章太炎走出詁經精舍就一直在上海、杭州報界活動，他雖然沒有像康有為、梁啟超那樣進人政治中心，但他也算是維新時代的弄潮兒之一。他當時的政治訴求，其實與所有力主維新的人一樣，就是希望朝廷能夠借甲午戰爭失敗後的政治悲情，振作起來，變法維新。他之所以接受譚獻、孫詒讓等前輩的勸說，不再從學術上搞垮康有為，也是因為他接受了維新為重，學術為輕，隻要朝廷能夠在政治上有所作為，康有為、梁啟超正在那裏發揮作用，那麽學術上的紛爭就算不上什麽。
在政治理念上，章太炎在維新時代與康有為、梁啟超確實沒有什麽本質區別，也就是富國強兵，變法維新那一套。而且，我們還可注意的一個事實是，章太炎走出詁經精舍後，其實一直處在迷離茫然中，他雖然被《時務報》、《經世報》、《實學報》、《譯書公會報》相繼聘請為主筆、撰稿人，其實請的越多，越說明他沒有著落，沒有自己的根基。於是章太炎和傳統士大夫一樣，雖然沒有功名，沒有硬碰硬的學曆和學位，但他有著真學問真本事，於是他於1898年2月給李鴻章寫了一份熱情洋溢的信，一方麵替李鴻章支招，另一方麵希望李鴻章慧眼識英雄，能夠給他在體製內找個事情做做，給他提供一個穩定的體麵的職業。這大約才是章太炎上書李鴻章的真正目的。
我們這樣猜測章太炎，並沒有絲毫貶低他人格的意思。章太炎這時也到了而立之年，拖家帶口，他確實需要一份穩定且體麵的職業，這是任何一個讀書人都無法抗拒的實際需要。所以，章太炎這份上書，表麵上是要替李鴻章支招，實際上就是一份自薦信，開篇就用非常謙恭的言辭，非常低調地介紹白己，說我章炳麟，隻不過浙江的一個鄉下人，未嚐有機會接受良好教育，不過自幼年時代，也曾發奮讀書，對於傳統經典通知其義。但對於科舉正途，則因為各種原因沒有參加。年17歲，瀏覽周秦兩漢典籍，於深山喬木間，冥誌罩思，然後學有途徑，一以荀子、司馬遷、劉歆為權度和標準，以為他們三人的學術為中國政治思想的源泉。此外，章太炎表示他還格外推崇蓋寬饒、諸葛亮、羊叔子及黃宗羲等四人，以為他們四個人事業雖然不同，名聲亦異，然其主要在於知君民之分際，與親仁善鄰之所以長久，而不肯以殘夷割剝陵轎元元者，皆因為他們有著自己的政治理想和追求。章太炎這樣說的意思，是要向李鴻章表明我章炳麟並不是單純的文弱書生，我對治國理念還是有相當研究的，他當然由此希望李鴻章能夠有所重視，給予安置。
空話不足以說服李鴻章，章太炎於是談及具體事務。他說，李中堂固然有周公、召公之才，斡運大夏，夷艱濟變，我章炳麟對於現在的國際大勢和我清國所處地位及說應采納的方略也有自己的考慮，他希望李鴻章能對這些看法予以重視。
章太炎的重要看法就是他一年前所說的“亞洲宜為唇齒”，中國不必繼續敵視日本，而應該化敵為友，中日結盟。他說，自古強國處理外交，一般采取遠交近攻的謀略，但弱國相反，一般都是注意睦鄰友好。現在的日本，並非真的視中國為仇敵，有著多少深仇大恨，要說與中國有著深仇大恨的，莫過於英、法兩國，想當年給我清國那麽多那麽大的難堪，現在不是也成了我清國的友邦了嗎？外交上沒有永遠的敵人，何況近鄰日本呢？
根據章太炎大亞洲的理想，中日兩國同處於亞洲，為同種，中日兩國麵對的同一問題是歐洲的東來，是歐洲人對亞洲的覬覦與蠶食。就地理環境而言，日本也處於非常重要的區位，北接俄羅斯，東交美利堅，日本的存在與發展，也必然要與他國結盟，日本內部雖然有一些人對中國有看法，有敵視，但同樣也存在了龐大的親中力量，希望以同文同種同州的區位優勢，中日聯盟，共抗歐洲。
