除了聲明、因明以外，玄奘還學習了許多其他的知識，把其他學派的內明也變為自己的外學，如婆羅門的《吠陀》中的古哲學，以及當時流行於印度的各派哲學等。不過真正使玄奘被稱為大師的，還是其在佛教本身的內明方麵的造詣。玄奘頗具一代宗師的氣概，因為他是當時少有的大、小乘兼修的人，我們先了解一下什麽是大乘和小乘。
就字義而言，“乘”就是四匹馬拉的車，在這裏它的意義是指運載眾生，使各人到各人應該在的果地，果地就是修道以後所到達的境地。“大乘”就是指大車子，“小乘”就是小車子的意思。最初的佛教是小乘教，大乘佛教是後來逐漸發展而成的。就其宗旨而言，小乘教主要在於求個人獲得涅槃，從人生的痛苦中解脫，所以說它是一部小車子；而大乘教則更為包容，由小我而趨於大我，求全人類（甚至所有生物）的涅槃。他們甚至自願不入涅槃境界，跳入輪回當中，以便在人世間普度眾生。
以上是就它們所追求的理想而言，然而要是從形式和某部分宗教的內涵而論，大乘教卻不符合當初佛陀的革命精神。最初的佛教徒，尊佛陀為偉大的教師而不是神明。他們采用新興的方言作為傳教的語言，而不用被視為神語的梵文。佛教教義是簡單的教義，是為超脫原婆羅門教煩瑣的神權思想及製度而產生的無神主義，它的教義大體不出四諦、八正道的範圍。但是後來佛教逐漸受到婆羅門教的影響，出現了大乘佛教，因為這是一個自然演變的過程，所以也很難確定大乘佛教出現在什麽時候。至於演變的原因，可能是為了傳教方便，為了與婆羅門教競爭，也可能是本身的理論發生了變化。胡適曾經說過：“大乘隻是一部更大的車子。佛教傳播既遠，異義增加了，原來的小車子裝不下了，不能不別尋一部更大的垃圾馬車……印度教化的傾向，把原來佛教革命的精神完全毀滅了，咒術等一律回來，遂成一部無所不容的垃圾馬車。”不過這種變化的結果，就是讓佛教更適合於上流社會的印度人，以及印度以外的各民族，最終得以廣泛的傳播。
從另一個角度看，“乘”是由文法學家以古老的雅利安語為基礎發明的梵文形式。佛教運動方言巴利文在北印度興起處於同時期，所以最早的佛教的“乘”是以古老的巴利文形式表現的，也就是後來所稱的“小乘”。後來佛教逐漸被婆羅門化，最終放棄了巴利文，恢複到了古梵文而成為“大乘”，這個語文的變化很自然地又使婆羅門原有的思想、煩瑣的儀式等“垃圾”重新複蘇。
很難確定發生這種轉化的時間，但其第一個**，有一種說法是發生在貴霜王朝的迦膩色迦王在位期間，因為迦膩色迦王在二世紀初在克什米爾組織了第四次結集，那次宗教大會共集合了近五百名佛教學者，他們聚在一起編纂佛典，重加注釋，也就是在那時，他們宣布了佛陀具有神性，身邊圍繞著一群天神和聖者。他們采用了瑜伽思想，最後頒行了一套梵文佛典。據說組織這次大會的目的就是要利用婆羅門的有神論以及修行方法，使佛陀的教義能夠更容易被大眾接受，更能適於他統治下的西域各民族。
所有有人說玄奘主修大乘，就相當於開了倒車，其實不然。這隻是就其形式和某部分宗教內涵而言的。從某種程度上來說，大乘教使佛陀神化及隨之而來的種種宗教儀典，這些以宗教立場而言，不但不是開倒車，而且還是一種修正。
掀掉宗教的外衣，再看大、小乘的內容之間的不同之處，會發現大乘的哲學境界還是比較高的。有一本佛學教本這樣說：“佛法無所謂小乘大乘，因為這不過就是時間的先後問題而已。佛門行者，在初期都是小乘，到了後期就都是大乘了。”又有人說：“小乘聖者的一根毫毛，吾人都搬不動，終日妄念紛紜，貪癡充滿，還敢大言不慚地自稱大乘，對於小乘教理鄙夷不屑，豈不可憐可笑!”對於大乘和小乘有過詳細論述的胡適說過：“其實這七項（大乘教的特色)在小乘經典裏都已有了種子，無一不是逐漸從小乘演變出來的。……大乘遂成一部無所不容的垃圾馬車……但大乘教自有它的偉大精神……它那些偉大的經典，思想與文學都遠勝於初期佛教，所以才能在佛教史上開創一個新時代。”
總而言之，大乘是原始小乘披上宗教外衣，加載儀式的大車子，同時也使原始的小乘胸襟再擴大，哲學境界也隨之提升。
大乘佛教和小乘佛教都有自己的聖典。玄奘遊學期間，學過的小乘佛教的經典包括《婆娑》《六足》《俱舍》《順正理論》等，大乘論典有《瑜伽》《顯揚論》《中論》《百論》等。其中戒賢大師為他講解三遍的經典有《瑜伽師地論》《中論》《百論》，講解一遍的有《顯揚論》和《順正理論》。其他戒賢沒有講過的，有些是玄奘早已學過，有些則是在別的地方學的。至此，玄奘已經算是內外學兼修、大小乘皆通的大師了。所以有人說玄奘的學說不是大乘，也不是小乘，而是中乘。關於“中乘”的說法源於二世紀的龍猛，其立論重點在“空”與“不空”之間，既不承認萬象皆實，也不認為萬象皆虛。玄奘所創的法相宗，算是中乘的一個流派。而梁任公把玄奘所創的法相宗歸類在小乘教與大乘教之間的“權大乘教”，認為它是偏向於大乘佛教的，所以也有人把它列於大乘教一派。
大乘佛教是玄奘皈依的宗教，是讓玄奘不由自主地在菩提樹下痛哭的信仰。大乘教在印度的影響最終超過了小乘教，它雖然曾使佛教在印度風光過一陣，但佛教衰微的主要原因，還是由於它接受了太多婆羅門的東西，使佛教和婆羅門教之間的差別越來越小，在這種情形之下，不用佛教中“無常”的道理來解釋，單由事實也可以預知佛教在印度淪於滅亡的最終結果。在佛教和婆羅門教之間的差別很小的情況下，自然是根基較深的那一個更容易吸引大眾；加上婆羅門教又有穩定和充足的經濟來源，在政治上也不乏有力的支持，所以最終能夠戰勝佛教。婆羅門教可以說是個相對寬容的宗教，從來沒有采取過激烈的手段去打壓和消滅佛教，卻以“兄弟的擁抱”而同化進而毀滅了佛教。這一點恐怕當年的玄奘並沒有想明白。當他看到觀世音菩薩像半身入土的景象，想起了佛教滅亡的預言之後，反而產生了更強烈的使命感，想要通過傳播佛典、翻譯佛典，用梁任公的話說，就是將印度佛學“千餘年之心傳，盡歸於中國”，也算是他為了挽救佛教的頹勢而盡的最大努力了。