劉基在戰略上為朱元璋製訂了先滅陳友諒，後平張士誠的方針，為朱元璋獲取了奪取天下的主動權。當西邊平漢戰火漸漸平息之後，朱元璋立即集中兵力，掉轉矛頭，揮戈東進，進攻張士誠所建的吳國。
當時張士誠據有浙西，北連兩淮，憑恃武力，屢屢侵占朱元璋的勢力範圍。劉基認為這是一股不義之師，他們起事的目的，不是為了救民於水火之中，而是爭名奪利，劫民掠商，而我們的軍隊就要與之不同，不要擄掠，不妄殺戮，不毀廬舍，為仁義之師，如此就能贏得民心。
作為一名著名的政治家，劉基首先提出了以上的建議，使朱元璋軍隊在軍事紀律上就高於張士誠一籌。在平定張士誠的過程中，劉基的軍事思想也得以實現。
至正二十三年，就是1363年，張士誠圍攻建德城，守軍統帥李文忠聞訊非常生氣，要同他拚死決戰。恰好劉基在建德，他詳細向李文忠解釋了他在《百戰奇略》中提到的"以飽待饑"的戰術："大凡遠道而來的敵人，給養不濟。敵饑我飽，我們可堅壁不戰，斷其糧源，斷其糧道，與敵持久對峙；敵方必定要發生糧食危機，將士不飽則軍易生亂。因此，敵軍一定會主動撤退，我方即密派騎兵半路伏擊，後麵再縱兵追殺。這樣大獲全勝是必然的了。"據此，他推斷："三日後張士誠必定會因糧源不濟而撤走，他逃我追，就可以一舉擒獲。"
李文忠雖然並不完全相信，但見他說得在理，就按他的去做了，堅壁清野，依城固守，並乘夜色派出小股伏兵。
三日後，劉基從容率眾將士，登城觀望。觀察了一會，劉基自信地說："張賊已經逃走了。"眾將領看到張士誠的軍營裏，戰陣中旗幟獵獵，一如往日，而且傳來了一陣陣威嚴洪亮的戰鼓聲，都大為生疑，不敢隨便發兵。
劉基再次催促，李文忠才下令出擊。直到張士誠的軍營一看，果然如劉基所料，軍營裏空空****，張士誠的主力盡皆撤走，留下搖旗擂鼓的，隻是一些老弱士兵。李文忠急忙傳今追趕，即時快馬奔騰，一齊飛馳，一直到東陽才趕上張士誠的部隊。一番激戰，疲乏饑餓的張士誠軍被擊潰，被俘者無數。
浙東台州人方國珍，元至正八年起兵抗元，占有沿海慶元。溫、台各州縣，元兵屢討不克。劉基與他打交道，可說由來已久。元至正十三年，劉基為浙東行省都事，因其維護統治階級利益的本性，他建議："方氏首亂，數降數叛，乖戾多變，不可赦兔，應該捕獲歸案，依法斬之。"
但是因為方國珍賄賂了一批元朝官僚，朝議不聽劉基的話，接受方國珍的投降，而劉基則被扣上"越權言事""擅權"的罪名，棄置不予重用。方國珍被授予元官後，仍然擁兵自重，不受元朝調遣，卻利用官軍的名義，大肆搜刮民財，掠奪國庫，壯大自己的力量，擴大自己的地盤。
方國珍雖然與劉基有這一層"姻緣"，但他本是一位見風使舵、傾慕賢能的人，他對劉基仍然很看重，不記前仇。劉基的母親死後舉行葬禮，方國珍還派人送來吊唁信。這時，劉基認為陳友諒、張士誠的消滅乃當務之急，暫時可利用方國珍，不可"捕而斬之"。
因此，劉基寫了一封長信，向方國珍說明朱元璋的威德和當前的軍事形勢，希望他察識時務，以圖大業。又投書朱元璋，講明暫時利用方國珍的意義，請他派人去招諭方國珍。
方國珍收到劉基的信後，與其弟說："現在元運將終，群雄並起。唯獨朱元璋的軍隊號令嚴明，所向披靡，現在又東下美州，恐怕難於與他爭鋒，何況與我為敵的，東有張士誠，南有陳友諒。我們不如按照劉基所勸告的，暫時依附朱氏，借為聲援，靜觀其變。"
這時，又恰好遇上朱元璋派來的使者劉辰招諭方國珍。方國珍便在他們的共同勸說下，決定歸順朱元璋，願意合力攻伐張士誠，並獻上黃金50斤，白金100斤，金織文玩等物。
成功招降方國珍，集中表現了劉基軍事政治戰略方針的靈活性、深刻性以及實用性。它為朱元璋略定漢、吳，既消除了一股反對勢力，又能牽製住陳友諒、張士誠，取得了軍事戰略上的又一勝利。