根據章太炎的看法，中國議會諸公的政治訴求是矛盾的，光緒帝、端王還有那個大阿哥，與朝廷是一體兩麵，並不存在著利益上的衝突與矛盾，各位受到唐才常的蠱惑太重了，而唐才常又受到康有為的蠱惑太久了，總認為光緒帝代表著朝廷中的進步力量，代表著中國的希望和未來。章太炎認為，這個判斷可能是很有問題的，滿洲人對於中國，其實就是一個階級壓迫著另一個階級，滿洲人從來沒有把漢人當作自己人，戕虐賢駿，使漢人成為這個國家的二等公民。現在滿洲政府更過分，為了一己私利，橫挑強鄰，戳使掠賈，四維交攻，不把國家當國家，為了皇族的利益，竟然拿國家作賭注，以一國挑戰世界，違背《春秋》兩國交戰不斬來使的原則，違背現代國際交往準則，公然殺害外國公使，終於引來八國聯軍進攻中國進攻北京。章太炎強調，這是中國的危機，也是世界給中國的一個機會。中國議會應該利用這個難得的機會，推翻滿清，重建漢民族的國家。
事後想想，章太炎的判斷是對的，端王也好，皇上也罷，他們之間的關係真的不是唐才常們所想象的有什麽不共戴天視若水火的仇恨，端王也並不是一個徹底的排外主義者，皇上也並不是一個什麽英明領袖，更不是什麽中國的未來和希望。在對待義和拳，對待外國，對待漢族人等一係列問題上，他們立場一致步調一致，隻是節奏不同，表現有異而已。稍後，唐才常策動的勤王運動競然受到朝廷的迫害，年紀輕輕的唐才常因此而喪命。這也從一個側麵證明了章太炎預言的天才性。
在割辮與絕後第五天，章太炎給剛剛結識不久的孫中山寫了一份熱情洋溢的信，詳細介紹了自上年在橫濱見麵之後國內政治變化，認為現在國內的政治形勢因滿洲人倒行逆施而岌岌可危，滿洲政府狂悖恣行，益我人理；聯軍進攻，將及國門；覆亡之兆，已經清晰呈現，不待問卜，就知道中國的形勢到了怎樣的危機狀態。南方各省督撫為了自保，與列強簽訂了互保協議，我也曾在這個時候上書劉坤一、李鴻章，希望他們順應曆史，明絕偽詔，自建帥府，然而他們根本不聽。東南大局，亦複發岌。
至於上海各界名流組織的中國議會，章太炎也向孫中山作了介紹，他認為容閎當然是一個天資聰明的第一流人物，但與會諸公由於各懷鬼胎，賢者以保皇為念，不肖者以保爵位為念，莫不尊奉滿洲，如戴師保，九世之仇，相忘江湖。隻有我章炳麟一人堅決反對，嚴拒滿蒙人入會，諸公不以為然，我也就隻好移書退會，割辮與絕，斷發以明不臣滿洲之誌。現在我和你孫先生終於成為一條戰壕中的戰友了，雖然我們在整個中國是少數，但是我章炳麟堅定相信，愛國家並不必然愛朝廷，推翻滿清，重建漢民族的國家，是這一代人的正義事業，一定能夠成功。
章太炎的主動示好出乎孫中山的意外，因為孫中山在過去幾年間，雖然作了許多工作，但真正的文化人即便在思想上認同孫中山的追求和主張，但卻出於各種各樣的原因，很少能夠投身於這項看不見盡頭的正義事業。現在章太炎來了，而且是主動來的，這當然使孫中山喜出望外，章太炎的文名，章太炎在中國知識界的影響力，那可不是一般的了得。孫中山指示《中國旬報》將章太炎的這份來信全文發表，並在編者按語中稱頌章太炎這篇文字是有清以來，士氣之壯，文字之痛，當推此次為第一。
8月14日，聯軍開始向北京進攻；15日，兩宮逃出北京；22日，張之洞眼見大局已定，派兵包圍武昌自立會機關，將準備勤王的自立軍首領唐才常、林圭等二十餘人抓捕，當夜處死。中國的政治局麵又麵臨著一次大逆轉。
