同時，海瑞還非常敢於向權貴開炮。既然在浙江這個地方當官，當然就要找當地最炙手可熱的人物下手。浙江官場上，胡宗憲既搭上了嚴嵩的線，又屢立戰功，顯然是一方官場巨星，他的門生故吏更是遍布浙江、福建、廣東的軍政兩界，人脈壟斷東南沿海。有這樣的權勢背景，他的家人當然也是非常驕橫，海瑞就挑中了他下手。有一次胡宗憲的兒子錦衣千戶胡桂奇路過淳安，因為驛站的小吏接待不周，觸怒了他，他竟然將驛吏倒懸起來掛在門上！這就是給海青天輸送炮彈了。海瑞說：“胡公曾經有過明令，驛站不許太過鋪張。此人如此招搖，必非胡公子，是個冒牌貨！”立即將其逮捕，搜出來數千兩銀子，全部充公，並且把人綁送胡宗憲。胡宗憲啞巴吃黃連，隻好不了了之。可見，海瑞不是那種無差別掃射的愣頭青，他的鬥爭其實是很有策略的。
不過胡宗憲還算是很有底線的人，鄢懋卿就不好對付了。不久鄢懋卿親自路過淳安，出現了胡桂奇一樣的情況，嫌接待太差。誰知海瑞答複他說這縣城太小，容不下您鄢大人的車馬（您想要厚待還是請別處去吧）。鄢懋卿氣得直咬牙，但久聞海瑞大名，不便發作，隻得含恨而去，暗中囑咐巡鹽禦史袁淳調查海瑞和另一位不諂媚自己的地方官慈溪（今浙江寧波慈溪縣）知縣霍與瑕。袁淳找到海瑞、霍與瑕在鹽政方麵的一些紕漏，上奏朝廷將他們貶官處理。海瑞當時己經提拔為嘉興府（今浙江嘉興）通判（市委秘書長，正六品），因此被貶為興國州（今湖北黃石陽新縣）判官（州是比府低一級的市，所以秘書長稱判官不稱通判，從七品）。但這幫貪官沒有料到的是，這反而幫了海瑞一把。首先，因為不諂媚上司而被論罪貶官，這本身己經足以引起輿論同情。其次，與海瑞一起遭殃的霍與瑕還不是一般人，而是禮部尚書霍韜之子。霍韜是在“大禮議”之中站明世宗、張璁一隊而得寵的，在朝廷也算是個焦點人物，他的兒子受到如此不公正待遇，這事兒很快就會傳得滿城風雨。不過恰如楊廷和的兒子楊慎仕途受限一樣，霍韜的兒子在仕途上也很難取得太大成就，真正因這場風波火了的恰恰是海瑞。
嘉靖四十五年（1566年）二月，當了好幾年州判之後，海瑞終於迎來了仕途最重大的一次轉折——還不是嚴嵩倒台，而是陸光祖就任吏部文選郎中，執掌全國的文官任免。陸光祖是晚明最著名的吏部官，曆任驗封、考功、文選等多個吏部清吏司的郎中，後又曆經太常少卿、太常寺卿、大理寺卿、工部侍郎、南京工部尚書、南京刑部尚書、南京吏部尚書、刑部尚書等職，最終回到北京任吏部尚書直至退休。陸光祖長期掌管人事，栽培了晚明許多重臣，同時又敢於堅持原則，在曆史上以封還明神宗違規讓趙誌皋、張位入閣的特旨著稱，被譽為晚明名臣。陸光祖早聞海瑞大名，當了文選郎中第一件事就是將海瑞提拔為戶部主事。
六部主事是京官的骨幹，主要作為二甲進士的初授官，三甲進士一般都很難得授，海瑞一個受到排擠打壓的舉人，由從七品州判官突然提拔為正六品主事，豈非天恩浩**？然而，正如楊繼盛一年受四次提拔，於是思報國恩，毅然出劾首相嚴嵩一樣，海瑞也要幹點比彈劾嚴嵩更驚天動地的大事，那還能是啥？隻能是把矛頭直接對準皇帝咯。
