章太炎抵達台北後，經上海《亞東時報》的日本友人山根虎雄、安藤陽洲的介紹，前往《台灣日日新報》當記者。
《台灣日日新報》是台灣日治時期第一大報，創辦於1889年4月，社長為日人守屋善兵衛，主筆為木下新三郎，中文部主任編輯韌三衣州。這個刊物帶有很強的官方背景，也是從先前幾份各方報紙整合而來，獲得了台灣總督兒玉源太郎和民政長官後藤新平的大力支持，因而需要有文采、有思想的編輯和記者。大約正是這樣一種背景，章太炎才來到台灣，出任該報記者。
在台灣，章太炎寓居在報社提供的宿舍中，並不常去報社，主要在家寫稿，同時幫助日人館森鴻修訂詩文。章太炎還通過館森鴻和台灣的許多名流雅士交往，這些名流雅士中也有一些日本人，這也為章太炎後來前往日本提供了條件。
章太炎滯留台灣時，為《台灣日日新報》撰寫了一批文章和詩詞，這些詩文展現了章太炎的才華和思想，也為他贏得了巨大的聲譽，使他從先前囿於東南一隅的地方聞人很快竄升為全國性的政治人物。
如果就思想發展的脈絡看，章太炎在1898年秋天政治大逆轉之前，對於康有為的政治變革思想其實還有很大的保留。他雖然接受譚獻、孫詒讓等人的建議，暫時放棄了從學術上痛罵康有為，但決不意味著他能夠認同康有為的那些主張。張之洞之所以看上他、邀請他前往武昌創辦主持《正學報》，其實就是因為張之洞發現，或者是經過其幕僚錢恂發現，章太炎的思想與康有為有著很大區別，可以在某種程度上利用章太炎去反製康有為。即便章太炎在張之洞那裏掃興而歸，他們也沒有在對待康有為的立場上有什麽分別，他們的分手別有原因。
到了上海，章太炎加盟汪康年主持的《昌言報》。不僅《昌言報》的背景是張之洞，而且《昌言報》之所以得以創辦，也是因為汪康年與康有為、梁啟超決裂，所以章太炎在《昌言報》的那些日子，應該說依然無法認同康有為、梁啟超的學術主張和政治主張，盡管康梁師徒在北京很火，很得勢，畢竟汪康年此時與他們鬧得不可開交，而章太炎此時又是汪康年的同盟者。所以，可以肯定的是，在北京1898年9月下旬發生政治大逆轉之前，章太炎即便不是康有為、梁啟超的死對頭，也算不上同盟者。
至於在北京政治變動中被處死的那幾位，據我們現在所知道的資料，章太炎與他們毫無聯係、毫無瓜葛，與他有聯係或者說有間接聯係的也隻是北京政界相當邊緣化的人物，像浙江籍的翰林院侍讀學士黃紹箕等人。然而就在這場變動發生後，章太炎的思想發生了大逆轉，他不僅相信民間那些攻擊朝廷的傳言，不相信朝廷的正規說法，反而很快寫出感情真摯的《祭維新六賢文》，而且主動放棄與康、梁的爭執，對康有為、梁啟超寄予無限的同情，他的《書漢以來革政之獄》，就是以影射的史學筆法表示“其事雖不獲平反於當時，而未嚐不平反於後世。”斷定北京政治上的大逆轉隻是曆史的暫時倒退，康、梁所開創的維新事業一定還會繼續下去。
仔細體會章太炎對康、梁的同情，很容易發現其緣由主要是他不相信朝廷的解釋，朝廷對六君子的殘忍殺害，大約是章太炎那時轉而同情康、梁的根本原因。而且從話語傳播層麵說，政府的處理結束了就結束了，不可能一而再再而三反複嘮叨，而受到迫害的康、梁反而利用手中的輿論工具不斷強化受迫害的形象，贏得各方麵道義上的同情。
1898年12月23日，梁啟超主編的《清議報》在日本橫濱創刊，這個刊物在此後很長時間反複宣傳、反複強化維新勢力受壓迫、受迫害的形象，凡此，也是章太炎不計前嫌，山康有為、梁啟超的反對者轉變為同情者的根本原因。
章太炎同情康有為、梁啟超，也就同情了康有為、梁啟超所塑造的光緒帝，也就變成了一個保皇的政治人物，相信康、梁建構的1898年政治故事框架，以為政治變革的失敗主要是因為以慈禧太後為首的保守派的反對，並由此撰寫《書清慈禧太後事》追溯其曆史上諸多罪狀，這雖然貌似曆史真實，其實不過是捕風捉影，野史傳聞而已。
對康有為、梁啟超師徒二人建構的戊戌故事，章太炎幾乎是照單全收，不加懷疑。其實從嚴格曆史學的眼光看，章太炎當年的許多看法真的很有問題，至少不是那麽嚴謹，是以訛傳訛。比如他在1898年12月28日發表在《台灣日日新報》上的《俳諧錄》中，以非洲沙漠鴕鳥為比喻，指責袁世凱甘為人服乘，載重而不怒，出**而不恥，以為正是袁世凱的出賣，導致了慈禧太後反手鎮壓了維新運動。這顯然都不是曆史主義的態度，而是一種情緒宣泄，是一種非理性的鼓掌。
