隨著OPPO、vivo以及步步高教育電子有限公司的快速發展，段永平從中獲得的收益一直水漲船高，加上他在投資領域內的不斷嚐試，積累的財富越來越多。這些財富已經大大超出了日常生活所需。麵對龐大的財富，如何管理似乎成了一個課題。
段永平和妻子劉昕都是非常低調的人。在成為億萬富豪之後，段永平對於財富反倒看得很開了，他和妻子也不打算持有那麽多的財富，錢多了反而會是一個禍害。段永平對此笑言：“我現在的目標就是如何把這些錢花出去。我發現，花錢比賺錢難。”夫妻倆也不打算將那麽多的錢全部留給孩子，孩子們應該依靠自己的能力去創造財富。他這樣說道：“我人生的很多快樂來自獲取財富的過程，不能剝奪孩子的這份快樂。”夫妻倆覺得隻需要給孩子留下一部分備用的錢，以防遭遇困難時不至於窮困潦倒，剩餘的錢沒有必要都留給孩子，所以兩個人設立了一個基金，孩子每隔5年可以領一筆錢，用於基本的生活開支，而將大部分錢捐贈給真正需要的人。
經過慎重考慮，兩個人想到了一個花錢的好方法，那就是做慈善。有很多企業家和商人做慈善，比如巴菲特、比爾·蓋茨。美國的慈善活動非常興盛，這和美國的稅收政策有關，很多地方的州稅與聯邦稅加起來很高，但是將股票捐給慈善組織和基金，就可以抵稅，這對富豪們來說是降低稅收支出的一個好方法。段永平的一個優勢在於，他比很多企業家更早地領悟到慈善的價值和意義，他不像國外的一些富豪，到了70歲才開始思考做慈善，而是趁著年輕就大膽去做，而且他從來不是通過做慈善來降低個人的稅收，這不是他做人做事的風格。
與有些企業家做一些空頭的承諾相比，段永平夫婦是真正將慈善付諸行動的人。2005年，當他們想到做慈善時，立即動手成立了一隻家庭慈善基金，這個基金的主要慈善方向是教育領域。一開始，他們就給家附近的學區提供了一支等額配比基金，當時學區的老師正在四處募捐，段永平夫婦立即做出了善意的舉動。某一天，當募捐的老師在社區裏見到段永平夫婦時，表達了感謝，這讓夫婦倆感到很舒心，兩個人無意借慈善出名，也不是為了獲得讚美和獎賞，但是當收到感謝時，內心還是產生了強烈的滿足感和價值感。
段永平事後一直在回味這一幕：“他的那個表情讓你感覺得到他是在說‘謝謝’，但旁邊沒有任何人知道，你不會覺得很誇張。這就是我希望的那種感覺，you are nobody（你誰也不是）。”
不久，段永平開始關注中國留學生這個特殊群體。眾所周知，美國很多大學的學費非常高，不是一般家庭可以承受得起的，如果留學生的家庭條件一般，而且無法獲得全額獎學金，那麽將會承受很大的經濟負擔。於是，段永平在斯坦福大學成立了兩個中國留學生基金。
雖然段永平移居美國，但他一直心係中國。2006年9月21日，段永平聯合丁磊一同向浙江大學捐款4,000萬美元（其中段永平捐款3,000萬美元）。2009年12月，段永平再次為浙江大學捐款760餘萬元人民幣。2010年2月28日，段永平和妻子作為中國人民大學的校友，為中國人民大學募捐了3,000萬美元。這裏有一個小故事，早在2009年11月10日，段永平回到中國人民大學時，與校長紀寶成談起了捐贈事項。段永平直接問校長：“你希望我捐多少？”紀寶成愣了一下。段永平隨即笑著表示自己給浙江大學捐了3,000萬美元。
段永平在次年的2月底捐了這筆錢。一個月之後，段永平夫婦又捐贈了350萬元人民幣給中國人民大學。2011年大學校友捐贈排行榜上，段永平夫婦以4.47億元人民幣的捐贈額名列第一。
這份名單還可以列得更長：2008年5月14日，段永平向四川汶川地震災區捐款300萬美元……2018年3月，段永平以父親的名義給南昌工程學院捐款500萬美元。多年來，僅僅有記錄的國內捐贈，就超過了5億元。
需要特別說明的是，2008年9月，段永平夫妻二人在中國民政部門注冊成立了心平公益基金會，專門用於支持國內貧窮地區兒童圖書館的建設，致力於為孩子們創造一個更好的學習環境。心平公益基金會是以段永平夫婦名字的諧音命名的，這樣做一方麵是為了避嫌，符合夫婦倆一貫的低調作風，另一方麵也體現出了兩人以平常心對待公益和慈善的態度。
該基金秉持透明的運作原則，任何一筆捐贈和開支都記錄在冊。2009年，心平公益基金就做了三筆大額捐贈，不僅如此，它還與17家公益合作夥伴共同捐助了67間校園、鄉村和社區的圖書室，豐富了受助者的精神文化生活。這些開支接近1,900萬元，不過管理費占總支出金額的比例隻有3.08%，可以說以最低的開銷做成了最大的事業，這符合夫婦倆做公益、做慈善的態度。
在談到慈善和捐贈的時候，有一件事曾引起風波。2010年2月28日，段永平夫婦為中國人民大學募捐3,000萬美元之後，他就收到了一封來自中國人民大學的郵件，發件人是自己的學妹。她在郵件裏寫道：“很高興你給人大捐款，‘至少’比那個張磊好。”