海瑞到了京城，先去戶部報到，然後不是急著去錢糧胡同（戶部衙門）的新辦公室上班，而是到刑部大牢的後街買了一口棺材，然後把家人托付給友人，到通政司遞交了他精心撰寫了許久的《治安疏》。時值世宗朝末，不少廷臣因為上疏言事遭到拷打至死，言論己經趨於閉塞，而明世宗剛剛驅逐了嚴氏奸黨，朝野上下確實非常高興，一時稱頌奏疏不斷，突然冒出這麽一篇對明世宗直接進行強烈抨擊的文章，顯得相當刺眼。
那麽這篇被譽為“直言天下第一事疏”的《治安疏》是怎麽批判明世宗的呢？
海瑞先為痛罵作點鋪墊，說漢文帝（劉恒）被認為是一代聖君，賈誼仍要痛哭流涕地勸諫——所以我今天不把你罵夠怎麽好意思？接著就火力全開：
其實陛下的天資英斷比漢文帝強多了，但卻搞成今天這個樣子，“天下人不直陛下久矣！大家早就不爽你啦！嚴嵩雖然被罷免，但他被罷免之前風氣己經很差了，現在就算罷免嚴嵩也就那樣，有什麽好得意的？其實要當個聖明君主有多難？不說堯、舜、禹、湯、周文王、周武王，也不說漢文帝了，就說接下來的榜樣，漢宣帝（劉詢）的勵精圖治、漢光武帝（劉秀）的開明大度、唐太宗（李世民）的英武無敵、唐憲宗（李純）的誌平僭亂、宋仁宗（趙禎）的寬厚仁恕，你哪怕做到一樣都堪稱賢君——但你就有本事一樣都做不到啊！你幹的壞事很多，最壞的就是寵幸道士，這事兒不但造成了朝政腐敗，關鍵暴露智商啊！你以陶仲文為師學長生之術，現在他自己都死了你還信？這麽多年你搜刮民財來寵幸道士，百姓都說“嘉靖者，言家家皆淨而無財用也。”你這己經不是丟自己的臉，所有臣工的臉都被你丟盡了，你到底能不能幡然悔悟，做個好皇帝，置身於堯、舜、禹、湯之列，好讓我們也置身於皋、夔、伊、傅（堯、舜、禹、湯麾下的賢臣）之列，洗雪恥辱啊？
客觀地說，海瑞這篇《治安疏》己經不是一般的言事疏，而是**裸的人身攻擊，而且完全是一種居高臨下的教訓姿態，其實我們很容易從中發現中小學家長的慣用套路。
海瑞教訓明世宗的套路 中小學家長訓孩子的套路
至於“嘉靖者，言家家皆淨而無財用也。”把“嘉靖”說成“家淨”，對此我想我有責任提醒學齡兒童家長：教育孩子，可以嚴厲甚至可以粗暴，但切記像這樣尖酸。而且海瑞還暗插了一個（但不僅限於一個）相當刻薄的釘子——他很奇怪地把唐憲宗也列在古代明君的行列。唐憲宗在曆史上主要事跡有二：一是抑製了藩鎮勢力，唐代最大的弊政就是藩鎮節度之禍，憲宗朝己經隱然有藩鎮割據的態勢，唐憲宗果斷鎮壓，很大程度上抑製了藩鎮節度使的惡性發展；二是崇信佛道，搞過奉迎佛骨的荒唐事，晚年又吃道士煉製的金丹而死。唐憲宗應該說有一定的作為，但放在這裏作為明君的代表和堯舜禹湯、漢文帝、唐太宗、宋仁宗並列就很突兀了。其實海瑞這樣寫是一種相當狠辣刻薄的筆法。首先，明世宗以藩王入繼大統，這也是早年“大禮議”的核心話題，他對“藩鎮”、“藩王”這些字眼是很忌諱的，海瑞卻很牽強地拿個鎮壓藩鎮的唐憲宗出來說事。其次，唐憲宗崇信佛道，曆史名聲並不好，海瑞故意把唐憲宗和那些多賢君放在一起，其實就是讓明世宗看看：如果把你這種人跟小明、小華放在一起顯得多麽刺眼。更可怕的是，唐憲宗是吃道士煉製的“長生藥”暴斃的，明世宗也整天吃這類玩意兒，又迷信，在這方麵對“唐憲宗”這個字眼的忌諱更勝其它，海瑞故意插個唐憲宗，您說陰損到了什麽程度？
