許多藥物可以由孕婦的血液經胎盤進入胎兒體內，直接對胎兒產生毒性作用，特別是在妊娠的頭3個月，因受精卵正處於分化階段，各係統還沒有形成，正處於發育階段，胚胎細胞受到化學藥物的作用，就可能誘發遺傳物質突變，導致胎兒畸形。
例如四環素類藥，尤其是四環素能抑製胎兒骨質合成，在妊娠早期使用四環素可致胎兒四肢畸形，先天性白內障，妊娠4個月以後使用可致胎兒骨骼和牙齒發育障礙；卡那黴素、慶大黴素、鏈黴素可使胎兒聽神經受到損傷，造成先天性耳聾；解熱鎮痛藥阿司匹林、氨基比林等可造成胎兒中樞神經係統和腎髒畸形；大劑量皮質激素(強的鬆)可致胎兒多發性畸形，如唇裂和齶裂；性激素可致胎兒內分泌改變，如丙酸睾丸素可使女性胎兒外**男性化；鎮靜藥(冬眠靈、奮乃靜等)，抗過敏藥(撲爾敏、苯海拉明等)，利尿藥(雙氫克尿塞等)，滴鼻淨的長期應用，都可致胎兒神經係統發育障礙，並有其他潛在性致畸作用。此外，中藥如破氣行血，大寒大熱，滑利沉降的藥對母體和胎兒都可產生不良影響，應慎重使用。