在北京大學這一“百年老店”中，蔣夢麟應該是到目前為止職掌校政時間最長的“老板”，然而或許是因為蔣夢麟後來追隨國民黨敗退台灣等原因，蔣夢麟在過去很長時間裏，並不被“新北大”所看重，北大“書寫”的各種曆史書中並沒有給他相應的地位。
代蔡掌印北大
蔣夢麟是留學美國歸來的教育學博士，是著名教育哲學家杜威的得意門生，與胡適之、陶行知等同門。回國後因黃炎培的關係參與江蘇教育會，具體負責江蘇教育會與北大合辦的《新教育》雜誌，由此與北大發生了某種聯係，被聘為北大哲學係教授，主講教育學及教育學史。
蔣夢麟兼職北大教授，當然是因為他在《新教育》雜誌的影響，另外兩個直接的原因也不容忽視，即他既是北大校長蔡元培在紹興中西學堂的得意門生，又與當時北大“明星教授”交情甚篤，政治理念、教育主張也相當一致。
五四愛國運動爆發前，在蔡元培兼容並包思想指導下，北京大學已成為新文化運動的中心，北大學生自然成為這次愛國運動的主體。所以事件發生後，北京政府對北大極端仇視。5月4日晚，國務總理錢能訓召集內閣緊急會議，提出解散北京大學、撤免蔡元培校長的動議，後又不斷揚言要“焚北大校舍，殺北大學生”，“以三百萬金購人刺蔡”等。8日，北京政府內定由孔教會會長馬其昶接替蔡元培出任北大校長。並隨即下發三道命令：一、查辦北大校長；二、整頓學風；三、由警廳將已釋放的學生送法庭訊辦。
8日午後，蔡元培獲悉政府決定。他認為自己如果再不辭職，倘政府迫不及待，先下一令免其職，一人之不體麵而猶為小事，而學生恐不免起一**，遂於當晚送出辭職呈文，請求自動解除北京大學校長職務，翌日晨悄然離京，經天津轉赴杭州。
蔡元培是當時國內極富聲望的大教育家，他的出走立即引起廣泛的影響。當天，北京大學召集各校代表緊急磋商，宣布於即日起全體停課“待罪”，懇請政府下令對蔡挽留，萬毋允準辭職，“以維學務而平輿情”。北大教職員代表李大釗、馬敘倫、馬寅初等也到教育部請願，表示如果蔡元培不留任，北大教職員便有可能一致總辭職。19日，北京各校學生罷課；26日，上海學生也跟著罷課。
迫於無奈，政府接受了北大師生的要求。以教育總長的名義公電蔡元培，稱“學府主持，非公莫屬；眾望所在，翹企同殷”。
對於政府的敦請，蔡元培起初並未答應。他認為他從來無意鼓勵學生鬧學潮，但學生們示威遊行，反對接受巴黎和約有關山東問題的條款，那是出於愛國熱情，實在無可厚非。至於北京大學，他認為今後將不易維持紀律和秩序，因為學生們很可能因勝利而陶醉。他們既然嚐到了權力的滋味，以後他們的欲望恐怕難以滿足。
在各方麵的竭誠呼籲下，蔡元培堅決不回北大的想法也曾一度動搖。他覺得堅決不回北大也有點對不住北大和那些關心他的朋友們，尤其是胡適等人為他規劃的五年十年計劃，不應忽然一拋，且有一些經他簽訂的契約如聘請杜威等事情，都有可能因自己不願返回而無法履行。基於這些心事，蔡元培對於重返北大也就半推半就，有了可商量的餘地。
蔡元培能否盡快返回北大複職，不僅對穩定全國的學生至關重要，而且對北大秩序的恢複更是具有無人可以替代的功能。6月29日，與蔡元培關係極為密切的湯爾和從北京趕到杭州，晨8時至楊莊與蔡元培見麵，曆述蔡離開後的北大情形，並為言此後“出處之策”。鑒於蔡的一些為難處，湯爾和建議蔡可以接受回北大複職的要求，但不要急於回去，而是委派蔣夢麟前往代理。湯爾和的建議正好迎合了蔡元培對北大未來的擔憂，即學生在五四運動勝利後難以管理，而蔣夢麟是研究教育學的專家，對學生心理狀態有很深的研究與把握，且其學問手腕足以服人。學生心安，其餘可迎刃而解。
湯爾和是有名的“小諸葛”，也是蔡元培信任的浙江同鄉，蔡元培雖然對湯爾和的建議一時反應不過來，但也覺得湯爾和的折中建議似乎有道理，一來他的身體狀況似乎確實不允許他立即趕回北京，二來他先前信誓旦旦地表示決不回北大，因此也必須給自己留下一個回旋的時機。
在說服了蔡元培之後，湯爾和又去遊說蔣夢麟。蔣夢麟本受胡適等人的委托，也正在勸說蔡元培返校，他似乎根本沒有想到由自己代理的問題。所以，對於湯爾和的建議，蔣夢麟毫無思想準備，遂以在江蘇教育會及《新教育》雜誌的工作太忙為由婉拒。蔣夢麟的婉拒出於實情，湯爾和也能夠理解，不過他提出的調和方案是蔣夢麟在代蔡元培出掌北大後，可以“半年留京，半年在滬，可兼顧而不至偏廢”。對於這一方案，蔣夢麟無話可說，隻好答應了湯爾和的請求。
湯爾和建議提出的第二天，北大評議會委派的代表沈尹默、馬裕藻、徐森玉等亦來到了杭州，他們受命勸說蔡元培盡快北上複職，而不是委派蔣夢麟暫代的問題，因此他們對湯爾和的方案甚不以為然，“所見略有不合”。隻是蔡元培既然已經接受了湯爾和的建議，他們也不便過多反對。7月14日，蔡元培邀蔣夢麟、湯爾和等人冒雨遊花塢，幾經勸說，蔡元培晚餐時“決請夢麟代表至校辦事”。
蔡元培和蔣夢麟都接受這個折中方案後，仍礙於“手續繁重”，即蔣夢麟怎樣才能名正言順地代表蔡元培。為此，湯爾和於7月16日晨9時再至楊莊，為一一疏解，蔡公恍然，遂定議。湯爾和約蔣夢麟20日同行北上視事。
緊接著，蔡元培又在杭州與蔣夢麟進行談話，具體規劃蔣夢麟北上之後的步驟，以及如何處理可能會出現的各種問題。蔡元培對蔣夢麟說：“大學生皆有自治能力者，君可為我代表到校執行校務，一切印信皆交君帶去，責任仍由我負之。”議定蔣夢麟以北大總務長的名義暫行代理校長職務。
對於蔡公的信任，蔣夢麟不勝感激，他在稍作考慮後，當即提出兩點要求：
一、隻代表蔡公個人，而非代表北京大學校長；
二、僅為蔡之督印者。
對蔣夢麟的這兩點要求，蔡元培表示無異議，並告以三點注意事項：一、各界代表之至杭者日必數起，迄未答謝，請代表致謝各界；二、代蔡說明有回北大之決心；三、大學責任，蔡願意繼續完全擔負。並告訴蔣夢麟：“自今以後，須負極大之責任，使大學為全國文化之中心，立千百年之大計。”