明世宗看了氣得把奏本狠狠扔在地上用腳猛踩，大喊：“快去把這人抓住，別讓他跑了！司禮監掌印太監黃錦在旁答道：“此人素有癡名，聽說上疏時自知必死，先去買了一口棺材，訣別了家人，遣散了仆僮，自己坐在朝堂待罪，不會跑的。”明世宗聽了不禁默然，過了一會兒又取出奏疏讀了一遍，一天讀了好幾遍，到後來竟然感動起來，留著讀了幾個月。最後，明世宗感歎道：“此人可與比幹相比，但朕可不是商紂王。”之後明世宗的心情很差，身體也越來越虛弱，自感大限將至，召首相徐階來商議禪位給兒子的事。這時他突然又很奇怪地將海瑞逮入詔獄，追宄是誰主使海瑞發表了這麽聳動的一篇奏疏。不久，海瑞被移送司法，判處了死刑。但死刑判決呈送給皇帝勾決時，明世宗又遲遲不批準。戶部司務（從九品）何以尚判斷明世宗其實並無要殺海瑞的意思，於是上疏請釋放海瑞。明世宗卻又勃然大怒，命錦衣衛將何以尚杖責一百，逮入詔獄，日夜拷打審問。徐階也極力營救海瑞，明世宗依然不肯放人。兩個月後，明世宗駕崩，裕王朱載屋繼位，史稱明穆宗，年號隆慶。海瑞和何以尚才雙雙獲釋。
明世宗是在晚上駕崩的，當夜宮外還不知道，但詔獄裏有些人己經得到消息。關押海瑞的牢頭消息很靈通，認為新帝沒準兒會重用海瑞，於是請海瑞吃了頓好的。海瑞以為這是死牢的慣例，送你一程最後吃頓好的，於是開懷暢飲，大吃大喝。牢頭悄悄告訴他：“剛才皇上駕崩了，先生馬上就要出去重用了。”海瑞一驚：“消息可信嗎？”隨即嚎啕慟哭，一直哭到把剛才吃的東西都嘔出來，又哭倒在地，一夜都沒停。
可見，明世宗和海瑞其實是惺惺相惜的。人之將死，其言也善。海瑞抱定必死之心，隻求以一封直諫名垂青史，所以言無不盡（甚至有些過分）。明世宗亦知大限將至，看了這封奏疏雖然一時有氣，但他畢竟是皇帝，感歎這麽多年來與臣工們隔絕，沒有聽到真話，也深知大明王朝己經被帶到了一個盲人瞎馬的邊緣，非常危險，亟需一柄海瑞式的利劍來刺破厚重的黑幕。
明穆宗登基後，海瑞官複原職，不久改為兵部主事，依次提升為尚寶丞、大理寺丞、南京通政使、通政使。隆慶三年（1569年），海瑞以右僉都禦史巡撫應天十府，管轄範圍包括應天府（今江蘇南京）、鬆江府（今上海市）、蘇州府（今江蘇蘇州）等最為富庶之地。很多貪官汙吏知道名震天下的“海青天”要來，竟然嚇得主動辭職。一些有錢有勢的人本來建造了大紅門，覺得太高調容易被海瑞盯上，主動把門刷黑，免得引起注意。江南織造業發達，內廷直接派出一些太監來監察織造行業，稱織造中官，這些人本來在江南繁華之地作威作福，聽說海瑞要來，也都減少了輿從，收斂行為。
