1906年6月29日，章太炎三年刑期屆滿。一大早，一大批章太炎熟悉和不熟悉的舊雨新朋蔡元培、於右任、朱少屏、柳亞子、劉道一、張默君、熊克武、但懋辛、劉師培、葉瀚、蔣維喬，還有接受孫中山委派，專門從日本東京趕來的同盟會代表龔練百、仇式匡、時功玖、胡國梁等，集聚在河南路工部局門前等候章太炎出獄。
長期在上海從事革命宣傳活動的同盟會會員於右任
10時許，章太炎走出牢門，諸位等候者鼓掌歡迎，遂由葉瀚陪同乘坐馬車至租界外巴子路中國公學。
按照會審公廨當年的判決，章太炎出獄後三天內必須離開租界。由於章太炎所犯是反政府罪，因此很多朋友擔心他這樣離開租界，是否會被清政府二次逮捕。中國公學的諸位朋友擔心清政府加害於章太炎，於是勸他還是早點離開上海。
基於這種擔心，章太炎在當天晚上便用同盟會預先購買的車票登上日本輪船，漂洋過海，其實是被清政府和租界驅逐出境。
對於章太炎來說，一年前成立的同盟會是一個全新的組織，主要領袖有孫中山、黃興、宋教仁，包容的團體則有黃興、宋教仁、陳天華的華興會，孫中山、胡漢民、汪精衛的興中會，以及陶成章、章太炎、蔡元培、秋瑾的光複會等多個排滿革命組織。同盟會的政綱就是孫中山提出的“驅除韃虜，恢複中華，創立民國，平均地權”；同盟會的機關報原為華興會的刊物《二十世紀之支那》，後更名為《民報》。此次同盟會將章太炎從上海請來，就是專門請他主持《民報》筆政的。
剛到東京，章太炎就住在《民報》編輯部中。7月6日，與宋教仁在孫毓筠家中會晤。第二天，在孫毓筠的介紹下，由孫中山主盟，加入同盟會，並被委任為同盟會機關報《民報》的編輯人和發行人。
7月15日，同盟會組織兩千多名留學生舉行集會，歡迎章太炎。集會正趕上下雨，會場裏又進不了那麽多人，許多人便冒雨在會場外聆聽章太炎的演講，演講題目是《平生的曆史與近日辦事的方法》。
在講到自己的曆史時，章太炎刻意強調自己的民族主義、排滿主義形成的時間很早，在少年時代就有一種種族主義的覺醒，甲午戰爭後看了一些東西洋的書籍，逐漸從理論上明白逐滿獨立的道理。
興中會首批會員數十人秘密宣誓的地方——李昌住宅
華興會的活動地之一——長沙天心閣
光複會誓詞
章太炎承認他的民族主義隻是一種獨自的摸索，直到在日本見到了孫中山，才遇到還有同樣想法的人。然而，那時排滿革命在東京並不被廣泛認同，跟隨孫中山革命的，為數甚少。所以那次他又心灰意冷，甚至想披上袈裟到印度當和尚。
如今，他再到東京，情況根本改觀。留學生中追隨孫中山先生革命的，較從前增長了百倍，人們心中排滿革命的因子終於被激活了。章太炎心中很高興，他似乎看到了革命成功的希望。
麵對日趨高漲的革命形勢，章太炎認為不能掉以輕心，他建議至少要從兩個方麵開展工作。第一，要用宗教發起信心，增進國民的道德；第二，要用國粹激勵種性，增進愛國的熱腸。
根據這些思想原則，章太炎在接受《民報》編輯事務後，利用這個言論平台，連續發表了《無神論》、《革命之道德》、《建立宗教論》、《箴新黨論》等，進一步闡釋其用宗教發起信心，用國粹砥礪種性的主張。這些文章的發展和鮮明有力的觀點不僅使《民報》名聲大噪，而且使這一份宣傳革命的刊物增強了學術上的厚度，後人說章太炎是有學問的革命家，其實主要是指他主持《民報》時的貢獻。章太炎的文字雖然不像《新民叢報》主編梁啟超的文字那樣清新流暢，但其文雅華美，文字考究，也是別具一格。革命黨人中的章太炎與保皇黨人中的梁啟超猶如兩座高高的山峰，不論是在這兩派之內，還是在這兩派之外，差不多都被他們的文字、思想、論題所吸引，他們的文字為20世紀第一個10年留下了不可磨滅的記憶。