在這一變動中，實際操縱局麵的人物是湯爾和。湯爾和勸說各方接受這一方案，不僅化解了當時各方的矛盾，解決了各方一直膠著的問題，而且對蔣夢麟個人來說，也至關重要。正如胡適後來所認識的那樣，“爾和先生是當日操縱北京學潮的主要人物，他自命能運籌帷幄，故處處作策士，而自以此為樂事”。“爾和愛護蔡先生，自是誠意；其推崇夢麟，似也是出於誠心。爾和自是好事者，然八年夏秋之間，他於北大是有功的。他拔出夢麟，亦有造於夢麟”。他還當麵誇獎湯爾和說：“五四之後，留蔡之事，先生用力最勤，而夢麟兄之來北大尤為先生第一大功。”
治事功夫與辦事手腕
蔣夢麟接受蔡元培的重托後，遂與湯爾和及北大學生代表張國燾等離開杭州，7月21日抵達北京。稍後，教育部批準蔡元培的請求，同意由蔣夢麟代理北大校長的職務。
7月23日上午10時，北京大學學生全體集會歡迎蔣夢麟，蔣夢麟即席發表充滿**的演講，係統闡述了蔡元培之偉大精神，並由此勉勵學生必須求學始能救國。他說：蔡先生這種偉大精神是怎樣得來的呢？是從學問中得來的。故諸君當以學問為莫大的任務。西洋文化先進國家到今日之地位，係累世文化積聚而成，非旦夕可及。千百年來，經多少學問家累世不斷地勞苦工作而始成今日之文化。故救國之要道，在從事增進文化之基礎工作，而以自己的學問功夫為立腳點。此豈搖旗呐喊之運動所可比擬？當法國之圍困德國時，有德國學者費希德在圍城中之大學講演，而作致國民書曰“增進德國之文化以救德國”。國人行之，遂樹普魯士敗法之基礎。故救國當謀文化之增進，而負此增進文化之責者，唯有青年學生。現在青年作救國運動，今日反對這個，明日反對那個，忙得不得了，真似“可憐年年壓針線，為他人補破衣裳”。終不是根本辦法。吾人若真要救國，先要謀文化之增進。日日補破衣裳，東補西爛，有何益處？深望諸君，本自治之能力，研究學術，發揮一切，以期增高文化。又須養成強健之體魄，團結之精神，以備將來改良社會，創造文化，與負各種重大責任。總期造成一顆光明燦爛的寶星，照耀全國，照耀亞東，照耀世界，照耀千百年而無窮。
蔣夢麟在北大毫無根底，他到了北大拿什麽資格來替蔡元培代辦校長事務呢？特別是因為蔣夢麟來自黃炎培的江蘇教育會，而當時的北大有些教授特別擔心江蘇教育會對北大的野心，因而對蔣夢麟之來持反對態度。當五四運動發生不久，北京政府醞釀解散北京大學時，江蘇教育會的黃炎培、蔣夢麟等人確曾設想過，萬一倡導新文化運動的北京大學果真保不住了，他們就請北京大學的新派教授到南方，努力辦好一個東南大學，作為新教育的重鎮，而將北大交給那班舊派人物去搞。不論這種建議出於什麽樣的目的，北大同人對江蘇教育會存有戒心則是合乎情理的。然而現在的問題是，既然大家一致擁護蔡元培返校主政，而蔡自己選定的蔣夢麟已經到了北京，如果不讓他代替蔡元培又能怎麽辦呢？邏輯的結論必然是，假定不讓蔣夢麟來做代表，連蔡先生也不回來了，仍就妨害了大局。於是從全局利益著想，與蔡元培關係密切的馬敘倫等人在教授中做了許多疏通工作，化解教授們對蔣夢麟的敵意。不過，初來乍到的蔣夢麟也很識相，在出席教職員歡迎晚會的時候，很謙虛地說：“蔡先生派我來代捺捺印子的，一切請各位主持。”
對於蔣夢麟謙遜的姿態，北大教授們自然感到滿意，於是評議會順利通過蔣夢麟擔任總務長代行校長職權。此後，隻要蔡元培離開學校，蔣夢麟就順理成章地代理校長了。
蔣夢麟的治事功夫和辦事手腕不獨表現在與教授的關係上，在他的治理下，一切均措置得宜，北大各方麵的秩序很快獲得了恢複，各方麵均有寧息之象。教育部那些原先總與蔡元培為難的人，無不降心相從；先前不遺餘力對北大攻擊的安福係，也因蔣夢麟的到來停止了。北大因蔣夢麟的到來不獨外得眾心，而內部亦消滅許多反側。
北大秩序得以恢複，有蔣夢麟的功勞。蔣夢麟付出了很多代價，吃了很多苦頭。他在當年8月寫給張東蓀的一封信中描述這一過程時說：“我21日到北京以來，吃了不少的苦，好像以一個人投在蛛網裏麵，動一動就有蛛子從那屋角裏跳出來咬你。唉！若無破釜沉舟的決心，早被嚇退了。人人說市中有虎，我說我任憑虎吞了我就罷了；沒有吞我以前，我不妨做些做人應該做的事。我記得王守仁有句話：‘東家老翁防虎患，虎夜入室銜其頭；西家兒童不識虎，執策驅虎如驅牛。’我又記得‘四書’裏有句話：‘不伎不求，何用不臧？’我本了這個精神，向前奮鬥，過了半月，諸事已有端倪。我對於校內校外幫我忙的人，終身感激他們——他們不是幫我的忙，是幫中華民國的忙。現在大學裏麵，教務、事務都積極進行，新生取了四百人，上海投考的結果亦已揭曉，取了九十一人。下半年的課程，已經起首安排。教職員方麵，精神一致，都天天興高采烈地做事。你若來看一看，必以為大學這回並沒有經過什麽風潮。學生方麵更不必說了，這班青年，個個是很可愛的。並不是說空話，我實在愛他們。他們對我說，此後他們要一心盡瘁學術，定要把這個北大成了中國的文化最高中心；這班青年的眼光是很遠的。我有一句話，要給在上海的諸位先生講，北大學生是全體一個精神的，並沒有分迎甲、迎乙的派別。”
一個字：容
暴風雨過去，烏雲漸散，霽日重現。在各方力量積極協助下，初到北大的蔣夢麟比較順利地開展了工作，從而為蔡元培重回北大創造了條件，提供了可能。9月12日，蔡元培在各方期待下，重返北大複職視事。在此後的日子裏，蔣夢麟便以總務長的身份協助蔡元培對北大進行整頓和改革。
作為教育哲學家杜威的門生，蔣夢麟對現代教育有相當深入的研究，他在主編《新教育》時所發表的那些文章，足以表明他的現代教育理念和理想。現在的問題是，他如何將這些理念和理想用在北大的實踐上。他認為，正像西方的諺語所說的那樣，“舊瓶不能裝新酒”。作為新思潮的發祥地，北大既有新精神，便不可不有新組織。猶如有了新酒，不可不造一個新瓶。在他的主持下，北大創設教務、總務兩處及聘任、財務等委員會，均以教授為委員。蔣夢麟自任總務長，顧孟餘任教務長。
根據教授治校的原則，蔣夢麟於1920年將原有的評議會職能擴大，與行政會議、教務會議、總務處並稱四大部。評議會司立法，行政會議司行政，教務會議司學術，總務處司事務。教務會議仿歐洲大學製，總務處仿美國市政製，評議會、行政會議為北大首創。
