會審公廨專門為審理“《蘇報》案”而設立的“額外公堂”走完了全部司法程序，但如何判決，肯定不是“額外公堂”能夠決定得了的。然而到了12月9日上午，汪瑤庭在會審公廨宣布了法庭對章太炎、鄒容等人的判決，認為鄒容作《革命軍》一書，謀為不軌，更為大逆不道。鄒容與章炳麟同惡相濟，罪大惡極，實為大清國法律所不能容，亦為各國公法所不能恕。查例載不利於國，謀危社稷為反不利於君，謀危宗廟為大逆，共謀者不分首從皆斬。又例載妄布邪言，書寫張貼煽惑人心，為首者斬立決，為從者絞監候。鄒容、章炳麟照例科罪，皆當處決。隻是考慮到現在正逢萬壽開科，廣布皇仁，照擬減定為永遠監禁，以杜亂萌而靖人心，俾租界不肖之徒知所警惕而不敢為匪，中外幸甚。
汪瑤庭的這個宣判隻是清政府的一麵決定，甚至是“額外公堂”開庭前上海道台袁樹勳擬定的幾條原則，是不經審訊就可以判定的罪行，是完全依據大清律而做出的判決。這個判決或許合乎朝廷的利益，但顯然不能被英國方麵所接受，並不符合英國人的立場。
在案件審理期間，英國方麵多次通過各種方式向中國方麵透露過自己的立場和處理原則，暗示對章炳麟、鄒容的判決最多不能超過三年監禁。這一點是中國方麵非常清楚的，所以這也是中國方麵急於宣判的一個重要原因。也就是說，或許中國方麵知道這個宣判會被推翻，但也要以這種方式警告那些造反者，以表明朝廷的立場。
英國人能夠接受的底線早就告訴了中國人，所以汪瑤庭擅自單方麵宣判立即引來英國副領事的抗議，表示這個結果並沒有和英國方麵協商，英國方麵也不能接受，因此這個宣布沒有任何實際意義，是無效的。
上海公共租界會審公堂非法判處章太炎監禁三年、鄒容監禁二年徒刑。這是上海道袁樹勤的密電。
按照大清律，章太炎、鄒容當然應該永遠被監禁，隻是由於他們是在租界犯事，判決的執行權並不在中國人手裏，而在租界。租界方麵的反對就意味著這個判決無法執行，在事實上就變成了沒有意義。
英國方麵向中國施壓的手段也非常簡單，他們通過外交途徑告訴中國方麵，可以考慮同意讓會審公廨“額外法庭”重新開庭審理，自己糾正，可以對章太炎、鄒容進行有罪判決，但監禁的最長期限不能超過三年。如果中國方麵做不到這一點，那麽公共租界就不會承認這個判決；如果中國方麵刻意拖延這個新判決，那麽公共租界決定將這幾個嫌犯全部無罪釋放。
後經協商，中國方麵不得不接受英國人劃定的監禁期限，而租界方麵表示可以不再重新開庭審理。於是在租界劃定的宣判期限的最後一天，即1904年5月21日上午，汪瑤庭專程前往會審公廨宣布新的判決，認為鄒容作《革命軍》一書，章炳麟作《馗書》，並作《＜革命軍＞序》，乂有《駁康有為論革命書》一書，言詞紕繆，形同悖逆。彼二人者同惡相濟，罪不容恕，議定鄒容監禁兩年，章炳麟監禁三年，罰作苦工，以示炯戒。限滿開釋，驅逐出境。
按照慣例，章太炎、鄒容的刑期自巡捕房抓捕之日算起，這樣章太炎還需要在監獄中度過兩年多的時間，而鄒容還有差不多一年。宣判不久，章太炎、鄒容就被移交給了提籃橋西牢，這個監獄也是由外國人管理的。
