章太炎被羈押後，一直被關在四馬路老巡捕房的樓上。由於是租界負責管理，各方麵的條件還不錯，那裏備有特別的房屋，生活方便，甚至允許朋友親人隨時看望，允許章太炎在那裏接待客人。
盡管如此，章太炎剛進來時非常失望，因為他發現除了自己外，不論是張園演講會，還是《蘇報》案，都沒有什麽重要人物，吳稚暉、蔡元培、章士釗、陳範等都跑了，隻有他一個人被抓捕。恐懼、失落、不平衡或許一度占了上風，於是他莫名其妙地寫信給鄒容和龍澤厚，訴說自己的寂寞與恐懼，希望這兩位兄弟能夠男子漢敢作敢當，前來自首。
老大的勸說真的起了作用，鄒容和龍澤厚接到章太炎的信後，競欣然於7月1日跑到巡捕房投案自首。
鄒容、龍澤厚的做法使巡捕房大吃一驚，因為他們很少遇到這樣的事，以為真假難辨，未敢遽收。鄒容見狀反而急了，強調我不是鄒容，豈肯自投羅網？巡捕房隻好暫時收押。
7月15日，會審公廨將章太炎、鄒容、龍澤厚及《蘇報》館賬房程吉甫、假孫中山錢寶仁、陳範的兒子陳仲彝等六人提往審訊。
此次審訊比較搞笑的是原告方為中國政府，而被告則是這幾個中國人。會審公廨讞員孫建臣高聲宣布傳“中國政府到案”，宜布“中國政府控告《蘇報》館大逆不道，煽惑亂黨，謀為不軌”；宣布“中國政府控告章炳麟大逆不道，煽惑亂黨，謀為不軌”等，讓人聽著總覺得刺耳和不舒服，堂堂一個政府竟然與幾個人成了對手，成了控辯雙方。這自然使章太炎等人更加自信，當他聽到這些話語時，不禁覺得以中國政府控告他，這也算是他的光榮，而且這個控告不在他國法院，而在中國自己所管轄的最小的新衙門，真是千古笑柄。
原告指控章太炎的，除了革命排滿外，還牽涉章太炎引玄燁、弘曆、載湉小醜等語，認為幹犯廟諱，指斥乘輿，悍然攻擊皇太後和當今聖上。
對於原告的指控，章太炎並不示弱，他在自我辯護時強調，他看到康有為著書反對革命，祖護滿人，所以著書駁斥。書中是說到了“載活小醜”幾個字，觸犯了清帝聖諱，但我隻知道清帝隻是一個滿洲人，並不知道清帝還有什麽聖諱。
第一次審訊就這樣結束了，章太炎等一幹人犯仍被英國巡捕押送回關押的地方。據章太炎自己說，沿途觀者不禁唏噓，而他自己很得意，誦“風吹枷鎖滿城香，街市爭看員外郎”而返。
7月21日下午兩點一刻，章太炎、鄒容等五人被巡捕房乘馬押解至會審公廨，接受第二次審訊。清政府聘請的律師古柏發言時表示，上次審訊後，查得此案之外另有交涉，有許多事情還沒有弄清楚，現在不便向法庭提出，因此原告方請求暫時中止審訊，待調查清楚後另行會商審訊日期。
對於原告的建議，被告章太炎的律師博易在發言時表示反對，認為原告的理由不能成立。根據《公共租界章程》，租界內的事情，應歸公堂審理，現在的原告究竟是中國政府，還是江蘇巡撫，還是上海道台，被告方都弄不清楚。
對於被告律師的詢問，法庭給予解釋，表示章、鄒等犯，係奉旨著江蘇巡撫飭拘，言下之意，屬於欽犯，原告也就是中國政府了。
被告律師接著說，政府律師如果不能指出被告所犯何種罪行，又不能說清還有什麽事情，那麽法庭應該將此案注銷，將被告無罪釋放。
原告律師哈華托接著說，此案由最為明白，現在隻是等待政府與租界當局進行交涉，一旦議妥，立即開庭。讞員孫建臣接受了原告的建議，此案審判暫時中止，章太炎等人繼續在巡捕房被羈押。
