章太炎確實不是有意反體製，他那麽熱心為李鴻章出招，那麽高興前往武昌去主編《正學報》，都表明他對既有體製還抱有信心。然而，當他一再失意，一再不能得誌後，繼續指望章太炎對體製忠誠，似乎也就沒有道理了。章太炎開始反省這個體製的問題了，於是一個原本善良的體製擁護者、認同者竟然被一步一步地推向體製反叛者。
反體製的思想在章太炎的腦海裏或許已有一段時間了，但這還不是其思想的主體或主導，他回到上海之後，曾經將途中寫的那首具有反叛思想的《艾如張》抄給他的朋友看，但他個人還是依然前往張之洞作後台老板的《昌言報》任主筆。
按照張之洞的構想，《昌言報》是因為與康有為、梁啟超等人鬧氣而由汪康年辦起來的，其政治理念當然還是支持朝廷的政治變革。然而這場轟轟烈烈的政治變革到了1898年秋天卻戛然而止，原因據說是因為康有為對和平的變革遲遲推展不起來有點兒不滿，於是策動袁世凱的部隊和兩湖英雄豪傑用暴力手段劫持慈禧太後，迫使皇太後將政權還給康有為認定的英主光緒帝。
當然，康有為的武裝暴動隻是一個計劃，但這個計劃卻陰差陽錯給泄露出去了。於是，譚嗣同等六君子被殺，康有為、梁啟超師徒潛逃海外，中國政治發生大逆轉，章太炎和他所在的這個《昌言報》也受到某種程度的牽連。
在1898年政治變革中，章太炎確實還算不上什麽角色，他名義上是《昌言報》的主筆，其實並沒有發揮多大作用。他在上海的那些日子，主要還是與幾個老朋友諸如孫寶瑄、宋恕等人來往，喝喝小酒，聊聊天，議論一下北京的政局和政治改革的進展。他對《昌言報》的貢獻，是從第一冊開始連載《斯賓塞爾文集》，這是由曾廣銓口譯，章太炎整理潤色的。
章太炎在1898年沒有實質性的政治活動，然而由於他並不知道北京政治逆轉的真相，或者根本不願意相信朝廷的解釋，反而相信康有為、梁啟超等政治流亡者的解說，相信街談巷議，相信各方麵的傳言，於是章太炎在事變之後反而介入了這件事。
根據與章太炎密切接觸的孫寶瑄的記載，他們在10月2日從報紙上獲知上諭宣布康有為的罪狀，始知有結黨謀反不利皇太後事。他們接著推測，蓋先欲剪除太後黨羽，故撰密旨，令袁世凱擒榮祿，即以新軍入都移宮。袁不從，以告榮祿。榮祿密奏太後。太後震怒，故降旨嚴拿。康有為已逃，僅獲其弟康廣仁等。很顯然，這個故事梗概與朝廷的版本差距很大。
在特殊的政治階段，人們不願相信朝廷，願意相信各種各樣的傳聞和小道消息，這是人之常情，可以理解。於是，章太炎根據各種小道消息，繼續演繹著自己的判斷，他認為北京的政治變動可能並不像朝廷解釋的那樣簡單，朝廷內部大約真的有一個新IH派別衝突，他根據對張之洞等人的直接觀察，認為今日中國之反複小人陰險狡詐者，莫如兩湖總督張之洞為甚。名受其殃，君受其欺，士大夫受其愚，已非一日。至新舊黨爭，其人之罪狀始漸敗露，向之極口推重者，皆失所望。
根據這樣的特殊心情和價值傾向，章太炎於10月20日在《昌言報》上發表《書漢以來革政之獄》，借古喻今，指桑罵槐，影射朝政，袒護康梁。這當然是一篇典型的影射史學，隻是章太炎的學問太大，人們在愉快的閱讀中並沒有覺得有什麽不妥。
按理說，章太炎在戊戌年間還算不上重量級的政治人物，在清政府的政治清查中也不是什麽重點關注的對象，隻是在北京政局發生大逆轉的匆忙混亂中，正在北京的翰林院侍讀學士黃紹箕因與康有為等人有密切接觸，不知從哪兒獲知在朝廷的懲處名單中列有章太炎。黃紹箕是浙江瑞安人，與同裏孫詒讓關係密切，曾於1896年合作在家鄉開辦瑞安學計館。黃紹箕知道孫詒讓對章太炎很器重，因而將這個消息迅即通知了孫詒讓，孫詒讓迅即告訴其妹夫宋恕，宋恕告訴陳蔽宸，陳胾宸和宋恕為萬全之計，迅即敦促章太炎趕快找個地方躲躲。
當時，適有日本詩人山根虎雄欣賞章太炎的才華，有意介紹章太炎去台灣一家報紙任職，並幫助台灣學務官館森鴻修訂詩文，章太炎遂於1898年12月4日抵達台北。此乃章太炎一生中第一次躲避追捕。從此，章太炎被迫走上了反體製的政治道路。