1901年8月，逃亡中的章太炎經好友吳保初的介紹，前往蘇州的東吳大學教書。
東吳大學是美國傳教士創辦於1900年以宮巷書院為基礎，合並博習書院、上海中西書院而成的，第一任董事長為美國著名傳教士林樂知，校長為孫樂文。由於是美國人創辦和主持，因而東吳大學充滿自由討論的風氣，這對章太炎在那裏自由自在地暢所欲言提供了良好的外在條件，從而使其排滿革命的思想獲得充分發揮。
章太炎的業師俞樾此時移居蘇州，章太炎到蘇州後去拜訪了老師。老師早就從其他渠道知道章太炎已經開始了排滿革命，因而見麵伊始就大罵章太炎不忠不孝，號召弟子鳴鼓而攻之。章太炎當麵辯解說，弟子追隨先生治經多年，現在中國人的那點經學，按照先生說法，其實都來源於顧炎武。顧炎武之所以如此重視經學，其實就是要讓後世中國人推尋國性，明華夷之辨。章太炎的辯解當然無法說服老先生，師徒二人就此分道揚鑣各奔東西。章太炎隨後寫了一篇名文《謝本師》，認為先生既對儒家經學有深人研究，又博覽群書，哪有不知道戎狄豺狼之說，那麽老先生為什麽還那樣替滿洲人辯護呢？章太炎認為，這就是吃人家的嘴軟，拿人家的手短了。老先生既然接受滿洲人的授職任編修，那總得對得起這份名義和這份俸祿。章太炎的解釋或許太過功利化，但他與業師俞樾就此脫離師生關係的真相可能還有重新思索的餘地。換個角度想想，章太炎將要從事的是一份充滿風險的大事，成功了，為新朝元勳，功績卓著；失敗了，那可是滿門抄斬，株連九族。章太炎此時如此高調宣布與乃師脫離師生關係，究竟是出於對老師的憤恨，還是出於對老師的保護呢？我們似乎可以從比較善意的角度去考慮。
在東吳大學自由自在的環境裏，章太炎無限深情地投人到傳道授業解惑中。他在那一年多的時間裏，經常用民族大義、華夷之辨啟發學生，號召學生愛國家並不必然愛朝廷。他有一篇文章題目是《李自成胡林翼論》，直接明顯的敏感論題令許多人大吃一驚。江蘇巡撫恩壽聞訊後極為緊張，他不希望在自己的地盤裏出現什麽叛黨，迅即派員前往查處。章太炎在友人保護下，於1902年2月開始新的逃亡生涯，這是他第五次被通緝被迫捕。
和那時中國政治流亡者的路數一致，章太炎很快到了日本橫濱，借住梁啟超的《新民叢報》館。梁啟超此時的思想較先前有了很大變化，學識日進，頭頭是道，其論說是以適宜當時社會與否為是非標準的，其語言文字，也日趨文雅幹淨，不再用山膏晉語以招致阻力。梁啟超的變化引起了章太炎的好感，兩人遂盡釋前嫌，重歸於好。章太炎也就自然成為《新民叢報》的作者。
梁啟超的思想、文風有了很大變化，但他對孫中山的革命排滿等激進主張還是不能認同。兩派在日本是低頭不見抬頭見，誰有什麽樣的主張、有什麽樣的動作，大家心中都很清楚。孫中山很想將梁啟超拉到革命陣營來，而梁啟超也想將孫中山拉到保皇、改良的陣營裏，兩派領袖惺惺惜惺惺，但在觀念上視若仇讎不共戴天，誰也無法撬動對方的陣營。
章太炎在國內曾發表《正仇滿論》，專門批評梁啟超的保皇思想，然而當他再次與梁啟超相處後，卻覺得梁啟超的思想也有可愛處，所以他此時對於孫中山與梁啟超的關係和爭論處超然立場，不介人、不偏袒、不拉架、不幫忙。章太炎相信，中國的未來即便不在孫中山、梁啟超兩人掌控中，但若有一線生機，也隻有他們兩人最有希望，最有機會。
孫中山、梁啟超、章太炎等人的三角關係並沒有持續很久，而打破這個關係的是梁啟超的弟子秦力山。
秦力山是梁啟超在湖南時務學堂時的學生，1898年政治大逆轉之後流亡日本，追隨梁啟超編輯《清議報》。1900年，利用義和拳事件潛回國內，前往武昌，追隨時務學堂時另一位老師唐才常發動自立軍起義，為前軍統領。事泄失敗，唐才常就義，秦力山逃往新加坡。在那裏，他喬清自立軍之所以失敗的原因主要在於康有為擁資自肥，沒有將籌集到的經費及時交給唐才常。