民族主義是章太炎在《民報》時期的思想重點，他利用一切機會和一切可能宣傳鼓吹民族主義，他的宣傳或許蘊含著種族主義的情緒，但在當時對於推動排滿革命還是具有非常積極的意義。他在《民報一周年紀念會祝辭》中莊嚴宣布，《民報》從此以後惟有高舉民族主義大旗，率領我四百兆兄弟姐妹同心戮力，宣揚國光，驅逐愛新覺羅和滿洲貴族，為建立民國而奮鬥。在稍後發表的《討滿洲檄》中，章太炎像孫中山一樣，視滿洲人對中原的兩百多年統治為殖民統治，因而號召四百兆中華種族團結起來，掃除韃虜，恢複中華，建立民國，平均地權。
推翻滿清，在當時來說幾乎是一個不可能的使命。而要達成這個目標，就要有一支革命的隊伍，這支革命隊伍不僅要有“道德的革命”，還要有“革命的道德”。章太炎指出，現在的革命者如果從道德層麵進行觀察，究竟比曆史上的陳勝、吳廣等人有多大進步呢？革命並不是口頭上說說，並不是一味去鼓吹，革命者如果沒有良好的道德修養，革命就是一句空話。革命者的道德，章太炎將之概括為“知恥”、“重厚”、“耿介”和“必信”四個方麵，或者說是“四大道德”。四大道德雖然都來源於傳統，但又都被章太炎作了新的闡釋和規定。無道德者不能革命，無道德者即便革命也不能成功，即便僥幸成功，也不能持久。這就是章太炎對陳勝、吳廣至康有為、梁啟超所有革命、變革等經驗教訓的深刻總結。
在《民報》時期，章太炎的思想主旨是民族革命，是推翻滿清，而推翻滿清之後所要建立的新國家、新政體，也是章太炎此時思考的重點。在《國家論》、《代議然否論》等文中，他以盧梭的天賦人權為理論出發點，以盧梭的社會契約論為思考框架，重構了一個心目中的理想國家形態。
章太炎認為，國家的本性是抽象的、虛幻的，是假有的，那麽所謂愛國，也就是一種迷妄。雖然愛國的意思並不因這個說法而產生障礙，但是有了這層意思，就必須警惕所謂愛國並不是在所有時間、所有條件下都具有正當性、合法性和合理性。在章太炎看來，所謂的愛國之念，強國之民無論如何不能再強化，弱國之民無論如何不可忽略。這就像自尊心一樣，身處顯貴的人不可一再炫耀自己的自尊心，而社會下層的民眾卻一定要有自尊自強的念頭，要有尊嚴不可侵犯的信念，就是要使社會保持一種常態、一種平衡和一種適度的張力。
出於對國家本質、功能等方麵的考慮，章太炎在《民報》時期還探討了未來中國可能的政治形態。他在《代議然否論》中對東西方各國的政治架構進行了比較研究，肯定了三權分立、代議製的合理性、有用性、正當性，也對這種體製本身的問題提出不一樣的修正。
章太炎的這篇《代議然否論》發表於1908年，其最直接的政治目標就是清廷主導的九年憲政改革方案，尤其是楊度所宜揚的君主立憲主張。也隻有從這個非常具體的政治背景出發，才能弄清章太炎對後君主專製時代政治架構設想的真實意思。
根據章太炎的看法，立法、行政、司法三權分立有其內在缺陷，他的修正方案仍然是三權分立，隻是將這三個權力轉換成了行政、司法和教育。很顯然，章太炎是在利用傳統中國的政治資源，以教育替代立法的功能。這種改變很難說是什麽理論上的發展，因為傳統中國的教育本身就不隻是教育，而西方意義上的立法也不是章太炎想象中的立法。