玄奘巡禮完遺跡後複歸那爛陀寺，聽戒賢大師講《瑜伽師地論》。雖然那爛陀寺每天開的講座有一百多，但眾人一聽說這位一百多歲的當代大師，護法大師的傳人，要開講這門龐大而精深的大論典課程，都感到興奮不已，佛教人士奔走相告，開講當天人頭攢動，盛況空前。
開講第一天還發生了一段小插曲。當戒賢在靜穆的氣氛中上台坐定，剛剛把題目講出時，一位婆羅門突然放聲大哭，然後又是笑又是哭，形似瘋癲。戒賢忙派人問他是怎麽回事，他告訴在場的人自己來自東印度，有一次在觀世音菩薩前許願，希望將來能做國王。沒想到菩薩告訴他，某年某月的某一天，那爛陀寺的戒賢法師，將會為一位從支那來的高僧開講《瑜伽師地論》，聽了之後就能悟佛法而見到佛陀，能有這樣的好運，又何必想當什麽國王呢？那位婆羅門激動地說：“現在那位支那高僧來了，大師您就為他開講《瑜伽師地論》，菩薩所說的話竟然完全成為現實了，我就情不自禁地想要哭了。”
戒賢聽後並沒有表示什麽，認真地講解了《瑜伽師地論》，整個課程為期十五個月，課程結束後，戒賢特地派人帶這位婆羅門去見戒日王，戒日王覺得這是個很奇特的人，便賜給他三邑的封地。
日子不知不覺地過了五年，玄奘在這種穩定的環境中學習，日子過得十分充實。這五年是他學經的**期，為他日後回國從事譯經事業打下了堅實的基礎。
佛教將一切學問歸納為內學與外學兩大類。佛教本身的學說叫“內學”，佛教以外的所有學說被統稱為“外學”，這是一個很簡單的分類法。但古印度還有一種各派學者通用的學科分類法，叫做“五明”，簡單來說，就是五種學問或知識，包括：一是聲明，就是文法學或文字、訓詁學。二是工巧明，指美術、工藝、陰陽曆算等技術。三是醫方明，即醫學藥學。四因明，指論理學或邏輯學。五是內明，即各派本身的哲學或宗教學，如佛教以三藏十二部教為內明，而《吠陀》就相當於婆羅門教的內明。內明以外的四明就是各學派的共同科目。
玄奘天生好學，加之那爛陀豐富的學習資源及優越的學習環境，很多人都推測玄奘對於五明之學應該都有所涉及，但毫無疑問的是，除了內學，玄奘最用功的學科就是因明和聲明學。玄奘幾乎把這兩門學問當成是治學的基本工具。
玄奘對中國佛教的貢獻，和他在印度時對聲明學的研究是分不開的。玄奘回國後的十九年裏專注於譯經的工作，翻譯的經典合計七十五部，共一千三百三十五卷，平均一年譯出七十卷，這樣的速度和工作量在整個譯經史上都是空前絕後的。他所翻譯的佛典，大、小乘均有，如果不是精通梵文和其他印度語言，是肯定沒辦法完成這些工作的。玄奘不但譯得多，而且譯得好，很多作品被譽為是最有價值的譯經作品。
聲明學主要是指印度語文和文法之學，玄奘主要研究的是梵文，是講述印度古梵文最早的書，相傳是大梵天王所著，是印度古今文字的本源。經過了多年的發展，南北方各自有了自己的文字。北方流行的大多是方形文字，南方流行的大多是圓形文字。這本梵文中敘述的文法，包含詞類變化、語尾變化等很多內容，是玄奘學習梵文的主要教材。聲明學對於翻譯經典有很大的作用，從玄奘所譯佛典的種類之多上就可看出，他在聲明學上是下過苦工的。《大唐西域記》中對於印度語的描述是“因地隨人，微有改變，語其大較，未異本源”，在這裏玄奘主要想要表達的意思是那裏的方言繁雜，盡管如此，玄奘對於這些複雜的語言也有了係統的認識，這是相當不容易的。據說在那爛陀寺，戒賢大師共為他講解過兩遍聲明。
除了聲明學，玄奘也顯示出了在因明學上的不凡造詣。聲明是對語文工具的研究，而因明則是關於思想方法的研究，也可說是運用語文的方法。因明學與唯識學同為佛教學理上最煩瑣、最難研究的學問。不過，因明屬各派共有的學科，是各派學科思想理論的基礎和與敵派論辯時求勝的工具。
佛教真正普遍地運用因明學，是唯識學開始發展以後的事。此一名稱最先在佛教論典中出現，是在《瑜伽師地論》中，作為中國唯識宗之祖的玄奘，對因明學不是一般的重視。自從因明在佛教中被廣泛運用後，這門原本屬於佛教之外學的學科，變成了佛教內學的重要內容，提出的理論都遵循因明學的原則。對因明學貢獻最大的就是世親菩薩的弟子，南印度人陳那大師。
陳那大師有一些關於因明的著作，其中以《因明正理門論》《集量論》最為著名，戒賢大師為玄奘講了兩遍他的經典。後來玄奘回國後，把《因明正理門論》及陳那弟子天主所著的《因明入正理論》都翻譯成了中文以供世人參考。