按照組織規定，評議會委員由教授互選，教務長、總務長以及各院院長為當然會員。在教授的互選中，約五人中舉一人，取民主之義。北大當時有教授八十餘人，舉評議員十七人。校長為評議長。評議會的功能，簡單而言相當於民主政體下的立法機關，為學校最高立法機構。舉凡校中章程、規定，均需經評議會通過。評議會有權製定各項規程，授予學位，維持學生風紀。
評議會為協助校長調查、策劃大學內部組織事務起見，又議決成立一個“組織委員會”，定額九人，由校長指認，並征求評議會同意。蔣夢麟是這個組織委員會的委員長。按照簡章規定，組織委員會的主席為校長，但校長不能出席時，則由委員長出席。組織委員會成立後，首先負責修改完成《國立北京大學內部組織試行章程》，規定了北京大學組織管理的基本模式，即校長為大學最高領導；評議會為大學立法機構；大學行政由行政會議負責，其組成方式由各常設委員會委員長組成，校長為當然議長，教務長為當然會員，總務長為當然會員兼書記，協助校長，推行全校大政；各常設委員會有組織委員會、預算委員會、審計委員會、聘任委員會、入學考試委員會、圖書委員會、庶務委員會、儀器委員會、出版委員會、學生自治委員會、新生指導委員會等。各委員會成員由校長指定，但明確規定以教授為限，顯然這是為了實現教授治校的理想。
蔣夢麟首創的行政會議有點類似於西方民主政體中的行政機關。行政會議及各委員會之委員由校長推舉，經評議會通過，一半采納民主的意思，一半采取效能主義。行政會議操全校行政之權，負責全校日常事務。
教務會議組織體製為仿歐洲大學製，其功能主要是司學術。教務會議之成員由教授互選，亦取民主之義。教務會議的執行機構為教務處，各係主任互選教務長一人，處理日常事務。
總務處的設置是仿照美國的市政製，司事務。總務長及總務委員為校長所委任，純采效能主義。蓋學術重民主，事務重效能。總務長操全校事務之權，負責處理校中庶務。原體製中的各處室也有所調整，使之成為一個係統化的有機體，共分設校舍、雜務等十三科。其組織，合數科為一部，以總務委員長之，曰某部主任。
現合校舍、雜務、齋務、衛生四科曰庶務部；合介紹、詢問、注冊、編製四科曰注冊部；文牘、會計兩科，直隸於總務長；出版、圖書、儀器等各自立一部。
在北京大學一係列組織係統中，蔣夢麟擔負著一係列重要的角色，除總務長外，還兼任文牘、會計部主任，預算、聘任、學生自治以及修改預科課程等委員會委員。尤其是總務長一職，自北大改組以後，所有行政上一切事宜，均由總務處負責，而取決於總務委員會。該會規定每星期一會議一次，並規定時間為下午4時至6時半。隻是從實際情況看，有事稍長，無事則短。不過從總體上說，每次時間都相當緊湊，時間雖不長，但對於校內一切事務，多所整頓。
在蔣夢麟主持完成的這一係列改革中，其基本精神就是要北大能夠走上教授治校的道路，從而實現學術自由、教授治校的現代教育理想和教育理念，使大學真正成為不受政治幹擾，相對獨立和自主的學術機關，並以無畏地追求真理作為治校的基本準則。
自從到了北大之後，蔣夢麟便將自己的生命與北大緊緊地聯係在一起，他每日所思所想，實在都是如何建設北大的事情。隻是礙於經濟及政治環境方麵的困難，蔣夢麟的許多理想並不曾實現。他理想中的北大一定是世界第一流的大學，一定是要在世界教育、科學方麵占有重要地位的高等學府。因此他在錄取新生時便格外重視學生的素質和質量，不願以數量犧牲質量。他在1923年9月北大開學典禮上說，今年新生投考的幾近三千，學校裏隻取了一百六十餘人。外麵因為我們取得太少，有許多誤會和責難。其實我們錄取新生，標準為重，不甚拘守定額。
在硬件方麵，蔣夢麟的理想也是要建設一個像樣的大學，各種設備應有盡有。他在北大建校二十五周年紀念會上說，本校的設備因經濟關係不甚完全，我們現在所要的“工具”，就是要一所好的大會堂，能容納多數人在裏邊開會，不要再像這次臨時搭起席棚子。還要造一個圖書館，我們方有研究和創造學術的地方。不過現在經濟困難，如何去辦呢？總務長天天跑來跑去，還是跑不出錢來。又如想建寄宿舍，必要先覓地基，地基有了，但是沒有錢去買。在這種情形下，實在覺得沒有法子。現在我們預備無論如何困難，自今年起至明年止，必定將圖書館造成。在科學研究和教學方麵，蔣夢麟也有自己的一套想法。他認為有三件事值得北大全體同人一起努力：
一、當輸入西洋文化，並用全力去注意它。蔣夢麟說，這話雖是老生常談，不過現在我們是要去實行。從前張之洞說“中學為體，西學為用”，總要體用兼備才對。現在我們卻要把這話反過來說了，當以“西學為體，中學為用”。因為我們的國學須經過一番整理的功夫才行；整理國學，非用西洋的科學方法不可。所以第一步還是先要研究西學。況且現在應用的學問，大半須從西方得來。以本校而論，想著實地輸入西方文化，先要改良圖書館，多買西籍，希望北大諸生熟悉英、德、法文，能直接看書，不至於有不懂和誤解的地方。
二、當整理國學。蔣夢麟認為，要是隨隨便便地拿起中國的什麽書籍來看，是沒有用處的。我們如果有了學問，應當去做乾嘉時代一般學者的功夫，以科學方法把國學整理一番，將來好出一部北大的“國學叢書”，使一般國民領會了國學以科學方法來研究的好處。
三、當注重自然科學。蔣夢麟指出，現在文化運動基礎不穩固，缺點就因為不注重自然科學。我們若想使文化運動的基礎穩固，便不得不注重它。西洋文化所以如此發達者，就是因為它們的根基打在自然科學上。現在我們首當明白的，要曉得在中國十年或十五年後，必有一種科學大運動發生，將來必定有科學大興的一日。所以無論是文科的，法科的，理科的諸同學們，凡關於天文、地理一類的自然科學上，都當著實地注意才好。在學校方麵，要把經費節省下來，把理化的儀器室特別地推廣，好請一般同學和教職員切實研究切磋，使有最新式最完全的實驗室來實現。我們不特去研究西洋已發明的科學，且要發明新原理。這樣下去，庶幾方有穩固的根基。等到北大建校三十五周年或四十周年時，有了顯著的好成績，也可以在世界上去講，就不至於竟是掛一塊招牌的了。
為了將北大辦成世界一流，蔣夢麟深切期望北大能夠具備自己與眾不同的精神，成為中國教育界的楷模。對於北大應該有的精神，蔣夢麟提出自己的期待：
