正月，福建倭寇流入浙江界，與錢倉寇合。原任留守王倫，督容美土司田九霄等兵扼之於曹娥江，賊不得渡，還走。官軍追及之，於三江民舍連戰，斬首二百級，複追至黃家山，盡殲之。
鬆江新場倭襲敗官軍於四橋，參將尚允紹等死之，亡其卒四百餘人。
先是，三十四年十二月，蘇、鬆兵備任環、都司李經、守備楊縉等，率永順、保靖土兵追剿新場倭寇時，賊眾二千餘人皆伏不出，而詐令人舉火於數裏外，若將引去者。保靖土舍彭翅引軍先入嚐之，不見一人。於是永順頭目田菑、田豐年等爭入，伏起，我軍四麵為賊所圍，翅等偕所部俱死之。禦史邵惟中以聞，因言旬月之內，酉陽、永順兵再戰再北，皆由督撫經略失宜，將領觀望畏怯所致，乞敕總督楊宜與巡撫曹邦輔，俾無再誤，而究治環及經、縉，褒恤翅、菑、豐年等。得旨：宜調兵萬餘，不能平賊，屢失機宜，大負委任，姑革，回籍閑住；邦輔、環、經等，俱奪俸帶罪剿賊，翅等各贈以官，仍賜以棺具殮。
巡按禦史周如鬥，以正月間官軍禦倭於四橋事聞，因參總督楊宜、提督曹邦輔，輕率寡謀，致川兵敗於東清，留兵敗於新場，東兵胡兵敗於四橋，乞將宜罷斥，邦輔罰治，陣亡參將尚允紹、指揮李田鮑、東萊千戶郭勳、崔彥章、李尚郎、李■〈日上拆下〉、百戶趙武、陳清褒恤。疏下，兵部參看。上湲以南寇為憂，疑趙文華前言零寇將滅為不實，屢以問大學士嵩，嵩曲為營解，上意終不釋。文華聞而大懼，於是謀所以自解者，因詭言臣受皇上重托，為人所嫉，近奉命還京，臣計零寇指日可滅，乃替換非人，今複一敗塗地，皆由吏部尚書李默恨臣前歲劾逮其同鄉張經，私為報複，迨臣繼論曹邦輔，則嗾給事夏栻、孫浚媒孽臣，及宗憲黨留，邦輔延今半年，地方之事大壞，昨浙直總督又不用宗憲，而用王誥抵塞，然則東南塗炭何時可解？陛下宵旰之憂何時可釋也？默因得罪。上隨諭吏兵二部曰：南賊一事，不宜坐視，人臣都不盡忠。文華非告密，楊宜已黜，仍革去冠帶為民。曹邦輔令巡按禦史逮係來京問，此任便推補王誥，不必去，仍令舊職胡宗憲升兵部左侍郎兼僉都禦史代邦輔。後邦輔逮，主謫戍邊。
三月，兵部奉旨覆議，九卿科道條陳禦倭事宜：一選武將，一任文職，一精選練，一處兵餉，一守要害，一明職掌，一論奇功，一分信地，一計職任，一行撫諭。近趙文華言：獲降倭奴，入寇海賊俱係日本所屬野島小夷，為中國逋逃所引，其王小必知也。乞遣官敕朝鮮，令其傳諭日本國王，禁戢諸島。詔俱如議行。
四月，倭薄溫州，兵使者檄同知黃釧出兵迎擊賊，戰敗被執。寇欲還釧，索千金為贖。釧罵賊不置，賊怒磔殺之。事聞，贈參議，蔭一子，太學生仍為祠，春秋祀之。
倭自福清登岸，散入內地，流劫溫、台、淮、揚、常、鎮諸府，殺掠焚毀，慘不勝言。
倭船二十餘艘，自浙江觀海登岸，攻慈谿，破之，殺鄉官副使王賂、知府錢渙等，大掠而去，軍民死者數百人。
江北倭流劫至圖山、山北等港，無為州同知齊恩率舟師迎戰，敗之，斬首百餘級，恩長子尚文、次子嵩非、仲寔，弟寶榮，侄慎寅，友良大卿、孫童等，俱在行。嵩年才十八，尤驍勇善射，獨前追賊，至安港，恩等從之。會伏發，賊四麵合圍，恩等及其家丁錢鳳等二十一人，力戰皆死之。獨嵩、慎、寅三人得脫。賊乘勝遂至金山，殺鎮江千戶沈宗玉、正世良於江中。
倭萬餘趨浙江皂林等處，遊擊宗禮帥兵九百人禦之於崇德三裏橋，三戰俱捷，斬首三百餘級。賊首徐海等，皆辟易稱神兵，會橋陷軍潰，禮與鎮撫侯槐、何衡忠、義官霍貫道等，俱死之。賊乘勝攻桐鄉，不克。禮驍勇敢戰，所部箭手三千人，皆壯士。及是役論者，謂兵興以來，用寡敵眾，血戰第一功。事聞，贈禮都督同知，諡忠壯，蔭一子，世襲。指揮僉事槐、衡，各晉二級。貫道贈光祿寺丞，任一子，知印出身。