基於對康、梁的政治同情，章太炎忘記了先前與康、梁之間的所有不愉快，他不僅密切關注著康、梁的動態，也設法與康、梁取得了聯係。康、梁告訴章太炎，他們正在運動日本政府，希望日本政府幫助他們繼續從事中國的政治變革，而章太炎回信表示，估計日本政府不一定會接受這樣的建議。至於康、梁的政治遭遇和流亡生涯，章太炎寄予無限同情，他在《台北旅館書懷寄呈南海先生》中，深情回憶過去交往中的點點滴滴，發白內心覺得一切都是那樣的美好，“老淚長門掬，深情故劍知。”過去一切的不愉快，過去對康有為今文經學的不滿與批評，章太炎在這裏都忘得一幹二淨。
章太炎的深情使流亡中的康有為、梁啟超非常感動，他們除了將章太炎的這些書信、詩文在《清議報》上發表外，對章太炎的“拳拳正義”給予很高評價，以為章太炎的識見絕出尋常而愛之深、真誠期待能夠與章太炎攜手合作，得盡懷抱，馳騁歐美，救此淪胥。
康有為的名頭此時可是全球皆知，高傲的章太炎收到康有為的親筆回複後也未能免俗，眉宇盱揚，陽氣頓發，以為康有為的主張不啻“白金良藥”，是拯救中國的最佳方案。
對於章太炎這種不計前嫌熱衷吹捧康有為的姿態，也有人提出批評，強調你章太炎與康有為的學術殊途，往者你評議康有為的經學，其激烈其憤怒不亞於東漢範升與陳元之間的殊死爭論，現在你怎麽突然又變得這樣護著康有為呢？
對於這樣的指責與嘲弄，章太炎並不覺得尷尬，他坦然答道：你不知道南宋大哲學家葉適與朱熹之間的故事嗎？他們在經學上判若冰炭，視若水火，互不相容，互相攻擊，但當有人以偽學、朋黨攻擊朱熹時，葉適在朝，乃痛言小人誣罔，以斥其荒謬。知道這是為什麽嗎？道理很簡單，他們可以在學術上有爭論，但在政治上的看法並不一定就相互對立。章太炎說，他和康有為之間的關係，大約就是這個樣子。
即便在學術上，章太炎此時也較先前有很大退讓。他說，真正對康有為學術構成重大批評的，還是朱一新，而不是他章炳麟。朱一新曾因彈劾李蓮英罷官，由此可知假如朱一新現在依然職掌朝政，依然有權建言，相信他也會轉而支持康有為。至於我章炳麟的學問傾向，好像還沒有像朱一新那樣刻意推崇宋學，我與康有為之間的爭論，也隻是就《左傳》、《公羊春秋》的門戶師法之間的問題，至於黜周王魯，改製革命等，我章炳麟的看法與康先生的看法其實並沒有多大的差別。何況旋乾轉坤，以成振興國家這樣的盛事偉業呢？總而言之，一切理由都被章太炎說光，人們也就不好怎樣指責他為什麽改變了學術宗旨。
顯而易見，章太炎此時對康有為的同情，在學術上刻意放他一馬，主要的還是因為他認為康有為所做的政治活動是一項正義的事業，不明不白因卷入了慈禧太後與光緒帝之間的權力衝突而受到政治迫害，這是章太炎的理由。至於康有為的那些陳說那些解釋，究竟是不是曆史真實，章太炎在那個特殊的時候，當然無法也沒有條件深究。他的良知迫使他必須這樣做。
康有為出逃之後，一直宣稱自己手裏擁有皇上賜下的密詔，責成他和他的同誌救中國保大清。這裏麵的故事柑當複雜，因為從今天所知道的曆史事實來說，當然不能說康有為造假，他確實知道皇上有個密詔，確實是讓他們為改革想辦法，隻是這個密詔是皇上賜給楊銳的，而康有為是通過林旭傳達的口諭獲知的。由於當時特殊的曆史背景使康有為無法說出密詔的來龍去脈，或者因楊銳、林旭等當事人都不在了，而康有為真的不知道全部真相，所以康有為在海外一再宣稱自己手裏擁有密詔，也就一再受到另外一些人的質疑，認為康有為是胡說八道。
對於密詔的真相，章太炎也不願仔細探究，但他依然出於道義上的同情，出於同黨意氣，義無反顧地站在康有為一邊，為康有為聲援，為康有為打氣，奮力駁斥那些質疑者。他於1899年1月22日在《台灣日日新報》發表《答學究》一文，認為康有為所發布的密詔不容懷疑，因為從邏輯上說符合政治演變的情形。他指出，1898年秋天的政治大逆轉，就是慈禧太後的大陰謀大奪權。由此也可證明康有為發布的密詔具有真實性可信性。不然，慈禧太後捉拿康有為，居殺六君子，足以解除康有為等人謀圍頤和園，劫持皇太後的陰謀，足以化解全部危機，然而，老太後卻沒有到此而止，反而將皇上囚禁於瀛台。
章太炎當然不知道皇上移居瀛台的真相，康有為當然也不知道朝廷政治運作的內幕。康有為確實不是有心造假，章太炎也不是曲意辯護，隻是這個問題實在太過複雜。政治上的簡單同情並不能代表曆史真實，所以章太炎的辯護也就顯得並不是那麽有力量，那麽有說服力。