他與那些卑微的朋友們就這樣交往著，他們是他的助手而且為他開心，他還同另一些更卑微的“朋友”生活在一起：他的家畜——他的母雞和貓咪。
但他骨子是已被孤獨充滿，而且愈來愈厲害。“我感覺孤獨得很，”1548年，他給他侄兒寫信時說，“我同誰都不說話。”——他不僅漸漸地與人類社會隔絕，而且與人類的利害、需求、快樂、思想也都分隔開來了。
其熱情曾把他與他那個時代的人們維係在一起，那現在這個最後的**也熄滅了。1544年和1546年，在他兩次重病染身時，他的朋友共和黨人裏喬把他接到斯特羅齊家中時，他那股**還發出了了最後的一道閃電似的光芒。米開朗琪羅康健後，便讓人去求裏昂的羅伯特·斯特羅齊向法國國王請求履行諾言。他還補充說道，如果弗朗索瓦一世前來佛羅倫薩恢複自由的話，他發誓自己出資為他在市政議會廣場建一尊騎在馬上的青銅像。——1546年，為斯特羅齊留他在他家養病表示謝意，他把兩尊《奴隸》雕塑送給了他，後被斯特羅齊轉贈給弗朗索瓦一世了。
但這隻是一次政治的狂熱——最後一次的——迸發。在1545年他與賈諾蒂的說話記錄的一些片斷中，其中同托爾斯泰的鬥爭無用論和不抵抗主義相同的思想：
“敢於殺害某個人是一種妄自尊大，因為你不能確定死是否能產生善，而生就不同了。因此，我無法忍受那些人，他們認為如果不以惡為開始的話，也就是以殺戮——就不可能產生善。時代變了，一些新事物出現了，欲望也轉變了，人也厭倦了……總而言之，總是有些事情在人們的意料之外。”
從前大肆頌揚刺殺國王的那個米開朗琪羅，而今卻把矛頭直指那些想以行動改變世界的革命者了。他很清楚，他也曾是這些革命者中的一份子，而他此刻正在痛苦地譴責著。如同哈姆雷特，他現在對一切都充滿懷疑，包括自己的思想、仇恨以及他以前所相信的所有一切。他與自己的行動背向而行了。
“這個勇敢的人，”他寫道，“在回答某人時說：‘我不是個政治家，我是個正直的人，一個有良知的人。’——他說的話一點都不假。要是我在羅馬的那些事情像國家事務似的讓我少費點心思就好了！”
其實，他現在已經沒有恨了。他無法再憎恨了。為時太晚了：
“我是如此的不幸，由於渴望太久而精疲力盡，我好不幸，這麽晚才實現自己的欲望!現在，難道你不知道嗎?一顆慷慨大度的、高傲而偉大的心在寬恕，正把愛奉獻給冒犯過他的人。”
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他住在特拉揚廣場一帶的馬塞爾·德·柯爾維街。他那兒有一所帶小花園的房子，他同一名男仆、一個女傭和一些家畜居住在裏麵。他的男仆女傭對他而言不是十分的適合。據瓦薩裏說，“他們全都草率行事，髒兮兮的”。他常換仆人，總是痛苦地指責他們。他同貝多芬一樣，跟仆人的爭執總是不斷。在他的筆記（如同貝多芬的《談話筆記》）中，曾記錄過他們主仆之間爭吵的。1560年，他辭退女傭吉羅拉瑪之後寫道：“啊!真希望她一直都沒有來過這裏!”