當天晚上，駐滬領事團舉行會議，上海道台袁樹勳在會上要求廢除租界會審及租界定罪協議，要求租界當局將“蘇報案”罪犯引渡給清國政府。領事團對袁樹勳的建議無法回答，即便他們將此事向各國公使作了匯報，各國公使也表示無法決定，隻能請各國政府進行研究，再作決定。
各國政府對於是否將章太炎等人移交給中國政府原本遊移不定，然而當清政府於7月31日將新聞記者沈蒽杖斃於刑部的消息傳出後，西方各國輿論嘩然，迫使各國政府決定不能將章太炎等人交給清政府，因為章太炎、鄒容等人與沈蒽差不多犯有同樣的言論罪，如果將他們交給清政府，不是會有同樣的結果嗎？
清政府的野蠻刑法激怒了西方社會，也幫助了章太炎和鄒容。他們在外國人的拘留所中相對來說享有比較人道比較有尊嚴的待遇，在那幾個月中，章太炎與鄒容相互唱和，甚至有閑情寫寫文章，由於和外界並沒有完全中斷聯係，所以章太炎還能對一些正在發生的政治事件進行評論。他們失去了自由，但換來了安全和寧靜。
幾個月的交涉轉眼就過去了，各國政府雖然沒有在章太炎、鄒容等是否移交給清政府一事上達成一致，但在英國等主流國家堅持下，“蘇報案”的審理依然回到原來的軌道上。
12月3日，第三次審訊重新開始。原告律師古柏首先代表清政府提出控告，強調如果被證實了被關押者有罪，會審公廨有義務適用中國的法律和慣例，因為犯罪者都是中國公民，犯罪行為發生在中國的領土上，觸犯的是中國政府，他們應受到中國法律製裁，這在以往的中外條約中寫得很清楚。
在作了幾點評論之後，古柏建議法庭先審理陳仲彝、錢寶仁和程吉甫三個犯輕罪的被關押著，因為他們已經在監獄裏被關了四個月，控方認為已經足夠抵消他們在本案中所負的責任。也就是說，控方不打算要求對錢寶仁、程吉甫有進一步的懲罰，可以立即釋放。至於陳仲彝，由於他是陳範的兒子，現在已知道陳範已經離開上海，似乎也沒有勇氣為《蘇報》的言論負責，所以他的兒子受到牽連被帶到法庭。但是對於陳仲彝，控方也不打算讓他受到進一步的懲罰，但要求在陳範沒有到案期間，陳仲彝必須保證在法庭傳訊時應隨時到庭。也就是說，原告放棄了對這幾個人的指控，可以由法庭宣布無罪釋放。
在此後的審理中，原被告雙方的律師集中在章太炎和鄒容身上。原告律師古柏認為，章太炎和鄒容被指控的罪名在英國被稱為煽動性的誹謗罪。中國法律也像其他國家的法律一樣，有叛國、煽動暴亂、造反等反政府的罪名。最嚴重的是公開造反，依據中國法律這種罪應給予最嚴厲的懲罰，所有國家也都認為這是最嚴重的罪行。接著，古柏用大量時間征引章太炎在《駁康有為論革命書》和其他文章中的文字，以證明章太炎的目的就是煽動造反，煽動革命，煽動驅逐滿洲人。更厲害的一著是，古柏在這次指控中，反複強調章太炎在過去兩次審訊中已經承認了原告的指控是有事實依據的。這實際上等於章太炎已經認罪。
被告律師當然不能同意原告律師的指控，反複強調現在的審訊是從頭開始，沒有任何形式的供認或記錄可供參考。他代表被關押者請求，他不犯有被指控的罪名。被告律師的策略就是無罪辯護。
