直奉戰爭結束後，吳佩孚完全控製了北京政府的權力。大約為了南北統一，他決定恢複民國法統，尋求政治統治的正當性和合法性，於是北京政府現任總統徐世昌成了多餘，而一直躲在租界的黎元洪卻收到一個額外的紅包，被吳佩孚恢複了大總統的位置。北方政局發生了天翻地覆的變化。
黎元洪一直是章太炎心目中最理想的民國領導人，章太炎一直為黎元洪被段祺瑞不明不白弄下台鳴不平，然而現在吳佩孚讓黎元洪複職了，但章太炎卻公開反對，認為這中間蘊涵著巨大的陰謀。
對於北方政府的這一係列動作，章太炎相當警覺。他認為，吳佩孚和北京政府的這些動作並不是恢複法統那樣簡單。吳佩孚之所以要廢黜徐世昌，是因為徐世昌根本不被南方政府所接受，隻要徐世昌在，則南方討伐無已時，北伐、南征，就是一個沒完沒了的事情。南方多年來所謂護法，其實就是維護民國法統，更具體地說，就是維護黎元洪合法的總統地位。問題的關鍵就在廢黜徐世昌，請回黎元洪。根據章太炎的說法，吳佩孚將這個意思告訴了長江上遊將軍孫傳芳，孫傳芳遂於5月15日聯合一些將領發出通電，呼籲恢複法統，促進統一，請黎元洪複位，石集“六年舊國會”。孫傳芳的呼籲獲得了北方將領廣泛響應，曹錕、吳佩孚等以尊重民意、謀築國本為名，於5月19日通電征求對於恢複民國六年舊國會，或召集新國會，或國民會議，或聯省自治會議的意見。
曹錕、吳佩孚的通電獲得了熊希齡、汪大燮、孫寶琦、王寵惠、梁啟超以及蔡元培等政客、名流的廣泛響應，以為解決糾紛，當先謀統一，謀統一當以恢複民國六年舊國會，完成憲法為最敏速、最便利的方法。在憲法未成之前，應由南北各省選派代表於適中地點組織會議，協謀解決。獨章太炎，對曹錕、吳佩孚的這個通電並不認同，他在複電中以為，今者所患，不在不統一，而在不均平，勢不相衡則人思爭命，促成分裂，其勢必然。前者西南唐繼堯、陸榮廷等自稱聯帥，鄰省已不相容。今北方巡閱使與聯帥何異，還不都是一個性質？奉係張作霖已去，你們北京政府不反其所謂，依然廢除巡閱使，以兵權還付各省，以自治還付省民。存此障礙，而欲借法律以求統一，人誰與之？章太炎毫不客氣地指出，恢複舊國會，是謂舞文；召集國民會議，是謂惑眾；擁護黎元洪複位，是謂囚堯。如果你們還要講法律、講體製，而皆為曹錕、吳佩孚這樣的巡閱使作承宜官、代言人，其心已路人皆知，其人豈折簡可致。終歸一句話，章太炎要求曹錕、吳佩孚先廢巡閱使，則這目前種種說詞，都是救國良方；假如不廢巡閱使，則這種種說辭、建議，皆為統一之害。
章太炎的這個建議太犀利、太直接了，因為當時擔當巡閱使的人都是實權鐵腕人物。所謂的北京政權，其實並不在徐世昌或國務院手裏，而是掌握在這些巡閱使手中，此時最具權勢的有兩湖兼領直魯豫巡閱使吳佩孚、直魯豫巡閱使曹錕、東三省巡閱使張作霖、熱察綏巡閱使王懷慶等。
對於孫傳芳5月28日請南北兩總統孫中山、徐世昌同時引退，以恢複法統，統一南北的通電，章太炎也給予嚴厲批評，認為是先有北京政府非法僭稱，後南方為了應敵而創建政府，所以，北方偽政府如果能夠倒戈，那麽南方政府當然也就不會繼續存在了。隻是孫傳芳以恢複法統為號召，實際上是在維護、鞏固北洋正統，是以北洋正統作為民國正統。中華民國的法統當然應該恢複，隻是決不是如孫傳芳和吳佩孚所說的那樣，孫、吳現在準備在叛逆勢力範圍之內召開舊國會，那麽在這個國會中即便有什麽議案，亦與刑訊逼供沒有什麽區別，並不表明民國法統的恢複。
