正月，胡宗憲以倭患未弭，春汛伊邇，請募山東民兵三千，選委謀勇將官，督駐蘇、鬆、常、鎮防守。兵部覆議從之。
廣東原屯黃岡倭賊，流劫海陽、饒平、潮陽、惠來等處。
浙江永嘉縣良醫王沛，招集鄉兵斬倭，戰於梅嶺，死之。胡宗憲以聞，詔贈太仆寺丞，立祠祀之，蔭一子。
二月，廣東流倭突犯福建，詔安官兵禦之，賊引眾犯漳浦。
三月，倭犯浙江，自象山河家■〈石覽〉、金井等處，焚舟登岸。海道副使譚綸引兵與賊戰於馬崗，敗之，斬首七十七級。
總督胡宗憲言：舟山殘孽移住柯梅，即其焚巢夜徙，力已窮蹙，小船浮海，勢易成擒。而總兵俞大猷、參將黎鵬舉，防禦不密，邀擊不力，縱之南奔，播害閩廣，失機殃民，宜加重治。上命逮係大猷、鵬舉來京訊治。柯梅倭之造舟開洋也，宗憲實陰遣之，故不令諸將邀擊，及倭既出舟山，即駕舟南泛，泊於浯嶼，焚掠居民。由是福建人大噪，謂宗憲嫁禍南道。禦史李瑚，遂訐參宗憲，數其三大罪。瑚與大猷皆福建人，宗憲疑大猷漏言於瑚，故諉罪大猷，以自掩飾如此。
倭犯江南崇明縣治，泊舟三沙，登岸焚劫。
四月，江北倭趨通州，總兵鄧成遣兵禦之，敗。指揮張容被殺，倭進據白浦鎮。
初，倭僧清授，隨侍郎楊宜所遣鄭舜臣至寧波。未幾，總督胡宗憲所遣生員蔣洲，複以僧德陽至，俱上書求貢市，朝議未允。令量賞遣歸。未行，而王直就擒。宗憲疏言：倭情可見，不必遣還，然留之浙西非宜，請用洪武問例，發四川各寺安置。兵部議從之。
時江北兵備劉景韶以遊擊丘升等擊原駐白浦倭於丁堰、如皋、海安，三戰皆捷，斬首百餘。賊乃進掠通州，謀犯揚州。景韶複督升等以火攻其老營，擊敗之。斬首八十級，焚死一百七十九人。賊奔入潘家莊，盡銳攻之，斬首一百二十八級。初自南沙登岸犯通州倭，至是剿絕。
廟灣倭又合眾來攻淮安，參將曹克新禦之。戰於姚家**，自寅至申，賊大敗，斬首四百七十八級。賊遁入姚莊，我兵縱火焚莊，死者二百七十餘人。餘賊奔陳莊，我兵追斬七十四級。賊乃退入廟灣拒守。
劉景韶督兵擊倭於邱莊，斬首四十五級。賊西走。次日，我兵複與戰於新州，斬首七十八級。賊泛新河口遁入民莊，我兵以火攻之，凡再戰，斬首二百六十級。餘賊悉焚死，無一人脫者。是時，江北流劫之倭，悉殄。惟廟灣大夥據險固守不出，水陸兵環其四麵攻之。
福建新倭大至，且多齎攻，具先攻福寧、連江、羅源等處，流劫各鄉，遂攻福州府城，經旬不克。乃移攻福安，破之。參將黎鵬舉，以舟師擊倭於海中七星山、屏風嶼，斬首六十七級，生擒六十八人。時沿海若長樂、福清等境，悉有倭舟。廣東流倭往來詔安漳浦間。浙江前歲舟山倭移舟南來者，尚屯浯嶼，加之新寇遍福、漳、泉，無地非倭矣。
五月江北兵攻倭於廟灣，衝其巢，斬首四千餘級。我兵死傷過當，複退守之。時賊守甚固，巡撫李遂以我兵鼓戰而疲，宜圍困之，賊日久無食，且水陸斷其行道，可收全勝。通政唐順之以為玩寇。乃自擐甲持矛麾兵以進，屢挑戰，賊終不出。遂督兵入險，賊奮銳東西衝，我兵擁進，彼此皆傷。然賊複稍稍出掠，覓舟援道，為走計矣！順之自知失計，以為賊未可平，乃駕言經略三沙倭南去。
福建倭屯浯嶼經年，乃前舟山寇隨王直至岑港者也。至是開洋去，其毛海峰者，複移眾南{奧山}建屋而居。
倭寇二十餘艘屯崇明縣三川沙。總督胡宗憲檄總兵盧鏜帥師攻破之，前後斬首一百餘級，寇遁去。宗憲以捷聞，賜賚有差。兼言通政唐順之讚畫功。已而擢僉都禦史，未幾，卒於官。
倭圍廟灣日久，副使劉景韶督卒填濠塹，覆兵逼壘而陣。賊終不出。乃令水兵載葦縱火焚其舟，複水陸進擊，倭潛遁入舟，官兵進據其巢，追奔至蝦子港，斬獲頗多，餘倭無幾，不能複戰，乘風開洋而去。
福建永福倭舟出梅花洋，參將尹鳳等以舟師分擊之，斬首百餘級，生擒九人。既而，倭複回舟，泊澳頭。未幾，複遁，鳳等複以水兵追擊於橫山，斬獲其眾。
七月，原屯三沙倭賊突犯江北，由海門縣七星港登岸流劫，過金沙西亭，將犯揚州。參將丘升並力禦之，戰於鄧家莊，賊敗走仲家園，複追至鍋團，升輕騎先追，賊覘無後繼，盡銳來衝，升馬蹶，被殺。已而官軍大至，賊懼奔遁。宗憲以聞，贈升都同知，蔭一子，世襲。
八月，江北倭自鄧家莊敗後，沿海覓舟不得，我兵尾之於劉家橋、白駒沙等處，寇餒甚，奔莊，我兵圍之。時劉顯兵至，江北兵令顯先登，各營繼進，縱火衝擊，自辰至酉，巢破，斬二百十四級。賊奔白駒沙，我兵追擊，又敗之於七灶、茅花墩，共斬首四百餘級，盡殄焉。