正月，時倭據太倉、南沙。五月，餘官軍列艦海口圍之數重，不能破。軍中多疾疫，乃佯棄數舟，開壁東南陬賊，遂潰圍出海，轉掠蘇、鬆各州縣。
三月，南直隸續至倭寇二千餘，自南沙登岸，分掠蘇、鬆諸處。參將湯克寬帥兵邀擊之於采淘港，斬首百八十級。
參將俞大猷督兵剿普陀山倭寇，我軍半登，賊突出乘之，殺武舉火斌等三百餘人。
蘇、鬆倭掠民舟，入海趨江北，大掠海門、如皋、通州，焚各鹽場，至揚州殺一同知、一千戶。有飄入青、徐者，山東大震。複以盧鏜為參將，俞大猷為浙直總兵。
先是巡撫王忬奏薦盧鏜為參將鎮閩代克寬，閩人故忌鏜，劾鏜凶險不可用，罷之。而沿海大猾且言，忬令大猷搗巢非計，欲搖動忬，忬不為動。已而南京各官薦複用鏜、大猷，將帥稱得人雲。
以尚書張經總督浙、福、江南北軍務。時朝議欲徵狼王兵剿寇，以經嚐督兩廣有威惠，為狼兵所戴，故用之。經請並調永順、保靖等宣慰司，各率兵剿賊。
四月，倭寇自海鹽趨嘉興，參將盧鏜等帥兵禦之，稍卻。次日複戰於孟宗堰，伏發，殺官軍四百人，溺死五百人。都司周應禎、指揮李元律、千戶薛■〈糸缶〉、宋應漸等，俱死之賊，□勝入據石墩山，分兵四掠。
倭寇攻嘉興府城，副使陳宗夔帥兵禦卻之，焚其舟，賊遁入乍浦，與長沙灣寇合犯海寧諸縣。
倭寇自嘉興東掠入海，至崇明，夜襲破其城，知縣唐一岑死之。
初，通州河之役，賊兵僅百餘人，鹽徒及脅從者千餘人。時參將解明道擁眾兵居城中，揚州府同知朱裒、儀真守備張壽鬆軍城外，鳳陽巡撫鄭曉發兵往援，檄原任都指揮月輪將之，輪辭以非朝命，不至；乃更檄兩淮運判馬侖、原任守備陳津、往會千戶洪岱等，合戰城內。外兵無策應者，岱等孤軍敗，與千戶文昌齡、王烈皆死。至是，曉上疏言狀，因請治明道等畏怯、輪捱避之罪。得旨：洪岱、文昌齡、王烈俱贈指揮同知，子孫升襲。褫明道與壽鬆等職，各戴罪立功。輪令巡按禦史逮至京問。
兵部覆巡按直隸禦史孫慎言，浙江江北諸郡倭患方殷，蘇、鬆二三月間所在告急，皆經略失人，軍令不嚴所致。乞敕巡撫屠大山，收召忠勇之士，申明□軍之罰。仍榜諭沿海居民，有能奮勇殺賊者，如軍功升賞，所得倭器，悉以與之。計擒首賊者，許奏升指揮僉事，世襲。一切軍費，悉從便宜區處。督糧參政翁大立，無事，來往蘇、鬆、常、鎮，催給糧餉；有事，專住鬆江，以便調度。詔以其議，屬大山舉行，仍令赴任，不許遲緩。
倭自崇明進薄蘇州城，大掠。時給事中王國禎上禦倭方略，言懸賞招降賊首王直非計。兵部尚書聶豹覆言：海賊與山賊異，山賊有巢穴，可以力攻，海賊乘風飄忽，瞬息千裏，難以力取。臣聞王直，本徽人，以通番入海得罪後，嚐為官軍捕斬海寇陳嶼主等。暨餘黨二三百人，欲以自贖，當時有司不急收之，遂貽今日大患。欲仿嶽飛官楊幺、黃佐故事，懸賞購募，以賊攻賊，非輕王爵以示弱也。上以國禎言是，令一意剿賊，脅從願降者待以不死，賊首不赦。
六月，福建官兵捕得漳州通倭賊蘇老等三十餘人，誅之。
倭寇由吳江轉掠嘉興，都指揮夏光督兵禦之，背王江涇而陣，賊眾鼓噪而前，我兵大潰，光急入舟，中流矢溺死。
七月，蘇州倭寇至嘉善，轉趨鬆江出海，總兵俞大猷擊敗之。於吳鬆所擒七人，斬首二十三級。
八月，倭寇自嘉興還屯采淘港、柘林等處，進薄嘉定城。會摹兵參將李逄時、許國以山東民槍手六千人至，與賊遇於新涇橋，逄時率其麾下先進敗之，賊退據羅店鎮，官軍追及之，擒斬八十餘人。
山東兵複追擊倭寇至采淘港，乘勝湲入。伏起，我兵大潰，溺水死者千人，指揮劉勇等死之。初，新涇之捷，李逄時功最，許國恨逄時與之同事，而不先約己，乃別泛閑道襲賊，欲以奪逄時功，會日暮大雨，劉勇等兵先陷沒，諸軍繼之，皆倉卒不整，遂大敗。
刑部主事郭仁，以賊首王直挾倭奴亂海上，引祖宗諭三佛齊故事，請敕令朝鮮宣諭日本國。章下兵部覆言：宣諭乃國體所關，最宜慎重，蓋倭寇方得誌，恣肆比之往者，益為猖獗，恐未可以言語化誨懷服也。若猾夏之罪未懲，而綏以撫諭，非所以蓄威；糾引之黨未得，而責以斂載，非所以崇體。矧今簡將練兵，皆有次第，待其畏威悔罪，然後皇上擴天地之仁，頒恩諭以容□更生，未為晚也。且祖宗時，三佛齊止因阻絕商旅，非有倭奴匪茹之罪，朝鮮近上表獻俘，心存敵愾，如複令其宣諭，恐亦非其心矣！臣竊以為不便。上從部議。
十月，命錦衣衛械係原任應天巡撫屠大山，參將許國、李逄時，副總兵解明道至京訊治。先是采淘港之役，坐兩將不相能，各兵趨利不止，故垂成而敗。時明道督水兵泊海口，坐視不救，大山方稱疾不視事。至是禦史張師價以敗書聞，請治大山、逄時、國、明道各失事罪。總督張經因論山東監軍參政許大倫、副使周臣紀律不嚴，亦宜量罰。於是大山逮至黜為民，明道等坐失律罪斬，大倫、臣降三級邊方用。已東兵見主將被逮，鬱鬱思歸，稍自引去。總督張經請下有司追捕，兵部言北輩俱係北土烏合之兵，驅之蘇、鬆水澤之地，固不相宜，令悉遣之。詔：可。
浙江巡按禦史胡宗憲奏上，十月至十一月，倭寇自健洮所分掠紹興各縣，水路官兵前後擒斬三百餘人，請錄巡撫都禦史李天寵、總兵俞大猷、原任副使陳宗夔、陳應魁等功，上從。部覆令：先賞天寵等銀幣，其所獲功次，下禦史再勘。