章太炎的反對，當然無法阻止北京政府的政治發展進程。6月1日，舊國會議員吳景濂、王家襄等100多人在天津開會，宣布即日起恢複行使職權，取消南北兩政府，驅逐徐世昌，勸退孫中山，另行組建合法政府。
吳景濂等人的做法不是一個簡單的議會舉動，其背後的支持力量是曹錕、吳佩孚等握有兵權的人。也算是北洋出身的徐世昌心知肚明，隻是手中沒有可打的牌，也隻好乖乖服從。6月2日下午三時許，徐世具辭職出京，將總統職務交給國務院攝行。總理周自齊立即發出通電，將總統職權奉還國會，表示自己隻是暫時以國民資格維持一切，聽候接收。同一天，吳佩孚及曹錕領銜十省區通電請黎元洪複職，並由國會議員吳景濂、王家襄等當麵敦請。
在獲悉北方這些消息後，章太炎急電黎元洪於天津，認為徐世昌雖然下台了，閣下終於有機會複職了，這當然是一件令人高興的事，也是盼望已久的事。隻是這個事情可能還不能那麽樂觀，北方政府中的將帥過於驕橫，閣下的手腕是很難控製他們的。閣下先前就吃過段祺瑞的大虧，這一點務必應該牢記，不要重犯同樣錯誤。章太炎鄭重建議黎元洪，假如一定要恢複職務的話，無論如何都不要在北京複職，應該選擇南京或者武昌作為新政府的地址，以免重蹈覆轍，重入牢籠。
對於章太炎的建議，黎元洪或許是發自內心能夠認同，但他畢竟隻是一個任人宰割的弱勢總統，人家讓你複職就不錯了，你還真的提出什麽條件，那顯然是不可能的。黎元洪隻是禮儀性地以廢督裁兵作為複職條件，至於複職地點之類的事情，他連提也沒敢提，當然，也許他個人並不這樣認為。
對於黎元洪的複職條件，曹錕、吳佩孚、齊燮元、馮玉祥等人迅即回應，發布通電以廢督裁兵為首倡，目標就是請黎元洪早日複職。有了這個麵子，黎元洪隻好於6月11日由津入京，暫行大總統職權，重建政府，恢複民國法統。
黎元洪入都就職的消息傳來後，章太炎大為震驚。隻是他此次震驚不再為黎元洪，而是想到了南方的孫中山，認為孫中山必將遇到大麻煩。
當徐世昌還在台上時，南方孫中山與陳炯明之間的矛盾已經相當尖銳，張繼曾為此事向章太炎征詢化解良方。章太炎告訴張繼說，陳炯明心胸比較小，對孫中山不明不白罷斥其職務一定懷恨在心，一定會報仇。隻是陳炯明一時還找不到時機，另外就是還有北方政府予以牽製。徐世昌在，陳炯明就不願背負驅逐主子的惡名；徐世昌退，陳炯明一定會無所顧忌，孫中山勢必處於危機中。
陳炯明（1878—1933）
章太炎的分析自然有道理，所以當他獲悉徐世昌退隱的消息後，立即預感孫中山所處境況不妙，他旋即亟電孫中山，勸告孫中山辭去那個意義原本就不大的所謂非常大總統。
與此同時，章太炎和張繼聯名對北方發布宣言，警告北方不要欺人太甚，南北要和解、要統一，北方必須拿出切實的讓步。認為在過去的半個多月裏，北方自謂法統恢複，護法的目的已經達到，西南自應服從。這當然隻是表麵上的言辭，並非真實情形。西南自民國九年以來，實行護法，逮九年湖南克複，主張聯省憲法，以後所做的事情，當然不再是護法一端。現在北方軍閥政府以護法為挾製西南自謀權利之地，西南為自衛計，決不服從，如北方早自覺悟，宜限半月以內，先將嶽州、江西讓出；一月以內，再將湖北讓出，認湖北為南北緩衝之地，除湖北省民自練軍隊外，南北各省，不得駐兵。如此切實辦到以後，磋商聯邦憲法，裁兵廢督，自有餘地。若執迷不悟，借法律為芻狗，為蠶食之陰謀，西南寧以六省人民殉之，長江各省亦寧以各省人民殉之，不驅逐北洋駐防軍不止，斷不苟且順從，草間苟活。