《國民報》月刊
對於秦力山的指責，康有為、梁啟超當然另有說辭，但秦力山由此脫離了康、梁，轉向了革命，轉向了孫中山。在日本創辦了一份《國民報》，高舉民族主義大旗，風行一時，章太炎的《正仇滿論》，就是在這份刊物上發表的。
或許是因為這些原因，章太炎此次居住在橫濱時就與秦力山等人比較接近，秦力山等也就有意識地將章太炎往孫中山這邊拉。按照章太炎後來的回憶，此時在留學生中間與孫中山能夠稱得上誌同道合的並不很多。章太炎看到此情此景不免有點兒傷心，覺得連孫中山這樣的人都無法喚醒國人，那他這個瘋瘋癲癲的人如何能夠贏得人們的信任呢，於是他想到了出家，想去當和尚，不再與政界學界的人往來，落得個心裏清靜。
秦力山獲悉章太炎的此種心理後，很快告訴了孫中山。孫中山對於章太炎的文名和性格，早有了解，他們不僅見過麵吃過飯，而且也曾通過信。於是孫中山決定乘著章太炎此時的心理危機，給予他最隆重的禮遇，以將這個大文豪徹底拉到革命陣營中來。
稍事準備，孫中山約陶成章、蔡元培、鄒容、張繼、汪精衛、宋教仁等百人在東京對陽館中和堂為章太炎舉行了隆重的歡迎典禮。孫中山陪同章太炎進入中和堂，奏軍樂，然後暢敘歡宴，每人都敬章太炎一杯，據說章太炎那天一高興，竟然喝了七十多杯不醉。孫中山給足了麵子，章太炎欣然與孫中山訂交，從此成為革命黨中的一個重要成員。
章太炎的加盟是革命黨人的重大事件，從此，革命黨人的排滿革命就充滿著曆史感和正義感。經章太炎提議，秦力山、馮自由、馬君武等人同意於1902年4月26日舉行“支那亡國242年紀念會”，以喚醒中國人的曆史觀念。
在為這次紀念會寫的宜言書中，章太炎從大曆史的視角羅列滿洲人自入關建政以來對漢族人的殘暴統治，強調滿洲人的統治就是使中國成為殖民地，中國要想踏上與世界一體化的政治道路，第一步就要使中國從滿洲人的殖民統治下解放出來，如果中國人不能推翻清王朝的政治統治，那麽民主憲政、自由獨立都隻是一句空話。
章太炎將這份宣言書寄給孫中山、梁啟超兩人征求意見，孫中山對此高度重視，表示支持；梁啟超也能夠同意章太炎的觀點，同意署名為讚助人，隻是出於各方麵關係的考慮，梁啟超希望章太炎不要將他的名字公布出來，但他可以在主編的雜誌上予以發表。
宣言書公開發表後，引起社會各界廣泛反響，也引起清政府駐日公使蔡鈞極端恐慌。為防止事情鬧得太大，蔡鈞親訪日本外務省，要求日本政府從大局考慮，設法阻止這場紀念會的舉行。
對於蔡鈞的請求，日本政府也給予高度重視。4月25日，日本政府特令警視廳總監製止章太炎等人開會，要求章太炎等發起人前往警察署接受調查。見麵伊始，警長問章太炎，你是清國何省人？章太炎坦然答曰：我等皆為支那人，非清國人。警長聞言大吃一驚，繼問階級，士族乎，平民乎？章太炎答曰：遺民。警長不禁再三搖頭，於是發言曰：諸君最近在這裏創設什麽支那亡國紀念會，有傷日本帝國與清國邦交，我奉東京警視總監命令，要求你們明天的會議不得舉行。章太炎等與之爭論良久也沒有結果，隻好退回另外再想辦法。
章太炎等人原定4月26日在東京上野精養軒集會，到了那天上午，精養軒門口布滿了警察，禁止中國人在此集會。然而由於會議通知早已發出不及更改，接到通知的數百人還是如約趕來，他們均被警察勸阻或遣散。惟從橫濱專門趕來的孫中山等人弄清原委，建議改在精養軒吃飯，以逃避警察們的刁難。正式的紀念會，改在當天下午返回橫濱舉行。
26日下午，孫中山、章太炎、秦力山、馮自由、朱菱溪等六十餘人浩浩****從東京返回橫濱，在永樂酒樓舉行紀念會。孫中山主持了會議，章太炎宣讀紀念辭。當天晚上，孫中山等橫濱興中會諸同誌又在永樂酒樓為章太炎等人舉行公宴，賓主均喝了不少酒，盡歡而散。
從此後，章太炎踏上了排滿革命的不歸路，成為近代中國第一批職業革命家。