“支那亡國紀念會”不久，章太炎又回到了國內，根據自己的思想變化，在故鄉餘杭安心修訂《煊書》，使這本成名作日趨經典化，於是文風漸變。
章太炎返回故裏前後，蔡元培和葉瀚、蔣智由、黃宗仰、林白水、王季同、汪德淵等人在上海發起成立中國教育會，期望通過教育造成理想的國民，以建立理想的國家。所謂理想的國民，就是具有共和理想和習慣；所謂理想的國家，就是共和國。
1902年冬，南洋公學發生學潮，學校為嚴肅校紀開除了幾名學生，全校學生兩百多人為了聲援這幾名學生宣布集體退學。
為了接納這些學生，也為了培養革命力量，南洋公學教員蔡元培遂以中國教育會會長的名義勸告這些學生不要散，而是結合起來成立一所新學校，繼續完成學業。
1902年冬，蔡元培等在上海創辦愛國學社，章太炎等任教員。圖為該社師生在開學時的合影。
在各方力量幫助下，新學校很快成立起來了，名字就叫“愛國學社”，蔡元培任總理，吳稚暉任學監，章太炎、蔣維喬、葉瀚等都是愛國學社的教員。
在愛國學社任教時期是章太炎思想發展的重要階段。他通過課堂將自己的排滿革命思想向青年學生廣泛傳播，號召學生樹立人人平等的思想，敢於造反，徹底放棄保皇等不切實際的政治幻想，堅定推翻滿清，重建漢民族國家的政治信念。
1903年的上海，正在醞釀著新的政治**。清政府在1901年宣布開始的新政，至此開始有了政治上略微鬆動的跡象；1900年沙俄乘義和拳戰爭而強占東北領土的行為，也為中國人的憤慨。於是，各種各樣的集會差不多都以拒俄為政治訴求，抗議沙皇俄國拒不從東北撤軍。這樣的集會，在某種程度上說是政府的外交後援，因而即便得不到政府的批準和支持，至少也不會受到鎮壓或遏製。
配合著這些政治活動，愛國學社每周都在張園舉行一次演說會。章太炎往往與蔡元培、吳稚暉等人一起，在那裏發表激進的政治演講。他們幾個人都是主張排滿革命的，因而拒俄運動的演講往往被他們歸納至推翻滿清、排滿革命這些論題上。
愛國學社出版的刊物——《童子世界》
此次革命思潮的高漲有著複雜的背景，大體上說，還是清廷自1898年政治改革中斷之後遲遲不見新的政治動作，1900年的義和拳戰爭固然是個理由，但稍後就有《辛醜條約》為中國提供了一個外部環境，列強保證不會再用武力肢解或瓜分中國，而清廷在1901年的新政宣示之後，卻再也不見什麽作為。這批青年革命黨人的政治焦慮，大約都可從這個方麵進行解釋。
清廷政治上的遲緩，激怒了這些年輕的革命黨人，甚至帶動了那些原本以保皇、以改良為政治訴求的年輕知識分子。在孫中山、章太炎等人的影響下，梁啟超、歐集甲等政治改良主義者開始不耐煩了，梁啟超一再致信乃師康有為，鼓動他更進一步，以革命黨人聯合策動革命，迫使清廷盡快踏上政治變革的軌道。歐集甲在1901年發表的《新廣東》中，甚至鼓吹廣東脫離清廷宣布獨立。凡此種種，都引起了他們的老師康有為的擔心和憂慮。
康有為認為，這些學生離群索居太久了，搖於時勢，不聽師說，所以說出這些極端荒謬的言辭。另外一個原因是這些學生隻知道閱讀歐美新書，汲取西方的思想營養，而不能詳察亞洲情勢，但聞革命自立之事便羨慕之，而不審中國之情勢、亞洲之大勢。為了糾正弟子們的這些思想錯誤，康有為於1902年春發表《與同學諸子梁啟超等論印度亡國由於各省自立書》，駁斥主張各省脫離清廷而自立的諸弟子。
很顯然，康有為的保皇、反對革命的主張是一廂情願，他的這種效忠言行在清廷那裏並沒有得到任何善意的回應。相反，清廷自1898年政治大逆轉之後就從來沒有放棄或改變對康有為及其所組織的保皇黨等政治組織的敵視和鎮壓，從來將他們視為逆黨、會匪，將之與孫中山領導的革命黨同樣對待。
