三國時期的吳國位於南部沿海地區。享有交通海外的近距離優勢，因此航海也盛極一時。吳國於公元3世紀20年代派宣化從事朱應、中郎康泰“南宣國化”，出使扶南和其他東南亞國家，在海外活動10多年，“所經及傳聞則有百數十國”。歸國後，使臣康泰寫成《吳時外國傳》，朱應寫成《扶南異物誌》，這兩部書涉及地區非常廣泛，不但包括東南亞，還包括天竺、安息、大秦在內，這也為隨後幾朝正史的扶南傳和海外諸國傳提供了資料來源。此外，公元230年，孫權曾幾次派遣萬人艦隊越海北上支援遼東的公孫淵反魏；同時曾遣衛溫率萬人艦隊海上南下夷、檀兩洲（今台灣、海南）掠奪人口。
公元3～6世紀魏晉南北朝時期，中國航海繼續發展。中外僧人開始通過海路往返於中印之間，其中東晉高僧法顯，從陸路到印度取經，從獅子國（今斯裏蘭卡）附乘搭載200餘人之“商人大船”歸國，途中曆盡艱險，經停耶婆提（今爪哇）5個月，換船“東北行趣廣州”，由於“天多連陰，海師相望僻誤”，商船越過廣州，往北漂到“長廣郡界牢山南岸”（今青島），並於回國後著成《佛國記》一書。