在第二天的審訊中，原被告雙方的律師對章太炎進行了詢問，章太炎也對這些詢問一一作答，比較有意思的詢問及回答還是關於“載湉小醜”的理解，章太炎的回答是，根據外國觀念，對統治者的名字並不避諱，我為什麽不能直接稱他為載活呢？至於那個小醜的說法，比較準確的理解不過就是個“小孩子”的意思，並不存在什麽毀謗。至於《駁康有為論革命書》，章太炎在自我辯護中強調自己是寫給康有為個人的，至於為什麽出版，就不是他的事情了。
在第三天的審訊中，控辯雙方對證人進行了提問，然後就是控辯雙方律師進行辯論。
12月9日上午，汪瑤庭宣布判決，宣稱章炳麟、鄒容照例科罪，皆當處決。今時逢萬壽開科，廣布皇仁，照擬減定為永遠監禁，以杜亂萌而靖人心，俾租界不肖之徒知說警惕，而不敢為匪，中外幸甚。
汪瑤庭的這個宣判隻是清政府的一麵決定，並不符合英國人的立場，英國方麵早就暗示過最多不能超過三年監禁，所以當汪瑤庭的宜判剛結束，應該算是額外法庭組成人員的英國副領事當庭抗議，表示這個結果並沒有和英國方麵協商，因此不能同意。除非將章太炎、鄒容的刑期減為三年，否則此判決通不過。
判決的執行權並不在中國政府，而是在租界，英國的反對就意味著這個判決不可能被執行，因而也就沒有實際意義。後經中英兩國外交渠道反複協商，1904年5月21日重新宣判，議定鄒容監禁兩年，章太炎監禁三年，罰做苦工，以示炯戒。限滿釋放，驅逐出境。刑期自被巡捕房抓捕之日起算，所以章太炎還需要在監獄度過兩年多時間，鄒容還有一年。
對章太炎、鄒容的判決雖然是由會審公廨宣判的，但由於執行權還在租界手裏，所以他們在宣判後被轉移至提籃橋西牢服刑，這裏依然是外國人管理的監獄。
章太炎、鄒容剛人獄的時候，也曾受到非人道的待遇，監獄方將他們投擲在一個空房間中，讓他們直觀見識了獄卒的殘暴和犯人的痛苦。章太炎、鄒容相與咋舌裂眥，擔心自己受不了這份苦。章太炎傷心地對鄒容說：你我身體如此虛弱，又不可能甘心受到他們的侮辱，與其被這些白人淩辱毆打而死，還不如我們早點自我了斷。不過，你的刑期還有很短時間，你應該堅定的活下去，如果我章炳麟死了，他們也一定會擔心名聲太壞而改善你的條件。鄒容聞言哽咽流涕，表示大哥真死了，小弟活著也沒有意義。還不如我們一起死了，一了百了。
監獄其實早都防著犯人自殺，所有能夠自殺的工具早就被收走，他們能夠使用的工具隻有一個，那就是絕食，就是餓死。
主意既定，章太炎和鄒容聯句作了幾首絕命詞，便開始了絕食。絕了五六天後，除了咳嗽吐血外，根本沒有要死的跡象。有獄友告訴章太炎，有的人絕食40多天仍不死，你這僅僅五六天當然沒有用了。你其實不必這樣做，在這個監獄裏，500人中每年就有160人因為各種原因而死。所以真想死就不必著急。
獄友的話啟發了章太炎，章太炎遂對鄒容說，食亦死，知必死。我知道怎樣應對這件事情了。從此他們兄弟二人好吃好喝，但凡遇到獄卒想欺負他們，章太炎就毫不客氣揮以老拳，或者將獄卒手中的武器奪過來對打。章太炎固然知道不是獄卒的對手，但他更知道司馬遷所說的知死必勇的道理。他雖然往往被獄卒打的死去活來，但他也確實對那些可惡的獄卒痛下狠手，當然他也受到更嚴酷的報複。
章太炎在獄中罰作裁縫，一是縫襪子底，一是為犯人衣服上編號寫字。後來又讓他去燒飯，章太炎認為這是一個美差事。