黎元洪進京複職後，幾次電召章太炎前來相助。而章太炎太清楚黎元洪的真實處境了，知道黎元洪既不可能長久執政，更不能有所作為，因而婉言謝絕。不過，章太炎依然將黎元洪視為政治上的知己，將黎元洪看成中國政治的未來和希望，所以當蔣智由對黎元洪的合法性提出質疑後，章太炎不顧兩人革命時期結下的友誼，勃然大怒。
蔣智由認為，北方政局變化很搞笑，以為當了幾年總統的徐世昌竟然是非法產生，殊不知這是以非法之人築非法之人，其為非法同一。逐其前非法之人，又迎其後非法之人，均不外非法行為。蔣智由強調，現在南北兩政府既然同尊法統，那麽就應該回到正軌，一當根由正法，諸非法擅國者，悉以偽科，與盜賊同論。很顯然，蔣智由並不認同黎元洪複職的合法性和正當性。這當然使章太炎惱羞成怒，暴跳如雷。
章太炎在6月14日的通函中，警告老朋友蔣智由不要刻意為徐世昌辯護，更不能任意汙蔑黎元洪，口作大言，變亂黑白。黎元洪複職並不是他個人自願的，而是受人強製。吳佩孚兵強氣驕，威能震主。所以對於黎元洪此次出山，民黨故舊頗有異同，並不一致認同、一致肯定，所以他無論如何不能認同蔣智由雖與吳佩孚立異，但刻意為徐世昌辯護的觀點。
對於章太炎的批評，蔣智由當然不能接受。他在稍後的答書中表示，不讚成徐世昌者，國人之同心；不讚成黎元洪者，國人之公論。我蔣智由對於徐世昌、黎元洪兩人，同所排斥，電文可檢；一則曰徐世昌固為偽，再則曰徐世昌退位固當，三則曰徐世昌退位，萬眾欣心。我蔣智由哪兒說過祖護徐世昌的話呢？至於刻意祖護黎元洪，我蔣智由當然亦不敢欺其心。是非衡平，皎如白日。必謂今不承認黎元洪的人就是徐世昌的黨羽，這肯定是誣我四萬萬人之公論。欲以“黨徐”二字禁止四萬萬人不敢出反對黎元洪之言，是重鉗我四萬萬人之口，是不是也太霸道了一點？
蔣智由說得應該很清楚了，反對黎元洪並沒有什麽不可以，黎元洪的地位來路不明，也是大家心知肚明的事，你章炳麟哪兒來的霸道，就這樣祖護黎元洪呢？
聰明的章太炎其實很清楚黎元洪即便當了民國大總統，也不可能有所作為，所以他既不願意接受黎元洪的邀請，北上充當王者師，也沒有對黎元洪給予更高的期待。他在寫給黎元洪的信中，隻是希望黎元洪大度包容西南各省的聯省自治，去來任其自便，此固“我公”黎大總統所能為，而亦人情所至願。大抵西南各省，視湖南為轉移，四川尤以湖南密邇，感情最睦，湖南的趙恒惕與四川的熊克武，一是你黎元洪所救濟之人，一是你黎元洪所禮聘之士。所以，章太炎建議黎元洪在主持北京政府時，無論如何都應該放湖南、四川一馬，讓他們在聯省自治方麵走得再遠些，或許能夠為中國的政治發展尋找到一條新路。
對南方被陳炯明趕走的孫中山，章太炎也抱有相當同情。他雖然抱怨孫中山沒有聽從他的勸告，主動去名號，慢了半拍，讓陳炯明搶了先，受了辱。他認為時局還不會就此平靜，肯定還有糾紛，所以他邀請孫中山惠然來滬，思考下一步行動。
至於背叛孫中山的陳炯明，章太炎也沒有忘記教訓他一頓。他在寫給陳炯明的信中，明白指責陳炯明的報複心太重。不過現在既然陳炯明大權在握，南方尤其是西南各省的前途也確實會受到影響。章太炎希望陳炯明認清形勢，踐行自己先前地方自治的承諾，對於西南自治聯治各省，無論如何不能有所覬覦、有所不利。