所以說，一個著名的清官執政一方，能夠淨化當地的風氣，這就是一個清官最大的效用。當然，有些人宣揚“貪官能吏論”“清官無用論”則是非此即彼了。清官不但能淨化風氣，理政治國往往也有很一套。道理很簡單，市場本身能夠合理配置資源，官員隻需要維持正當的市場秩序，看不見的手自然會讓資源配置達到帕累托最優，經濟就能健康發展。恰恰是貪官汙吏出於私利目的，管不住看得見的手，才會作出一些有損公共秩序、不利於市場健康發展的行為。後世有些人說到“清官無用論”就特別愛拿海瑞說事兒，認為海瑞就是個愣頭青，不會“做人”的家夥自然也不會“做事”，一輩子隻會得罪人，沒什麽“政績”。其實海瑞在應天巡撫任上政績相當卓著，《明史》稱其“銳意革興”，並且主持了疏浚吳淞、白茆等通江達海的大型工程，既興建了水利，又促進了水運。超強的大型工程尤其是基礎設施建設能力堪稱是中華民族的種族天賦，但明朝末年的基建能力卻急劇萎縮，海瑞到任前數十年，江南水網的重要水利航運設施都幾近癱瘓。原因無它，貪官汙吏的層層盤剝腐蝕了社會的根基，貪官們把錢撈完，哪裏還顧得上給老百姓修工程？
事實上，我們還可以從更宏觀的曆史角度來看待海瑞的重大功績。穆宗朝雖然很短，前後隻有七年，卻是人類貿易史上最濃墨重彩的一頁。由於世宗朝後期胡宗憲、俞大猷、戚繼光等大力征繳海盜（倭寇）取得成效，官兵搗毀了海盜散布在中國、日本、越南、馬六甲等許多地區的基地，斷絕了海盜短時間內再生的源頭，海上貿易秩序基本恢複。明穆宗隆慶元年（1567年），朝廷宣布終止世宗朝執行了數十年的海禁，全麵開放海上貿易，允許國內外船隊自由進出中國海域（以前隻要非官方船隊都會被疑為海盜，民間海貿幾近扼殺），史稱“隆慶開海”。中華民族的另一個種族天賦——貿易又爆發出來，“中國製造”是比潘多拉厲害百倍的惡魔，中國人的船隊如同天女散花，瞬間遍布五洋四海，中國創造的絲綢、茶葉、瓷器、鐵器突然就堆滿了北歐甚至美洲的市場，連墨西哥這種尚未完全開發的地區都出現了中國理發匠——因為據說在維達?沙宣之前，財大氣粗的中國商船老板隻信任來自蘇州府昆山縣的發型師。“隆慶開海”又恰逢日本和南美這兩個大銀礦開發的曆史機遇，全世界的貴金屬如百川歸海，疾速匯流到中國。短短半個世紀，中國就從一個貴金屬匱乏地區變成金銀集中地。根據多倫多大學弗蘭克教授所著《白銀資本：重視經濟全球化的東方》，自明穆宗隆慶元年（1567年）至明思宗崇禎十七年（1644年）的77年間，全球2/3的國際貿易與中國有關，約有3.53億兩白銀通過國際貿易流入中國，約占全球白銀總量的1/3（弗蘭克後又以論文形式將此數據修正為5億兩、占全球總量的1/2）。弗蘭克驚呼隆慶、萬曆年間的中國簡直就是一台“銀泵”依我看還是一台大涵道比多連杆傳動渦輪増壓湍流泵！
那麽在經濟貿易方麵取得如此偉大的成就，應該歸功於誰？首先當然還是胡宗憲、俞大猷、戚繼光他們掃平海盜，才能奠定正常貿易的環境。其次則要好好想一想誰是貿易的主體，海量的絲綢、茶葉、瓷器、鐵器從何而來？答案是——海瑞。