中日結盟是兩國麵對西方壓力的一種回應，但怎樣才能使日本接受這種結盟安排呢？章太炎在這份上書中提出一個匪夷所思的大膽想法：欲與日本聯盟合縱，則莫若與之地而用其材，使日本借手而樂於親我清國，這樣日本必然樂於與我結盟。
將台灣割讓給日本已經引起國內極度混亂和民眾不滿，這一點即便是兩耳不聞窗外事的章太炎也不能不知道，但他認為，中國要想與日本搞好關係，要與日本結盟，就必須作出一點必要的犧牲。他在這裏沒有提台灣問題，但他提了一個馬關議和的遺留問題——威海的處置。
威海是北洋海軍的重要根據地，也是北洋艦隊在甲午海戰中對日最後一戰。經過一段時間的攻防，北洋海軍終於不敵日軍，威海淪陷。馬關議和時曾談到日軍從威海撤退的問題，但日本政府以催促清政府按期賠償為理由，繼續武裝占領威海。至德國人武力攫取膠州灣、俄國人趁機占領旅順和大連，威海還在日本人的手裏。
日本占據威海當然是非法的，日本將威海如期歸還給中國，也是合理合法的。但是章太炎此時不這樣認為。他以為當膠州灣、大連灣和旅順等被德國、俄國強占後，威海其實不過是一塊腐肉、一根朽骨，真的歸還給中國也沒有什麽用。進而，與其使俄國人、德國人得之，不如讓日本人得之；與其使日本人費了好大勁得之，不如清廷主動迎而與之。章太炎的理由是，一塊腐肉、一根朽骨而足以讓日本感到中國的好處，我們為什麽不這樣做呢？在過去好多年，將澳門割給葡萄牙，將巨文島割讓給英國，這都是承平時代發生的常事，沒有什麽了不起。當時是，中國的經濟實力還在，軍事實力不弱，割之無害，不割無所損，而猶毅然奉圖籍而送給人家，何況現在已經被日本人占據的地方呢？且以俄國、德國犄角之地，得日本介立其間，這其勢足以稍相鉗製，任何一方隻要做得過分，都會被另外兩方所製衡。所以說，將威海順勢交給日本人，在章太炎看來是一舉而兩善的事情，有利無弊。
至於章太炎在這份上書中所說用日本人才的真實含義，章太炎說得非常直白，就是使用日本人替代歐美人。他的理由是，日本人能有今天，其實也是取材於歐美，既而技藝已成，這罷遣西人，而專任國人。今我清國於稅務專用英國人，於製造局船廠、水師武備諸學堂雜用英、德、法人，至於一些特別重大的T.程還有另外的安排。章太炎認為，使用歐美人才，成本高，而人才的品質在西國不過中等，如果能夠使用日本人，而授之官秩，可能比用西方人更合算、更可靠。日本人過去到中國來工作，其價格往往隻是西人的三分之一，所以聘用一個西人，就足以聘請三個日本人。中日兩國為近鄰，其材之優劣，也很容易辨別，所以使用日本人較使用歐美人更合算、更有效，也更有助於中日結盟。
章太炎或許是希望以這樣的建議打動李鴻章，使李鴻章能夠重視他和關懷他，給他個機會或職業，所以章太炎隨信還寄了一篇文章《遷都駁議》，大約如題就是反對遷都而已。這篇文章現在見不到了，無法評論，但可想而知的是，章太炎用這樣的觀點去遊說李鴻章，可謂南轅北轍對牛彈琴。李鴻章是何等人物，李鴻章在甲午戰爭後對日本恨得咬牙切齒，正因為他不願與日本人和好，才由他主導與俄國人結盟。章太炎的建議與李鴻章的主張剛好相反，李鴻章後來或許會對沒有理睬、章太炎這樣的誌士仁人感到後悔，但章太炎此時拿出的政治方案實在不能使李鴻章信服。
