在太平天國運動興起的同時，另一股農民起義軍也悄然建立，這就是撚軍，撚軍的前身是撚子，撚子是出現於康熙年間的一個秘密組織，其成員主要是農民和手工業者，早期隻是在皖北淝水和渦河流域進行小範圍活動。
1852年，安徽淮北地區渦陽、蒙城一帶，一場百年不遇的大旱讓這些地方的莊稼顆粒無收。當地的農民，麵對皴裂幹涸的土地，生活無以為繼，於是紛紛撇下鐮刀，扔下鋤頭，走到大街上，加入了反抗封建壓迫，自謀生活出路的事業。這就是撚軍組織最初的起源。
這些失去生活來源的農民，走上街頭，茫然四顧，不久以後，他們很快便找到了一個可以讓他們凝聚和團結起來的人張樂行。1855年的夏末，張樂行在雉河集召集了撚軍各路首領會盟。
張樂行憑借其出眾的影響力和良好的人緣，再次確立了他在這個組織中的領袖地位。會議推舉張樂行為盟主，稱為"大漢明命王"，又稱"大漢盟主"。
撚軍各路首領們在會議上確立了把雉河集作為首都。雉河集這個地方乃是撚軍的福地，是他們最初聚義的地方。這次會議同時還宣布信條，製定了嚴格的《行軍條例》，設黃、白、紅、黑、藍五色旗，同時各旗分別設有旗頭。
張樂行自領黃旗，其他各路撚軍首領，蘇天福、龔德樹、韓老萬、侯士偉分別擔任黑、白、藍、紅各旗的旗頭。
撚軍效仿清朝八旗製度確立了他們的五旗軍製，把當時尚處於分散狀態的撚軍，初步統一起來，形成了一支強有力的地方組織力量，一時之間變成了清政府的心頭大患。
1857年春，撚軍最高首領大漢盟主張樂行，率領十餘萬軍隊，渡過淮河，然後一路南下，與北上的太平軍將領陳玉成、李秀成部隊會師。張樂行與李秀成作了一次愉快的交談。後來，就有了二師會盟。撚軍自願接受了太平天國的領導，與太平天國聯合作戰。
兩股勢力合二為一，虎虎生威。他們在淮河兩岸與清軍連續作戰，打了很多勝仗，甚至一度攻入了湖北地區。
1858年，張樂行又率撚軍主力回到了淮北，一麵抗擊清軍進攻，一麵以快速流動的方式主動出擊河南、山東、江蘇等地。他們以這樣的方式，殲滅了大量清軍。
似乎在一夜之間，遍地四起的撚軍，突然變得聲勢浩大，讓清廷驚出一身冷汗。1860年的冬天，火燒到了眉毛，清政府在別無他法之時，調遣科爾沁親王僧格林沁全權督辦攻撚戰事，以解燃眉之急。
撚軍與清兵對決過程中，前期，撚軍憑借其浩大的聲勢數次擊敗過科爾沁親王僧格林沁的軍隊，於是信心滿滿，以為會再次輕易地擊敗僧格林沁。但這次撚軍實行的戰略是消極防禦，並未采取主動進攻。因此，僧格林沁的軍隊在此次戰役中大舉進攻，大勝撚軍。同時，撚軍根據地雉河集也被清軍占領。
撚軍最高首領張樂行，在這次戰役中不幸殉難。他潛心計劃的宏圖，隨著始料未及的死亡而迅速夭折了。
直到1864年的夏天，太平天國都城天京（金陵）失陷，太平天國滅亡。原太平天國遵王賴文光、淮王邱遠才兩部軍隊共計3000多人，成為沒有組織沒有領導的武裝力量。他們與張宗禹、仁化邦率領的撚軍3萬多餘部在湖北、河南兩省邊界地帶，進行了兩軍第二次會師。
這次會師，使太平軍和撚軍的實力得到了進一步增強。那些從前被打散、打殘的隊伍，再一次聚攏而來，發展裝大了起來。
撚軍殘餘部隊首領張宗禹被封為太平天國梁王。原太平天國的遵王賴文光，被推舉為這支武裝力量的領袖人物。賴文光總結了撚軍與清兵之爭失利的原因。一是組織鬆散，二是武器簡陋，三是缺乏訓練。