沒有開玩笑，真的是海瑞。當時的江南是世界上生產力最發達的地區，行銷世界的“中國製造”大部分產自此地。海瑞踏著這個曆史節點上任應天巡撫，掌舵這個“銀泵”的核心轉子部件，一手開啟了這段波瀾壯闊的史詩征程，您說他的理政治國能力難道不是史詩級的？
說到底，海瑞這種治國能力根源不在於聰明，還是在於他的一身正氣。持身正，才會做正事，才能做好正事。如果他是個貪官，一頭紮進江南水鄉的花花世界，就嗅著遍地的銅臭找地方吞錢去了，誰還來管你什麽隆慶開海、中國銀泵？老子的錢袋子才是銀泵。不過明世宗先將海瑞投入死牢，再讓明穆宗放出來，倒未必是有這麽長遠的目光。事實上，明世宗如此煞費苦心地重用海瑞還有一個不可告人的秘密，這事隻有海瑞來做效果最好，那就是打擊徐階的貪腐行為。
徐階鏟除嚴嵩奸黨，匡救了很多被害的忠良，政治上也頗有建樹，稱得上一代名相。但徐階也有一定的貪腐行跡，其實明世宗也很看不慣。但考慮到徐階剛剛鏟除了嚴氏奸黨，功勞卓著，又怎好意思立馬打擊他？即將登基的明穆宗就更沒有底氣去動徐階這位前朝元老了。至於朝臣，徐階一直致力於匡救被嚴嵩迫害的朝臣，活下來的大多對徐階感恩戴德。最可怕是禦史言官這個群體，他們本應該是匡扶正義的主力，但大多遭嚴嵩打擊，正是徐階救了他們，就更別指望他們去主動攻擊徐階了。想來想去，隻有一個人合適，就是海瑞。其實海瑞也不是沒被徐階救過，上《治安疏》後海瑞被論死，徐階出了很大的力去救。當然也有不少人認為徐階這是故作姿態，知道海瑞此疏必能名垂青史，所以故意救一救，為自己博取清譽。但無論如何，他是認真救過海瑞的。但也隻有海瑞，管你是誰，有不良行徑暴露在我麵前都不會手軟！
明穆宗隆慶二年（1568年），徐階以少師、柱國、吏部尚書、建極殿大學士（嘉靖三十六年火災，奉天、華蓋、謹身三殿被燒毀，重建後更名為皇極、中極、建極三殿，相應的大學士頭銜也隨之更名）退休。徐階本也不算大清官，回到鬆江（今上海市）老家，更是過上了享樂奢靡的生活。徐階的家族非常興旺，其弟徐陟也是進士，官至南京刑部侍郎。徐階有三個兒子：徐墦、徐琨、徐瑛，雖然都沒考中進士，但以蔭官出身，分別官至太常卿、尚寶卿，徐階退休後也都掛著虛銜回家奉養父母。徐階家族在鬆江大肆兼並田產，據說最高達到二十四萬畝，是嚴嵩的十幾倍！這些田產有一些是合法購買的，但也有不少是強奪民產。而且徐家仗著勢力，在鬆江強買強賣，欺行霸市的勾當也幹了不少，漸漸成了鬆江一大土豪惡霸，甚至一些小土豪都被徐家逼得遠走他鄉。至於地方官，也都被徐家欺負得抬不起頭來。尤其是徐家少公子徐瑛，年輕驕縱，隻要他出行，江南的士大夫都得盡心款待，稍不如意就要遭徐瑛折辱打罵，苦不堪言。
麵對徐家種種霸行，朝廷就沒點反應？當然有，大明到了穆宗朝，早己是法治社會，朝廷是這樣做的：