清廷的做法在康有為看來，或許可以理解，因為康有為內心清楚得很，他在外麵做的這些事情，雖說有皇上賜給楊銳的一道禦旨作護符，但從本質上說與清廷沒有任何組織上的關聯，並沒有接受過朝廷的任何指示。然而，康有為畢竟是1898年圍謀頤和園、劫持皇太後的主謀，他如果不拉住皇上這麵旗幟，手中就沒有任何政治籌碼了。
然而，康有為的追隨者們可不這樣想，他們在經曆了幾年磨難後，總感覺一廂情願地保皇是熱臉遇到了冷屁股，自己對朝廷竭盡忠誠卻被視為“逆黨”，想盡一切辦法保全皇上卻被視為“會匪”。與其如此受歧視、受刁難，還不如反了，還不如和革命黨人一樣，以鐵血行之，仿效華盛頓革命自立，或可以保全中國、保全國民、保護自己。於是，南北美洲華僑中的保皇黨人開始反叛，他們紛紛向康有為提出類似要求。
追隨者的要求合情合理，然而果真這樣做了之後，保皇黨人也就不再是保皇黨人了，康有為非常明白這一舉動的嚴重後果，於是他立即發表《答南北美洲諸華商論中國隻可行立憲不可行革命書》，詳細解釋自己的保皇主張、立憲主張，以及為什麽堅決反對革命、反對排滿的理由。
在答弟子書和答南北美洲諸華商書中，康有為始終強調的隻是一個原則，即中國不能走上革命之路，或者說應該想盡一切辦法阻止中國走上革命道路，要想盡一切辦法使中國走上君主立憲的道路，隻有君主立憲能夠使中國強大，使中國轉弱為強。革命、排滿，必然使中國陷入內亂、陷人內爭，使中國國力逐漸衰弱，最終必然導致亡國滅種。
康有為指出，大家對清廷的不滿隻是暫時的，因為清廷現在被一批昏庸的舊人如慈禧太後、榮祿等人壟斷著權力，聖明的君主光緒帝依然靠邊站。這是不正常的，也是大家現在失望的根源。不過大家應該相信，這種情形不會永久如此，一旦那些昏庸的舊人退出了曆史舞台，一旦聖明的君主掌握權力，情況就會改變，皇上一定會像日本天皇、俄國尼古拉二世等人一樣，救國救民，亟予民權自由，其心至仁如天，至公如地，其公天下而無少私，視天位如敝屣，這不僅是歐美諸國所未有，也是中國曆史上前所未聞的。所以，各位在政治道路的選擇上要有耐心，要等待，相信這一天不久就會到來，想想看，皇太後、榮祿畢竟都是六十多歲的人了，而皇上才不過三十來歲，一旦皇上複權秉政，中國的麵貌必將在一夜之間天翻地覆，換了人間。
為什麽說中國不能走上革命排滿的道路呢？為什麽必須阻止中國走上排滿革命的道路呢？康有為認為主要是基於這樣幾個理由：一是中國國情與歐美迥異。美國為新造之邦，人少地多，又沒有曆史包袱，所以容易造成民主之國。而中國地大人多，曆史悠久，不獨與美國迥異，即便在歐洲也難以找到相似的情況。二是革命是一種不得已的手段，血腥殘忍，但凡有一點兒辦法，也不應該走上這條路。法國大革命，大亂八十年，流血數百萬，結果不還是那位拿破侖照樣登上皇帝的寶座，還是君主製。至於中國曆史上的農民起義、改朝換代，哪一次不是血流成河，殺人如麻。現在世界已經進入熱兵器時代，一旦爆發革命，那殺傷力不知要比過去的冷兵器厲害多少倍。弄得不好，四萬萬中國人或許要有一半死於革命。那不是一場人間慘劇嗎？三是中國如行革命必然招致列強瓜分。這就像印度一樣，國內革命如鷸蚌相爭，得利的永遠是鷸蚌之外的第三人。四是皇上仁聖，享有天命，通於國際大勢，足以變法而強中國；久曆艱難，能公天下，足以立憲而興民權。所以，中國的惟一出路，在康有為看來就是一句話，保住了皇上，就保住了中國的未來。
康有為的這幾封信被其弟子大肆張揚，一時間在國內外造成很大影響，許多閱讀過這兩封信的人覺得康有為說得也不錯，君主立憲應該是中國的首選，至於革命，至於排滿，確實應該放在最後再考慮。康有為不再是排滿革命的同路人，而是成為地地道道的反對者。中國革命要想繼續往前走，就必須對康有為的這種思想進行嚴厲批判。
