相傳的至理名言，怎麽到日本就成了罪狀呢？中國的法律造反有罪，革命無罪，在中國文明史上從來沒有因革命而判處有罪的，你們日本號稱文明國家，怎麽就這樣不能自圓其說、維護正義呢？
章太炎的咄咄逼人使裁判長啞口無言，裁判長盡管無法辯駁，但照樣於12月12日判處《民報》禁止發行，並判處對章太炎罰款115元。政治、外交的壓力還是使日本政府屈從了清政府的要求，《民報》也就結束了自己的曆史使命。