大約像所有監獄一樣，章太炎、鄒容剛人獄時，也受到非人道的待遇，監獄方將他們投擲在一個空房間中，讓他們直觀見識了獄卒的殘暴和犯人的痛苦。章太炎、鄒容相與咋舌裂眥，擔心自己受不了這份苦。章太炎傷心地對鄒容說：你我身體如此虛弱，又不可能甘心受到他們的侮辱，與其被這些白人淩辱毆打而死，還不如我們早點自我了斷。不過，你的刑期還有很短時間，你應該堅定地活下去，如果我章炳麟死了，他們也一定會擔心名聲太壞而改善你的條件。鄒容聞言哽咽流涕，表示大哥真死了，小弟活著也沒有意義。
監獄方其實早都防著犯人自殺，所有能夠自殺的工具早就被收走，他們能夠使用的工具隻有一個，那就是絕食，就是餓死。
主意既定，章太炎和鄒容聯手作了幾首絕命詞：
擊石何須博浪椎（鄒），群兒甘自作湘累。
要離祠墓今何在（章），願借先生土一坯。（鄒）
平生禦寇禦風誌（鄒），近死之心不複陽（章）。
願力能生千猛士（鄒），補牢未必恨亡羊（章）。
句東前輩張玄著，天蓋遺民呂晦公。
兵解神仙儒發家，我來地水火風空（章）。
此後，章太炎和鄒容兩個人相互勉勵，開始了絕食。然而絕了五六天，除了咳嗽吐血外，根本沒有要死的跡象。有獄友告訴章太炎和鄒容，有的人絕食四十多天仍不死，你這僅僅五六天當然沒有用了。你其實不必這樣做，在這個監獄裏，500人中每年就有160人因為各種原因而死。所以真想死就不必著急。
獄友的話啟發了章太炎。章太炎遂對鄒容說，食亦死，知必死。我知道怎樣應對這件事情了。從此他們兄弟二人好吃好喝，但凡遇到獄卒想欺負他們，章太炎就毫不客氣揮以老拳，或者將獄卒手中的武器奪過來對打。章太炎固然知道自己不是獄卒的對手，但他更知道司馬遷所說的“知死必勇”的道理。他雖然往往被獄卒打得死去活來，但他也確實對那些可惡的印度獄卒痛下狠手，當然他也受到更嚴酷的報複。而鄒容由於懂點英語，能夠與印度獄卒進行簡單交流，稍與委蛇，所以鄒容在那段時間並沒有像章太炎那樣受到獄卒的迫害和暴打。
位於上海的鄒容墓
或許是因為監獄中的夥食太差了，或許是鄒容年輕氣盛內火太大，或許是因為鄒容的身體底子原本就不是那麽太好，總之鄒容離出獄還隻有兩個月的時候卻病倒了。整天想睡睡不著，輾轉反側，夜半獨語到了天亮又睡不醒。章太炎認為鄒容的病根是年輕氣盛，急火攻心，他給鄒容開了一副中藥進行調理，但外國人管理的監獄根本不允許。章太炎再建議請日本醫生診視，監獄當局仍然不同意。就這樣又拖了40天，經章太炎無數次交涉，獄醫前來診視，表示並沒有什麽大病，可能就是身體太虛弱了。獄醫向監獄方麵作了建議，對鄒容的飲食也有所改善，每天供應一些牛奶。
又過了二十來天，獄醫再來診視，發現鄒容的病情不但沒有好轉，反而更加惡化。獄醫向監獄方麵建議假釋鄒容，保外就醫。然而這些假釋手續還沒有來得及辦，鄒容就於1905年4月3日淩晨病逝於獄中。
鄒容病逝獄中的消息傳出後，葉瀚函告蔡元培，遂由《中外日報》館備棺收屍裝殮。4月5日，中國教育會50多人在愚園召開追悼會。第二天，中國教育會又在愛國女學校召開一次專門會議，討論善後，決定將鄒容的靈柩暫停於四川會館，一麵擇地，一麵通知鄒容的家屬。翌年忌日，義士劉東海（劉三、劉季平）將鄒容靈柩運往上海縣華涇鄉黃葉樓秘密安葬，這塊墓地是劉東海的私產，劉東海自願捐出。
在重慶建立的鄒容烈士紀念碑
1906年，即鄒容去世的第三年，章太炎含淚寫成《鄒容傳》。又過了5年，中華民國臨時大總統孫中山發布命令，追贈鄒容為“陸軍大將軍”。