他的臥室暗得像一座墳墓。“蜘蛛肆虐，布滿了蛛網。”——在樓梯中間，他畫了一幅《死神》，肩上扛著一口棺材。
他過著如窮苦人般的生活，吃得很少，而且“因為夜間總是失眠，便常常起床，拿著剪刀幹活兒。他給自己做了一頂硬紙殼帽，戴在頭上，中間插上一支蠟燭，這樣一來，他的雙手就很方便了，可以借著燭光幹他的工作”。
隨著年歲的增大，他更加孤單地形影相吊了。當羅馬全沉寂在夜的靜籟中時，他把自己隱藏在夜間工作中，這對於他來說正是一種需要。寂靜對他是一件好事，而夜晚則和他成朋友：
“噢，黑夜，噢，盡管暗黑，但時光卻很恬靜，一切努力終將達到平和，激越你的人仍看得清楚，弄得明白；而讚美你的人所擁有的判斷也是完整的。你用你的剪刀把一切疲憊的思想剪斷，那被潮濕的陰影和歇息深入的思想；從塵世，你常把我在夢中帶入天國，那個地方卻是我的願望。噢，死亡的陰影，通過它，心靈的一切敵對的災難都消失了，痛苦的靈丹妙藥啊，你讓我病殘的肉體擁有健康，你擦幹了我們的眼淚，你消除了我們的疲勞，你替好人滌淨了仇恨與厭惡。”（《詩集》78）
一天夜晚，瓦薩裏前來探望這位老人，發現他孤零零地呆在那所空****的屋子裏，淒切的麵對著他的《哀悼基督》在沉思默想。
當瓦薩裏敲門時，米開朗琪羅站起身來，手執燭台前去開門。瓦薩裏想看看他的雕塑，但米開朗琪羅把燭台弄掉在地上熄滅了，讓他什麽也看不見。當烏爾比諾準備點燃另一隻蠟燭時，米開朗琪羅轉向瓦薩裏說：“我已經垂垂老矣，死神總在牽我的褲腿，讓我跟它一起離開。有一天，我的軀體就如同這個摔落的燭台，我的生命之光也會像它一樣熄滅的。”
他被死的念頭纏繞著，越纏越緊，越來越揮之不去。
他對瓦薩裏說：“我心中的任何一個念頭都被死神死死地纏著。”
現在，對於他來說，他一生中的僅有的幸福就是死：
“當過去浮現在眼前時，——我經常出現這種情況，——噢，虛假的世界，我這才十分明確地了解到人類的謬誤與過錯。終於相信你的諂媚和你那虛妄的快意的那個人，正在為他的靈魂準備巨痛般的悲傷。隻有親身經曆過，他清楚地知道你常常許諾平和與幸福，但你卻根本沒有，也永遠不會有。因此，最失意的人是那個在塵世羈留得最久的人；而生命越短的人，卻更容易回返天國……”（《詩集》32）
“走過一年又一年的歲月，才到我最後的時刻，噢，世界，我承認你的歡樂遲遲未來。你許諾平和，但你卻沒有；你應允憩歇，但人生在苦也沒有歇息……我這麽說，我知道這一點，靠的是經驗：剛一入世便夭折者是天國的選民。”（《詩集》34）
當他侄兒為喜添貴子而慶賀時，米開朗琪羅狠狠地打擊了他一頓：
“看到這種排場我很難過。在全世界都在哭泣時，對笑是禁止的。為了一個剛誕生的孩子而無肆張揚是不懂事的象征。應把歡樂留到一個飽經風霜之人死的那一天再宣泄出來。”
等到第二年，他侄兒的第二個孩子在很幼小的時候也離開了這個世界，他反而給他寫信表示祝賀。
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他的狂熱和天賦在年輕時一直忽視的大自然，到晚年卻是他的一個安慰。1556年9月，當羅馬受到西班牙阿爾貝公爵大軍威脅時，他逃出羅馬，途經斯波萊特，在那兒逗留五個星期，成天在橡樹和橄欖樹林中，秋日的晴朗充滿整個心田。十月末，他被召回羅馬，帶著他的遺憾。——“我把自己的一大半留在了那裏，”他寫信給瓦薩裏說，“因為確確實實平和隻有樹林中才有。”
回到羅馬後，這位八十二歲的老人作了一首漂亮的詩獻給田園與鄉間生活，他把田園和鄉間生活與城市的謊言相互對照：這是他最後的一篇詩作，充滿了青春的朝氣。