然而，康有為的這些理論有曆史依據有哲學道理，一般人要想弄清楚來龍去脈很難，更不要說給予批判性思考了。曆史的責任落到了章太炎的頭上。怒不可遏的章太炎麵對康有為的挑釁勃然大怒，拍案而起，以《駁康有為論革命書》為題，係統駁斥了康有為反對革命、反對排滿的謬說。
發表在《黃帝魂》中的《駁康有為論革命書》
針對康有為滿漢早已平等，不存在階級壓迫的觀點，章太炎說，這簡直就是胡說八道，是睜著眼睛說假話。滿洲人入關以來，從來沒有把漢人當作平等的人去看待，從來將漢人當作下一等的民族，包括你康有為在內的漢人，都受到過滿洲人不同程度的政治迫害。在滿清的政治架構中，滿洲人在各個方麵都享有特殊的權利，中央部院的滿漢架構，從來都是滿洲人領導漢人；軍機首領、總理衙門領班大臣，什麽時候都是滿洲人，漢人高官即便做到曾國藩那樣的中興名臣，在朝廷中也隻能是等而下之的微臣、末臣，而且時刻擔心功高震主，擔心被滿洲人算計。滿洲人的製度設計，漢人從來是奴才，主子隻有滿洲人。現在，流亡海外惶惶不可終日的康有為竟然覺得自己是大清國的主人了，可以分享權力了，這真是癡人說夢，是自己把自己太當作一回事兒了。
對於康有為頂禮膜拜的那位聖明天子，章太炎也毫不客氣地予以揭露。認為那個小皇帝根本不是康有為所想象的那樣聖明英武，他之所以同意變法、同意維新，完全是因為私心在作祟，是他知道不變法無以交通外人，得其歡心；非交通外人，得其歡心，也就沒有足夠的力量去排斥老太後的權力和勢力。所謂百日維新，貌似轟轟烈烈，究其實際，不過是那個小皇帝利用這場政治運動保住自己的權位而已。章太炎指出，這個被康有為捧上天的小皇帝，其實隻是一個生養在深宮、成長於婦人之手、不分五穀、不辨菽麥、隻會紙上談兵的孱弱之主而已。自1898年以來的政治發展已經證明，這個兒皇帝不是什麽明君英主，一個連自己都無法保護的人，怎麽能夠指望他去拯救中國呢？指望這樣的小皇帝與天下共憂，那不是緣木求魚畫餅充饑望梅止渴的傻瓜了嗎？
至於康有為一再推崇的君主立憲體製，章太炎認為，這是中國一條走不通的路。按照世界立憲通例，議院一般由上下兩院組成，中國如果立憲，漢人或許能夠在下院稍有機會，但在上院，肯定主要是那些皇親國戚、貴族高僧，根本無法代表下層民眾特別是漢人下層民眾的利益，更不要說什麽滿漢平權了。現在的滿洲人連自己的發祥地都被俄國人占領了好幾年而要不回來，一個失去自己發祥地的君主，有什麽資格去宣布立憲？失地當誅。你康有為推戴一個失去土地的“天囚”為漢人的元首，那不就像從牢房裏拉出一個囚徒被推為君主一樣了嗎？而且，從世界立憲通例看，以君主之詔宣布立憲並不是真立憲，任何一個君主都不可能自覺地、主動地約束、收束自己的權力，更不要說放棄自己的權力了。
君主立憲在中國就是一條走不通的路，中國的未來隻在革命，隻在排滿。章太炎指出，革命當然避免不了流血，但是立憲就能夠完全避免流血了嗎？如果熟悉西方民主國家的曆史，不難發現那些立憲國家，也無不是從槍林彈雨中走出，無不經曆過腥風血雨。即便是中國的近鄰日本，其明治維新之初同樣經曆過一場反對幕府專製的國內戰爭，如果不是清除了這些政治上的守舊勢力，誰能保證後來的明治維新能夠順利地走下去。立憲並不必然隻是和風細雨、口舌之辨，革命也並不必然就是血流成河、血流漂杵。中國的政治變革必然要有流血犧牲的準備，同時要盡量避免少流血、不流血，少犧牲、不犧牲。
章太炎的批駁可謂是高屋建瓴氣勢磅礴，有理有據，在一定程度上確實遏製了康有為所散布的改良主義思想，助推了革命排滿思想在國內外的傳播。