第一，具有大度包容的精神。俗語說“宰相肚裏好撐船”。個人如此，機關亦如此。凡一個機關隻能容一派的人，或一種思想的，到底必因環境變遷而死。即使苟延殘喘，窄而陋的學術機關，於社會決無甚貢獻。雖不死，猶和死了的一般。但容量無止境，我們當繼續不斷地向“容”字一方麵努力。
第二，具有思想自由的精神。人類有一個弱點，就是對於思想自由，發露他是一個膽小鬼。思想些許越出本身日常習慣範圍以外，一般人們恐慌起來，好像不會撐船的人，越了平時習慣的途徑一樣。但這種思想上的膽小鬼，被北大漸漸地壓服了。北大是不怕越出人類本身日常習慣範圍以外去運用思想的。雖然我們自己有時還覺得有許多束縛，而一般社會已送了我們一個“洪水猛獸”的徽號。北大裏麵各種思想能自由發展，不受一種統一思想所壓迫，故各種思想雖平時互相歧異，到了某種思想受外部壓迫時，就共同來禦外侮。引外力以排除異己，是北大同人所不為的。
正是有了這種精神，雖然此後中國在政治上風暴迭起，但北大卻在這一批有勇氣、有遠見的人士主持下，引滿帆篷，安穩前進。
一次自殺引發的議論
1919年11月16日，北大法律係三年級學生林德揚在三貝子花園（今動物園）投水自殺，引起了知識界的極大關注。
五四運動開始前，林德揚因病在西山療養。當他聽說五四運動的消息後，立即趕到山下，抱病參加學生會國貨維持股的工作，抵製日貨，每天還寫一篇白話文送到新聞股，幫助編輯新聞，到處奔走呼號。後來他又覺得諸同學為國貨負販，事倍而功微，非根本之計。而中國之所以貧弱，也主要在於沒有實業作為基礎。於是他個人糾集同誌創辦實業，拿出七百多元，自認巨股，在東安市場開設了“北京第一國貨點”。以期以自己的行動為國人樹立一個榜樣，使中國人都來開點辦廠。然而殘酷的現實使他處處碰壁，他所經營的國貨點也以失敗而告終，實業救國的理想徹底破滅。再加上夙疾屢發，遂悲觀厭世。
林德揚的死是“五四”後青年心理脆弱的表現，自然引起各界的關注和議論。19日，羅家倫在《北京晨報》上發表文章，詳述林自殺的情形和原因，並說出三個補救辦法：一、美術的生活；二、朋友交際的生活（並男女朋友交際的生活）；三、確立新人生觀。
21日，蔣夢麟撰文指出羅文的三個基本觀點，都可以讚成，但對羅家倫文中的一些說法，表示不敢苟同，有必要加以申說。蔣夢麟認為，第一，中國人對於自殺不算是不道德，這是不好的觀念。因為殺人尚有人要抵抗，自殺就無人能抵抗。所以西洋法律上對於嚐試自殺者加以罪。宗教上也視自殺為罪過。天生我堂堂的一個人，要我自己保護。我不保護，還要自殺，豈不是罪？羅家倫把這個罪加在社會身上，我國這種惡劣社會，固當承受這個罪。但社會本來不能自己改良，要我們個人去改良它。社會還沒有改良，我就把自己殺了。這社會還有改良的日子嗎？
第二，羅家倫認為，中國自殺之風稀少，正是中國人心氣薄弱的一種表現。對此，蔣夢麟認為，青年自殺也足以表現中國人心氣薄弱。德國因中學功課太重，學生時有自殺的。但通行的風氣是決鬥，不是自殺。兩人決鬥，敗者傷或死，傷也傷了痛快，死也死了痛快。這是人心強毅的表演。自殺是自示其弱。
第三，羅家倫認為，我們要奮鬥到極點，才可自殺。蔣夢麟認為這也是不對的。他指出，我們奮鬥到極點，還要奮鬥。人家殺我，我沒有辦法，我們萬不可自殺。過渡時代終有許多困難和失望的事，終要遇著許多荊棘。我們終須用大刀闊斧斬一條路。為後人造幸福，萬莫灰心。生命隻有一個，是可寶貴的，我們常常要抱樂觀才好。
五四運動之後，青年學生另外一個心理傾向是對社會問題、政治問題具有極大的興致，而對於學習則多少有點忽略。1920年9月11日，蔣夢麟在北大開學典禮上語重心長地告誡北大學子，說他有一天在胡適那裏談天，胡適說現在的青年連一本好好的書都沒有讀，就飛叫亂跳地自以為做新文化運動。其實連文化都沒有，更何從談新！蔣夢麟認為，胡適的話實在說得非常沉痛。所以我們此後總要立定誌向，切實讀書。還有一層，就是物理、化學等物質上的文化也應該同文字方麵的文化並重。比如現在饑民這樣多，因為交通等關係，賑濟就這樣地困難；有時傳染病發生，也往往弄得手忙腳亂，死喪無算。這都是物質文化太不發達的弊病，我們不可不注意。
蔣夢麟對學生的態度是一貫的，作為一校之長，蔣夢麟對他的學生自然是真誠熱愛的。但是有一點，蔣夢麟素來反對學生參與政治鬥爭，更反對學生為了政治鬥爭而作無謂的犧牲。他素來認為，知識界參與實際政治問題要有兩個條件：一、維持現狀的實際政治，是不必參與的。因為維持現狀的政治人物很多，不必知識界來供給。二、改革或革命的實際政治，才有參與的價值。然亦須以不妨害研究學術和較遠的問題為界限。不然，知識界失去自己的本職，還有參與政治的資格嗎？譬如五四運動，我們不能不承認有相當的效用，但結果還是一個失敗。其流毒於全國學校，其害與驅逐幾個惡人和阻止巴黎和約簽字之利相比較，我們實難定哪個是輕哪個是重。政治惡劣如故，我們也看見的；學校成績的退步，青年的墮落，我們不能不承認自大學至中學，全國滔滔皆是了！這樣下去，不但現今的政治無法改良，將來的政治仍是沒有希望。懸崖勒馬，能發能收，這是知識界的本職。蔣夢麟強調，知識界要討論或參與實際政治，決不可忘了自身的本職，那就是努力發展學術、科學、思想等。知識界於本身上站不住腳，根本就不配談政治。
基於這種政治理念，蔣夢麟在主持北大校務的那些年裏，雖然一再要求北大學生不要輕易地介入政治紛爭，要求北大教師在參與政治紛爭的時候，最好是使用自己單獨的力量，而不要輕易地介入某些政治團體，但是，出於知識階級最起碼的社會責任心，蔣夢麟一直對社會問題、政治問題保持高度的重視，積極充當社會良心，不斷就政治問題、社會問題發表見解，並與誌同道合者結成團體，以團體的力量做政治上的努力。
教育破產的根源
在蔣夢麟協助蔡元培主持北大校務的日子裏，北大實際上一直麵臨諸多困難。政治上、經濟上的困難不必說了，而且還經常遇到一些人的故意搗亂。1921年4月28日午後，北大第一院二層樓西頭一個講堂內火起，延燒一室，而窗戶皆上鎖，幸有出版部諸人未散，發現煙焰，急呼人來救，乃得撲滅。此次是有人放火，萬無可疑。因為四天前，二樓洗手間門後一隻木箱內起火，發現一個雞蛋殼內有硫黃臭味，幸發現尚早，沒有釀成大災。