時兩浙俱被倭，而浙東則慈谿焚殺獨慘，餘姚次之，浙西則鬆林、乍浦、烏鎮、皂林，皆為賊巢。前後至者二萬餘人。巡按禦史趙孔昭以聞，詔總督胡宗憲亟圖剿寇方略，各處調兵，巡撫官有留滯不發者，罪之。
先是，三十四年九月，胡宗憲請遣使詔諭日本國王，禁戢島夷，並招還通番商犯，許立功免罪。既奉諭旨，遂以寧波生員蔣洲、陳可願往，至是可願先還，言：初自定海開洋，為颶風飄至日本五島，遇王直、毛海峰等。言日本國亂，王與其相俱死，諸島夷不相統揖，須遍曉諭之乃可杜其入犯，有薩摩州賊舟，未奉諭先已入寇矣。我輩習坐通番禁嚴，以窮自絕，實非本心。誠令中國貸其前罪得通貢互市，願殺賊自效。遂留蔣洲傳諭國王。宗憲疏，令本兵議其製馭所宜，俾臣等奉以從事，下部，覆：東南自有倭患以來，有言悉販海奸商王直、毛海峰等，以近年海禁太嚴，謀利不遂，故勾引島夷為寇者。有言彼國遭荒米貴，各島小夾迫於饑窘，乃糾眾掠食，國王不知者，用兵數歲，捕獲亦多，招報參差，茫無可據。故昨歲禮部從撫臣請，遣使偵之。今使者未及見王，乃為王直等所說而返，其雲禁諭各夷，不來入犯，似乎難保。且直等本吾編民，既稱效順立功，自當釋兵歸正，乃絕不言及，而第求開市通貢，隱若夷酋。然此其奸未易量也。宜令宗憲等，振揚威武，嚴加提備，仍移文曉諭直等，俾剿除舟山賊巢，以自誠其信，果海壖清**，朝廷自有非常恩賚。其互市通貢，姑俟蔣洲回日，夷情保無他變，然後議之報可。
五月，倭圍巡撫阮鶚於桐鄉，攻城甚急，巡按趙孔昭上疏乞援。總督胡宗憲知賊首有麻葉、徐海二酋，乃飾美妓二人，黃金千兩，繒綺數十匹，月下舁送徐海，而不及麻葉。葉知之，疑有異誌，遂拔砦歸，城不得破。
胡宗憲遣使至桐鄉，諭賊首徐海、陳東解圍。海聽命歸我，俘二百餘人，東不從，複留一日，始退屯乍浦。
巡江禦史邵惟忠言：倭薄通州，攻圍未解，餘眾自狼山轉掠瀕江諸郡縣，而瓜儀為留都門戶；鎮常乃漕運咽喉，不可視為緩圖。宜大集客兵，嚴敕諸臣，協心戮力，共靖其亂。下兵部，覆言：倭自入犯以來，未有遍浙之東西、淮之南北如今日者也，縱使地方多兵，而分投防禦，不無顧此失彼之患，征兵應援，實不容已日者。趙孔昭乞援，已議令征集湖廣土舍、永順夷兵，並山東、河南、廣東打手、胡盧等兵六枝，俱赴浙直軍門聽用。今再議選河南睢、陳，及山東八衛兵、陝西延綏兵；徐、沛募兵，敕遣才望大臣一人，總督前去，以為犄角，保障留都。上然之。
命工部尚書趙文華，兼副都禦史提督浙直軍務。初，文華言殘寇無幾，旋當清**。已而海警屢至，因上屢詰，懼誅，乃攻李默，誹謗為脫罪也。上果大悅，升文華尚書加宮保。嵩因薦文華有文學，宜供玄撰，上不允。及是倭患日甚，羽書日夕數主，部議遣大臣督兵往援，已命兵部侍郎沈良才矣。上複諭嵩，以南地人事物情，再問文華，令備細以實對。嵩知上覺其欺，詞窮且見譴，乃令文華自以其意，請複視師。嵩從中為言，良才不勝任，江南人引領候文華至，宜仍遣督察。上乃止良才，令文華往，賜敕遣之。文華因奏薦文武官知兵可用者：副留守朱仁，守備米蔭，郎中陳惟舉、陳茂禮，知州盧孝達，通判黃元恭。請悉登自隨，與良才所舉何鳳、郭仁一體效用，詔：可。
六月，摻江史褒善，初駐蕪湖，聞浙西倭寇突至，即馳往徽寧避之。賊渡江陰，過狼山，直抵瓜州，至揚州，無能禦者。給事中張師載論劾褒善巽愞失職。上令罷之。
廣東倭劫掠潮州等處，巡撫譚愷以聞，因請以本省兵船赴浙直軍門者，掣還自救。部言：並海諸省俱係要地，宜令愷與胡宗憲酌議彼中事勢，緩急以為去留，不得自分彼此。從之。
倭入慈谿。初，王忬在浙，令兩浙諸縣皆築城自囤，獨慈谿士人持不可，至是倭眾大至，知縣柳東伯不知所禦，攜印組走匿。倭殘殺人民無算，縉紳被禍尤慘，始追悔不城為失計。東伯失守，當坐死，以無城可守為民。