但是，在大自然中，猶如在藝術中，猶如在愛情中，他尋找的是上帝，他一天一天地向上帝靠近。他一向是虔誠篤信的。如果說他沒有被神甫、僧侶、善男信女所斯騙，而且一有機會就給他們狠狠的嘲諷，那他好像對信仰卻是堅定不移的。在他父親及兄弟們患病或死亡的時候，他第一關心的也是領聖事的問題。他對祈禱充滿絕對的信心；“他相信祈禱勝於所有的藥物”；他把自己所得到的一切幸運與沒有降臨的災禍全都歸功於祈禱。他在孤獨時，有著神秘的狂熱崇拜。有一次，他的這種狂熱的情況純屬偶然地給我們留存了下來：當時的一次記述向我們描述了西斯廷這位英雄的陶醉沉迷的麵相，夜深人靜時，他孤身一人在他羅馬的花園裏祈禱，雙眼充滿痛苦地哀求著仰望著星鬥滿天的蒼穹。
有人說他對聖賢們與聖母的信仰非常漠然，這種說法是錯誤的。他把自己最後的二十年用來建造使徒聖彼得大教堂，而且他最後的那件因其亡故而未竟之作也是一座聖彼得的雕像，因而把他視作新教徒那簡直是在開天大的玩笑。我們永遠記著他多次想去遠處朝聖，1545年，想去朝拜科姆波斯泰雷的聖雅克，1556年，想去朝拜洛雷泰，而且他還是聖·讓巴蒂斯塔兄弟會的成員。——但是，就像一切偉大的基督徒一樣，他的生與死都和基督聯係在一起，這一點也是毋庸置疑的。1512年，他給父親寫信時說：“我同基督在一起過著窮苦的生活。”臨終時，他請求人家讓他對基督的苦難作一番回想。自從與維多莉婭·科洛娜交友之後，尤其是在她死去之後，他的這種信仰具有更加強烈的色彩。在他把自己的藝術幾乎完全奉獻給基督的**之榮光的同時，他的詩作融入在神秘主義之中。他否定了藝術，而躲進受難的基督的張開的巨臂之中：
“在波浪濤天的海上，我乘著一葉扁舟，我的生命旅程駛入了共同的港口，人們都在此上岸，以匯報並說明自己的一切虔敬的與褻瀆的作品。因此，那份激烈的幻想，我曾讓我把藝術視為一種偶像和君王今天看來，我發覺它充滿著多少的錯誤啊；而且，我清晰地看到人人都在渴求的東西其實都是苦難。愛情的思念、徒然的快樂的念頭，當我此刻已臨近二者均已死亡的時刻，它們現又怎麽樣呢?對其中的一個我是十分的堅信，而那另一個卻在威脅著我。無論繪畫還是雕刻都難以再讓我的心靈進入平靜，我的心靈已轉在十字架上，向我們張開雙臂欲要把我們摟抱入懷中的那份神聖的愛了。”（《詩集》147）
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但是，信仰和痛苦在這顆不幸的衰老的心靈中綻放的最純潔的花朵，是那神聖的仁慈。
這個被其仇敵指責為吝嗇鬼的人，一生從未停止對熟悉或陌生的落難之人施恩。他不僅對自己的老仆們和他父親的老仆們始終恩愛有加，——其中有一個叫莫娜·瑪格麗塔的女傭，在布奧納洛蒂死後，被他收留，而且她的死“使他比死了親姐妹還要傷心”。還有一個普通的木匠，他對他也愛護有加，這個木匠曾在西斯廷教堂的腳手架上幹過活兒，他女兒出嫁時，米開朗琪羅為她置辦了嫁妝……——而且，他還時常接濟窮苦人，尤其是比較羞澀的那些。有時 他會有意的讓自己的侄兒侄女也參與布施，培養他們這方麵的感情，讓他們代為布施，而他在後麵並不露麵，因為他不想讓人知曉是他做的。“他喜愛行善而不願顯擺。”——出於一種溫柔細膩的情感，他會給那樣窮苦的女孩子更多的關愛：他千方百計地暗中為她們置辦嫁妝，使她們有機會進行婚配或入修道院。
“你想辦法去認識一個有女兒未出嫁或想送女兒進修道院的窮人家，”他寫信給他侄兒說，（他又補充說：我指的是沒錢而又不好意思開口的人。）“把我寄給你的錢送給他，不過，但要在了解清楚其底細後再悄悄送去，別讓人家給騙了……”（1547年8月寫給利奧那多的信）
後來，他又寫道：
“你若還認識哪些著急用錢的品格高尚的市民的話，立即告訴我，尤其是有女待嫁的；我很高興能幫助她的，那麽我的靈魂可以得救了。”（1550年12月20日寫給利奧那多的信）