公元前99年，漢武帝由於匈奴扣押了漢朝使臣蘇武等人，派貳師將軍李廣利率領三萬騎兵，前去攻打匈奴，但是，他這次卻打了個打敗仗，差點兒全軍覆沒，李廣利逃了回來。李廣利的孫子李陵當時擔任騎都尉，帶著五千名步兵跟匈奴作戰。單於親自率領八萬騎兵團團圍困住李陵的步兵。雖然李陵的箭法精準，手下的兵士也都驍勇善戰，他所率領的五千步兵殺了五六千名匈奴騎兵，但是匈奴兵卻越來越多，最終，漢軍寡不敵眾，後麵又沒有援兵，最後隻有四百餘名兵士突圍出來。李陵被匈奴逮住，投降了。
李陵投降匈奴的消息傳到朝廷之後，整個朝廷都為之震動。漢武帝便將李陵的母親和妻兒都下牢問罪，並且召集群臣，討論李陵所犯下的罪行。
大臣們都指責李陵不該貪生怕死，向匈奴投降。當漢武帝問到太史令司馬遷的時候，司馬遷說：“李陵所帶去的兵士不過五千人，他深入到敵人的腹地，打擊了幾萬敵人。雖然他此次打了敗仗，但是卻殺了如此多的敵人，也能夠給天下人一個交代了。李陵不肯馬上去死，我認為他一定有自己的苦衷，他肯定心中還想著日後將功贖罪來報答皇上。”
聽了司馬遷這番話，漢武帝認為他這是為李陵辯護，是有意貶低貳師將軍李廣利（李廣利是漢武帝寵妃的哥哥），勃然大怒，說：“你如此為投降敵人的人辯解，豈不是有心要違抗朝廷嗎？”於是，漢武帝一聲令下，就讓人將司馬遷拉下去，關到監獄之中，交給廷尉審問。
審問最後的結果，給司馬遷定了罪，應該受腐刑（一種破壞**的刑罰）。司馬遷家中無錢贖罪，隻好受了這恥辱的刑罰，關在監獄裏。
司馬遷認為受腐刑乃是一件極其恥辱的事情，他曾經為此想到自殺。但是，他想到自己有一件十分重要的工作還沒有完成，不能就這麽死掉。因為當時他正在投入全部的精力來寫一部史書，這就是《史記》。
原來，司馬遷的祖上數代都擔任史官，他的父親司馬談也是漢朝的太史令。司馬遷10歲的時候，就跟隨父親來到了長安，繼承家學，從小就讀了大量書籍。
為了搜集史料，使自己的眼界更加開闊。從20歲開始，司馬遷就開始遊曆祖國各地。他曾經到過浙江會稽，看了傳說中大禹召集部落首領開會的地方；去過長沙，在汨羅江邊憑吊了愛國詩人屈原；他還曾經去往曲阜，考察孔子講學的遺址；他還去過劉邦的故鄉，在此聽沛縣的父老講述了劉邦當年起兵的情況……這種遊覽和考察，使司馬遷積累了大量的曆史知識，同時，又從民間語言中汲取了豐富的養料，給自己的寫作打下了重要的基礎。
之後，司馬遷便當上了漢武帝劉徹的侍從官，曾跟隨漢武帝到全國各地巡查，還奉命到巴、蜀、昆明一帶視察。
司馬談去世之後，司馬遷便繼承父親，擔任太史令，他閱讀和搜集的史料就更多了。
在司馬遷正準備著手寫作史書的時候，就為了替李陵辯護而得罪了漢武帝，被關入監獄，並受了刑。為此，司馬遷十分痛苦，他認為自己的身體受了腐刑，已經毀了，沒有用了。
但他又想：以前周文王在羑裏被關了三年，寫了一部《周易》；孔子在周遊列國的路上被困在陳、蔡之間，後來編了一部《春秋》；屈原被放逐，寫下了《離騷》；左丘明雙目失明，卻寫出了《國語》；孫臏的膝蓋骨被剜掉，卻修訂了《兵法》。《詩經》三百篇也大多是古人在心情憂鬱悲憤的時候寫的。這些曆史上著名的作品，大都是理想行不通、作者鬱悶幽怨的時候才寫出來的。為何自己不能利用這個時機好好地寫這部史書呢？
於是，司馬遷就把從傳說中的黃帝時代開始，一直到漢武帝太始二年（前95）為止的這段時期的曆史，編寫成一百三十篇、五十二萬字的宏大曆史之作《史記》。
在《史記》中，司馬遷對古代一些著名人物的事跡都作了詳細的描述。他對陳勝、吳廣所領導的農民起義給予高度的評價，同時，還表現出了對被壓迫的下層人物的同情。司馬遷還把古代文獻中過於艱深的文字改寫成當時比較通俗的文字。在人物描寫和情節描述方麵，形象鮮明，語言生動活潑。可以說，《史記》既是一部偉大的曆史著作，又是一部傑出的文學著作。司馬遷出獄以後，擔任中書令。後來，他終因鬱鬱寡歡而死。但司馬遷和他的曆史著作《史記》在我國的史學史、文學史上都占據著重要地位。
司馬遷知道，當自己處於人生的低穀期時，蟄伏乃是最聰明的選擇。同樣，在現實生活中，人必須在蟄伏中學會忍耐，在忍耐中等待時機，在等待中蓄積力量；一旦時機到來，就可以一鳴驚人，扶搖直上九萬裏。