張磊是高瓴集團創始人，兩個月前為母校美國耶魯大學捐款888萬美元，這也是美國耶魯大學史上獲得的最大一筆畢業生個人捐贈。張磊本科畢業於中國人民大學，同樣是母校，他為什麽不給中國的母校捐錢呢？這引發了網友的嘲諷，認為他崇洋媚外，這個學妹的觀點表達了當時很多人的心聲。
麵對學妹的郵件，段永平不知道該說些什麽。對於這類捐款問題，他之前從來沒有想過，他直接回了一封郵件，他覺得張磊沒有做錯，正當的捐款都應該鼓勵。此外，對於學妹提到的“至少”，他覺得有待商榷。
不久，段永平在深圳接受了《中國企業家》的采訪，並主動談到了這封郵件，他對郵件的內容以及發件者的態度表達了自己的看法，認為社會不應該對捐贈人本身提出太多的苛求，有人稱讚他把錢捐給中國，但實際上他承認自己也給斯坦福大學捐了不少錢，何況斯坦福大學還不是他的母校。
事實正像段永平說的那樣，張磊在2017年一口氣給中國人民大學捐了3億元人民幣，之後又投資了西湖大學，並沒有像網友所說的那樣，“隻懂得給外國人捐錢”。
他認為：“罵張磊那些人，99.9%是不捐錢的。每個人站的角度不一樣，這世上肯定有比你的捐助對象更需要錢的人，但你不一定知道。就像比爾·蓋茨將幾十億美金捐到非洲，難道全美國人民就應該罵他？按這種邏輯，巴菲特就更過分了，把他的錢捐給一個比他更有錢的人（捐給蓋茨的基金會）去支配！這個世界不就亂了嗎？”
段永平認為大家沒有必要過度解讀捐贈行為，重要的是有更多的人願意去做這些事，願意給予需要的人一些幫助。多年來，段永平夫婦在國內外捐出了大量的款項，其中有很多是不為人知的，兩個低調做慈善的人根本沒想著要借助慈善來打造一個更好的“人設”。許多人認為段永平為華人以及華人企業家做出了很好的榜樣，也盡到了一個企業家應有的社會責任。對於這些褒揚，段永平看得很淡，他覺得當人到了某個階段時，就會想到做慈善。自己就到了這個階段，根本沒有什麽值得炫耀的，也不是多麽高尚的事情，更沒有想過要成為誰的榜樣，就像吃飯喝水一樣，他認為慈善就是一份工作，與賣水果、賣手機，或者在單位上班沒有兩樣，夫婦倆還會繼續做下去，確保個人的財富以更有意義的方式回饋社會。
他非常反感別人說自己是慈善家，從來不覺得自己是一個慈善的人，因為“慈善”給人的感覺始終是居高臨下的，但人人生來平等，沒有誰比誰更高一等。
當然，他坦言捐錢比掙錢難多了。因為掙錢的時候，自己待在一個熟悉的環境和產業中，捐錢卻是陌生的，需要學習和了解的東西很多，需要不斷摸索新的模式。他覺得自己的力量很渺小，所以不僅自己做慈善，還間接地帶動朋友一起做慈善。比如段永平在投資的時候，一直負責幫朋友投資，他手裏有十幾個好朋友的賬戶，在幫忙投資之前，段永平就做了一份聲明：朋友不能幹涉他的買賣，也別著急，別老是問他，所有人自負盈虧。但掙到錢之後，不能把錢獨吞了，必須拿出15%~20%的錢捐款。朋友基本上會把錢捐出來，有的人還會多捐一些，這樣就形成了一種很好的風氣。
段永平曾經說過，中國的慈善活動還不夠完善，因為沒有建立起推動慈善事業，以及與慈善事業相呼應的配套機製。但目前中國的慈善活動越來越多，慈善家也越來越多，他們在積極地推動慈善事業的發展，段永平真心希望中國的慈善環境會變得越來越好。
為了提升捐贈的有效性，段永平在浙江大學捐款時，建立了等比配的捐助機製。簡單來說，浙江大學不能直接從慈善基金中拿到錢，隻有當其他人給浙江大學捐款時，等額捐贈基金就會給出同樣數目的捐款。在一般情況下，單筆項目出資不會超過100萬美元。這個捐贈機製是雅虎創始人楊致遠和斯坦福大學、惠普研發有限合夥公司聯合建立的，段永平聽說後覺得很有效，於是直接采用。在他看來，慈善應該是每一個公民的責任，大家都應該積極參與，這樣可以刺激校方和捐款人募捐的積極性，而且捐款資金的用途也有了充分的保障。
在接下來的多次捐助中，段永平積極建立更加有效的捐贈機製，確保每一筆捐贈可以得到合理的運用。比如他會要求構建一個完善的運作機製，確保員工考核、工作推進、活動舉辦等順利進行，同時不會在落地實施時給地方帶來壓力和負擔，一切開支都是慈善基金內部消化，整個係統有專人負責、管理和監督，這樣就減少了不必要的損耗，也可以有效杜絕貪汙慈善款事件的發生。
在對待自己的慈善事業上，段永平始終保持專注和理性，所有的慈善活動都被安排得井井有條。更重要的是，他一直認為慈善是一項社會性的活動，不應該是某個人或者某一部分人的責任，而是整個社會的義務，隻有推動更多的人參與，才能真正將這項有意義的工作做好。