當朝首相李春芳在他的一部名著中寫了一個非常精彩的故事:有一位老幹部年幼的私生子在民間為非作歹，魚肉百姓，地方小官都必須盡心款待，稍不如意就要遭私生子折辱打罵，苦不堪言。這時一位天不怕地不怕的大英雄從詔獄裏放了出來，他雖然與老幹部恩深義重，但正義在胸中，還是踏著五彩祥雲，一路斬妖除魔，來到這個水深火熱的地方，聯合另一位近臣收伏了這個小魔頭，一方官民無不拍手稱快。坦誠地講，李春芳能做的就隻有這麽多了，而且他這部名著就是《西遊記》（也有一些考證認為是吳承恩所著），這麽正義一個故事還要精心偽裝成：太上老君年幼的私生子紅孩兒在人間為非作歹，魚肉百姓，山神土地都必須盡心款待，稍不如意就要遭紅孩兒折辱打罵，苦不堪言。這時一位天不怕地不怕的孫悟空從五行山下放了出來，他雖然與太上老君恩深義重，但正義在胸中，還是踏著五彩祥雲，一路斬妖除魔，來到號山枯鬆澗火雲洞，聯合觀音菩薩收伏了這個小魔頭，一方人神無不拍手稱快。
沒錯，徐家這種情況連當朝首相也隻能用這種方式來“對抗”就更別指望地方官保護百姓不受紅孩兒——對不起我是說徐公子欺淩了——他們自己還被壓得喘不過氣來呢。萬幸這個故事中的孫悟空是有原型的，就是我們的海瑞。海瑞上任應天巡撫，一大舉措便是力摧豪強，匡扶貧弱，將很多富戶強奪的民田奪還。那麽麵對徐家這個大土豪，海瑞會怎麽做呢？本來徐家判斷海瑞不會對他們下手，因為徐階對海瑞恩深義重，而且海瑞剛出獄時也確實幫過徐階。當時排名第四的大學士高拱急於奪權，指使禦史齊康彈劾徐階。海瑞立即站出來保護徐階，說徐階誠然畏威保位，失於匡扶救世，但執政以來還是有很多可取之處，齊康完全就是高拱的鷹犬，他們才應該受到懲處。結果高拱反而被罷免，徐家上下都興奮異常，認定這是徐階當時力救海瑞獲得的回報。但他們顯然還不夠了解海瑞的腦回路，海瑞這樣做完全是出於一片公心，並不表示他就成了徐階的人，徐階有問題時他照樣會毫不手軟地猛攻。一個清正廉明的人，對事不對人，作奸犯科就要打擊，無論你是誰。隻有貪官汙吏才會對人不對事，認為“自己人”就應該毫無原則的包庇。
海瑞強硬奪回徐家霸占的民田，還準備上奏朝廷彈劾徐階。徐階大怒，指使親近他的禦史言官阻斷海瑞彈劾他的言路，甚至反攻海瑞。但海瑞繞開了所有的禦史言官，通過鎮守太監直接向皇帝匯報了徐階家族的過錯。最終，朝廷判處徐墦、徐琨流放充軍，僅留幼子徐瑛在家奉養年邁的徐階（後世一些戲曲文藝作品稱海瑞當場斬了徐瑛，僅係文學演義），懲處不算特別重，但也解了一方之急，吏民交口稱頌。不過解決了這個大問題，海瑞在江南的任務也就算完成了，很快被朝廷改任督南京糧儲。海瑞離任時，百姓們“號泣載道”家家戶戶繪像祭祀，宛如《西遊記》中山神土地們頭頂齋飯送孫悟空取經上路時一樣的場景。
海瑞一生剛直，得罪了不少權臣。李春芳還算個善人，其後的首相高拱就是個厲害角色了。高拱很討厭海瑞，將督南京糧儲的職能並入南京戶部，撤銷這個職務。海瑞一怒之下，稱病辭職回家。在家賦閑數年後，張居正接任首相，比高拱更狠，而且高拱還隻是貪權，張居正就是全麵貪腐了，他有點擔心海瑞會礙事，令巡按禦史去海瑞家找茬，想查他點問題出來。海瑞坦然麵對，以粗茶淡飯款待禦史。禦史再看看海瑞家裏簡陋的裝潢，知道他是個名不虛傳的大清官，不可能查出什麽問題來，唯有歎息而去。張居正聽了愈發忌憚這個剛直的名臣，盡管很多人推薦海瑞複官，他都牢牢壓住。