上李鴻章書沒有得到任何有用的結果，但章太炎並不因此而氣餒，而是再接再厲，他在當年3月28日也就是上李鴻章書不到兩個月，跑到武昌求見張之洞。
說章太炎求見張之洞可能有損章氏清譽。按照章太炎後來在自定年譜中的說法，是因為張之洞對康有為的今文經學家言非常惱火，委托專人請章太炎前來武昌撰寫批康文章的，並被安排住在鐵政局官方招待所，好酒好菜熱情招待。
張之洞最初也曾欣賞康有為，支持他辦強學會，但康有為不遵守雙方的約定，而是大談孔子改製、新學偽經，這就使張之洞非常惱火，下令停辦強學會。到了1898年，康有為不知通過什麽關係又獲得了朝廷賞識，成為朝廷中炙手可熱的人物。然而，京城也有消息傳來，說康有為在那裏不守規矩，嚴重破壞了宮場潛規則，也遭到了一些官僚的反對和排斥。張之洞是否因此加大反對康有為的力度不得而知，但他確實在這個時候準備寫作一本專著批評康有為的異端邪說，準備創辦一家新刊物從正麵張揚變法理論，這個刊物定名為《正學報》。請章太炎前來，除了撰文批評康有為，大約也希望章太炎出麵主持這份新辦的刊物。
辦報紙雜誌對於章太炎來說是家常便飯，於是他欣然接受張之洞的邀請，很快起草了《正學報緣起》和《正學報例言》。
根據《正學報緣起》，我們知道章太炎此時對中國問題的看法與清政府的看法大致相同。認為在甲午戰爭後中國逐漸走上了維新道路，然而德國人突然發難，攫取膠州灣，並進而引發俄國人對旅順、金州的覬覦與占領，英國人在長江流域，法國人在廣州灣，相繼提出類似要求。中國一時間又陷人新的混亂，各種各樣的主張莫衷一是，那麽中國究竟應該采取什麽樣的方略，這就是《正學報》要回答的問題。
在談到《正學報》為什麽要在武昌創辦時，章太炎強調，武昌為天下之中樞，其地為中國之中心，四通八達，聲聞四達，所以在這裏討論中國前途，希望就其疆域求所以正心術、止流說，使人人知古今演變之大勢之道理，得以浸潤曆代聖賢之教誨，消解愚昧，拋棄無知。這就是章太炎期待的《正學報》的職責，也就是上說下教，上說帝王、統治者，下教百姓，啟發民智。至於在政治路線上，章太炎其實是想走不偏不倚的中庸路線。《正學報》的基本宗旨，一是使孤陋寡聞者不會因囿於見聞而頑固地阻撓新政；二是使那些穎異之士也不至於因其思想激進主張而走上邪路。從這裏，我們似乎能夠感受到章太炎與張之洞的思想有著相當契合。
章太炎與張之洞在政治上和學術上有相當多的契合點應該是事實，他們有著共同的敵人是今文經學大師康有為，有著共同的理想是國家改革社會進步，有著共同的不偏不倚的中庸路線，然而他們不僅沒有繼續合作，反而反目成仇，不共戴天。這究竟是為什麽？
對於這層原因，我們過去都是聽章太炎事後一家言，以為是他對張之洞《勸學篇》的批評使雙方交惡。章太炎說，他在很早的時候就持《左氏春秋》及《周宮》義，與言今文經學的人不相會。清湖廣總督南皮張之洞亦不喜《公羊春秋》家。這是他們在學術上的契合點。有人將章太炎的情況及學術傾向告訴了張之洞，張之洞遂囑章太炎撰文批駁《公羊春秋》家。這就是章太炎前往武昌的原因。到了武昌，張之洞方草《勸學篇》。大約出於禮貌和尊重，張之洞曾將此書送給章太炎批評，章太炎見上篇所說多效忠清室語，因答曰下篇更為翔實，以此回避了對上篇的評論。張之洞有幕僚梁鼎芬，自居學術領袖，但在章太炎看來是狗屁不通。章太炎的根據是聽說梁鼎芬與人爭文王受命稱王義，至相篷擊，章太炎對梁鼎芬的說法不認同，以為梁鼎芬根本不懂經古文經學的區別，不識古今異法。