在這一係列複雜的政治局麵中，章太炎已經真的成為重要的政治人物了，表征就是當自立軍起義失敗後，章太炎竟然先因參加中國議會受到第三次大約也是第一次真正意義上的通緝，緊接著，又因那本具有反滿意思的小冊子《扈書》的出版，受到第四次通緝。
章太炎所著《地書》，1905年東京重刊本。
接二連三的被通緝當然意味著章太炎的地位在提升，意味著其地位的重要，但其生活在這種不斷被通緝的過程中無法安寧，使他終日處在逃難、避難，躲避追捕的過程中，漸漸地，章太炎那點改良主義的想法被消磨殆盡，他終於撕下臉皮，成為一個無比堅定的排滿革命家。
章太炎的這些想法，在那個時代還是絕對的少數。更多人，並沒有從個人生活經驗中，從世界大勢中看出滿洲統治集團的困局，看出打破困局的出路。大家差不多依然沉迷在愛國家更要愛朝廷的傳統愛國主義層麵，認為國家的困難就是個人的困難，個人應該幫助支持朝延渡過困難，走上坦途。1901年春，流亡在日本的梁啟超鑒於中國困局，在自己主編的《清議報》上發表《積弱溯源論》，討論自從被迫走上近代的中國為什麽在過去若幹年積弱不振，舉步維艱。
根據梁啟超的觀點，中國積貧積弱的根源不是政府無能，而是人民愚昧，是全體國民的素質差，有奴性、愚昧、為我、好偽、怯懦、無動六大弱點。因此，中國要迸步，就要啟蒙，就要改造國民性。
梁啟超的觀點開啟了後來“五四”新文化運動中的國民性改造的先河，隻是梁啟超設定的問題並不簡單在此，他這篇文章的主旨就是要為滿洲人開脫，就是要重建中國人對光緒帝的信任，認為年輕的聖明君主忘身舍位，依然為中國開數千年未有之民權，非徒為民權，抑亦為國權。梁啟超這篇文章論證的落腳點，就是康有為的保皇主張，就是想方設法支持光緒帝重新掌握朝廷大權，排除慈禧太後對權力的占有和壟斷。
從保皇黨人的立場上看，事情或許如此，但在已經轉變了思想觀念的章太炎看來，梁啟超的這些理論就顯得有點兒荒謬了。梁啟超迫於愚昧的忠君理念，不及擇音，而忘理勢之所趨，因而使其說法顯得格外偏頗。為了糾正梁啟超的看法，章太炎寫了一篇《正仇滿論》，不僅有力反擊梁啟超的忠君思想保皇理念，而且正麵闡釋自己的排滿革命理想和預想中的實現途徑。
章太炎指出，推翻滿清，重建漢族人的國家，是這一代中國人必須完成的使命。這不是因為滿洲人統治太無能，而是他們在進入中原的時候，就對漢族人犯下了無法饒恕的罪行，屠劊之慘，焚掠之酷，鉗束之工，聚斂之巧，這些雖然有些已經成為往事，但漢族人對滿洲人仇視是無法根本消除的，排滿革命不可避免，不得不如此。
至於梁啟超和保皇黨人對光緒帝的幻想，在章太炎看來其實是一種天真的自我想象，光緒帝與那拉氏沒有本質區別，他們都是滿洲利益的代表者，即便光緒帝取代那拉氏擁有全權，他也不可能犧牲滿洲人利益，不可能改變滿洲人的統治方式，更不可能為全體中國人著想。滿洲人隻是一個特殊的利益集團，任何統治者都必須為這個特殊的利益集團去服務。這就是問題的關鍵。所以在章太炎看來，不能指望一個小皇帝，中國曆史已經到了應該翻開新一頁的時候了，今天的中國人無不切齒痛恨滿洲貴族統治集團，無不思考著、期待著革命。中國人的仇滿，不是一場簡單的民族仇視或仇殺，而是滿洲貴族所代表的清王朝作惡太多，無一事不足以喪我中國。
愛國家並不必然愛朝廷，當朝廷成為一個反動勢力時，就隻有打破它、粉碎它，這就是章太炎在這篇文章中所得出的結論。