大火撲滅後，蔣夢麟又在第四層樓一個講堂內發現煙焰，門也是鎖了的。開門進去看，火起於講座下，講座下置有蠟燭，正燃著，旁堆著雞毛及講義紙一堆，燭尚未燒到底，故未大燒起來。四樓上撲救很不易，放火的人可謂下毒手了。在這種條件下，如何能辦好北京大學呢？
蔣夢麟在1922年12月發表的《學風與提高學術》一文中對“教育破產”現象進行了分析，他說，我們辦教育的人，近來真覺得日暮途窮了。從前我們以為政治不良，要從教育上用功夫，養成人才，去改良政治。近年來，政治愈趨紛亂，教育界經濟上和心理上，都因此受莫大打擊。不但經濟破產，精神上破產的征象已漸漸暴露了。於是數年前隻講教育，不談政治的迷信，漸漸打破；一些學生借群眾的勢力，去幹涉政治，如燒房子、圍攻省議會、開國民大會等；一些教員批評政治，或發通電對於政治有所主張。此種舉動，於實際政治問題不無小小的影響，但對於政治基本問題，還搔不著癢。若以學校本身而論，因此反惹起外患與內亂。我們辦教育的人，更覺苦於應付。
當時的教育界確實處於蔣夢麟所說的這種困難境地之中。學校之中，人心惶惶。數年前勇往直前的精神，為沉悶不堪的空氣所包圍，好像一輪紅日為黑沉沉的雲霧所圍繞。教育界在五四運動之後那些年所用於自衛或攻擊的武器隻有一件，就是罷課。但是這件武器一用再用，久已破爛不堪，不能再用了。自衛之道既窮，於是沉悶之氣日甚一日。近來又發現一件很困難的事，即是“學風”問題。
什麽叫學風呢？一個學校裏，教員、學生，共同抱一種信仰，大家向那所信仰的方向走。清末的時候，這個學風就是歐化。一個學校裏，能多請幾位外國人，或多請幾位洋文優長的教員，多造幾座洋房，大家就高興得了不得。自1917年至1920年間，大家所抱的信仰就是“文化運動”。那個時候，一旦講起文化運動，大家都抱無窮的希望。現在又漸漸地消滅了。哪裏還能用“文化運動”這四個字來喚起人們的精神呢？
對於這個問題，蔣夢麟表示現在所能勉強提出的一個辦法，就是提高學術。但這辦法實行起來很不容易。一來是提高學術，不是短促時期內所能辦得到的。二來是不能馬上用來出風頭。三來是要在圖書館、實驗室裏用苦功，哪裏能耐煩呢？所以要用提高學術來喚醒精神，養成一個學術化的風氣，談何容易？況且學術兩個字太抽象了。哪一門學科不是學術？要提高哪一種？說提高學術，好像說要做好人。好人是人人願意做的，不過要怎樣做便成好人，這就是一個困難的答案了。提高學術，是人人所歡迎的。但怎樣才能提高？要提高哪一種？普通地談提高，是喚不起精神來的。
教育與政治的關係，是教育界一直難以很好處理的複雜問題。蔣夢麟素來認為，從事教育的不能絕口不談政治。今日國中優秀分子，以教育事業清高而投身其間者，頗不乏人。若此班優秀分子絕不注意政治，將一任政客之摧殘乎？教育家不關心政治，則學生亦將間接受其影響，將來政治之改良，將以何人負其責任乎？故同人以為政治一物，當分作兩方麵觀：一曰政黨與政事，教育界所不當涉足或幹涉之。涉足政黨，則政黨之變遷，將影響乎學校，學校之破裂可立而待；幹涉政事則阻礙行政，拋荒職務。二曰政論，若剖明是非，主張正義，啟發後生，養成平民政治之習慣等，是教育界責無旁貸的事情，棄而不顧，是棄其天職。然而教育界如果拋荒學校事務，運動選舉，口雖不談政治，而實則貽禍教育，罪莫大焉。
基於這種認識，蔣夢麟早在1920年就與胡適、陶孟和、李大釗、高一涵等人聯名發表《爭自由的宣言》，強調他們本不願意談實際的政治，但實際政治卻沒有一時一刻不來妨害他們。政治逼迫他們到這樣無路可走的時候，他們便不得不起一種徹底的覺悟：認定政治如果不由人民發動，斷不會有真共和、真民主的實現。
在蔡元培的精心主持和蔣夢麟的積極協助下，北京大學一方麵與現實政治積極抗爭，一方麵努力做好自己的事情，像一葉小舟在風雨中艱難行進。但到了1925年段祺瑞因“三一八”慘案“引退”之後，奉係軍閥入主北京，北京的政治環境越來越險惡。翌年4月26日，蔣夢麟得知自己的名字已經上了軍閥的黑名單，於是他隻得在朋友的幫助下逃離北京，脫離北大。
回到闊別之所
國民革命軍攻克杭州之後，國民黨中央政治會議浙江分會正式成立，蔣夢麟出任委員，並兼任浙江省政府委員及教育廳廳長。1927年6月，國民政府決定對全國的教育體製進行改組，實行大學區製，浙江設立第三中山大學，由蔣夢麟任校長。1928年初，反對大學區製的呼聲越來越高。7月，浙江大學區改稱國立浙江大學，仍由蔣夢麟任校長。10月，蔡元培辭去大學院院長，中央政治會議決定由蔣夢麟繼任，並同意將大學院改為教育部，於是蔣夢麟又成為國民政府教育部第一任部長。
1930年11月，蔣夢麟因中央大學易長及勞動大學停辦，與國民黨元老吳稚暉等人發生衝突而辭去教育部部長，隨後被國民政府任命為北京大學校長。翌年1月就職，回到闊別五年之久的北大。
對於國民政府的這項安排，蔣夢麟起初並無意接受，他的顧慮是北大此時經費枯竭，已到了不可收拾的地步；教授們兼課太多，嚴重影響了教學質量。而經費枯竭，使學校經費中十之七八都用於支付教職員工的薪水，更無多少款項來添置書刊資料及儀器設備。在這種惡性循環的大背景下，又怎樣能夠將這所頗負盛名的大學辦好呢？
對於蔣夢麟的這種顧慮，他的一些朋友尤其是傅斯年、胡適等人心中相當清楚。傅斯年對於北大向來熱心，於是找胡適商量，如何能籌到一筆款項來幫助蔣夢麟重整北大。經過他們二人與中華教育文化基金會董事顧臨詳談，決定由中華教育文化基金會與北京大學每年各出二十萬元作為合作特別款項，用於設立研究講座、專任教授以及購置圖書、儀器的費用。
中基會的援助計劃使蔣夢麟信心大增，使他有可能放手進行整頓，在全國挑選教授與研究人才。對於那些平庸的教授，蔣夢麟大膽辭退，他明白告訴各學院長說：“辭退舊人，我去做；選聘新人，你們去做。”由此可見蔣夢麟的魄力與擔當。
