三月，有倭舟七艘，自金沙登岸，複犯如皋，至泰州，轉掠揚州、山東，及徐州。官兵禦之，皆潰，遂進薄新水、關矢，及城中。又進犯天長，都司沃田、把總丘君寵禦之，皆敗死。賊遂入縣治劫掠。已而由石梁趨盱眙，複攻入之，遂突犯泗州，攻城不克，分眾犯清河，攻入縣治，縱火焚掠而去。遂侵淮安，轉入安東焚劫。
江北倭主揚州，營於灣頭鎮，數日遂犯高郵，入寶應，信宿而去。突犯淮安，掠民船四十餘艘。旋複入寶應，燒毀官民廨舍，掘縣北土壩，泄上河水，人乃駕舟遊東鄉。由鹽城至廟灣入海。居數日，開洋東遁。
閏六月，淮揚兵備副使於德昌等督兵擊倭賊於東鄉。德昌督水陸兵參將劉顯率留兵直前衝賊，親斬其渠首，賊眾披靡。諸軍鼓噪繼進，賊走登舟，我水陸兵夾擊之，斬首百餘，多焚溺死者，餘眾退泊雲梯關。尋去刀門港，遁南京。科道等官劉堯誨言：侮寇攻掠揚州、高郵，勢且侵及天長、六合，去留都不數舍。夫淮揚為運道要衝，則當為國家血脈之慮，留都係陵寢，所在則當為國家根本之閣，惟陛下速敕諸臣，刻期剿滅。仍重究參將黑孟陽等，以嚴失事之罰。上以為然。命南京撫按官及各督撫諸臣，亟調兵驅剿，不得怠緩。仍擬黑孟陽死罪，革把總韓德。須備倭王表職，俱令立功自贖。
八月，先是，總督胡宗憲奏：差生員蔣洲、陳可願諭各島主，豐後阻留，轉令使僧前往山口等島，宣諭禁戢。主是山口都督源義長，具谘送回被虜人口。豐後太守源義鎮，遣僧德等，具方物奉表請罪，請頒勘合，修貢。複送洲還，遣僧清授附舟前來，言前後侵犯，皆中國奸商，潛引小島夷眾，義鎮等初不知也。於是宗憲數陳其事，言洲奉使宣諭日本，已曆二年，乃所宣諭止及豐後、山口，豐後雖有進貢方物，而無印信勘合，山口雖有金印、回文，而又非國王名稱，是洲不請國體，罪無所追，但義長等既以進貢為名，又送還被虜人口，真有畏罪。乞恩之意，宜量犒其使，以禮遣回，令其傳諭義鎮長，轉諭日本國王，將倡亂各倭，立法鈐製，勾引內寇，一並縛獻，始見忠款，方許請貢。疏下禮部，言：來使宜優賚遣回，如宗憲議。其宣諭一郎，事關國體，未可輕易詔，仍詳議具奏。部臣乃請令浙江布政司，以有司之意，移谘風示義鎮等，轉諭其王，餘如宗憲議，報可。
十一月，胡宗憲以擒獲倭寇王直等來聞。直與王滶、葉宗滿、謝和、王清溪等，共一其眾屯五島自保。宗憲與直同鄉，習知其人，欲以招之，乃迎直母與其子入杭，厚犒撫之。而奏遣生員蔣洲等，持其母與子書，往諭以意，謂直等來，悉釋前輩不問，且寬海禁，許東夷市。直等大喜，奉命即傳諭各島，如山口、豐後等，島主源義鎮亦大喜，乃裝巨舟，遣夷目善妙等四十餘人，隨直等來貢市，以十月初至舟山之岑港泊烏。是時浙東西傷於倭，聞直等以倭船大至，則甚竟言其不便。巡按王本固奏：直等意未可測，納之恐招侮。於是朝議哄然，謂宗憲且釀東南大禍，而浙中文武將吏，亦陰持兩可。直既至，覺情狀有異，乃先遣滶見宗憲，問曰：吾等奉詔而來，將以息兵安邦，謂宜信使遠迓而宴賜交至也。今兵陳儼然，即販**小舟無一達島者，公其紿我乎？宗憲委曲諭以國禁固爾，誓無他心。滶以為信，而夷目善妙等，見副總兵盧鏜於山鏜誘使縛直等，直大疑畏，百凡說之，終不信。曰：果不欺，遣滶出，吾當入見耳。宗憲即遣之，直等仍要中國一官為質。於是以指揮夏正往。直與宗滿、清溪來見，宗憲好言慰之，令係按察司獄，具以狀聞，請顯戮直等正國法，姑準義長等貢市，永銷海患。或曲貸直等死，充沿海戍卒，用係番夷心，俾經營自贖。本固暗於事機，力以為未可。而江南人洶洶，言宗憲入直、善妙等金銀數十萬，為求通市貸死。宗憲聞而大懼，疏即遣追還之，盡易其詞，言：直等實海氛禍首，罪在不赦，今幸自來送死，實藉玄庇，臣等當督率兵將，殄滅餘黨，直等惟廟堂處分之。時直等三人來，留滶、謝和在舟，本固複言諸奸逆急叵測，請嚴敕宗憲相機審處，務令罪人盡得，夷不為變，於是嚴旨責宗憲擒剿。宗憲乃大集兵艦環夷。舟守之夷，挾貨無所售，既索直等不出，見兵船逼之，益急，乃揚言責中國渝約，數出怨懟語，移舟據舟山為固。宗憲仍以好言挑之，令盡縛送中國。人將與善妙等為市。夷已狎知誑之，然冀幸萬一，彼此以危言相支調雲。初，直泊岑港，宗憲欲戰，慮不勝，乃力主撫議，檄總兵盧鏜，往來直舟為盟甚堅，直來官以都督署司，海上通互市。直亦自奮，言能肅清海波。遂與葉碧川等，挺身來見。宗憲以賓禮遇之，使指揮某為館主，給與大肩與出入，複出薪、米、肉、酒供饋其舟，人日費百餘金，且交質為信，保無他虞。宗憲以狀上，然不敢悉其故。既而上謂：直，元凶，不可救命，棄市。宗憲得旨，大愧，沮然不獲已矣。密檄按察使，收直係桌司獄，且諭令稍緩，恐急則激之去，然其實欲陰逸直，顧前盟也。而將歸責於按察使。按察使覺之，乃急收直，竟服上刑。宗憲複以為功，謂前招納為秘計，非本心也。朝廷信之。加宗憲太子太保，餘升賞有差。然直雖就誅，而三千人無所歸，益恚恨，謂我不足信，撫之不複來矣！日散掠閩、越、淮、揚間，為禍更慘。