二月，倭犯潮州之鮀浦，攻蓬州千戶所，僉事萬仲分部水陸兵馬，東西哨攻之，臨敵而哨兵皆潰，領哨千戶魏嶽、高洪俱死。
倭犯福州，巡撫阮鶚不能禦，取庫銀數萬兩及改機數百匹、金花牙轎賂之，以新造大舟六艘，俾載而去。
四月，倭寇二十四艘約數千人，掠臨海之三石鎮，總督胡宗憲驅走之。
倭千餘攻惠安，知縣林鹹率丁壯乘城禦之，倭攻五晝夜，不克，丁壯死者數百人，倭亦頗有損失，乃引去。
倭攻福清，破之。執知縣葉宗文，劫庫獄，殺虜男婦千餘，縱火焚官兵廨舍。舉人陳見率家僮禦賊，不克，與訓導鄔中涵同被執，罵賊而死。
五月，福建倭結ズ，自海口出港。參將尹鳳督武舉楊承業等，引舟師擊之。衝沈賊舟七艘，斬首六十八級，生擒七人，餘舟敗遁。鳳等複追至東洛外洋，及七礁、白大棕、衣大洋等處，斬首百有餘級，生擒十有六人，銃傷及溺水死者甚眾。福與之患，由是少熄。
惠安知縣林鹹，率兵攻倭於縣境之鴨山，乘勝追奪，陷賊伏中，死之。
六月，倭寇分犯同安、長樂、漳泉諸處，攻福清、南安二縣，破之。巡按禦史樊獻科以聞，上命趣巡撫王詢赴任，集兵追剿，殲於海口。在漳、泉者，亦創殘遁去。已而敘功，升參將黎鵬舉職，充鳴事官。奪守巡官參政萬衣，副使邵楩等俸，俱戴罪殺賊。下福清知縣黃文宗、南安知縣塗光裕於禦史問。
七月，以浙江岑港海寇未平，詔奪總兵俞大猷、參將戚繼光、把總劉英等職，期一月內**平，如過限無功，各逮係至京問，並奪兵備副使陳元琦、曹金等俸。令總督胡宗憲督之剿賊，若失事者，連坐。初，胡宗憲遣還毛海峰誘降王直，及至直下獄，海峰遂絕，與倭目善妙等五百餘人燒船登岸，列柵舟山，阻岑港而守。官軍四麵圍之，雖頗有斬獲，然海中數苦毒霧，賊憑高死鬥，我軍莫利登先，多陷沒者。是時，新倭大主朝議，慮其先後並合，為害將大。屢下嚴旨，趣宗憲督諸將及時平賊。宗憲懼得罪，乃上疏，侈言陸戰功，謂賊雖未殄，然可期月而待。於是科部極言其欺誕，並劾失事諸臣之罪，乃有是命。
十月，岑港倭移巢柯梅，總督胡宗憲屢督兵討之，不能克。於是禦史李瑚追劾宗憲私誘王直啟釁。禦史王本固、南京給事中劉堯誨，亦劾其老師縱寇濫叨功賞，請行追奪。堯誨又言：前淮揚之變，知府石茂華、劉崇文等，嬰城自保，顧得援軍之力，卻賊冒賞。禦史馬斯臧，偽增功次，亦當並治。兵部覆，請切責宗憲，而令查盤科道羅嘉賓、龐尚鵬並勘斯臧等事。上曰：宗憲軍務重寄，宜去與留，其令廷臣集議，母黨護依違斯臧等，本兵既據擬賞矣，如何又勘其並議上。於是成國公朱希忠等、吏部尚書吳鵬等議言：宗憲功多，當切責留用，如部議斯臧等事，已前決，當置勿問，如上旨。上手答曰：妖賊王直，罪浮贓富，本宗憲用計誘獲，人皆知者，小人嫉功，會彼奏上玄瑞，遂爾有言，朕覽諸疏付之丞弼議，擬用存公論耳！是豈不分是非、不明功罪？宗憲其仍奮用心平賊，以副簡眷。未幾，宗憲疏辯言：王直為東南大患，節經兵部題奉，欽依先有購求之文，後有許降之議，臣仰豕廟算，不惜身家，百計以圖之，茲幸擒獲。言者乃誣臣為私誘，詆臣為專擅，又以今歲繼來之寇，謂由臣擒直啟釁致之，是將嫁無窮之禍於任事者之身。昔歲臣任巡按時，徐海、陳東、麻葉，已盤據鬆江，結巢柘林，攻城破邑者四年矣，王直黨果何人？招致何人？啟釁乎？矧直猾譎善戰，久□海上，昔年以孤舟駐泊列表，俞大猷時為參將，以福船五十艘攻圍數月，竟爾逸去，以此觀之，此非可以力勝、非可以常視之也！方直跳梁海洋，中外驚詫，以為猛獸毒蛇，不啻丘富臣君，辛積慮幸而獲之。乃言者複以麽魔視之。夫直誠麽魔，與海上事無輕重也，不足為臣功已矣，而又安得為臣大罪耶？臣力竭智殫，怨多毀集，願舉力以除舟山餘孽，退伏斧鉞，惟聖明裁察。上複報曰：卿計獲妖賊，人所皆曉，特以獻瑞故不敢直指引軍事以害卿，宜揭誠展布，以平餘氛，不允辭。