倭入慈谿，省祭官杜槐與父文明率兵追敗於王家圍。梅道副使劉起宗，因委防守餘姚、慈谿、定海三縣，未幾複與賊遇於白沙，一日戰十三合，殺賊三十餘人，斬其一酋。槐數被創，遂墜馬死。文明別將兵擊賊於白鶴場，斬白眉倭帥一級，從七級，生擒二賊，賊驚遁呼為杜將軍。既而複追賊至奉化楓樹嶺，以兵少無繼，陷陣沒。按臣以聞，詔贈槐光祿寺丞，文明府經曆。蔭一子，國子生。有司立祠祀之。
倭薄海鹽，指揮徐行健、程祿，百戶方存仁，逆戰死之。事聞，行健贈指揮使，任一子百戶，祿、存仁，各贈有差。
八月，總兵俞大猷大破倭寇於梁莊。初，趙文華赴浙，沿途征檄河間、山東兵四千人，募徐沛兵千人，為前鋒。已而抵鎮江，整兵東下，諸寇在常州桃花港諸處者，聞之皆解散。亡何，複聚掠，倏忽莫測。胡宗憲計無所措，議欲招輯之，徐圖掩襲。浙江巡按趙孔昭、蘇鬆巡按周如鬥不可。因上言：寇未一挫，撫之徒滋後虞，今征兵四集，初氣正銳，當大振軍聲，明彰天討，勿得輕信寡謀，自貽僇辱。上然之。諭文華等，協謀剿寇，克期**平。文華仍陽與宗憲宣諭徐海等出降，而密檄總兵俞大猷，督師襲擊破之。
初，浙西倭寇惟陳東一部最強，徐海後至，與合。已，桐鄉之圖海，麾其兵遽退，東不得已從之，遂與海有隙。宗憲知其情，乃乘間說海，使為內應，海許諾。即計擒東及其黨麻葉等百餘人以獻。餘賊有入海者引兵追及之，沈其舟，無一人得還。海既縛獻陳東等，退屯梁莊聽撫，進退未決。其部眾仍出營肆掠不止，至是官兵四麵俱集，文華遂欲乘勝剿海，使人責問之。海知有變，乃阻深塹自守。大猷等督師襲擊，於沈莊破之。又進薄梁莊，會大風，縱火，諸軍鼓噪從之，賊遂大潰。斬獲一千六百餘級。倭窮迫，皆闔戶投火中，相枕籍死。海倉猝溺水死，引出截其首。生獲倭魁辛五郎等，餘眾解散，浙直稍寧。
提督趙文華、總督胡宗憲、巡撫阮鶚，以乍浦捷聞，因類奏：六月中，各哨官兵首功，前後共二千餘級。兵部覆奏：徐海雖稱效順，而擁眾自保，情狀叵測，宜所司嚴為之備，不得借口投降，貽患地方。具各處戰功，請行巡按禦史核實行賞。時浙東仙居、浙西桐鄉二大寇略平，其分掠海鬥者，把總張成已敗之。江北寇流入鎮、常者，總兵徐玨等敗之，及蘇、鬆、寧、紹諸處，相繼告捷，賊勢日衰矣！
九月，趙文華等奏上八月中梁莊平倭功次。因言水陸諸寇相繼**平，皆上穹默佑，聖武布昭，非將帥之力能及此。兵部覆請錄永保二土司彭蓋臣、彭翼南、彭明輔、彭守忠等，及文武將立功，仍祭告郊廟社稷，以明得意。上曰：妖氣**平，仰賴天地洪庇，朕心感悅！胡宗憲、趙文華、阮鶚，先賜敕，獎勸各處。調兵將數多，督撫官即時勘酌散回。趙文華命回京。
十二月，趙文華還京。初，文華再出督兵，所至征兵集餉，浪費不經。於是提編徭役，加派稅糧，截留漕粟，扣除京帑，迫脅富民，脫釋凶醜，侈括公私金瑤圖畫以百萬計，其為軍旅之用才什之一二。所征官土民兵，川、貴、湖、廣、山東西、河南，無不罹患，而臨敵不前，遣還不去，往往潛為盜賊，行者、居者，並受其禍，雖有梁莊之捷，人腹誹之。至是還京，而吳越之間如脫距矣！
倭俘麻葉、陳東等，俱械係至，兵部尚書許論等，奏請獻俘。從之。群臣俱具服稱賀，仍舉謝玄大典。論平倭功，加趙文華少保，胡宗憲右都禦史，各任一子，錦衣千戶，餘升賞有差。
自梁莊捷後，倭賊悉靖，惟舟山倭據險結巢，官兵環守之不能克。時土狼兵俱已遣歸，而川、貴兵六千人始至，胡宗憲方留防春汛，隸俞大猷，經營舟山之賊。會夜大雪，大猷乃督兵四麵攻之，賊悉銳出敵，殺土官莫翁送，諸軍益怒，競進，大敗歸巢。官兵積薪草以棕蓑卷火擲之，賊四散潰出，斬首一百四十餘級，餘悉焚死，賊遂平。