有了中基會的經費支持，蔣夢麟有可能聘請到最好的教授，經過一段時間的調整，北大的教授隊伍相當整齊，第一批聘請的研究教授有汪敬熙（心理學）、曾昭掄（化學）、馮祖荀（數學）、許驤（生物學）、丁文江（地質學）、李四光（地質學）、趙乃摶（經濟學）、周作人（中國文學）、劉複（中國文學）、徐誌摩（外國文學）、陳受頤（曆史學）、湯用彤（哲學）；稍後續聘梁實秋（外國文學）、葉公超（外國文學）、江澤涵（數學）、薩本棟（物理學）、饒毓泰（物理學）、朱物華（物理學）、張君線（政治學）、吳定良（統計學）、葛利普（地質學）、斯伯納（數學）、奧斯穀（數學）等，皆為一時之選。
在解決了北大的經費問題之後，蔣夢麟在胡適等人的配合下，對北京大學的行政和教學製度做了很大變更，擬訂了北大長期發展計劃，明確“教授治學，學生求學，職員治事，校長治校”的基本方針，並以此方針改變了學校原來的一些製度，規定北京大學以研究高深學術、養成專門人才、陶融健全品格為職誌。在學校的組織係統方麵，蔣夢麟改文法理三科為文法理三個學院，實行學院製，全校共設十四個學係。文學院先由蔣夢麟兼任院長，後聘胡適擔任；法學院和理學院分別由周炳琳、劉樹杞擔任院長。改文學院之英文、法文、德文、東方文四係為英、法、德、日文四組，合稱外國語文學係。
北大這次革新的要點在於教師的挑選，蔣夢麟的基本想法是對教師隻看學術上的貢獻，以期將最理想的陣容擺在北大，從而使北大麵貌煥然一新。1930年以前，軍閥連年混戰，教育經費積欠嚴重，教職員長期以來生活不能得到應有的保障。一個教授在一個學校任課的收入不能維持全家最低限度的生活，於是北大教授中兼課現象極為嚴重，教育質量受到嚴重影響。蔣夢麟一方麵爭取外界財力支持，另一方麵切實整頓學校紀律，規定北大教授以專任為原則，在他校兼課者，則薪金較專任者少；在他校兼課較多者，則改任講師；規定新教授初聘訂約一年，續聘訂約二年，在聘約有效期內不得中途他去。
為了北大及國內外大學畢業生繼續有條件進行更為高深的研究，蔣夢麟改組北大研究院，分文科、理科、法科三個研究所，各所主任由文學、理學、法學院院長分別兼任。規定北大研究院為北京大學及國內外大學畢業生繼續研究高深學問之場所，報考資格須為國內外大學本科畢業者，如誌願研究並有專門著作，經審查合格者，雖未在國內外大學畢業也可報考，唯須經過規定之入學試驗，合格者始得為研究生。入院考試的內容，規定一是所專習學科之基本知識，以至少能了解所治學科的基本知識及其沿革曆史為及格，此項考試科目至少須在四種以上；二是外國語，以至少能用一種外國語讀書、對譯為及格。規定本校畢業生在校各學年成績和外國語成績平均在75分以上者，得免其入學考試。本校助教願做研究生者，經本係主任推薦，可免入學考試。研究生在讀年限至少二年，至多五年，規定最初二年必須在院研究。
1932年10月，研究院正式招收二十五名研究生，指導教授及研究課題有馬裕藻的古聲韻學，馬衡的金石學，葉瀚的雕刻瓷器之研究，沈兼士的文字學，劉複的語音學、方言研究，朱希祖的明清史，陳垣的中國基督教史、元史、元典章之語體文及元代社會風俗研究，徐炳昶的中國古代哲學，鋼和泰的宗教史、宗教美術，黃節的漢魏六朝詩，周作人的中國歌謠，錢玄同的音韻沿革、說文研究，沈尹默的唐詩研究，許之衡的詞典研究等。這些教授均為當時中國第一流的科學家，這個陣容不僅為北大的中興做出了巨大貢獻，而且為中國的科學事業做出了劃時代的貢獻；不僅是北大百年曆史上少有的陣容，也是中國一百年來最為整齊、個體及整體實力都最強的陣容。
當年蔡元培的工作重點是加強文科教育和研究，而蔣夢麟此時的重點則是加強理科的建設，他於1931年聘請李四光出任北大地質係主任。在李四光主持下，地質係的教學設備有了較大的改進，先後建立了礦物學實驗室、古生物學實驗室、礦物岩石光學實驗室、岩石分析室、薄片製造室、天平室、繪圖室、測量儀器儲藏室，修建了地質學館，開辟了地質陳列室和研究室，還設立了地質學教室、古生物學教室、選礦實習室等等。其他理科各係的發展也大體相同。據統計，到1935年，北大全校共有實驗儀器6716件，標本15788種，藥品及實習用具3100多件。這些雖說是大學教育所必需的設備，但在當時的曆史條件下，北大能有這些設備，確乎不愧為“全國各校之冠”的美名。
在圖書資料建設方麵，蔣夢麟力所能及地加大投入，將圖書部改稱圖書館，另設圖書委員會，研究決定有關圖書館的一些重大問題。為了擴大圖書閱覽設施，於1934年在嵩公府西院空地建築新館，有容納500個座位的閱覽室和供教授使用的24間研究室。書庫有防火防潮的設備。圖書館藏書逐年有所增加，至1935年，北大圖書館共收藏中文圖書170415冊，日文書籍12275冊，西文書籍67603冊，中外文雜誌400餘種，中西文報紙30餘種。並保存有一定數量的孤本、珍本和善本。翌年購進馬隅卿收藏的小說、戲劇書籍5389冊，中多罕見秘本。除學校圖書館外，北大文科研究所藏清朝內閣檔案、漢簡、拓片等為數尤多。
按照胡適的觀察，蔣夢麟的意思是很想把這個新的北大圖書館完全放在一種新的組織和新的效率上。簡單說，就是要“美國化”。因為他們深信圖書館是以美國的為世界第一。
在蔣夢麟的主持下，北京大學在這一時期取得相當突出的科研成果。尤其是研究教授的規定大幅度地提高了研究教授的待遇，使他們不必為生存狀況而操心，從而將主要精力用在科學研究上，有效推動了科學研究水平的提高。理科教授如李四光、丁文江的地質學研究，饒毓泰的物理學研究，王守竟的光學研究，曾昭掄的化學研究，汪敬熙的生物學研究，馮祖荀、江澤涵的數學研究等，都在國際或國內學術界處在領先地位。在人文科學方麵，語音學方麵設有語音樂律實驗室，先是由劉複主持，1934年劉複去世後，改由羅常培負責，有各種實驗語音樂律的儀器55種，主要工作是計劃調查全國方音，製成各聲調曲線及圖表。對中國古音韻和方言也進行了一些調查和整理工作。如劉複編輯的《中國俗曲總目稿》《十韻匯編》，發表了《敦煌掇瑣中輯》《中國文法講話》《西漢時代的日晷》《莽權價值之重新考定》等，羅常培著有《廈門音係》《唐五代西北方音》《中國音韻沿革》《國語字母演變史》《切韻探跡》《中原音韻聲類考》《中國方音研究小史》等，魏建功的《古音係研究》《方言研究》等。