直到張居正死後兩年，吏部才向明神宗（朱翊鈞，年號萬曆）上奏了海瑞的情況，複為左通政使，第二年又召為南京右僉都禦史、南京吏部右侍郎。重獲重用的海瑞非常感動，不過他己屆古稀之年，無力再做更多貢獻，唯有尋思在垂死之際“屍諫”一次，向明神宗進言，大意是說明神宗以待士有禮為名，優待官員，其實是君臣一體，壓榨百姓。現在貪官遍地，應該恢複太祖剝皮囊草的酷刑，以洪武三十年（1397年）頒布的律法，貪贓80貫即判死刑。
人之將死，其言也善，何況是海瑞。其實他的政見非常質樸，就是以嚴刑峻法約束官僚隊伍。從嚴治吏，這個道理很簡單，也不是海瑞的發明，他隻不過提倡恢複到太祖朝的常態而己。然而，慢性病早己蔓延到了大明帝國的全身肌體，又豈能一日盡複初生時的健康體態，無論是皇帝還是官吏們都認為海瑞是在說瘋話，甚至有禦史又因此彈劾海瑞。其實明神宗還是很欣賞海瑞這種忠直，屢次想繼續重用，但宰相天官們都極力阻撓，最終各讓一步，詔海瑞任南京右都禦史。當時的風氣己經非常敗壞，都察院這個本應最具戰鬥力的衙門，現在卻變成遊樂嬉戲的場所，很多禦史在院裏賞戲曲作樂。其實明太祖曾有過明確規定，法司不是唱歌作樂地，但兩百年過去，這條禁令早就無人遵從，唯獨海瑞要較真，準備杖責這些“違規”的禦史。這種為官之道把南京官員們嚇得不輕，南京各大禦史、給事中紛紛上章彈劾海瑞。盡管明神宗清楚這些官僚的小心思，一直勉勵海瑞不要為之所動，但海瑞的內心是清楚的，大明的病體己經不是他能挽救，留下真的再無益處。於是海瑞屢次上疏請求退休，明神宗一直不批準。
萬曆十五年（1587年），73歲的海瑞死於南京右都禦史任上。海瑞的妻妾、子女均早亡，朝廷派僉都禦史王用汲主持喪事。王用汲見海瑞家都是些破舊的家具，有些甚至是連寒士都不堪用的，不由得當場泣下，募捐為其舉辦了喪事。海瑞的靈柩由南京順長江出海，運往海南。百姓自發罷市，披麻戴孝夾在長江兩岸為海瑞酹酒號哭，百裏不絕。
海瑞曾表達過他的理想，就是皇帝能夠勵精圖治，名列聖君的行列，好讓他也能比肩一些古代名臣。其實他的這個訴求很正當，他實現的手段也很尋常，他難道不是一個相當正常的儒家士大夫嗎？但奇怪的是，當時和後世都有不少人將海瑞妖魔化成了一個不合時宜的怪物，盡管個人道德無虧，但卻與時代格格不入。其實，哪裏又是海瑞不合時宜，分明就是“時宜”腐化墮落，隻剩下他還在堅持原則罷了。海瑞提出要以太祖朝的法規來要求官僚，居然被視為怪誕行為。一個提出遵紀守法如此基本、如此正當要求，便遭到冷嘲熱諷的時代，那就真的離全社會撕裂崩潰不遠了。
對於海瑞本人，萬幸的是，是非功過自有後人評說，海瑞依然在曆史上與張湯、魏征、包拯比肩，同被冠以“青天”的美譽。而且張湯、魏征、包拯都處於各自王朝的上升期，乃錦上添花之意，海瑞卻生在大明的末世，在陰冷晦暗的黑幕下，這座峭直的剛峰更顯孤傲冷峻。海瑞這種忠貞剛直、舍身為國、敢於觸犯權威的秉性，更成為中華民族最寶貴的精神遺產，深刻融入到這個偉大民族的精神特質之中。