正德五年，安化王朱寘鐇謀反，明武宗詔令起用前三邊總製楊一清的總製軍務，與總兵官神英一起平叛，並命令宦官張永擔任督軍。大軍未抵達，楊一清以前的部將仇鉞就已經平叛並逮捕了朱寘鐇。
楊一清快馬加鞭地抵達鎮縣，並宣布了皇帝的恩德。張永隨後趕到，兩人相談甚歡。楊一清知道張永與劉瑾有矛盾，並趁機握著張永的胳膊稱："此次平叛有賴於閣下的力量。然而此事容易消除，然而國家內患怎麽辦呢？"
張永問："您指的是什麽呢？"
楊一清於是在手掌上寫了一個"瑾"字。張永則稱劉瑾的黨羽耳目已經遍布各地，不能輕舉妄動。楊一清慷慨激昂地稱，希望張永借此上疏揭發劉瑾的諸多惡事。
張永問如果不可行怎麽辦。楊一清於是出計稱："此話必須從您口中說出就成。萬一皇上不信，你就抱頭在地上痛哭，並請求死在皇上麵前，剖心以證明此事不是妄論，皇上必然被您的所做而感動。請必須從速而做啊！"
張永聽後勃然而起，立刻做了決定。此後正是按照楊一清的計策，除掉了劉瑾。後來，楊一清被召還朝，拜為戶部尚書，論功加太子少保，還賜予金幣。此後，楊一清被改為吏部尚書。楊一清為政通練、性情寬大，出任吏部尚書後，立即為劉瑾所陷害的官員們平反昭雪。
這時，王陽明正在京城述職，居住在大興隆寺。述職期間，王陽明結識了黃綰。黃綰，字宗賢，又字叔賢，號久庵，又號石龍，比王陽明小五歲，浙江黃岩人。他是侍郎黃孔昭的孫子，繼承祖父的封蔭做了後府都事的官職。第二天，黃綰由王陽明引見與湛若水相識，三人發誓相約終身共同研究學問。
三個人非常團結，甚至直接影響到了王陽明的人事調動。因為王陽明在廬陵縣政績突出，於是被任命為南京刑部清吏司主事。接到調令，王陽明不得不南下。
這時，湛若水與黃綰商議，向大宰相楊一清請願，要求把王陽明留在北京。沒有想到，楊一清立即答應了請願。因此，王陽明還未到南京，就又收到了朝廷的調令，便回到了京城。
楊一清為什麽要挽留王陽明呢？這一方麵是因為楊一清與王陽明的父親王華有交情，另一方麵也是劉瑾剛剛被除掉了，閹黨的羽翼還沒有完全掃清，楊一清身邊需要可以信賴並且能幹的人輔助。王陽明所具備的才能正是風雨飄搖的大明王朝所急需的。
正德五年十一月，王陽明回京，他的新職位是吏部驗封清吏司主事，主要負責文牘雜務等工作，說白了就是負責吏部一些具體事情的實施，像編寫文案、整理雜物、傳達上級指示到基層等。這些事情對王陽明來講，駕輕就熟，毫無挑戰性。
王陽明注定是個閑不住的人，剛上任不到一個月，他就去當會試的考官了。不過他不是主考官，隻是同考試官，上麵還有主考官，副主考官，與他一起做同考試官的有十幾人之多。
一場考試下來，王陽明的學問又顯出來了，他又升做了吏部文選清吏司員外郎，從五品。他這時一邊作官，一邊做學問，講講學，與別人論論道，還有些比他官職大的官員，在學術上比不過他，就拜他為師，並自稱弟子。
王陽明回京後，與湛若水、黃綰約定，閑餘時間要在大興隆寺共同學習。不過約定容易，實行起來其實很難。共同修學，每期能有個七天時間已經就很難得了。
為什麽講究七天呢？這與周易中的複卦有關係。複卦說"反複其道，七日來複。"七天是一個變化周期，西方一星期是七天，佛教也很重視七天一周期。共修時間充裕，就按一七、二七、三七、四七、五七等安排時間。
三個人非常珍惜共同學習的時光，飲食起居都在一起。有時為了討論問題，還要采用寫信的方式。正德六年，王陽明給黃綰寫了兩封信，兩封信屬於便箋性質。其中一封是前天晚上一起討論了很長時間，覺得意猶未盡，可能是怕忘了，就寫成了短信。
如此富有人情的交往，深深地銘刻在彼此的心中。信奉王陽明心學的黃綰說，他要在家鄉天台山給陽明先生和湛若水各蓋一間草堂，三人好在一起共修學問。
正德六年冬，王陽明升任吏部文選清吏司員外郎，而湛若水卻被派遣出使安南。正在聖學稍見曙光之時，湛若水卻要離開京師，這必定會給聖學的複興帶來不少障礙。
王陽明對此深感憂慮，就在湛若水臨出發之際，作了《別湛甘泉序》和《別湛甘泉詩二首》，論述了古今學術的變遷以及兩人的學術特色，深切表達了對難以究明聖學且容易迷惑的憂愁，以及對友人的依依惜別之情。
在《別湛甘泉序》中，王陽明敘述了自己立誌聖學的過程。在他經受嚴重挫折時，湛若水給了他許多鼓勵。兩個人的學問不一定一致，但所追求的目標是一致的，這是他把對方作為終生之友的重要原因。
在《別湛甘泉詩二首》中，王陽明表達了與友人依依不舍的感情。特別是"遲回歧路側，孰知我心憂"，以及"南寺春月夜，風泉閑竹房，逢僧或停揖，先掃白雲床"兩句，其情意仿佛就浮在眼前，不難體會其切切深情。
湛若水出使安南離開了，黃綰也要請病假回家鄉進山修養。王陽明先生在《贈別黃宗賢》詩中寫道：
古人戒從惡，今人戒從善；
從惡乃同汙，從善翻滋怨；
紛紛嫉媢興，指謫相非訕；
......
從詩中可以看出，明代中期的社會風氣已經變壞了。不久，王陽明又改任南京太仆寺卿，三位同學好友從此天各一方了。正德九年，他又升任南京鴻臚卿。這一年，他為老朋友湯禮敬寫了《壽湯雲穀序》，回顧了他們一起在茅山遊玩的經曆。