1936年5月，由胡適、羅常培、顧頡剛、周作人等發起組織風謠研究會，得到吳世昌、朱光潛、沈從文、徐芳等人的積極讚助，先後編輯出版了《北大歌謠周刊》和“新國風叢書”等。在曆史學方麵，由孟森主持的明清史料整理室，購入清內閣大庫所藏有關明清史的檔案60餘萬件，自1933年起，開始對這些史料進行整理、研究和出版工作。先後由馬衡、胡適主持的考古室，藏有各種古器物5000餘種，收購和交換的文獻資料多達兩萬餘件。考古室還和各學術團體聯合組成西北考察團，在新疆一帶發掘出漢簡一萬多件，後經陳受頤、蒙文通、傅斯年、孟森等人的整理，對中國古代史的研究起到相當大的推進作用。考古室的工作重點是整理所收藏的全部金石拓片，並編輯本所收藏的金石文字目錄。從事這項工作的有鄭天挺、姚士鼇、羅爾綱等人。陳受頤進行了總題為“明末清初中西文化接觸”的研究，錢穆也先後出版了《先秦諸子係年》《近三百年中國學術史講義》《黔漢三國史》等著作。在哲學史方麵，有湯用彤關於魏晉南北朝時期佛教史的研究，張頤關於黑格爾哲學思想的研究等。在美學方麵，有朱光潛的《談美》《致青年的十二封信》《西方文藝批評史》等著述。在政治、經濟、法律方麵，比較有代表性和學術價值的著作有許德珩的《社會學概論》《社會學方法論》《家庭進化論》《唯物史觀社會學》，張忠線的《中國國際關係史》《近代遠東外交史》《歐洲外交史》，趙乃摶的《英國製度經濟學》《重農學派與重商主義之比較》等。
北大具有悠久的出版傳統。從1930年起，又陸續恢複出版了各種刊物。由學校主辦的除了《北京大學日刊》外，還有《國學季刊》《社會科學季刊》《自然科學季刊》等。這些刊物基本上都能按時出版，刊載各教授專題研究論文，其他專刊如孟森的《清初三大疑案考實》《明元清係通紀》，張忠線的《中華民國外交史》，陶希聖的《唐代經濟史》，以及《順治元年奏折》《太上皇起居注》《清九朝京省報銷冊目錄》等均先後出版。
風雨飄搖中的一葉小舟
蔣夢麟主持新北大取得如此成績是很不容易的。1931年9月17日，經過整頓的新北大正式開學，蔣夢麟在主持開學典禮的時候宣布聘請各科著名教授十五人。北大全體師生對此感到格外興奮，北大的希望就在明天。
然而正是在明天，即1931年9月18日，震驚中外的九一八事變卻發生了。蔣夢麟和北大師生僅僅高興了兩天，他們都知道空前的國難已到了他們的頭上，而他們經過八個月辛苦籌備的新北大可能就要被摧毀了。
麵對空前國難，蔣夢麟和北大師生意識到，日本帝國主義決不會容許中國從容地建設一個新的國家。但他們在那個時候，卻都又自然地感覺出一種新的興奮，那就是打定主意，不顧一切，要努力把這個學校辦好，努力給北大打好一個堅實可靠的基礎。所以北大在那最初的六年國難中，工作最勤，從沒有間斷。甚至一向對現實政治極為敏感的北大學生，在這時也極少舉行遊行示威抗議活動。一來因為國民政府遷都南京之後，政治活動的重心實際上也跟著轉移；二來實在是因為北大在蔣夢麟等一批知識分子的帶領下，久已深知學術救國才是最為根本的舉措。
從1930年到1937年的七年時間內，蔣夢麟一直把握著北大之舟的航向，竭智盡能，總希望使這個學問之舟平穩渡過中日衝突中的驚濤駭浪。在胡適、丁文江、傅斯年等人的幫助下，北大得以平穩前進，僅偶爾調整一下風帆而已。
為了爭取時間，蔣夢麟領導的北京大學隻好小心翼翼地在淺水裏緩緩前進，不敢闖進激流，以免正麵撞上日本侵華浪潮。師生們的口號是“在北平一天，當作二十年來做”。當然，他們的謹慎與怯懦是不同的。每當日本“第五縱隊”偽裝的學者來到這個“文化中心”（實際上他們是把北大看成反日運動的中心）“拜訪”時，蔣夢麟總是毫無保留地表示他們的態度。有一次，一位日本學者對北大教授大談中日文化關係，話語剛落，蔣夢麟卻明確告訴他，除了日本的軍事野心外，我們可看不出中日之間有什麽文化關係存在。隻有日本政府肯放棄武力侵略的野心，中、日兩國才能攜手合作。
在蔣夢麟的謹慎主持下，北大教學和學問研究的水平提高了，教授們有充裕的時間從事研究，同時誘導學生集中精力追求學問，一度曾是革命活動和學生運動旋渦的北京大學，已經逐漸轉變為學術研究的中心。七年之中隻有一次值得記錄的示威運動，即當日本迅速向長城推進時，北大學生也積極參加這一救國運動。
為民族複興保留讀書種子
當蘆溝橋事變爆發時，蔣夢麟正在廬山參加蔣介石召開的談話會。談話會結束，蔣夢麟本希望盡快返回北平，但北上的火車已全部停頓，不得已隻好滯留南方。
中日戰爭爆發後，中國的教育機關受到嚴重的破壞。平津淪陷以後，許多教員和學生知道在侵略者的刺刀下絕無精神自由的希望，紛紛追隨他們的學校向南或其他地方轉移。鑒於這種狀況，國民政府下令在後方成立兩個聯合大學，一個設在長沙，一個設在西安。
設在長沙的臨時聯合大學由北京大學、清華大學和南開大學三校組成，蔣夢麟與清華大學校長梅貽琦、南開大學校長張伯苓為籌委會常務委員，楊振聲為秘書主任，負責辦理校址勘定、科係設置、師資招聘、學生接收以及新設備之置設等工作。
在平時主持一個大學都相當的難，而在戰時主持聯合大學更難，尤其是要三個個性不同、曆史各異的大學共同生活，且三校各有思想不同的教授們，各人有各人的意見。在這種情況下，蔣夢麟一麵為戰局擔憂，一麵又為戰區裏或淪陷區裏的親戚朋友擔心，他的身體就有點支持不住了。“頭痛”不過是一種比喻的說法，真正的胃病使他的精神和體力受到很大的影響。雖然胃病發作時，他仍舊打起精神與梅貽琦共同擔負起責任，但畢竟是靠許多同人的共同努力和舟共濟，他們才使這條由混雜水手操縱的危舟渡過驚濤駭浪。
聯合大學在長沙成立以後，很快就聚集了兩百名教授和一千多名學生。這些從淪陷區來的學生，父母對他們的接濟自然中斷了。有些學生甚至與戰區裏的家庭完全音信不通，有些在淪陷區的家長雖然明知自己的子弟在內地讀書，但是遇到敵偽人員的盤查時，寧願把孩子報成死亡，以免招致無謂的麻煩，也無法用錢去接濟在內地讀書的孩子。遷往內地的這些大學的經費隻能靠政府撥款維持，其困難便可想而知。經校務委員會議決，教職員薪水一律打七折支給。