梁鼎芬當然也不是章太炎所說的那樣不堪，然而他們兩人由此結下梁子，大約也是事實。又一日，友朋相聚，梁鼎芬在談話中又涉及《左氏春秋》與《公羊春秋》異同，這是章太炎過去多年研究領域，他對梁鼎芬的說法當然不願認同，大約很傲慢地說了這樣一通話，表示內中國，外夷狄，《春秋》三家都是一樣的。至於弑君稱君為君無道，三家的看法亦沒有什麽根本區別。這當然使梁鼎芬有點兒下不了台。又一日，章太炎與梁鼎芬等人言及光複，終於惹惱了梁鼎芬。兩人大約由此正麵衝突。未幾日，章太炎主動辭去了在武昌的聘任，乘舟東下。這是章太炎多年之後的一個解釋。
根據章太炎後來在《艾如張董逃歌序》中回憶，他對張之洞《勸學篇》的意見似乎也不是那麽簡單那麽直白，他當麵或許沒有對《勸學篇》提出多少批評意見，或許確實有意識回避了點評內篇的尷尬，但章太炎是一個藏不住話的人，他所認識到的問題，一定會找機會說出來。於是他在從張之洞處退出後告訴那些幕僚們，曆史發展的規律就是這樣，生於哪個洲的人就一定傾向於哪個洲，生於哪個國家的人也一定傾向於哪個國家，人之性然也。惟我赤縣神州，五千年來沐浴曆朝曆代往聖先賢的膏澤，久已形成自己的國民性格，至少有這樣三點是必須堅守的：上思利民，忠也；朋友善道，忠也；憔悴事君，忠也。現在南皮張大人《勸學篇》舍棄上思利民和朋友善道兩個忠字，隻要一個忠君，這顯然是有問題的。況且，滿洲人說到底隻不過是烏桓遺裔，**吾族幾三百年，茹毛飲血，視民如野雞如兔子。現在即便九世之仇不能報，那也不能強製要求人們再去愚昧地忠君。或許是幾杯老酒下肚，章太炎真的敢這樣胡說八道，聽者聞言不是一般的大怒震驚，因為這可是犯上作亂，是掉腦袋的事。大約正是這種背後的瞎說，使張之洞的幕僚們覺得章太炎與他們可能並不是一路人，如果讓章太炎繼續留在這裏，遲早都會給他們的主子，甚至給他們自己惹來不必要的麻煩。
很顯然，章太炎的解釋誇大了他的反清意識，是他用後來的認識去重構先前的思想。說章太炎此時不可能產生如此鮮明的反清意識，有三個理由：一是他在《正學報緣起》和《正學報例言》中依然表現出一種改良主義的漸進思想，並沒有對清廷表示多少不滿。二是他千裏迢迢前往武昌投奔張之洞，不管這個事實是誰主動，但這個事情本身說明章太炎不可能具有明確的反滿思想，因為張之洞無論思想如何開明，他可是朝廷命官，一方大員。三是章太炎返回上海後也沒有立即投身革命和反滿，而是應汪康年的邀請，加人了新創辦的《昌言報》任主筆。而《昌言報》的背後老板就是張之洞，甚至刊物命名也出自張之洞。這個《昌言報》本身更是一個擁護朝廷、支持改革的主流刊物，根本不存在什麽異端傾向。
章太炎與張之洞鬧掰肯定不是章太炎所說的那些內容，因為他那時還是一心想往體製內走，所以也就不可能公開表示反政府反體製。不過，章太炎是一個隨性的人，也是一個沒有城府的人，說話隨便，不分場合，而且學問好，幾乎沒有誰的學問能被他看上。他確實看到了張之洞《勸學篇》中的問題，也確實不滿梁鼎芬對經古文經學的解釋，他可能也議論過朝廷大事，而這些都是官場忌諱，他的這種隨便隨性如何能使嚴謹的張之洞放心呢，張之洞的幕僚們即便不計較章太炎對梁鼎芬學問的批評，為主子政治前途和自身前途考慮，也不會讓章太炎留在武昌，更不要說留在張之洞身邊了。這才是章太炎興致勃勃前往武昌，而後掃興返回上海的真實原因。