弘一法師身體一向不好，書信裏經常見到他說嘔血、感冒等病情，再加上經常重法輕身，喜歡做一些在我們看來有自殘性質的行為，所以即便是在出家後，也有幾次病危，甚至到了寫遺書的地步。血書《華嚴經》之事且不說，之前提到弘一法師為拜印光法師為師，曾在胳膊上燃臂香，留下很多香灰印記。不單是為拜印光法師為師，他還為了很多事情在自己身上烙香印，久而久之滿身都是香痕，這些痕跡到了夏天就會發炎。弘一法師晚年常居閩南，閩南夏天天氣濕熱，香痕處更是苦不堪言，先後請了好幾位醫生都治不好，後來有人請了黃丙丁博士給弘一法師治療，他用了電療法才算使病情有所好轉。
弘一法師出家後不久，在溫州慶福寺的時候患過一場很嚴重的痢疾。痢疾現在來看本不是什麽大病，一般來講更是沒有生命危險，但放在百十年前是可以要人命的病，而且那時候的人動不動就會得個痢疾，大概是跟衛生習慣生活條件有關。劉質平逃命的時候就因保護弘一法師的字畫而淋雨後得了痢疾，學校連後事都開始給他準備了，幸好後來痊愈。弘一法師這次的痢疾也是很嚴重的，寂山法師每日來看弘一法師，卻隻能眼見得他日漸消瘦，想給他請個醫生，他說：“小病從醫，大病從死，今是大病，從他死好。”接著就開始交代後事，希望寂山法師在自己臨終的時候將門窗鎖好，請一些法師助念佛號，斷氣6小時之後，用平時用的被褥包裹了軀體投到江心，以求結水族緣。在場的人聽到這些話無不落淚不止，好在後來弘一法師不治而愈，想來人身體的抵抗能力與自我恢複能力都是非常強的，痢疾在當時雖是大病但也絕不是絕症。
大概是與溫州的環境氣候有關，弘一法師幾次生大病都是在溫州。1926年弘一法師在溫州的時候，有一次患了很重的咳嗽，醫生來看，說是感冒已久、濕滯不解所致。弘一法師的感冒可謂舊疾，其實大概是肺病。1919年剛出家的時候，弘一法師就患咳嗽難愈，蕭蛻托人帶了一些止咳藥丸給弘一法師，效果非常顯著。蕭蛻與弘一法師以前同為南社友人，也在城南女中教過書，但他更厲害的是醫術，祖上三代行醫。弘一法師出家前有一次患病，多方求醫依舊無效，最後請蕭蛻開了藥，吃了幾服下去就痊愈了。當時弘一法師吃了蕭蛻帶給他的止咳藥丸後覺得效果很好，他想咳嗽的原因是有多種的，不可能有什麽止咳丸跟江湖郎中的廣告裏寫的似的一方包治百病，就想請蕭蛻公寫一下什麽樣的症狀用這種藥合適，並把這種藥丸的製法布施十方。
1931年也是在溫州的時候，弘一法師又患上了痢疾，發熱時如火焚身，煎熬難耐的時候就誦《行願品偈讚》，從不間斷，於是漸覺清涼。弘一法師當年患痢疾時的心態是“今從死也”，說得人聽罷落淚，自己也有未盡之願。到了這年病重，他對人說：“一心升西，境界廓然，正不知有山河大地，有物我也。”話是說得比幾年前淡得多了，然而其中仍能看出不忍別之心，如不知有山河大地有物有我，又何故會在跟別人說話的時候出現山河大地物我這些詞語呢？山河大地的缺席，另一方麵也證明這些東西確實存在，不然怎麽會缺席呢？又怎麽可能被人表達出來呢？待到再後來弘一法師說“廓爾忘言”的時候，便又上了一個境界了。
這年4月痢疾依舊沒有痊愈，弘一法師甚至立了遺書。恰好這個時候，陝西某寺請弘一法師過去說法，態度懇切，弘一法師不忍拂其意，抱病前往，都已經上船了，聽聞此事的學生劉質平從別地趕過來，把重病的弘一法師從船上背下來，剛到陸地上，師徒二人抱頭大哭。弘一法師後來對人說劉質平對自己有救命之恩，說的就是這件事。