被稱為海盜“祖師”的是中國東晉時期的孫恩。
中國封建王朝重農抑商，對外壟斷“貢市”，禁止商民出海活動。明清王朝厲行海禁，嚴禁商民出洋貿易，下海出洋者被視為奸徒、海盜。縱觀中國曆史，其實許多所謂海盜，並不是殘忍好殺之海盜匪類，而是海上英雄豪傑之士。
東晉末年，孫恩和盧循領導的海上大起義，從公元398～411年，前後曆時長達13年，有近百萬人的海盜大軍，轉戰長江以南廣大地區，縱橫東海、南海兩大海洋。如此波瀾壯闊的海上武裝起義，是中國海盜史上所罕見的。
孫恩，字靈秀。世奉五鬥米道。東晉孝武帝時，孫恩的叔父孫泰為道教主，在民眾中很有威信，眾人紛紛敬之如神，教徒分布於南方各地。至孫泰遇害，孫恩逃於海，在海上聚合亡命，想要複仇。公元399年，白海島帥其黨，殺上虞令，乘勝攻取會稽，隊伍迅速擴大，壯大至數10萬人。孫恩轉戰紹興、寧波、舟山、台州、溫州、南京、楊州等地。
公元402年，孫恩作戰失敗投海自殺。餘部由盧循為主。盧循，字於先，“神彩清秀，雅有才藝”，善於草隸、弈棋，是個文雅之士。後轉戰至廣州、長沙、南昌、南京和廣東各地，於公元411年失敗。孫恩、盧循海上反亂被稱為“中原海寇之始”，為後世海盜活動提供了經驗。後人常稱海盜為孫恩，孫恩成了海盜的代名詞，這也就是海盜祖師孫恩的由來。