賴文光吸取了從前的經驗教訓，重新架構了組織，使其對上級無條件服從。然後，又聘請專門的軍事人才，加強訓練。接著，他摒棄了撚軍在與科爾沁親王僧格林沁的戰鬥中使用的落後戰術，采用了新的遊動戰術；最後，賴文光在多方麵考量之後，為撚軍更換了一批先進的裝備，改步兵為騎兵，使得撚軍也來了個華麗轉身，把一盤散沙、士氣渙散的隊伍，變成了一支約有10萬人的精兵鐵騎。
同治四年（1865）五月，賴文光率領撚軍十餘萬部從，繼續北上，在山東曹州高樓寨，這支撚軍遭遇了僧格林沁的清兵。
兩軍展開了激戰。因為人數懸殊，撚軍大獲全勝，一雪前恥。清兵一敗塗地，科爾沁親王僧格林沁連同他的蒙古騎兵7000餘人，全部被撚軍擊斃。
一時之間，清廷為之震動，朝野上下議論紛紛，都在思索如何迅速地鎮壓這場持續了數載，攪擾得四方之內不得安寧的"撚亂"。
此時太平天國被湘軍覆滅，曾國藩當即接到任命，擔任欽差大臣，北上督湘軍和淮軍全力剿撚，李鴻章被任命為兩廣總督，負責調兵、糧餉分配等後勤工作，由於當時大部分湘軍已被裁撤，因此北上剿撚的大部分是淮軍。
曾國藩對淮軍並不太熟悉，把重點放在了防禦上，李鴻章等人給他擬定好了"以有定之兵，治無定之寇"的方針，後來又在黃河、運河、沙河、賈魯河一帶設防，曾國藩一味地圍追堵截，作戰方式幾乎定式，撚軍戰術多變，而且他無法正確有效地領導淮軍，最終導致賈魯河防線被太、撚聯軍突破，朝廷罷免了曾國藩的職位，讓李鴻章取代，曾國藩則再次擔任原來兩江總督的職位。
李鴻章繼任欽差大臣後，迅速采取措施擴張軍隊，很快李昭慶率領的武毅軍擴張至19個營，又增加了"魁"字二營，"鳳"字七營，親兵一營，另外還借調了唐仁廉三個營的馬隊，到此剿撚軍合計七萬多人。
1866年10月，太、撚聯軍一分為二，分為東西兩軍，李鴻章剛好也來到了徐州，賴文光、任柱等東撚軍仍然在中原地區活動，張宗禹等西撚軍入陝西聯係回民起義，企圖聯合對抗清軍，而李鴻章決定就近解決東撚軍。
李鴻章采取以靜製動的原則，隨著撚軍作戰方式的改變而改變，一方麵他將主要精力放在了東撚軍，注意其一舉一動，另一方麵他還派遣劉銘傳阻止東撚軍"偷渡"到陝川一帶和西撚軍會合，後來東撚軍經過河南入山東，不幸被李鴻章的淮軍圍困在淮河南岸、運河東岸、膠萊河西岸和六塘河北岸的地區內，最終突圍失敗。
1867年，東撚軍餘部在江蘇揚州被殲滅，首領賴文光被俘虜，至此東撚軍覆滅。同年，西撚軍來到保定地區，直逼北京，威脅朝廷，後來被重兵逼迫退至山東，李鴻章和左宗棠的部眾早已在黃河以北、運河以東的地區埋伏著，西撚軍一進入就被團團包圍。1868年8月西撚軍在今聊城市茌平縣全軍覆滅，標誌著長達16年的撚軍起義徹底失敗，落得和太平天國同樣的下場。
朝廷曾先後委派科爾沁親王僧格林沁，漢族官員曾國藩、李鴻章，督辦剿撚事宜。先是科爾沁陣亡，接著曾國藩因剿撚不力而被撤職，隻有李鴻章，冒著風險頂了上去。
李鴻章在短短幾年時間內，訓練出了一支口碑甚佳、戰鬥力空前的隊伍。李鴻章的淮軍成功地鎮壓了太平軍，又順利剿滅了撚軍。兩件事情做得同樣漂亮、幹淨、利落。
從此，皖籍漢人官員李鴻章，成為政壇上的又一顆新星。他的成績斐然，大家有目共睹。李鴻章才可鬥量，能力卓越。這一切，讓清政府和朝裏的滿族官員對其嘖嘖稱讚，不由得豎起了大拇指，產生了由衷的敬佩之意。
撚軍和太平天國運動宣布結束，李鴻章贏來的是再一次升官發財，被賞加太子太保，身兼湖廣總督協辦大學士，進一步得到了朝廷的信任。