南京淪陷後，日本軍隊溯江占領了南昌，長沙隨之成為日軍飛機的轟炸目標之一。而且從辦學條件看，長沙也不是理想之處，於是蔣夢麟飛到武漢想辦法，經蔣介石同意，國立長沙臨時大學前往昆明，改稱“國立西南聯合大學”，簡稱“西南聯大”或“聯大”。
1938年5月4日為五四運動紀念日，西南聯大正式開學。此時，聯大共有四個學院，學生總數在一千三百人左右。翌年春，聯大新校舍落成，辦學規模再度擴大，學生人數已達三千人。至抗戰結束，聯大共有五百名左右的教授、助教和職員以及三千名學生。
以學校曆史與校長資曆論，蔣夢麟應該居於聯大的領導地位，但他為了三校的團結與整個中華民族的事業，堅決主張不設校長，實行常務委員製，由三校校長蔣夢麟、梅貽琦、張伯苓及秘書主任楊振聲組成，共同主持校務。大政方針實行合議製，推梅貽琦為主席，實際主持學校一切日常行政事務。原定三校校長輪流擔任常委會主席，實際常駐昆明掌理校務的僅梅貽琦一人，並一直擔任常委會主席。他們三人之間的友誼與團結是西南聯大能在困難時期堅持下來的根本因素。南開大學校長張伯苓對北大校長蔣夢麟說，“我的表你代著”，這是天津俗語“你作我的代表”的意思。蔣夢麟對梅貽琦校長說，“聯大事務還要月涵先生多負責”。因三位校長中以梅貽琦年紀較輕。蔣夢麟常說，在聯大我不管就是管。這是實話，由此也奠定了三校八年合作的基礎。
聯大的困難首先體現在教師的生活上。從1937年起，教師的薪金被改為按七成發給，加上各種名目的捐款，所得無多。從1940年起開始發全薪，但由於貨幣貶值，物價暴漲，那點薪金很難養家糊口。當時有人說，現在什麽都值錢，就是錢不值錢。教師所得到的，就是這種越來越不值錢的錢。一個月的工資加到幾百萬，不到半個月就花完了。教師們多是靠兼職兼薪，以為補貼。大多數人是賣文，向報刊投稿，得一點稿費。能作古文的人，為當地富貴人家作“諛墓”之文，這樣的生意最好，因為可以得實物報酬。
據與蔣夢麟有直接接觸的費正清記述，蔣夢麟的經濟狀況也非常糟糕，他與梅貽琦均是昆明知識界的頭麵人物，並以苦行僧的形象聞名，蔣的經濟狀況似乎已到山窮水盡的地步，僅餘的衣物、書籍都當賣殆盡。
聯大所麵臨的困難是嚴重的，但在極為艱苦的環境下，西南聯大的教授們不僅克服了文人相輕的惡習，而且在科學研究、人才培養方麵都有至今仍值得稱說的價值。在人才培養方麵，西南聯大的成績極為可觀。許多後來在學術界有極大名聲和成就的學者，都是西南聯大出身。像諾貝爾獎獲得者楊振寧、李政道等，當時都是西南聯大的學生。如聯大教授吳大猷自述，他當年在泥牆泥地的簡陋實驗室，以三菱柱放置木架上做分光儀，繼續進行研究。但在他擔任講授“古典力學”的課程時，仍於學期結束時擬出十餘個不同的題目，讓學生自行選擇進行研究。而楊振寧即選擇了其中“以群論討論多元分子之振動”的題目。而到了1957年冬，楊振寧、李政道獲諾貝爾獎時，不約而同地致函吳大猷，說明他們多年以來的研究工作均可追溯到此一論文題。
投入現實政治的洪流
蔣夢麟為聯大發展做出過重要貢獻，但由於人事格局及其他方麵原因，他在聯大工作基本上手後，便將聯大事務差不多都交給梅貽琦去進行管理，而他自己除了複習英文，寫作自傳體著作《西潮》外，便是接待一些無關緊要的政界和西方來華人物，參加一些重慶的會議。
這樣說並不意味著蔣夢麟在那些年對聯大事務根本就不願意過問。事實上，他不僅參與了聯大早期的一些事務性工作，即便是後來不願太多地過問具體事務，也有不得不然的苦衷。但對於北大的未來，蔣夢麟並沒有失去信心，他在每周紀念會上常說：“現在北大有如佛前微光，抗戰勝利後必會發揚廣大。”強調戰後國家大事，即以文化教育而論，頭緒紛繁，吾輩均須努力以赴之，以求成績於百年之後。蔣夢麟在為北大的複興暗暗使勁，暗暗準備。如果不發生重大意外的話，北大在蔣夢麟的領導下，必將有一個更加輝煌的未來。
然而伴隨著抗戰勝利，蔣夢麟卻隨著宋子文組閣擔負起行政院秘書長一職。在其初任行政院秘書長的時候，蔣夢麟似乎並未想到辭去北大校長和聯大常委的職務，因為在他看來，他可以隨著宋子文的上台而從政，也必將隨著宋的下台而回到學校。然而他忘了大學校長不得兼任政府官員這一限定出於他自己的手定。於是在並不太愉快的條件下，蔣夢麟不得不離開他服務數年的北大和聯大，義無反顧地介入現實政治中去了。
蔣夢麟離開北大和聯大的原因相當複雜。其中一個最重要的原因是蔣夢麟在聯大期間確實隻是為了整體的團結而很少過問北大的事務，致使北大的一些教授覺得在聯大三校中有點吃虧，而由於蔣夢麟很少與教授接談，當然與學生更無關係。蔣絕對不看教授，教授也隻有極少數人去看他。北大隻有一個校務會議，起初不選舉代表，被教授逼迫多時，選出代表，但不肯開會。好像每年有兩次，就算稀有的事。開會時總設法阻止多談。蔣夢麟從重慶等地回來，有時有個茶會，或校慶時有茶會，但在這種會中，不過是一些禮儀性的活動而已，很少觸及實際問題。
另外一個原因是，蔣夢麟的太太陶曾穀與北大多位教授談不來。根據傅斯年的看法，蔣夢麟這幾年與北大教授感情不算融洽，總是陶曾穀的貢獻，大家的心理是“北大沒有希望”。傅斯年為此事與蔣夢麟談過好多次。而蔣夢麟總是說，聯大局麵之下無辦法，一切待將來。傅斯年苦口婆心勸過多次，隻惹得陶曾穀不高興而已。
第三個原因是，陶曾穀似乎希望蔣夢麟到行政院當官，而蔣夢麟本人也有中國傳統士大夫“學而優則仕”的情懷，特別是他當了國民黨中央委員後，更自覺地介入現實政治。
鑒於這種種原因，蔣夢麟在北大，在聯大，已無法作為。他這樣離開北大對他個人來說，或許正是最好的一種選擇。1946年8月27日下午6時，蔣夢麟應邀出席北京大學為其舉行的歡送會，正式解除北大校長及聯大常委職務。席間，胡適勸其早日脫離行政院，仍回北大當校長。蔣夢麟對胡適的建議不置可否，不過他此後再也沒有回過北大。